# TARGET T0289 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t1c2-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.0479 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.001 0.015 0.737 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.159 0.066 0.002 0.014 2 P 0.001 0.010 0.748 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.158 0.061 0.003 0.008 3 C 0.001 0.009 0.717 0.015 0.021 0.004 0.001 0.001 0.002 0.167 0.047 0.012 0.005 4 A 0.007 0.024 0.537 0.007 0.042 0.014 0.004 0.001 0.016 0.077 0.156 0.029 0.087 5 I 0.042 0.009 0.419 0.012 0.015 0.007 0.027 0.008 0.118 0.031 0.012 0.116 0.184 6 D 0.134 0.013 0.113 0.026 0.004 0.009 0.091 0.009 0.125 0.031 0.002 0.324 0.119 7 V 0.140 0.006 0.047 0.007 0.005 0.008 0.115 0.021 0.118 0.004 0.004 0.082 0.442 8 Y 0.127 0.005 0.047 0.242 0.008 0.016 0.109 0.067 0.120 0.009 0.006 0.122 0.121 9 K 0.086 0.004 0.052 0.023 0.009 0.012 0.028 0.046 0.148 0.022 0.006 0.398 0.166 10 I 0.086 0.005 0.124 0.049 0.018 0.027 0.013 0.010 0.055 0.037 0.031 0.042 0.503 11 M 0.036 0.017 0.217 0.248 0.051 0.045 0.008 0.013 0.041 0.100 0.052 0.102 0.070 12 E 0.032 0.010 0.196 0.036 0.061 0.046 0.007 0.015 0.042 0.123 0.106 0.195 0.131 13 K 0.033 0.011 0.258 0.040 0.053 0.028 0.006 0.011 0.021 0.081 0.134 0.046 0.279 14 V 0.042 0.033 0.340 0.011 0.019 0.025 0.011 0.005 0.029 0.120 0.044 0.234 0.086 15 D 0.015 0.029 0.382 0.008 0.011 0.008 0.004 0.001 0.021 0.098 0.024 0.068 0.332 16 Y 0.005 0.015 0.541 0.019 0.014 0.011 0.001 0.001 0.009 0.194 0.023 0.107 0.060 17 P 0.003 0.012 0.661 0.006 0.017 0.017 0.001 0.001 0.009 0.111 0.057 0.021 0.084 18 R 0.006 0.102 0.397 0.008 0.039 0.032 0.005 0.001 0.010 0.158 0.148 0.016 0.076 19 N 0.001 0.013 0.746 0.004 0.018 0.007 0.001 0.001 0.005 0.105 0.062 0.019 0.022 20 E 0.001 0.011 0.156 0.003 0.019 0.011 0.001 0.001 0.002 0.233 0.541 0.014 0.010 21 S 0.001 0.001 0.025 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.905 0.002 0.004 22 G 0.002 0.004 0.196 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.612 0.159 0.014 0.007 23 D 0.019 0.018 0.668 0.004 0.001 0.002 0.006 0.001 0.008 0.097 0.015 0.055 0.108 24 V 0.127 0.049 0.196 0.013 0.001 0.001 0.033 0.001 0.012 0.016 0.006 0.185 0.359 25 A 0.185 0.006 0.079 0.228 0.003 0.001 0.046 0.002 0.015 0.015 0.002 0.227 0.191 26 A 0.296 0.001 0.017 0.005 0.001 0.001 0.161 0.009 0.025 0.002 0.002 0.170 0.310 27 V 0.527 0.002 0.011 0.012 0.001 0.001 0.171 0.012 0.013 0.002 0.001 0.107 0.140 28 I 0.375 0.007 0.022 0.005 0.001 0.002 0.096 0.009 0.038 0.006 0.001 0.195 0.243 29 H 0.060 0.004 0.316 0.050 0.004 0.003 0.005 0.001 0.081 0.059 0.007 0.198 0.210 30 P 0.010 0.005 0.386 0.078 0.066 0.026 0.002 0.001 0.018 0.112 0.165 0.008 0.123 31 N 0.012 0.013 0.141 0.012 0.081 0.017 0.005 0.003 0.016 0.205 0.431 0.047 0.015 32 L 0.015 0.028 0.301 