# TARGET T0289 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 46 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.048 0.018 0.002 0.002 0.157 0.015 0.758 2 P 0.041 0.008 0.108 0.019 0.217 0.330 0.277 3 C 0.064 0.014 0.180 0.015 0.211 0.375 0.141 4 A 0.304 0.020 0.151 0.020 0.145 0.098 0.261 5 I 0.808 0.017 0.007 0.011 0.010 0.007 0.140 6 D 0.917 0.011 0.003 0.009 0.008 0.004 0.050 7 V 0.938 0.007 0.003 0.008 0.005 0.003 0.035 8 Y 0.900 0.004 0.008 0.019 0.011 0.012 0.046 9 K 0.798 0.007 0.020 0.031 0.028 0.041 0.076 10 I 0.551 0.010 0.044 0.035 0.057 0.127 0.176 11 M 0.445 0.021 0.082 0.019 0.113 0.126 0.193 12 E 0.342 0.017 0.096 0.021 0.178 0.229 0.116 13 K 0.212 0.024 0.053 0.010 0.184 0.267 0.250 14 V 0.217 0.020 0.003 0.001 0.191 0.021 0.547 15 D 0.110 0.011 0.002 0.001 0.264 0.031 0.582 16 Y 0.344 0.116 0.002 0.003 0.223 0.011 0.301 17 P 0.402 0.021 0.004 0.003 0.045 0.009 0.516 18 R 0.442 0.187 0.004 0.002 0.052 0.019 0.292 19 N 0.087 0.055 0.010 0.001 0.047 0.036 0.763 20 E 0.010 0.006 0.012 0.001 0.164 0.680 0.128 21 S 0.003 0.005 0.007 0.001 0.247 0.703 0.034 22 G 0.010 0.002 0.001 0.001 0.848 0.033 0.106 23 D 0.085 0.027 0.001 0.002 0.108 0.011 0.766 24 V 0.571 0.214 0.003 0.001 0.015 0.003 0.193 25 A 0.857 0.014 0.005 0.002 0.012 0.003 0.107 26 A 0.918 0.002 0.006 0.002 0.020 0.005 0.047 27 V 0.946 0.005 0.004 0.003 0.006 0.004 0.032 28 I 0.856 0.011 0.003 0.004 0.015 0.004 0.108 29 H 0.470 0.004 0.004 0.003 0.027 0.005 0.487 30 P 0.012 0.001 0.484 0.037 0.036 0.404 0.026 31 N 0.006 0.002 0.550 0.028 0.066 0.325 0.022 32 L 0.016 0.008 0.652 0.058 0.062 0.086 0.117 33 Q 0.044 0.043 0.221 0.068 0.110 0.208 0.305 34 D 0.050 0.018 0.145 0.033 0.192 0.269 0.293 35 Q 0.096 0.020 0.127 0.030 0.302 0.103 0.322 36 D 0.140 0.015 0.078 0.028 0.121 0.110 0.508 37 W 0.245 0.020 0.143 0.036 0.114 0.085 0.357 38 K 0.237 0.008 0.079 0.032 0.157 0.041 0.447 39 P 0.308 0.045 0.046 0.021 0.106 0.049 0.425 40 L 0.164 0.075 0.013 0.017 0.064 0.017 0.651 41 H 0.024 0.010 0.013 0.003 0.049 0.025 0.875 42 P 0.002 0.001 0.013 0.002 0.065 0.898 0.018 43 G 0.005 0.002 0.016 0.001 0.083 0.868 0.026 44 D 0.041 0.012 0.007 0.004 0.094 0.009 0.834 45 P 0.376 0.076 0.012 0.016 0.027 0.035 0.457 46 V 0.727 0.019 0.024 0.015 0.031 0.034 0.151 47 F 0.814 0.011 0.031 0.013 0.023 0.016 0.092 48 V 0.845 0.015 0.013 0.010 0.021 0.008 0.087 