# TARGET T0289 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 46 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.078 0.234 0.195 0.035 0.169 0.022 0.044 0.068 0.060 0.058 0.037 2 P 0.160 0.189 0.061 0.009 0.266 0.010 0.015 0.062 0.102 0.068 0.059 3 C 0.064 0.146 0.069 0.030 0.170 0.041 0.065 0.127 0.136 0.124 0.029 4 A 0.303 0.093 0.014 0.004 0.365 0.003 0.010 0.033 0.029 0.070 0.076 5 I 0.288 0.103 0.006 0.003 0.516 0.004 0.003 0.012 0.007 0.014 0.044 6 D 0.257 0.085 0.013 0.007 0.533 0.013 0.015 0.030 0.007 0.011 0.029 7 V 0.486 0.040 0.005 0.003 0.369 0.003 0.002 0.010 0.004 0.009 0.069 8 Y 0.210 0.163 0.021 0.019 0.484 0.015 0.009 0.020 0.007 0.010 0.042 9 K 0.259 0.140 0.045 0.008 0.428 0.007 0.010 0.032 0.010 0.010 0.051 10 I 0.330 0.066 0.023 0.015 0.259 0.016 0.031 0.058 0.028 0.061 0.113 11 M 0.094 0.123 0.044 0.145 0.136 0.099 0.071 0.086 0.084 0.077 0.040 12 E 0.029 0.129 0.115 0.172 0.083 0.065 0.072 0.141 0.101 0.078 0.015 13 K 0.229 0.083 0.019 0.005 0.284 0.007 0.020 0.060 0.063 0.140 0.091 14 V 0.292 0.125 0.012 0.001 0.500 0.002 0.001 0.005 0.005 0.012 0.044 15 D 0.261 0.067 0.026 0.018 0.319 0.035 0.054 0.034 0.031 0.064 0.092 16 Y 0.081 0.364 0.304 0.013 0.203 0.001 0.001 0.004 0.004 0.010 0.016 17 P 0.107 0.440 0.116 0.001 0.291 0.002 0.004 0.011 0.002 0.006 0.018 18 R 0.035 0.423 0.024 0.010 0.418 0.018 0.012 0.022 0.006 0.019 0.015 19 N 0.027 0.157 0.680 0.073 0.018 0.011 0.005 0.013 0.006 0.002 0.006 20 E 0.001 0.001 0.017 0.010 0.001 0.022 0.046 0.565 0.329 0.008 0.001 21 S 0.001 0.725 0.230 0.026 0.007 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 22 G 0.004 0.008 0.005 0.004 0.005 0.001 0.001 0.003 0.006 0.582 0.383 23 D 0.019 0.637 0.041 0.001 0.219 0.015 0.034 0.018 0.008 0.007 0.003 24 V 0.669 0.011 0.001 0.001 0.251 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.063 25 A 0.042 0.107 0.056 0.323 0.102 0.251 0.075 0.019 0.011 0.004 0.009 26 A 0.262 0.116 0.021 0.004 0.522 0.001 0.002 0.010 0.011 0.009 0.042 27 V 0.199 0.103 0.030 0.003 0.504 0.002 0.014 0.025 0.027 0.027 0.066 28 I 0.195 0.213 0.060 0.018 0.363 0.031 0.039 0.013 0.010 0.031 0.028 29 H 0.211 0.191 0.058 0.006 0.477 0.001 0.001 0.006 0.006 0.006 0.036 30 P 0.018 0.021 0.009 0.015 0.030 0.020 0.032 0.278 0.530 0.036 0.011 31 N 0.024 0.035 0.027 0.016 0.039 0.014 0.082 0.253 0.192 0.284 0.035 32 L 0.080 0.080 0.031 0.016 0.083 0.028 0.095 0.189 0.103 0.239 0.055 33 Q 0.035 0.244 0.122 0.058 0.106 0.032 0.063 0.144 0.080 0.086 0.030 34 D 0.032 0.134 0.096 0.062 0.100 0.032 0.080 0.259 0.126 0.067 0.012 35 Q 0.023 0.042 0.024 0.013 0.044 0.035 0.108 0.246 0.153 0.282 0.030 36 D 0.165 0.093 0.021 0.009 0.275 0.007 0.028 0.103 0.084 0.138 0.078 37 W 0.126 0.079 0.037 0.026 0.129 0.007 0.007 0.056 0.128 0.243 0.161 38 K 0.012 0.470 0.236 0.009 0.118 0.006 0.021 0.065 0.048 0.011 0.003 39 P 0.162 0.349 0.106 0.001 0.259 0.001 0.004 0.025 0.032 0.034 0.026 40 L 0.172 0.252 0.072 0.009 0.334 0.014 0.039 0.040 0.016 0.017 0.034 41 H 0.008 0.158 0.650 0.133 0.032 0.012 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 42 P 0.001 0.003 0.002 0.023 0.002 0.109 0.679 0.146 0.031 0.002 0.001 43 G 0.006 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.002 0.010 0.033 0.859 0.080 44 D 0.006 0.703 0.151 0.007 0.123 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 45 P 0.540 0.025 0.004 0.002 0.360 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.061 46 V 0.093 0.158 0.028 0.083 0.288 0.141 0.103 0.035 0.013 0.018 0.041 47 F 0.238 0.115 0.013 0.001 0.500 0.001 0.001 0.007 0.005 0.028 0.092 48 V 0.188 0.229 0.013 