# TARGET T0289 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.0665 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.037 0.002 0.691 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.003 0.001 0.250 2 P 0.143 0.007 0.664 0.015 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.131 3 C 0.091 0.220 0.210 0.090 0.177 0.025 0.109 0.050 0.016 0.011 0.001 4 A 0.089 0.360 0.198 0.087 0.111 0.056 0.060 0.008 0.024 0.006 0.001 5 I 0.011 0.747 0.138 0.011 0.057 0.012 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 6 D 0.024 0.527 0.320 0.007 0.037 0.067 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 7 V 0.030 0.826 0.067 0.009 0.035 0.018 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 8 Y 0.039 0.721 0.080 0.009 0.097 0.020 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 9 K 0.046 0.638 0.187 0.006 0.050 0.038 0.005 0.001 0.029 0.001 0.001 10 I 0.110 0.393 0.313 0.015 0.014 0.112 0.004 0.001 0.038 0.001 0.001 11 M 0.413 0.214 0.146 0.141 0.023 0.034 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 12 E 0.204 0.293 0.103 0.081 0.248 0.010 0.037 0.008 0.010 0.005 0.001 13 K 0.078 0.596 0.152 0.062 0.075 0.014 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 14 V 0.036 0.698 0.152 0.022 0.036 0.022 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 15 D 0.112 0.193 0.244 0.097 0.009 0.239 0.024 0.001 0.078 0.001 0.002 16 Y 0.018 0.342 0.221 0.007 0.053 0.031 0.017 0.001 0.310 0.001 0.001 17 P 0.051 0.013 0.800 0.007 0.001 0.028 0.001 0.001 0.002 0.001 0.098 18 R 0.072 0.245 0.508 0.062 0.040 0.051 0.005 0.003 0.011 0.002 0.001 19 N 0.013 0.140 0.574 0.015 0.087 0.107 0.008 0.003 0.045 0.007 0.001 20 E 0.758 0.034 0.042 0.133 0.006 0.011 0.005 0.003 0.007 0.001 0.001 21 S 0.163 0.025 0.097 0.659 0.006 0.008 0.027 0.003 0.010 0.001 0.001 22 G 0.016 0.003 0.044 0.016 0.047 0.001 0.030 0.643 0.001 0.200 0.001 23 D 0.058 0.098 0.660 0.048 0.021 0.064 0.022 0.002 0.018 0.002 0.005 24 V 0.056 0.314 0.555 0.012 0.010 0.036 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 25 A 0.167 0.472 0.154 0.100 0.051 0.023 0.005 0.001 0.025 0.001 0.001 26 A 0.023 0.528 0.257 0.008 0.159 0.013 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 27 V 0.016 0.761 0.113 0.006 0.057 0.023 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 28 I 0.019 0.675 0.201 0.011 0.029 0.037 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 29 H 0.007 0.193 0.348 0.001 0.022 0.074 0.004 0.001 0.349 0.002 0.001 30 P 0.933 0.001 0.038 0.012 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 31 N 0.691 0.017 0.036 0.169 0.010 0.023 0.033 0.010 0.010 0.001 0.001 32 L 0.630 0.025 0.038 0.270 0.004 0.015 0.006 0.002 0.010 0.001 0.001 33 Q 0.477 0.089 0.170 0.141 0.016 0.042 0.039 0.004 0.019 0.004 0.001 34 D 0.559 0.046 0.127 0.128 0.018 0.052 0.045 0.009 0.012 0.003 0.001 35 Q 0.654 0.084 0.051 0.158 0.019 0.011 0.010 0.005 0.007 0.001 0.001 36 D 0.248 0.055 0.068 0.512 0.011 0.034 0.049 0.003 0.019 0.001 0.001 37 W 0.340 0.080 0.152 0.206 0.021 0.029 0.112 0.030 0.024 0.005 0.001 38 K 0.143 0.296 0.408 0.004 0.045 0.008 0.011 0.001 0.078 0.006 0.001 39 P 0.224 0.004 0.681 0.007 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 40 L 0.225 0.127 0.487 0.085 0.014 0.047 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 41 H 0.028 0.335 0.391 0.002 0.048 0.012 0.008 0.001 0.172 0.004 0.001 42 P 0.162 0.001 0.788 0.010 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 43 G 0.034 0.002 0.015 0.060 0.006 0.001 0.018 0.844 0.001 0.018 0.001 44 D 0.002 0.121 0.710 0.001 0.006 0.031 0.004 0.001 0.125 0.001 0.001 45 P 0.041 0.013 0.851 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 46 V 0.054 0.597 0.224 0.032 0.058 0.019 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 47 F 0.013 0.664 0.162 0.006 0.076 0.045 0.002 0.001 0.030 0.001 0.001 48 V 0.016 0.744 0.127 0.027 0.032 0.031 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 49 S 0.017 0.412 