# TARGET T0289 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t1c2-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.0665 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.001 0.014 0.762 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.149 0.054 0.002 0.011 2 P 0.001 0.010 0.792 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.128 0.046 0.003 0.009 3 C 0.001 0.009 0.723 0.016 0.019 0.004 0.001 0.001 0.002 0.159 0.047 0.015 0.005 4 A 0.009 0.023 0.517 0.009 0.037 0.013 0.005 0.001 0.019 0.077 0.167 0.029 0.095 5 I 0.041 0.008 0.446 0.012 0.012 0.006 0.025 0.008 0.114 0.034 0.012 0.124 0.159 6 D 0.125 0.013 0.123 0.024 0.004 0.008 0.095 0.011 0.138 0.031 0.002 0.298 0.128 7 V 0.118 0.006 0.047 0.006 0.005 0.007 0.122 0.027 0.149 0.004 0.004 0.084 0.421 8 Y 0.102 0.005 0.050 0.255 0.008 0.014 0.110 0.079 0.145 0.009 0.006 0.108 0.109 9 K 0.072 0.004 0.053 0.025 0.009 0.011 0.028 0.051 0.181 0.024 0.006 0.378 0.160 10 I 0.076 0.005 0.124 0.053 0.019 0.025 0.012 0.011 0.060 0.037 0.030 0.040 0.508 11 M 0.033 0.016 0.214 0.246 0.052 0.046 0.008 0.015 0.044 0.101 0.051 0.104 0.070 12 E 0.031 0.010 0.198 0.035 0.062 0.048 0.007 0.017 0.044 0.123 0.110 0.185 0.132 13 K 0.032 0.012 0.261 0.040 0.055 0.030 0.006 0.011 0.022 0.083 0.141 0.045 0.263 14 V 0.040 0.033 0.352 0.010 0.019 0.026 0.011 0.006 0.032 0.123 0.045 0.219 0.084 15 D 0.015 0.029 0.385 0.008 0.011 0.008 0.004 0.001 0.021 0.098 0.024 0.067 0.328 16 Y 0.005 0.015 0.543 0.019 0.014 0.011 0.001 0.001 0.009 0.194 0.023 0.107 0.059 17 P 0.003 0.012 0.664 0.006 0.017 0.017 0.001 0.001 0.009 0.111 0.058 0.020 0.083 18 R 0.006 0.101 0.397 0.008 0.040 0.033 0.005 0.001 0.010 0.158 0.150 0.016 0.075 19 N 0.001 0.013 0.743 0.004 0.018 0.007 0.001 0.001 0.005 0.105 0.063 0.019 0.023 20 E 0.001 0.011 0.156 0.003 0.020 0.011 0.001 0.001 0.002 0.233 0.540 0.014 0.010 21 S 0.001 0.001 0.026 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.903 0.002 0.004 22 G 0.002 0.004 0.196 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.611 0.159 0.014 0.007 23 D 0.019 0.018 0.667 0.004 0.001 0.002 0.006 0.001 0.008 0.097 0.015 0.055 0.108 24 V 0.126 0.049 0.197 0.013 0.001 0.001 0.033 0.001 0.012 0.016 0.006 0.186 0.357 25 A 0.184 0.006 0.080 0.225 0.003 0.001 0.046 0.002 0.015 0.015 0.002 0.228 0.192 26 A 0.295 0.001 0.017 0.005 0.001 0.001 0.160 0.009 0.025 0.002 0.002 0.170 0.311 27 V 0.527 0.002 0.011 0.012 0.001 0.001 0.170 0.012 0.013 0.002 0.001 0.108 0.139 28 I 0.375 0.007 0.022 0.005 0.001 0.002 0.096 0.009 0.038 0.006 0.001 0.194 0.244 29 H 0.060 0.004 0.317 0.050 0.004 0.003 0.005 0.001 0.081 0.059 0.007 0.199 0.209 30 P 0.010 0.005 0.387 0.077 0.066 0.026 0.002 0.001 0.018 0.112 0.165 0.008 0.123 31 N 0.012 0.013 0.141 0.012 0.081 0.018 0.005 0.003 0.016 0.205 0.431 0.047 0.015 32 L 0.015 0.028 0.300 