# TARGET T0289 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.2611 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.029 0.002 0.753 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.002 0.001 0.192 2 P 0.149 0.009 0.721 0.011 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 3 C 0.209 0.259 0.263 0.073 0.112 0.022 0.027 0.014 0.013 0.007 0.001 4 A 0.121 0.341 0.226 0.095 0.102 0.049 0.030 0.007 0.022 0.005 0.001 5 I 0.022 0.718 0.143 0.016 0.060 0.013 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 6 D 0.032 0.521 0.316 0.007 0.042 0.064 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 7 V 0.044 0.805 0.073 0.011 0.030 0.021 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 8 Y 0.051 0.705 0.082 0.011 0.097 0.020 0.003 0.001 0.029 0.001 0.001 9 K 0.058 0.618 0.195 0.007 0.046 0.039 0.005 0.001 0.030 0.001 0.001 10 I 0.124 0.373 0.326 0.015 0.012 0.109 0.004 0.001 0.035 0.001 0.001 11 M 0.486 0.171 0.124 0.148 0.018 0.030 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 12 E 0.212 0.299 0.106 0.082 0.238 0.010 0.033 0.007 0.010 0.004 0.001 13 K 0.078 0.584 0.157 0.067 0.072 0.015 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 14 V 0.030 0.690 0.164 0.019 0.035 0.023 0.002 0.001 0.036 0.001 0.001 15 D 0.111 0.176 0.260 0.098 0.008 0.254 0.021 0.001 0.068 0.001 0.002 16 Y 0.015 0.333 0.207 0.007 0.057 0.030 0.016 0.001 0.333 0.001 0.001 17 P 0.049 0.013 0.798 0.008 0.001 0.025 0.001 0.001 0.002 0.001 0.105 18 R 0.062 0.237 0.525 0.065 0.043 0.050 0.004 0.002 0.010 0.002 0.001 19 N 0.007 0.125 0.608 0.011 0.087 0.103 0.005 0.002 0.045 0.006 0.001 20 E 0.824 0.017 0.026 0.113 0.003 0.007 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 21 S 0.159 0.013 0.071 0.710 0.003 0.006 0.028 0.003 0.007 0.001 0.001 22 G 0.015 0.002 0.035 0.018 0.032 0.001 0.036 0.736 0.001 0.126 0.001 23 D 0.051 0.112 0.684 0.039 0.018 0.052 0.020 0.002 0.015 0.002 0.003 24 V 0.036 0.290 0.613 0.006 0.006 0.035 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 25 A 0.212 0.471 0.136 0.099 0.041 0.021 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 26 A 0.013 0.664 0.144 0.005 0.156 0.009 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 27 V 0.011 0.794 0.101 0.004 0.046 0.022 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 28 I 0.015 0.713 0.168 0.009 0.027 0.035 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 29 H 0.006 0.178 0.333 0.001 0.018 0.082 0.005 0.001 0.374 0.001 0.001 30 P 0.930 0.001 0.040 0.013 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 31 N 0.638 0.019 0.041 0.186 0.012 0.032 0.047 0.010 0.014 0.001 0.001 32 L 0.614 0.028 0.041 0.281 0.004 0.015 0.005 0.002 0.010 0.001 0.001 33 Q 0.442 0.098 0.186 0.146 0.017 0.046 0.039 0.004 0.020 0.003 0.001 34 D 0.491 0.055 0.156 0.149 0.022 0.055 0.042 0.011 0.014 0.004 0.001 35 Q 0.624 0.087 0.062 0.162 0.023 0.012 0.014 0.007 0.008 0.001 0.001 36 D 0.212 0.050 0.066 0.540 0.011 0.038 0.057 0.004 0.022 0.001 0.001 37 W 0.339 0.078 0.158 0.213 0.022 0.028 0.104 0.032 0.020 0.005 0.001 38 K 0.146 0.300 0.404 0.004 0.043 0.008 0.011 0.001 0.076 0.006 0.001 39 P 0.224 0.004 0.686 0.007 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 40 L 0.233 0.130 0.476 0.086 0.014 0.046 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 41 H 0.029 0.336 0.393 0.002 0.049 0.011 0.008 0.001 0.167 0.004 0.001 42 P 0.164 0.001 0.783 0.010 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 43 G 0.033 0.002 0.015 0.062 0.006 0.001 0.019 0.842 0.001 0.018 0.001 44 D 0.002 0.126 0.697 0.001 0.006 0.032 0.004 0.001 0.132 0.001 0.001 45 P 0.039 0.013 0.852 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 46 V 0.048 0.617 0.213 0.030 0.057 0.018 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 47 F 0.012 0.665 0.163 0.006 0.074 0.046 0.002 0.001 0.030 0.001 0.001 48 V 0.015 0.746 0.125 0.027 0.032 0.031 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 49 S 0.015 