# TARGET T0289 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.0665 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.030 0.005 0.002 0.007 0.008 0.012 0.012 0.002 0.001 0.001 0.922 2 P 0.012 0.001 0.001 0.005 0.003 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.968 3 C 0.051 0.003 0.002 0.051 0.039 0.057 0.094 0.001 0.001 0.003 0.700 4 A 0.098 0.004 0.002 0.050 0.020 0.036 0.063 0.001 0.001 0.004 0.722 5 I 0.044 0.012 0.003 0.284 0.087 0.163 0.081 0.001 0.001 0.003 0.322 6 D 0.017 0.008 0.001 0.345 0.121 0.163 0.121 0.001 0.001 0.002 0.222 7 V 0.016 0.019 0.002 0.321 0.106 0.157 0.050 0.001 0.001 0.003 0.326 8 Y 0.007 0.022 0.001 0.302 0.197 0.343 0.037 0.001 0.001 0.002 0.089 9 K 0.015 0.031 0.001 0.169 0.150 0.282 0.066 0.001 0.001 0.004 0.281 10 I 0.031 0.044 0.002 0.131 0.191 0.277 0.040 0.003 0.001 0.004 0.276 11 M 0.022 0.039 0.003 0.075 0.149 0.342 0.057 0.003 0.001 0.006 0.303 12 E 0.044 0.041 0.004 0.067 0.126 0.195 0.084 0.005 0.001 0.007 0.426 13 K 0.138 0.035 0.010 0.037 0.066 0.096 0.069 0.008 0.001 0.009 0.532 14 V 0.104 0.045 0.018 0.064 0.097 0.154 0.079 0.007 0.001 0.007 0.427 15 D 0.040 0.019 0.011 0.050 0.075 0.146 0.083 0.004 0.001 0.006 0.566 16 Y 0.056 0.011 0.014 0.050 0.099 0.154 0.083 0.002 0.001 0.004 0.527 17 P 0.003 0.001 0.001 0.004 0.009 0.010 0.008 0.001 0.001 0.001 0.965 18 R 0.023 0.002 0.001 0.037 0.085 0.195 0.175 0.001 0.001 0.006 0.476 19 N 0.115 0.008 0.001 0.036 0.056 0.088 0.149 0.001 0.001 0.012 0.534 20 E 0.085 0.028 0.001 0.026 0.037 0.039 0.131 0.002 0.001 0.008 0.642 21 S 0.106 0.013 0.001 0.011 0.016 0.021 0.359 0.002 0.001 0.024 0.447 22 G 0.484 0.015 0.007 0.014 0.008 0.010 0.156 0.004 0.001 0.049 0.251 23 D 0.186 0.018 0.040 0.018 0.022 0.020 0.321 0.002 0.001 0.026 0.346 24 V 0.021 0.007 0.022 0.039 0.064 0.078 0.189 0.001 0.001 0.008 0.571 25 A 0.014 0.008 0.002 0.161 0.174 0.316 0.110 0.001 0.001 0.003 0.211 26 A 0.017 0.015 0.001 0.155 0.211 0.307 0.065 0.001 0.001 0.003 0.226 27 V 0.016 0.022 0.001 0.132 0.194 0.376 0.062 0.001 0.001 0.003 0.193 28 I 0.041 0.037 0.005 0.247 0.128 0.274 0.055 0.003 0.001 0.005 0.205 29 H 0.027 0.023 0.004 0.231 0.174 0.277 0.077 0.003 0.001 0.004 0.180 30 P 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.965 31 N 0.014 0.002 0.001 0.046 0.029 0.071 0.228 0.001 0.001 0.005 0.604 32 L 0.523 0.011 0.004 0.023 0.016 0.025 0.048 0.002 0.001 0.016 0.332 33 Q 0.122 0.102 0.002 0.046 0.048 0.050 0.180 0.004 0.001 0.005 0.440 34 D 0.115 0.041 0.003 0.035 0.022 0.038 0.100 0.002 0.001 0.006 0.638 35 Q 0.117 0.070 0.004 0.043 0.021 0.034 0.124 0.003 0.001 0.007 0.576 36 D 0.085 0.021 0.002 0.014 0.020 0.023 0.423 0.008 0.001 0.016 0.389 37 W 0.275 0.056 0.051 0.059 0.020 0.037 0.125 0.004 0.001 0.017 0.354 38 K 0.087 0.044 0.006 0.087 0.057 0.055 0.281 0.004 0.001 0.003 0.376 39 P 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.987 40 L 0.044 0.007 0.002 0.074 0.025 0.088 0.120 0.001 0.001 0.003 0.636 41 H 0.351 0.007 0.002 0.011 0.007 0.011 0.067 0.001 0.001 0.003 0.539 42 P 0.009 0.002 0.001 0.005 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.977 43 G 0.051 0.002 0.001 0.017 0.007 0.018 0.172 0.001 0.001 0.007 0.724 44 D 0.585 0.005 0.005 0.026 0.004 0.008 0.063 0.001 0.001 0.010 0.294 45 P 0.008 0.003 0.002 0.013 0.003 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.956 46 V 0.029 0.005 0.001 0.100 0.072 0.135 0.290 0.001 0.001 0.007 0.359 47 F 0.187 0.029 0.001 0.140 0.122 0.203 0.074 0.001 0.001 0.008 0.236 48 V 0.041 0.082 0.002 0.215 0.235 0.261 0.031 0.003 0.001 0.002 0.130 49 