0.001 0.488 0.004 0.007 0.010 0.006 0.014 0.039 49 S 0.377 0.176 0.041 0.007 0.196 0.004 0.005 0.009 0.011 0.030 0.145 50 L 0.065 0.039 0.118 0.232 0.056 0.114 0.040 0.127 0.109 0.057 0.042 51 D 0.002 0.160 0.161 0.446 0.013 0.069 0.086 0.039 0.016 0.007 0.001 52 G 0.006 0.012 0.014 0.032 0.006 0.011 0.006 0.026 0.062 0.705 0.118 53 K 0.053 0.397 0.088 0.008 0.341 0.007 0.012 0.031 0.023 0.027 0.013 54 V 0.332 0.066 0.011 0.002 0.493 0.002 0.004 0.008 0.008 0.016 0.057 55 I 0.108 0.327 0.063 0.004 0.474 0.002 0.003 0.004 0.002 0.003 0.011 56 P 0.356 0.118 0.025 0.003 0.386 0.006 0.007 0.010 0.005 0.011 0.072 57 L 0.120 0.190 0.184 0.090 0.219 0.041 0.025 0.034 0.028 0.023 0.045 58 G 0.034 0.084 0.071 0.173 0.041 0.160 0.182 0.099 0.066 0.069 0.021 59 G 0.031 0.085 0.100 0.149 0.049 0.055 0.038 0.069 0.090 0.272 0.063 60 D 0.086 0.101 0.040 0.055 0.096 0.038 0.049 0.080 0.128 0.240 0.087 61 C 0.058 0.197 0.190 0.087 0.139 0.035 0.051 0.053 0.060 0.095 0.035 62 T 0.116 0.300 0.117 0.015 0.283 0.008 0.018 0.045 0.040 0.030 0.028 63 V 0.241 0.161 0.057 0.015 0.340 0.014 0.020 0.028 0.026 0.031 0.067 64 Y 0.093 0.325 0.164 0.026 0.303 0.009 0.011 0.017 0.012 0.014 0.027 65 P 0.208 0.163 0.039 0.008 0.352 0.008 0.023 0.084 0.043 0.024 0.048 66 V 0.170 0.097 0.022 0.011 0.303 0.015 0.069 0.180 0.058 0.036 0.039 67 F 0.153 0.130 0.026 0.015 0.402 0.015 0.025 0.134 0.029 0.035 0.036 68 V 0.222 0.063 0.015 0.009 0.273 0.016 0.023 0.227 0.047 0.034 0.071 69 N 0.092 0.056 0.035 0.053 0.097 0.083 0.062 0.348 0.073 0.056 0.045 70 E 0.063 0.044 0.025 0.018 0.083 0.009 0.016 0.489 0.136 0.065 0.053 71 A 0.033 0.050 0.020 0.011 0.058 0.012 0.018 0.619 0.130 0.033 0.015 72 A 0.024 0.047 0.019 0.007 0.062 0.010 0.026 0.669 0.096 0.028 0.013 73 Y 0.049 0.043 0.011 0.005 0.073 0.007 0.023 0.658 0.076 0.034 0.021 74 Y 0.032 0.028 0.015 0.008 0.019 0.009 0.041 0.667 0.130 0.031 0.019 75 E 0.024 0.019 0.008 0.007 0.029 0.018 0.059 0.686 0.115 0.027 0.008 76 K 0.011 0.364 0.097 0.090 0.052 0.044 0.086 0.203 0.031 0.017 0.005 77 K 0.030 0.018 0.017 0.015 0.019 0.018 0.025 0.149 0.037 0.550 0.123 78 E 0.079 0.132 0.036 0.011 0.143 0.030 0.051 0.348 0.076 0.055 0.039 79 A 0.159 0.096 0.025 0.014 0.279 0.013 0.016 0.248 0.055 0.047 0.048 80 F 0.119 0.140 0.038 0.019 0.305 0.026 0.039 0.218 0.048 0.028 0.022 81 A 0.192 0.103 0.021 0.008 0.373 0.007 0.019 0.182 0.042 0.029 0.023 82 K 0.176 0.086 0.028 0.023 0.231 0.024 0.050 0.188 0.053 0.082 0.058 83 T 0.123 0.288 0.056 0.021 0.340 0.021 0.020 0.056 0.016 0.034 0.025 84 T 0.169 0.184 0.050 0.013 0.398 0.013 0.023 0.059 0.021 0.033 0.036 85 K 0.249 0.143 0.039 0.014 0.344 0.024 0.023 0.046 0.028 0.030 0.061 86 L 0.101 0.291 0.065 0.007 0.451 0.006 0.009 0.024 0.013 0.010 0.023 87 T 0.323 0.115 0.023 0.001 0.405 0.003 0.007 0.013 0.014 0.035 0.062 88 L 0.087 0.401 0.088 0.005 0.394 0.003 0.003 0.005 0.003 0.003 0.008 89 N 0.126 0.372 0.140 0.015 0.254 0.008 0.004 0.008 0.007 0.027 0.040 90 A 0.098 0.072 0.036 0.028 0.198 0.012 0.020 0.229 0.251 0.031 0.025 91 K 0.005 0.009 0.011 0.019 0.007 0.020 0.067 0.519 0.273 0.064 0.007 92 S 0.036 0.133 0.037 0.008 0.138 0.010 0.068 0.346 0.107 0.105 0.012 93 I 0.176 0.062 0.012 0.008 0.213 0.013 0.022 0.320 0.087 0.048 0.041 94 R 0.115 0.054 0.026 0.035 0.158 0.040 0.076 0.235 0.095 0.082 0.083 95 S 0.104 0.162 0.051 0.020 0.212 0.016 0.036 0.200 0.085 0.067 0.047 96 T 0.082 0.179 0.057 0.011 0.199 0.007 0.044 0.188 0.105 0.093 0.035 97 L 0.115 0.104 0.036 0.025 0.170 0.041 0.087 0.176 0.097 0.091 0.059 98 H 0.113 0.156 0.076 0.032 0.209 0.022 0.046 0.121 0.063 0.097 0.065