# TARGET T0289 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.0665 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.743 0.190 0.047 0.015 0.003 0.001 0.001 2 P 0.718 0.186 0.064 0.025 0.007 0.001 0.001 3 C 0.528 0.248 0.137 0.068 0.017 0.002 0.001 4 A 0.532 0.299 0.116 0.041 0.010 0.002 0.001 5 I 0.141 0.161 0.239 0.255 0.159 0.043 0.003 6 D 0.196 0.244 0.242 0.193 0.093 0.030 0.002 7 V 0.121 0.113 0.143 0.209 0.248 0.150 0.014 8 Y 0.118 0.143 0.182 0.245 0.211 0.093 0.007 9 K 0.171 0.365 0.274 0.134 0.044 0.011 0.001 10 I 0.153 0.155 0.187 0.253 0.190 0.057 0.005 11 M 0.165 0.197 0.242 0.238 0.126 0.030 0.002 12 E 0.470 0.313 0.131 0.060 0.020 0.006 0.001 13 K 0.229 0.350 0.262 0.122 0.032 0.005 0.001 14 V 0.068 0.081 0.153 0.268 0.300 0.122 0.008 15 D 0.239 0.382 0.217 0.105 0.040 0.014 0.002 16 Y 0.099 0.153 0.201 0.262 0.203 0.074 0.008 17 P 0.210 0.237 0.221 0.205 0.102 0.023 0.001 18 R 0.279 0.353 0.228 0.110 0.026 0.003 0.001 19 N 0.697 0.215 0.064 0.019 0.004 0.001 0.001 20 E 0.778 0.165 0.043 0.012 0.002 0.001 0.001 21 S 0.846 0.118 0.027 0.008 0.002 0.001 0.001 22 G 0.562 0.240 0.126 0.059 0.012 0.001 0.001 23 D 0.498 0.326 0.127 0.039 0.009 0.001 0.001 24 V 0.188 0.179 0.218 0.240 0.139 0.033 0.002 25 A 0.173 0.253 0.250 0.184 0.101 0.037 0.003 26 A 0.206 0.138 0.129 0.184 0.206 0.120 0.016 27 V 0.183 0.189 0.207 0.231 0.129 0.053 0.008 28 I 0.131 0.127 0.149 0.212 0.191 0.159 0.030 29 H 0.221 0.208 0.184 0.175 0.123 0.071 0.019 30 P 0.400 0.297 0.158 0.085 0.038 0.019 0.004 31 N 0.403 0.269 0.159 0.098 0.047 0.020 0.005 32 L 0.158 0.141 0.158 0.208 0.196 0.124 0.014 33 Q 0.153 0.158 0.171 0.218 0.197 0.095 0.009 34 D 0.344 0.320 0.201 0.098 0.031 0.007 0.001 35 Q 0.375 0.241 0.192 0.128 0.050 0.013 0.001 36 D 0.314 0.208 0.168 0.151 0.112 0.044 0.003 37 W 0.172 0.154 0.224 0.252 0.156 0.041 0.002 38 K 0.514 0.316 0.114 0.041 0.012 0.002 0.001 39 P 0.368 0.301 0.178 0.108 0.037 0.007 0.001 40 L 0.117 0.120 0.170 0.306 0.226 0.058 0.002 41 H 0.417 0.330 0.167 0.068 0.016 0.003 0.001 42 P 0.657 0.242 0.071 0.023 0.005 0.001 0.001 43 G 0.498 0.257 0.138 0.074 0.026 0.006 0.001 44 D 0.169 0.254 0.261 0.200 0.088 0.026 0.002 45 P 0.074 0.126 0.187 0.242 0.223 0.130 0.019 46 V 0.033 0.067 0.114 0.202 0.284 0.253 0.046 47 F 0.016 0.036 0.074 0.175 0.300 0.329 0.069 48 V 0.055 0.125 0.174 0.241 0.225 