S 0.032 0.036 0.002 0.078 0.278 0.311 0.050 0.002 0.001 0.003 0.206 50 L 0.025 0.023 0.002 0.104 0.199 0.218 0.075 0.004 0.001 0.005 0.345 51 D 0.025 0.012 0.002 0.053 0.058 0.099 0.291 0.004 0.001 0.013 0.442 52 G 0.268 0.006 0.010 0.039 0.032 0.037 0.216 0.006 0.001 0.118 0.268 53 K 0.319 0.007 0.028 0.050 0.036 0.026 0.330 0.003 0.001 0.040 0.162 54 V 0.053 0.004 0.038 0.076 0.041 0.062 0.192 0.001 0.001 0.015 0.518 55 I 0.010 0.001 0.003 0.167 0.301 0.317 0.093 0.001 0.001 0.002 0.107 56 P 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.016 0.009 0.001 0.001 0.001 0.958 57 L 0.002 0.001 0.001 0.056 0.176 0.486 0.066 0.001 0.001 0.002 0.212 58 G 0.023 0.001 0.001 0.020 0.036 0.095 0.107 0.001 0.001 0.007 0.710 59 G 0.061 0.004 0.001 0.036 0.081 0.089 0.137 0.001 0.001 0.013 0.578 60 D 0.073 0.003 0.002 0.040 0.025 0.040 0.154 0.001 0.001 0.013 0.650 61 C 0.057 0.006 0.002 0.061 0.067 0.078 0.150 0.001 0.001 0.009 0.570 62 T 0.061 0.011 0.004 0.062 0.097 0.168 0.136 0.001 0.001 0.010 0.452 63 V 0.039 0.015 0.007 0.045 0.115 0.225 0.068 0.001 0.001 0.007 0.478 64 Y 0.021 0.011 0.003 0.113 0.196 0.357 0.067 0.001 0.001 0.004 0.227 65 P 0.005 0.002 0.002 0.022 0.026 0.050 0.014 0.001 0.001 0.001 0.878 66 V 0.010 0.008 0.001 0.205 0.205 0.308 0.056 0.001 0.001 0.003 0.204 67 F 0.026 0.029 0.002 0.176 0.131 0.272 0.067 0.001 0.001 0.004 0.292 68 V 0.011 0.082 0.001 0.247 0.161 0.368 0.042 0.001 0.001 0.002 0.087 69 N 0.021 0.148 0.002 0.094 0.079 0.174 0.102 0.002 0.001 0.004 0.372 70 E 0.055 0.269 0.004 0.036 0.038 0.075 0.159 0.004 0.001 0.010 0.351 71 A 0.079 0.388 0.013 0.028 0.048 0.083 0.166 0.011 0.001 0.014 0.170 72 A 0.072 0.564 0.017 0.027 0.040 0.041 0.080 0.009 0.001 0.007 0.143 73 Y 0.058 0.632 0.014 0.011 0.020 0.022 0.049 0.006 0.001 0.004 0.184 74 Y 0.060 0.633 0.017 0.008 0.014 0.024 0.035 0.004 0.001 0.002 0.203 75 E 0.018 0.591 0.008 0.012 0.015 0.031 0.041 0.006 0.001 0.002 0.277 76 K 0.032 0.550 0.005 0.011 0.015 0.034 0.054 0.016 0.001 0.007 0.274 77 K 0.073 0.689 0.009 0.006 0.005 0.013 0.036 0.010 0.001 0.004 0.156 78 E 0.043 0.778 0.003 0.006 0.007 0.007 0.013 0.013 0.001 0.001 0.129 79 A 0.023 0.885 0.004 0.005 0.007 0.008 0.005 0.004 0.001 0.001 0.058 80 F 0.014 0.904 0.003 0.004 0.007 0.016 0.005 0.004 0.001 0.001 0.042 81 A 0.025 0.894 0.002 0.005 0.008 0.012 0.004 0.008 0.001 0.001 0.042 82 K 0.055 0.830 0.006 0.006 0.008 0.012 0.006 0.012 0.001 0.001 0.064 83 T 0.065 0.677 0.032 0.011 0.023 0.038 0.021 0.018 0.001 0.002 0.112 84 T 0.046 0.494 0.030 0.048 0.064 0.086 0.027 0.026 0.001 0.003 0.177 85 K 0.070 0.264 0.022 0.041 0.042 0.082 0.053 0.027 0.001 0.008 0.392 86 L 0.152 0.239 0.042 0.063 0.094 0.100 0.058 0.022 0.001 0.006 0.224 87 T 0.122 0.243 0.020 0.076 0.052 0.074 0.058 0.020 0.001 0.005 0.329 88 L 0.061 0.146 0.038 0.135 0.106 0.144 0.064 0.011 0.001 0.005 0.290 89 N 0.059 0.060 0.011 0.067 0.073 0.118 0.136 0.007 0.001 0.005 0.464 90 A 0.035 0.023 0.016 0.044 0.022 0.044 0.061 0.002 0.001 0.004 0.749 91 K 0.016 0.018 0.003 0.027 0.016 0.034 0.180 0.001 0.001 0.006 0.700 92 S 0.085 0.025 0.003 0.011 0.013 0.016 0.268 0.002 0.001 0.016 0.561 93 I 0.149 0.174 0.003 0.017 0.016 0.025 0.210 0.004 0.001 0.011 0.392 94 R 0.116 0.339 0.004 0.021 0.028 0.042 0.126 0.006 0.001 0.012 0.305 95 S 0.108 0.471 0.005 0.005 0.010 0.018 0.071 0.004 0.001 0.005 0.303 96 T 0.132 0.514 0.004 0.005 0.015 0.022 0.033 0.015 0.001 0.003 0.259 97 L 0.219 0.443 0.012 0.006 0.017 0.017 0.033 0.019 0.001 0.005 0.229 98 H 0.123 0.323 0.031 0.010 0.024 0.040 0.083 0.016 0.001 0.008 0.342