49 S 0.691 0.012 0.024 0.013 0.047 0.039 0.175 50 L 0.372 0.013 0.033 0.010 0.142 0.135 0.296 51 D 0.035 0.002 0.018 0.002 0.140 0.755 0.048 52 G 0.054 0.002 0.020 0.002 0.213 0.640 0.069 53 K 0.454 0.011 0.008 0.002 0.103 0.032 0.389 54 V 0.837 0.027 0.002 0.001 0.011 0.004 0.118 55 I 0.931 0.011 0.001 0.001 0.007 0.001 0.048 56 P 0.891 0.012 0.002 0.001 0.007 0.003 0.084 57 L 0.726 0.015 0.006 0.002 0.028 0.029 0.194 58 G 0.204 0.007 0.017 0.003 0.163 0.464 0.142 59 G 0.056 0.006 0.015 0.002 0.288 0.502 0.131 60 D 0.097 0.012 0.017 0.003 0.330 0.176 0.364 61 C 0.150 0.017 0.011 0.004 0.386 0.085 0.348 62 T 0.382 0.025 0.015 0.007 0.131 0.058 0.383 63 V 0.702 0.023 0.005 0.004 0.039 0.011 0.216 64 Y 0.807 0.008 0.002 0.005 0.032 0.002 0.143 65 P 0.857 0.005 0.003 0.007 0.012 0.002 0.115 66 V 0.937 0.002 0.003 0.008 0.012 0.003 0.035 67 F 0.963 0.002 0.001 0.007 0.003 0.002 0.023 68 V 0.916 0.002 0.002 0.024 0.007 0.003 0.045 69 N 0.679 0.007 0.005 0.074 0.046 0.015 0.176 70 E 0.254 0.007 0.037 0.437 0.069 0.061 0.135 71 A 0.153 0.007 0.043 0.606 0.067 0.042 0.083 72 A 0.096 0.003 0.040 0.728 0.033 0.039 0.061 73 Y 0.079 0.004 0.030 0.775 0.034 0.036 0.042 74 Y 0.079 0.004 0.022 0.748 0.032 0.063 0.051 75 E 0.052 0.003 0.022 0.716 0.032 0.106 0.069 76 K 0.020 0.001 0.023 0.529 0.039 0.353 0.035 77 K 0.044 0.002 0.016 0.189 0.081 0.614 0.054 78 E 0.237 0.012 0.021 0.212 0.102 0.122 0.295 79 A 0.573 0.030 0.010 0.142 0.047 0.025 0.172 80 F 0.666 0.007 0.021 0.146 0.032 0.034 0.094 81 A 0.773 0.007 0.034 0.070 0.018 0.035 0.063 82 K 0.690 0.005 0.046 0.073 0.038 0.074 0.075 83 T 0.699 0.005 0.021 0.037 0.102 0.047 0.089 84 T 0.722 0.004 0.009 0.018 0.039 0.021 0.186 85 K 0.810 0.003 0.002 0.008 0.030 0.007 0.139 86 L 0.913 0.001 0.001 0.006 0.030 0.004 0.044 87 T 0.947 0.004 0.001 0.002 0.006 0.002 0.039 88 L 0.928 0.006 0.001 0.002 0.007 0.001 0.055 89 N 0.812 0.005 0.001 0.002 0.011 0.001 0.169 90 A 0.457 0.003 0.008 0.087 0.056 0.029 0.359 91 K 0.322 0.003 0.020 0.168 0.273 0.069 0.145 92 S 0.386 0.016 0.070 0.299 0.045 0.038 0.146 93 I 0.341 0.013 0.067 0.372 0.040 0.064 0.102 94 R 0.338 0.008 0.055 0.278 0.083 0.087 0.151 95 S 0.169 0.005 0.090 0.205 0.169 0.103 0.258 96 T 0.100 0.006 0.048 0.121 0.255 0.177 0.292 97 L 0.046 0.017 0.030 0.048 0.009 0.134 0.716 98 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999