# TARGET T0289 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.0665 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.027 0.430 0.332 0.029 0.109 0.009 0.015 0.024 0.009 0.007 0.009 2 P 0.099 0.223 0.072 0.016 0.160 0.024 0.044 0.097 0.126 0.074 0.063 3 C 0.045 0.154 0.077 0.027 0.113 0.040 0.072 0.175 0.158 0.111 0.028 4 A 0.218 0.099 0.027 0.006 0.324 0.010 0.032 0.101 0.065 0.071 0.046 5 I 0.215 0.194 0.022 0.004 0.421 0.007 0.008 0.044 0.018 0.023 0.042 6 D 0.305 0.096 0.017 0.003 0.466 0.002 0.006 0.036 0.008 0.015 0.046 7 V 0.301 0.089 0.010 0.009 0.366 0.013 0.011 0.095 0.030 0.031 0.045 8 Y 0.127 0.176 0.018 0.013 0.440 0.014 0.024 0.127 0.028 0.011 0.021 9 K 0.236 0.123 0.036 0.005 0.336 0.007 0.026 0.153 0.020 0.017 0.040 10 I 0.135 0.120 0.031 0.024 0.190 0.021 0.065 0.216 0.061 0.087 0.050 11 M 0.161 0.153 0.042 0.030 0.213 0.034 0.032 0.116 0.109 0.050 0.061 12 E 0.017 0.106 0.046 0.030 0.061 0.056 0.097 0.400 0.144 0.033 0.010 13 K 0.153 0.101 0.023 0.003 0.222 0.003 0.018 0.114 0.079 0.222 0.062 14 V 0.193 0.192 0.049 0.005 0.457 0.005 0.009 0.020 0.015 0.017 0.038 15 D 0.265 0.054 0.021 0.010 0.270 0.011 0.048 0.038 0.050 0.082 0.152 16 Y 0.063 0.412 0.268 0.004 0.215 0.001 0.002 0.012 0.005 0.007 0.012 17 P 0.059 0.519 0.059 0.001 0.315 0.002 0.006 0.015 0.005 0.010 0.010 18 R 0.047 0.334 0.064 0.005 0.390 0.011 0.019 0.044 0.026 0.043 0.017 19 N 0.055 0.104 0.606 0.018 0.076 0.005 0.012 0.068 0.024 0.011 0.021 20 E 0.005 0.006 0.011 0.017 0.003 0.029 0.164 0.620 0.122 0.020 0.004 21 S 0.001 0.739 0.200 0.032 0.012 0.003 0.007 0.003 0.001 0.002 0.001 22 G 0.012 0.095 0.209 0.165 0.012 0.014 0.002 0.002 0.003 0.265 0.223 23 D 0.173 0.285 0.069 0.006 0.344 0.006 0.012 0.019 0.007 0.018 0.060 24 V 0.447 0.054 0.007 0.003 0.355 0.003 0.002 0.010 0.017 0.031 0.074 25 A 0.201 0.108 0.023 0.061 0.377 0.058 0.073 0.033 0.021 0.024 0.022 26 A 0.196 0.142 0.017 0.008 0.581 0.006 0.006 0.011 0.004 0.008 0.020 27 V 0.211 0.139 0.012 0.001 0.585 0.001 0.004 0.008 0.002 0.005 0.031 28 I 0.147 0.231 0.093 0.013 0.323 0.009 0.011 0.014 0.008 0.048 0.103 29 H 0.148 0.301 0.081 0.003 0.423 0.001 0.002 0.005 0.003 0.004 0.030 30 P 0.005 0.030 0.009 0.003 0.015 0.010 0.016 0.266 0.617 0.026 0.004 31 N 0.029 0.029 0.015 0.005 0.035 0.007 0.086 0.287 0.215 0.258 0.035 32 L 0.059 0.039 0.009 0.006 0.044 0.012 