0.407 0.409 0.012 0.090 0.043 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 50 L 0.144 0.491 0.116 0.061 0.038 0.051 0.010 0.002 0.084 0.002 0.001 51 D 0.023 0.040 0.150 0.157 0.011 0.029 0.513 0.004 0.062 0.010 0.001 52 G 0.003 0.001 0.011 0.004 0.019 0.001 0.042 0.866 0.001 0.054 0.001 53 K 0.027 0.429 0.448 0.031 0.030 0.021 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 54 V 0.007 0.379 0.559 0.003 0.005 0.033 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 55 I 0.008 0.712 0.145 0.003 0.021 0.027 0.002 0.001 0.082 0.001 0.001 56 P 0.006 0.026 0.937 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 57 L 0.097 0.334 0.305 0.103 0.048 0.046 0.017 0.004 0.043 0.002 0.002 58 G 0.043 0.040 0.167 0.047 0.135 0.006 0.100 0.235 0.008 0.218 0.001 59 G 0.061 0.023 0.140 0.027 0.129 0.002 0.013 0.129 0.002 0.475 0.001 60 D 0.245 0.076 0.238 0.319 0.042 0.029 0.025 0.010 0.007 0.007 0.003 61 C 0.097 0.210 0.359 0.075 0.147 0.021 0.033 0.020 0.022 0.014 0.001 62 T 0.358 0.166 0.293 0.078 0.050 0.030 0.005 0.005 0.007 0.006 0.002 63 V 0.304 0.401 0.152 0.077 0.029 0.017 0.003 0.001 0.016 0.002 0.001 64 Y 0.108 0.396 0.258 0.004 0.028 0.025 0.007 0.001 0.174 0.001 0.001 65 P 0.463 0.009 0.440 0.004 0.001 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 66 V 0.767 0.097 0.062 0.025 0.015 0.016 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 67 F 0.824 0.068 0.050 0.020 0.010 0.016 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 68 V 0.855 0.044 0.030 0.032 0.002 0.024 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 69 N 0.891 0.020 0.021 0.036 0.004 0.016 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 70 E 0.933 0.025 0.013 0.015 0.004 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 71 A 0.973 0.008 0.005 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 A 0.967 0.005 0.003 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 Y 0.936 0.005 0.004 0.045 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 74 Y 0.941 0.006 0.006 0.038 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 75 E 0.940 0.008 0.011 0.031 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 76 K 0.894 0.006 0.018 0.069 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 77 K 0.874 0.010 0.015 0.040 0.005 0.005 0.033 0.014 0.002 0.002 0.001 78 E 0.892 0.035 0.031 0.027 0.006 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 79 A 0.935 0.016 0.023 0.018 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 F 0.893 0.028 0.015 0.044 0.005 0.007 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 81 A 0.910 0.028 0.025 0.023 0.004 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 82 K 0.810 0.027 0.029 0.102 0.007 0.011 0.009 0.001 0.004 0.001 0.001 83 T 0.589 0.094 0.120 0.126 0.028 0.013 0.014 0.005 0.010 0.001 0.001 84 T 0.427 0.271 0.128 0.095 0.030 0.019 0.012 0.002 0.015 0.001 0.001 85 K 0.315 0.239 0.320 0.024 0.015 0.044 0.010 0.002 0.031 0.001 0.001 86 L 0.400 0.269 0.177 0.073 0.018 0.031 0.007 0.001 0.023 0.001 0.001 87 T 0.296 0.285 0.254 0.065 0.016 0.046 0.009 0.001 0.026 0.001 0.002 88 L 0.089 0.483 0.284 0.028 0.053 0.034 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 89 N 0.045 0.103 0.407 0.026 0.015 0.312 0.014 0.001 0.074 0.002 0.001 90 A 0.823 0.041 0.055 0.041 0.009 0.018 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 91 K 0.933 0.002 0.005 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 S 0.700 0.070 0.029 0.135 0.046 0.004 0.008 0.003 0.006 0.001 0.001 93 I 0.615 0.164 0.083 0.085 0.017 0.016 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 94 R 0.583 0.155 0.125 0.061 0.018 0.029 0.008 0.002 0.018 0.002 0.001 95 S 0.575 0.108 0.129 0.084 0.063 0.013 0.012 0.005 0.007 0.005 0.001 96 T 0.512 0.117 0.111 0.190 0.024 0.017 0.008 0.002 0.018 0.001 0.001 97 L 0.323 0.166 0.226 0.168 0.020 0.041 0.018 0.003 0.032 0.002 0.001 98 H 0.306 0.149 0.222 0.116 0.056 0.031 0.046 0.018 0.020 0.035 0.001