0.001 0.107 0.026 0.008 0.006 0.018 0.179 0.212 0.038 0.062 33 Q 0.011 0.143 0.315 0.003 0.055 0.019 0.008 0.007 0.018 0.162 0.207 0.016 0.038 34 D 0.002 0.039 0.432 0.002 0.075 0.019 0.001 0.001 0.010 0.258 0.132 0.011 0.020 35 Q 0.001 0.005 0.176 0.008 0.114 0.033 0.001 0.001 0.001 0.350 0.305 0.003 0.005 36 D 0.002 0.014 0.224 0.014 0.117 0.044 0.001 0.001 0.001 0.274 0.293 0.010 0.009 37 W 0.003 0.040 0.327 0.003 0.166 0.058 0.001 0.001 0.004 0.180 0.133 0.007 0.077 38 K 0.008 0.041 0.415 0.007 0.064 0.057 0.002 0.003 0.010 0.130 0.114 0.135 0.014 39 P 0.017 0.097 0.255 0.002 0.064 0.041 0.007 0.010 0.018 0.083 0.103 0.015 0.289 40 L 0.015 0.187 0.423 0.011 0.028 0.042 0.005 0.003 0.019 0.136 0.055 0.029 0.046 41 H 0.001 0.007 0.818 0.002 0.011 0.007 0.001 0.001 0.003 0.079 0.032 0.019 0.022 42 P 0.001 0.002 0.032 0.001 0.008 0.008 0.001 0.001 0.001 0.044 0.901 0.001 0.003 43 G 0.001 0.001 0.031 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.066 0.891 0.001 0.001 44 D 0.001 0.005 0.571 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.379 0.024 0.006 0.003 45 P 0.018 0.042 0.464 0.017 0.021 0.011 0.002 0.001 0.007 0.123 0.125 0.016 0.153 46 V 0.121 0.048 0.145 0.054 0.075 0.014 0.026 0.013 0.016 0.059 0.100 0.170 0.160 47 F 0.268 0.014 0.065 0.023 0.037 0.014 0.069 0.019 0.023 0.024 0.015 0.178 0.253 48 V 0.257 0.025 0.051 0.023 0.023 0.017 0.087 0.026 0.026 0.032 0.013 0.229 0.190 49 S 0.132 0.014 0.205 0.035 0.021 0.015 0.012 0.013 0.061 0.026 0.060 0.118 0.290 50 L 0.044 0.012 0.323 0.023 0.010 0.006 0.002 0.002 0.024 0.098 0.092 0.287 0.078 51 D 0.003 0.002 0.044 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.082 0.814 0.010 0.019 52 G 0.002 0.003 0.116 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.347 0.495 0.009 0.007 53 K 0.008 0.024 0.501 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.011 0.139 0.012 0.257 0.039 54 V 0.012 0.056 0.107 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.012 0.012 0.003 0.014 0.774 55 I 0.013 0.027 0.156 0.043 0.005 0.002 0.005 0.001 0.022 0.024 0.004 0.664 0.034 56 P 0.013 0.012 0.231 0.009 0.012 0.005 0.005 0.001 0.036 0.026 0.039 0.022 0.588 57 L 0.020 0.036 0.395 0.024 0.039 0.017 0.013 0.004 0.029 0.065 0.169 0.121 0.067 58 G 0.002 0.015 0.244 0.016 0.034 0.020 0.002 0.001 0.017 0.147 0.451 0.019 0.032 59 G 0.001 0.006 0.172 0.007 0.038 0.009 0.001 0.001 0.004 0.310 0.441 0.008 0.004 60 D 0.001 0.012 0.510 0.007 0.021 0.009 0.001 0.001 0.005 0.195 0.212 0.014 0.014 61 C 0.005 0.036 0.546 0.011 0.014 0.004 0.006 0.002 0.015 0.145 0.051 0.044 0.119 62 T 0.023 0.050 0.304 0.018 0.006 0.008 0.031 0.021 0.072 0.126 0.015 0.124 0.201 63 V 0.084 0.039 0.152 0.075 0.006 0.017 0.061 0.028 0.095 0.062 0.020 0.111 0.252 64 Y 0.077 0.005 0.190 0.252 0.003 0.011 0.024 0.018 0.055 0.048 0.009 0.239 0.068 