0.049 0.211 0.192 0.346 0.033 33 Q 0.039 0.186 0.068 0.023 0.127 0.037 0.064 0.215 0.115 0.095 0.031 34 D 0.024 0.119 0.140 0.034 0.064 0.021 0.041 0.230 0.222 0.082 0.022 35 Q 0.026 0.057 0.067 0.016 0.044 0.021 0.075 0.382 0.193 0.097 0.021 36 D 0.058 0.242 0.060 0.012 0.187 0.007 0.033 0.175 0.073 0.116 0.037 37 W 0.112 0.048 0.017 0.007 0.083 0.008 0.016 0.115 0.137 0.326 0.131 38 K 0.012 0.418 0.268 0.014 0.106 0.007 0.020 0.100 0.040 0.012 0.004 39 P 0.124 0.193 0.089 0.006 0.249 0.007 0.040 0.148 0.061 0.050 0.033 40 L 0.075 0.243 0.082 0.019 0.157 0.023 0.077 0.099 0.085 0.091 0.048 41 H 0.037 0.246 0.452 0.036 0.147 0.010 0.005 0.018 0.017 0.014 0.017 42 P 0.001 0.019 0.017 0.028 0.005 0.144 0.481 0.227 0.071 0.006 0.001 43 G 0.006 0.009 0.015 0.022 0.006 0.006 0.008 0.010 0.048 0.819 0.049 44 D 0.144 0.288 0.070 0.003 0.431 0.002 0.007 0.007 0.008 0.015 0.025 45 P 0.168 0.142 0.032 0.004 0.403 0.004 0.011 0.044 0.087 0.043 0.061 46 V 0.191 0.158 0.035 0.009 0.359 0.015 0.045 0.060 0.053 0.036 0.039 47 F 0.263 0.116 0.019 0.002 0.451 0.003 0.011 0.021 0.018 0.050 0.046 48 V 0.119 0.281 0.035 0.003 0.457 0.007 0.010 0.032 0.013 0.018 0.026 49 S 0.284 0.167 0.099 0.003 0.325 0.002 0.006 0.017 0.009 0.025 0.063 50 L 0.081 0.059 0.064 0.139 0.079 0.177 0.075 0.142 0.081 0.057 0.045 51 D 0.004 0.100 0.128 0.454 0.017 0.084 0.128 0.042 0.021 0.017 0.005 52 G 0.017 0.021 0.049 0.064 0.015 0.012 0.003 0.011 0.038 0.642 0.128 53 K 0.046 0.411 0.100 0.004 0.334 0.003 0.012 0.026 0.030 0.025 0.011 54 V 0.261 0.129 0.025 0.001 0.514 0.001 0.005 0.004 0.006 0.010 0.045 55 I 0.101 0.404 0.087 0.005 0.376 0.003 0.005 0.004 0.002 0.003 0.011 56 P 0.285 0.142 0.065 0.006 0.400 0.004 0.005 0.007 0.004 0.015 0.066 57 L 0.100 0.066 0.063 0.165 0.092 0.229 0.087 0.059 0.043 0.047 0.048 58 G 0.012 0.024 0.057 0.414 0.013 0.130 0.100 0.045 0.049 0.131 0.025 59 G 0.010 0.063 0.170 0.370 0.025 0.057 0.012 0.027 0.046 0.198 0.020 60 D 0.057 0.099 0.040 0.028 0.106 0.030 0.078 0.179 0.214 0.136 0.033 61 C 0.096 0.108 0.060 0.013 0.178 0.039 0.050 0.118 0.120 0.121 0.096 62 T 0.160 0.179 0.062 0.008 0.323 0.007 0.023 0.086 0.057 0.052 0.042 63 V 0.200 0.145 0.101 0.010 0.273 0.007 0.022 0.076 0.061 0.061 0.043 64 Y 0.045 0.395 0.154 0.013 0.217 0.007 0.017 0.123 0.018 0.003 0.006 65 P 0.298 0.104 0.007 0.002 0.398 0.004 0.018 0.100 0.013 