# TARGET T0289 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 46 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.760 0.174 0.048 0.015 0.002 0.001 0.001 2 P 0.591 0.262 0.092 0.041 0.012 0.002 0.001 3 C 0.366 0.274 0.172 0.122 0.054 0.011 0.001 4 A 0.185 0.347 0.254 0.136 0.060 0.018 0.002 5 I 0.043 0.073 0.138 0.253 0.293 0.179 0.021 6 D 0.048 0.151 0.225 0.282 0.203 0.081 0.010 7 V 0.039 0.059 0.084 0.177 0.319 0.290 0.031 8 Y 0.063 0.162 0.251 0.282 0.175 0.063 0.005 9 K 0.168 0.260 0.213 0.201 0.112 0.042 0.003 10 I 0.134 0.205 0.219 0.254 0.144 0.041 0.004 11 M 0.162 0.180 0.199 0.244 0.160 0.050 0.004 12 E 0.432 0.354 0.143 0.054 0.014 0.003 0.001 13 K 0.320 0.348 0.206 0.092 0.027 0.005 0.001 14 V 0.053 0.085 0.160 0.316 0.276 0.104 0.006 15 D 0.148 0.276 0.263 0.186 0.097 0.028 0.002 16 Y 0.033 0.058 0.127 0.256 0.322 0.181 0.023 17 P 0.099 0.191 0.229 0.238 0.175 0.065 0.004 18 R 0.115 0.187 0.238 0.288 0.141 0.030 0.001 19 N 0.394 0.353 0.163 0.068 0.018 0.003 0.001 20 E 0.470 0.251 0.153 0.096 0.026 0.004 0.001 21 S 0.814 0.147 0.028 0.009 0.003 0.001 0.001 22 G 0.599 0.264 0.098 0.033 0.006 0.001 0.001 23 D 0.310 0.379 0.200 0.088 0.020 0.003 0.001 24 V 0.048 0.127 0.181 0.308 0.255 0.076 0.005 25 A 0.025 0.089 0.167 0.289 0.281 0.135 0.015 26 A 0.016 0.020 0.040 0.096 0.191 0.429 0.208 27 V 0.012 0.019 0.034 0.087 0.176 0.393 0.279 28 I 0.017 0.031 0.057 0.113 0.207 0.346 0.230 29 H 0.019 0.049 0.082 0.161 0.231 0.307 0.152 30 P 0.096 0.167 0.172 0.199 0.191 0.136 0.039 31 N 0.147 0.281 0.253 0.175 0.083 0.048 0.013 32 L 0.082 0.129 0.174 0.253 0.238 0.110 0.013 33 Q 0.063 0.119 0.182 0.248 0.262 0.117 0.009 34 D 0.181 0.288 0.233 0.187 0.083 0.027 0.002 35 Q 0.129 0.270 0.292 0.193 0.084 0.029 0.003 36 D 0.067 0.106 0.163 0.260 0.281 0.112 0.010 37 W 0.044 0.086 0.175 0.261 0.285 0.135 0.013 38 K 0.270 0.331 0.205 0.128 0.048 0.016 0.002 39 P 0.246 0.326 0.232 0.130 0.049 0.015 0.001 40 L 0.035 0.056 0.132 0.291 0.348 0.130 0.007 41 H 0.187 0.296 0.274 0.179 0.055 0.009 0.001 42 P 0.428 0.299 0.147 0.087 0.032 0.006 0.001 43 G 0.304 0.276 0.180 0.141 0.069 0.027 0.003 44 D 0.132 0.215 0.226 0.243 0.131 0.047 0.006 45 P 0.103 0.144 0.191 0.211 0.189 0.124 0.037 46 V 0.079 0.098 0.112 0.179 0.247 0.238 0.046 47 F 0.061 0.055 0.088 0.152 0.214 0.338 0.092 48 V 0.106 0.180 0.184 0.217 0.170 0.121 0.022 