0.407 0.013 0.086 0.043 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 50 L 0.140 0.494 0.118 0.061 0.035 0.051 0.009 0.002 0.086 0.002 0.001 51 D 0.022 0.041 0.156 0.145 0.011 0.028 0.520 0.004 0.061 0.011 0.001 52 G 0.002 0.001 0.010 0.004 0.017 0.001 0.047 0.870 0.001 0.049 0.001 53 K 0.025 0.424 0.460 0.027 0.030 0.020 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 54 V 0.006 0.345 0.594 0.003 0.004 0.034 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 55 I 0.007 0.712 0.149 0.003 0.021 0.030 0.002 0.001 0.076 0.001 0.001 56 P 0.005 0.033 0.924 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 57 L 0.094 0.367 0.279 0.093 0.055 0.043 0.015 0.004 0.046 0.002 0.001 58 G 0.051 0.044 0.196 0.056 0.140 0.007 0.092 0.213 0.009 0.193 0.001 59 G 0.053 0.020 0.145 0.023 0.130 0.002 0.011 0.115 0.001 0.500 0.001 60 D 0.280 0.063 0.240 0.303 0.041 0.024 0.019 0.011 0.005 0.008 0.004 61 C 0.102 0.225 0.355 0.069 0.145 0.019 0.028 0.018 0.024 0.014 0.001 62 T 0.341 0.166 0.323 0.069 0.041 0.035 0.005 0.004 0.007 0.006 0.003 63 V 0.312 0.388 0.153 0.079 0.026 0.019 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 64 Y 0.122 0.377 0.265 0.004 0.030 0.027 0.008 0.001 0.166 0.001 0.001 65 P 0.518 0.009 0.387 0.005 0.001 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 66 V 0.799 0.084 0.052 0.023 0.012 0.014 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 67 F 0.855 0.053 0.040 0.019 0.008 0.015 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 68 V 0.878 0.034 0.025 0.029 0.002 0.022 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 69 N 0.907 0.015 0.016 0.034 0.003 0.014 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 70 E 0.945 0.018 0.010 0.015 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 71 A 0.977 0.006 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 A 0.973 0.003 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 Y 0.948 0.004 0.003 0.038 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 74 Y 0.949 0.005 0.004 0.035 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 75 E 0.947 0.007 0.009 0.030 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 76 K 0.885 0.006 0.017 0.080 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 77 K 0.842 0.010 0.016 0.048 0.005 0.005 0.048 0.021 0.003 0.002 0.001 78 E 0.877 0.043 0.037 0.027 0.007 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 79 A 0.925 0.020 0.028 0.018 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 F 0.880 0.036 0.016 0.045 0.006 0.007 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 81 A 0.895 0.036 0.029 0.024 0.005 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 82 K 0.803 0.031 0.031 0.098 0.008 0.013 0.010 0.002 0.004 0.001 0.001 83 T 0.599 0.097 0.116 0.117 0.029 0.013 0.013 0.005 0.009 0.001 0.001 84 T 0.427 0.284 0.124 0.090 0.029 0.019 0.011 0.002 0.014 0.001 0.001 85 K 0.313 0.240 0.317 0.026 0.016 0.043 0.009 0.002 0.032 0.001 0.001 86 L 0.359 0.304 0.179 0.069 0.022 0.029 0.007 0.001 0.029 0.001 0.001 87 T 0.292 0.232 0.313 0.067 0.012 0.049 0.008 0.001 0.025 0.001 0.002 88 L 0.106 0.422 0.311 0.047 0.042 0.044 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 89 N 0.037 0.102 0.416 0.029 0.019 0.290 0.014 0.001 0.088 0.003 0.001 90 A 0.810 0.031 0.050 0.075 0.007 0.011 0.005 0.002 0.007 0.001 0.001 91 K 0.901 0.006 0.022 0.059 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 92 S 0.784 0.023 0.033 0.103 0.020 0.004 0.015 0.009 0.005 0.003 0.001 93 I 0.816 0.037 0.052 0.066 0.006 0.010 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 94 R 0.801 0.050 0.060 0.059 0.006 0.012 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 95 S 0.793 0.038 0.063 0.065 0.017 0.007 0.009 0.002 0.004 0.002 0.001 96 T 0.672 0.052 0.082 0.147 0.012 0.012 0.009 0.002 0.012 0.001 0.001 97 L 0.467 0.092 0.174 0.195 0.009 0.030 0.010 0.002 0.019 0.001 0.001 98 H 0.407 0.136 0.180 0.117 0.045 0.024 0.034 0.014 0.018 0.025 0.001