0.001 0.107 0.026 0.008 0.006 0.018 0.178 0.213 0.038 0.062 33 Q 0.011 0.143 0.315 0.003 0.055 0.019 0.008 0.007 0.018 0.162 0.207 0.016 0.038 34 D 0.002 0.039 0.432 0.002 0.075 0.019 0.001 0.001 0.010 0.258 0.132 0.011 0.020 35 Q 0.001 0.005 0.176 0.008 0.113 0.033 0.001 0.001 0.001 0.350 0.306 0.003 0.005 36 D 0.002 0.014 0.224 0.014 0.117 0.043 0.001 0.001 0.001 0.274 0.293 0.010 0.009 37 W 0.003 0.040 0.328 0.003 0.166 0.058 0.001 0.001 0.004 0.180 0.134 0.007 0.077 38 K 0.008 0.041 0.415 0.007 0.063 0.057 0.002 0.003 0.011 0.131 0.114 0.135 0.014 39 P 0.017 0.097 0.255 0.002 0.064 0.041 0.007 0.010 0.018 0.083 0.103 0.015 0.290 40 L 0.015 0.187 0.423 0.012 0.028 0.042 0.005 0.003 0.019 0.136 0.055 0.029 0.046 41 H 0.001 0.007 0.818 0.002 0.011 0.007 0.001 0.001 0.003 0.079 0.032 0.019 0.022 42 P 0.001 0.002 0.032 0.001 0.008 0.008 0.001 0.001 0.001 0.044 0.901 0.001 0.003 43 G 0.001 0.001 0.031 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.066 0.891 0.001 0.001 44 D 0.001 0.005 0.571 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.379 0.024 0.006 0.003 45 P 0.018 0.042 0.464 0.017 0.021 0.011 0.002 0.001 0.007 0.123 0.125 0.016 0.153 46 V 0.121 0.048 0.145 0.054 0.075 0.014 0.026 0.013 0.016 0.060 0.100 0.169 0.160 47 F 0.267 0.014 0.065 0.023 0.037 0.014 0.069 0.019 0.023 0.024 0.015 0.178 0.253 48 V 0.256 0.025 0.051 0.023 0.023 0.017 0.087 0.026 0.026 0.032 0.013 0.229 0.190 49 S 0.131 0.014 0.205 0.035 0.021 0.015 0.012 0.013 0.061 0.026 0.060 0.118 0.290 50 L 0.044 0.012 0.323 0.023 0.010 0.006 0.002 0.002 0.024 0.098 0.092 0.287 0.078 51 D 0.003 0.002 0.044 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.083 0.814 0.010 0.019 52 G 0.002 0.003 0.117 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.347 0.495 0.009 0.007 53 K 0.008 0.024 0.501 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.011 0.139 0.012 0.257 0.039 54 V 0.012 0.056 0.107 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.012 0.012 0.003 0.014 0.774 55 I 0.013 0.027 0.157 0.043 0.005 0.002 0.005 0.001 0.022 0.024 0.004 0.663 0.035 56 P 0.013 0.012 0.231 0.009 0.013 0.005 0.005 0.001 0.036 0.026 0.039 0.022 0.587 57 L 0.021 0.036 0.394 0.024 0.039 0.017 0.013 0.004 0.029 0.065 0.169 0.121 0.067 58 G 0.002 0.015 0.244 0.016 0.034 0.020 0.002 0.001 0.017 0.147 0.450 0.019 0.032 59 G 0.001 0.006 0.172 0.007 0.038 0.009 0.001 0.001 0.004 0.310 0.441 0.008 0.004 60 D 0.001 0.012 0.511 0.007 0.021 0.009 0.001 0.001 0.005 0.195 0.211 0.014 0.014 61 C 0.005 0.036 0.547 0.011 0.014 0.004 0.006 0.002 0.015 0.145 0.051 0.044 0.119 62 T 0.023 0.050 0.304 0.018 0.006 0.008 0.031 0.021 0.072 0.126 0.015 0.124 0.202 63 V 0.084 0.039 0.152 0.075 0.006 0.017 0.061 0.028 0.096 0.062 0.020 0.111 0.251 64 Y 0.077 0.005 0.191 0.251 0.003 0.011 0.024 0.018 0.055 0.048 0.009 0.239 0.069 