65 P 0.089 0.004 0.244 0.048 0.004 0.013 0.036 0.068 0.165 0.025 0.012 0.033 0.260 66 V 0.243 0.004 0.049 0.006 0.003 0.032 0.172 0.178 0.098 0.008 0.010 0.123 0.074 67 F 0.228 0.009 0.049 0.003 0.004 0.070 0.153 0.276 0.081 0.007 0.007 0.033 0.078 68 V 0.180 0.004 0.040 0.008 0.011 0.272 0.128 0.143 0.101 0.010 0.017 0.033 0.050 69 N 0.025 0.006 0.172 0.067 0.020 0.359 0.020 0.020 0.050 0.106 0.058 0.070 0.027 70 E 0.027 0.003 0.258 0.005 0.013 0.407 0.005 0.001 0.019 0.092 0.037 0.010 0.123 71 A 0.005 0.002 0.023 0.001 0.011 0.893 0.001 0.001 0.001 0.014 0.037 0.005 0.006 72 A 0.003 0.001 0.011 0.001 0.013 0.916 0.001 0.001 0.001 0.006 0.038 0.004 0.004 73 Y 0.003 0.001 0.017 0.001 0.020 0.909 0.001 0.001 0.002 0.006 0.031 0.004 0.004 74 Y 0.005 0.007 0.033 0.005 0.028 0.851 0.001 0.001 0.001 0.013 0.045 0.002 0.007 75 E 0.002 0.002 0.032 0.001 0.029 0.783 0.001 0.001 0.001 0.018 0.116 0.009 0.007 76 K 0.001 0.001 0.030 0.002 0.032 0.441 0.001 0.001 0.001 0.035 0.453 0.002 0.004 77 K 0.005 0.003 0.106 0.003 0.023 0.283 0.001 0.001 0.001 0.088 0.471 0.012 0.005 78 E 0.004 0.011 0.356 0.002 0.047 0.310 0.001 0.001 0.007 0.085 0.135 0.007 0.035 79 A 0.011 0.017 0.246 0.014 0.045 0.373 0.002 0.001 0.009 0.090 0.089 0.075 0.028 80 F 0.040 0.005 0.227 0.021 0.046 0.306 0.006 0.008 0.020 0.062 0.063 0.057 0.138 81 A 0.091 0.008 0.137 0.020 0.027 0.209 0.018 0.017 0.030 0.019 0.029 0.198 0.197 82 K 0.125 0.009 0.090 0.043 0.019 0.175 0.025 0.025 0.044 0.026 0.031 0.154 0.234 83 T 0.141 0.009 0.110 0.067 0.013 0.112 0.012 0.011 0.023 0.031 0.021 0.228 0.221 84 T 0.075 0.004 0.130 0.132 0.009 0.083 0.006 0.008 0.023 0.060 0.029 0.211 0.231 85 K 0.059 0.008 0.196 0.056 0.008 0.078 0.007 0.009 0.032 0.055 0.033 0.099 0.360 86 L 0.034 0.009 0.204 0.018 0.006 0.085 0.013 0.019 0.074 0.054 0.035 0.351 0.097 87 T 0.030 0.022 0.319 0.022 0.010 0.084 0.017 0.014 0.095 0.065 0.056 0.033 0.232 88 L 0.016 0.019 0.375 0.008 0.007 0.051 0.013 0.012 0.084 0.067 0.020 0.281 0.046 89 N 0.004 0.026 0.498 0.003 0.009 0.064 0.008 0.008 0.110 0.054 0.028 0.017 0.170 90 A 0.001 0.015 0.467 0.006 0.049 0.263 0.002 0.002 0.051 0.063 0.035 0.018 0.027 91 K 0.001 0.005 0.169 0.022 0.124 0.516 0.001 0.002 0.014 0.068 0.062 0.005 0.012 92 S 0.002 0.005 0.142 0.005 0.185 0.489 0.001 0.001 0.009 0.078 0.054 0.021 0.009 93 I 0.002 0.011 0.099 0.002 0.104 0.640 0.001 0.002 0.012 0.021 0.057 0.003 0.047 94 R 0.002 0.019 0.127 0.004 0.088 0.619 0.001 0.003 0.009 0.021 0.082 0.018 0.007 95 S 0.001 0.004 0.096 0.002 0.151 0.575 0.001 0.003 0.004 0.042 0.103 0.006 0.013 96 T 0.001 0.007 0.131 0.003 0.112 0.489 0.001 0.001 0.003 0.078 0.163 0.004 0.007 97 L 0.001 0.027 0.290 0.001 0.066 0.339 0.001 0.001 0.011 0.105 0.139 0.004 0.014 98 H 0.001 0.015 0.599 0.001 0.032 0.150 0.001 0.001 0.003 0.126 0.060 0.006 0.008