0.007 0.048 66 V 0.229 0.059 0.006 0.013 0.446 0.042 0.070 0.103 0.011 0.004 0.018 67 F 0.203 0.086 0.005 0.008 0.567 0.013 0.012 0.085 0.008 0.003 0.011 68 V 0.176 0.102 0.005 0.008 0.371 0.019 0.025 0.242 0.017 0.008 0.026 69 N 0.137 0.039 0.005 0.009 0.135 0.014 0.041 0.301 0.033 0.175 0.110 70 E 0.151 0.076 0.017 0.006 0.153 0.013 0.042 0.296 0.059 0.084 0.103 71 A 0.044 0.078 0.023 0.015 0.078 0.018 0.028 0.522 0.130 0.043 0.019 72 A 0.048 0.041 0.012 0.007 0.057 0.009 0.026 0.659 0.096 0.027 0.019 73 Y 0.026 0.026 0.006 0.005 0.041 0.012 0.051 0.720 0.083 0.017 0.012 74 Y 0.028 0.037 0.014 0.005 0.035 0.008 0.034 0.731 0.075 0.021 0.011 75 E 0.043 0.020 0.014 0.007 0.026 0.011 0.026 0.684 0.104 0.043 0.022 76 K 0.013 0.047 0.011 0.012 0.028 0.022 0.036 0.719 0.097 0.010 0.005 77 K 0.012 0.015 0.005 0.013 0.013 0.039 0.118 0.555 0.124 0.087 0.019 78 E 0.028 0.043 0.023 0.013 0.051 0.013 0.071 0.510 0.126 0.108 0.015 79 A 0.084 0.055 0.014 0.006 0.089 0.012 0.020 0.540 0.091 0.056 0.032 80 F 0.042 0.064 0.014 0.012 0.100 0.011 0.020 0.509 0.165 0.044 0.020 81 A 0.062 0.039 0.016 0.008 0.075 0.021 0.074 0.599 0.074 0.016 0.016 82 K 0.040 0.045 0.023 0.015 0.072 0.018 0.103 0.367 0.126 0.167 0.024 83 T 0.202 0.133 0.029 0.007 0.270 0.011 0.031 0.144 0.050 0.069 0.054 84 T 0.081 0.249 0.061 0.020 0.243 0.024 0.050 0.128 0.057 0.060 0.026 85 K 0.253 0.119 0.032 0.007 0.365 0.009 0.025 0.050 0.029 0.049 0.062 86 L 0.141 0.232 0.034 0.004 0.519 0.005 0.011 0.023 0.007 0.006 0.017 87 T 0.239 0.117 0.013 0.002 0.491 0.003 0.011 0.029 0.013 0.023 0.058 88 L 0.103 0.352 0.067 0.010 0.350 0.014 0.019 0.032 0.011 0.015 0.027 89 N 0.291 0.137 0.044 0.004 0.323 0.002 0.005 0.013 0.008 0.048 0.125 90 A 0.053 0.196 0.064 0.017 0.141 0.010 0.010 0.254 0.175 0.055 0.024 91 K 0.004 0.018 0.009 0.009 0.010 0.037 0.089 0.584 0.208 0.027 0.004 92 S 0.036 0.049 0.026 0.007 0.051 0.004 0.030 0.536 0.128 0.113 0.022 93 I 0.026 0.030 0.011 0.004 0.033 0.007 0.015 0.596 0.174 0.088 0.016 94 R 0.023 0.031 0.010 0.007 0.040 0.011 0.023 0.591 0.201 0.047 0.018 95 S 0.020 0.046 0.014 0.006 0.043 0.011 0.042 0.632 0.149 0.029 0.009 96 T 0.025 0.035 0.016 0.006 0.045 0.008 0.060 0.532 0.129 0.128 0.014 97 L 0.089 0.062 0.018 0.006 0.088 0.008 0.028 0.403 0.146 0.108 0.044 98 H 0.042 0.092 0.037 0.024 0.077 0.037 0.071 0.361 0.142 0.090 0.028