65 P 0.089 0.004 0.244 0.048 0.004 0.013 0.036 0.068 0.165 0.025 0.012 0.033 0.259 66 V 0.243 0.004 0.049 0.006 0.003 0.032 0.172 0.177 0.098 0.008 0.010 0.123 0.074 67 F 0.229 0.009 0.049 0.003 0.005 0.070 0.152 0.275 0.081 0.007 0.007 0.033 0.079 68 V 0.180 0.004 0.040 0.008 0.011 0.274 0.128 0.143 0.100 0.010 0.017 0.033 0.050 69 N 0.025 0.006 0.171 0.067 0.020 0.360 0.020 0.020 0.050 0.106 0.058 0.070 0.027 70 E 0.027 0.003 0.257 0.005 0.013 0.408 0.005 0.001 0.019 0.092 0.037 0.010 0.123 71 A 0.005 0.002 0.023 0.001 0.011 0.893 0.001 0.001 0.001 0.014 0.037 0.004 0.006 72 A 0.003 0.001 0.011 0.001 0.013 0.916 0.001 0.001 0.001 0.006 0.038 0.004 0.004 73 Y 0.003 0.001 0.017 0.001 0.020 0.909 0.001 0.001 0.002 0.006 0.031 0.004 0.004 74 Y 0.005 0.007 0.033 0.005 0.028 0.852 0.001 0.001 0.001 0.013 0.045 0.002 0.007 75 E 0.002 0.002 0.032 0.001 0.029 0.784 0.001 0.001 0.001 0.018 0.116 0.009 0.007 76 K 0.001 0.001 0.030 0.002 0.032 0.442 0.001 0.001 0.001 0.035 0.452 0.002 0.004 77 K 0.005 0.003 0.106 0.003 0.023 0.284 0.001 0.001 0.001 0.087 0.470 0.012 0.005 78 E 0.004 0.011 0.354 0.002 0.047 0.312 0.001 0.001 0.007 0.084 0.135 0.007 0.035 79 A 0.011 0.017 0.245 0.014 0.045 0.375 0.002 0.001 0.009 0.089 0.089 0.075 0.028 80 F 0.039 0.005 0.227 0.021 0.046 0.307 0.006 0.008 0.020 0.062 0.063 0.056 0.138 81 A 0.091 0.008 0.137 0.021 0.027 0.212 0.018 0.017 0.030 0.019 0.029 0.197 0.194 82 K 0.123 0.009 0.091 0.042 0.019 0.179 0.024 0.025 0.044 0.026 0.032 0.152 0.233 83 T 0.140 0.009 0.111 0.067 0.013 0.115 0.012 0.011 0.023 0.031 0.022 0.228 0.218 84 T 0.074 0.004 0.131 0.131 0.009 0.085 0.006 0.008 0.023 0.060 0.029 0.210 0.231 85 K 0.058 0.008 0.198 0.056 0.008 0.081 0.007 0.009 0.032 0.054 0.033 0.099 0.357 86 L 0.033 0.009 0.207 0.018 0.006 0.087 0.013 0.020 0.073 0.054 0.034 0.346 0.100 87 T 0.029 0.023 0.320 0.021 0.010 0.089 0.017 0.014 0.093 0.064 0.056 0.034 0.230 88 L 0.016 0.019 0.382 0.009 0.007 0.056 0.012 0.012 0.082 0.071 0.022 0.265 0.047 89 N 0.004 0.025 0.511 0.003 0.009 0.068 0.007 0.008 0.102 0.056 0.030 0.017 0.159 90 A 0.001 0.015 0.469 0.005 0.048 0.259 0.002 0.002 0.046 0.069 0.037 0.018 0.027 91 K 0.001 0.006 0.185 0.021 0.116 0.501 0.001 0.002 0.013 0.071 0.066 0.005 0.013 92 S 0.003 0.006 0.147 0.005 0.180 0.483 0.001 0.002 0.009 0.079 0.057 0.022 0.009 93 I 0.003 0.012 0.101 0.002 0.107 0.624 0.001 0.003 0.013 0.024 0.058 0.003 0.050 94 R 0.002 0.017 0.115 0.004 0.097 0.630 0.001 0.002 0.008 0.021 0.080 0.015 0.007 95 S 0.001 0.003 0.085 0.002 0.167 0.576 0.001 0.002 0.003 0.039 0.106 0.005 0.011 96 T 0.001 0.007 0.121 0.002 0.124 0.495 0.001 0.001 0.002 0.071 0.163 0.005 0.007 97 L 0.001 0.027 0.281 0.001 0.072 0.347 0.001 0.001 0.012 0.099 0.141 0.003 0.014 98 H 0.001 0.015 0.628 0.001 0.030 0.127 0.001 0.001 0.004 0.126 0.057 0.006 0.006