49 S 0.088 0.174 0.229 0.239 0.174 0.086 0.011 50 L 0.070 0.092 0.124 0.251 0.301 0.145 0.016 51 D 0.423 0.348 0.160 0.056 0.011 0.002 0.001 52 G 0.386 0.293 0.162 0.105 0.043 0.010 0.001 53 K 0.220 0.298 0.235 0.159 0.068 0.019 0.001 54 V 0.062 0.136 0.232 0.283 0.211 0.073 0.003 55 I 0.036 0.061 0.111 0.231 0.317 0.229 0.015 56 P 0.030 0.117 0.224 0.302 0.225 0.095 0.007 57 L 0.011 0.033 0.098 0.291 0.390 0.167 0.009 58 G 0.167 0.327 0.243 0.165 0.079 0.018 0.001 59 G 0.358 0.305 0.178 0.120 0.033 0.006 0.001 60 D 0.564 0.293 0.090 0.036 0.013 0.003 0.001 61 C 0.279 0.353 0.216 0.113 0.033 0.006 0.001 62 T 0.068 0.253 0.271 0.261 0.121 0.025 0.001 63 V 0.007 0.029 0.080 0.224 0.336 0.289 0.034 64 Y 0.001 0.003 0.012 0.066 0.259 0.513 0.147 65 P 0.001 0.002 0.008 0.032 0.144 0.417 0.396 66 V 0.001 0.001 0.003 0.012 0.058 0.305 0.621 67 F 0.001 0.001 0.001 0.007 0.031 0.218 0.743 68 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.117 0.863 69 N 0.001 0.001 0.003 0.016 0.067 0.319 0.593 70 E 0.001 0.001 0.003 0.021 0.122 0.396 0.457 71 A 0.001 0.001 0.003 0.009 0.035 0.253 0.699 72 A 0.002 0.008 0.018 0.059 0.140 0.392 0.381 73 Y 0.005 0.019 0.049 0.138 0.275 0.382 0.131 74 Y 0.004 0.010 0.027 0.099 0.265 0.457 0.137 75 E 0.008 0.026 0.051 0.117 0.262 0.386 0.149 76 K 0.023 0.083 0.175 0.229 0.201 0.216 0.073 77 K 0.049 0.124 0.146 0.219 0.254 0.169 0.039 78 E 0.014 0.035 0.082 0.179 0.312 0.300 0.078 79 A 0.029 0.052 0.079 0.152 0.246 0.364 0.079 80 F 0.042 0.068 0.113 0.209 0.262 0.246 0.060 81 A 0.079 0.099 0.111 0.164 0.227 0.264 0.055 82 K 0.078 0.123 0.180 0.265 0.232 0.109 0.014 83 T 0.116 0.131 0.141 0.229 0.232 0.133 0.019 84 T 0.202 0.295 0.246 0.171 0.064 0.018 0.003 85 K 0.213 0.277 0.216 0.181 0.086 0.025 0.003 86 L 0.299 0.341 0.194 0.111 0.043 0.011 0.001 87 T 0.251 0.341 0.239 0.127 0.037 0.006 0.001 88 L 0.122 0.120 0.142 0.253 0.260 0.100 0.004 89 N 0.227 0.355 0.262 0.127 0.026 0.003 0.001 90 A 0.097 0.094 0.139 0.250 0.271 0.139 0.010 91 K 0.228 0.318 0.247 0.142 0.054 0.011 0.001 92 S 0.118 0.177 0.228 0.242 0.177 0.053 0.005 93 I 0.156 0.141 0.155 0.194 0.194 0.143 0.017 94 R 0.149 0.225 0.228 0.228 0.125 0.042 0.004 95 S 0.255 0.235 0.178 0.139 0.117 0.068 0.007 96 T 0.310 0.236 0.182 0.168 0.077 0.025 0.002 97 L 0.431 0.176 0.123 0.145 0.089 0.032 0.004 98 H 0.643 0.203 0.087 0.042 0.018 0.006 0.001