0.154 0.026 49 S 0.077 0.173 0.243 0.260 0.170 0.069 0.008 50 L 0.114 0.152 0.215 0.248 0.187 0.075 0.009 51 D 0.485 0.309 0.131 0.051 0.016 0.006 0.001 52 G 0.286 0.224 0.205 0.171 0.089 0.023 0.002 53 K 0.366 0.296 0.182 0.098 0.041 0.014 0.002 54 V 0.158 0.230 0.235 0.200 0.127 0.047 0.004 55 I 0.075 0.082 0.141 0.265 0.295 0.133 0.010 56 P 0.188 0.358 0.263 0.137 0.044 0.010 0.001 57 L 0.149 0.200 0.235 0.254 0.133 0.028 0.001 58 G 0.522 0.285 0.126 0.051 0.014 0.002 0.001 59 G 0.516 0.281 0.131 0.056 0.013 0.002 0.001 60 D 0.619 0.230 0.096 0.042 0.012 0.002 0.001 61 C 0.280 0.291 0.236 0.140 0.046 0.006 0.001 62 T 0.237 0.315 0.248 0.140 0.047 0.011 0.001 63 V 0.045 0.096 0.169 0.281 0.274 0.123 0.012 64 Y 0.033 0.079 0.141 0.222 0.280 0.201 0.044 65 P 0.020 0.055 0.102 0.205 0.272 0.260 0.085 66 V 0.011 0.025 0.055 0.124 0.225 0.345 0.215 67 F 0.004 0.009 0.017 0.047 0.120 0.394 0.409 68 V 0.008 0.017 0.037 0.088 0.159 0.337 0.355 69 N 0.021 0.052 0.076 0.134 0.182 0.341 0.193 70 E 0.018 0.038 0.072 0.147 0.238 0.327 0.159 71 A 0.025 0.043 0.069 0.139 0.201 0.370 0.155 72 A 0.048 0.106 0.149 0.218 0.210 0.206 0.062 73 Y 0.119 0.147 0.158 0.216 0.203 0.137 0.021 74 Y 0.225 0.259 0.199 0.150 0.098 0.057 0.011 75 E 0.198 0.272 0.218 0.178 0.090 0.039 0.005 76 K 0.191 0.190 0.207 0.194 0.136 0.070 0.013 77 K 0.319 0.263 0.177 0.136 0.077 0.026 0.002 78 E 0.262 0.307 0.244 0.137 0.040 0.009 0.001 79 A 0.121 0.080 0.118 0.243 0.282 0.147 0.010 80 F 0.089 0.099 0.124 0.193 0.239 0.210 0.045 81 A 0.231 0.265 0.174 0.153 0.103 0.062 0.011 82 K 0.204 0.239 0.250 0.194 0.084 0.024 0.004 83 T 0.125 0.116 0.153 0.239 0.232 0.119 0.016 84 T 0.170 0.280 0.239 0.175 0.090 0.039 0.006 85 K 0.167 0.227 0.203 0.189 0.148 0.058 0.008 86 L 0.131 0.173 0.225 0.232 0.163 0.066 0.009 87 T 0.125 0.256 0.259 0.221 0.098 0.037 0.004 88 L 0.064 0.072 0.111 0.243 0.322 0.167 0.020 89 N 0.191 0.320 0.249 0.155 0.062 0.019 0.003 90 A 0.156 0.187 0.212 0.234 0.152 0.056 0.004 91 K 0.612 0.251 0.089 0.035 0.010 0.003 0.001 92 S 0.626 0.227 0.088 0.042 0.014 0.003 0.001 93 I 0.348 0.180 0.178 0.182 0.089 0.021 0.001 94 R 0.428 0.283 0.171 0.085 0.027 0.005 0.001 95 S 0.547 0.285 0.113 0.042 0.011 0.002 0.001 96 T 0.490 0.269 0.143 0.069 0.023 0.005 0.001 97 L 0.283 0.178 0.199 0.203 0.110 0.026 0.002 98 H 0.579 0.236 0.110 0.052 0.017 0.006 0.001