# TARGET T0289 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.0479 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.164 0.002 0.001 0.007 0.033 0.022 0.127 0.022 0.001 0.084 0.538 2 P 0.045 0.001 0.001 0.007 0.003 0.006 0.113 0.001 0.001 0.026 0.797 3 C 0.013 0.005 0.001 0.041 0.032 0.049 0.128 0.002 0.001 0.031 0.698 4 A 0.007 0.004 0.001 0.083 0.077 0.118 0.132 0.002 0.001 0.047 0.528 5 I 0.003 0.016 0.001 0.119 0.153 0.168 0.053 0.001 0.001 0.030 0.455 6 D 0.004 0.009 0.001 0.202 0.335 0.301 0.019 0.001 0.001 0.033 0.098 7 V 0.003 0.018 0.001 0.162 0.234 0.247 0.029 0.001 0.001 0.018 0.288 8 Y 0.014 0.017 0.005 0.198 0.299 0.310 0.022 0.002 0.003 0.028 0.102 9 K 0.093 0.006 0.010 0.098 0.185 0.234 0.047 0.006 0.007 0.057 0.256 10 I 0.111 0.007 0.002 0.054 0.129 0.221 0.061 0.010 0.001 0.037 0.367 11 M 0.067 0.005 0.004 0.073 0.053 0.144 0.100 0.002 0.002 0.032 0.517 12 E 0.003 0.001 0.001 0.057 0.178 0.440 0.050 0.001 0.001 0.023 0.247 13 K 0.005 0.001 0.001 0.039 0.219 0.317 0.055 0.001 0.001 0.047 0.317 14 V 0.002 0.001 0.001 0.061 0.330 0.175 0.046 0.001 0.001 0.027 0.358 15 D 0.009 0.001 0.001 0.056 0.101 0.154 0.092 0.001 0.001 0.043 0.542 16 Y 0.008 0.001 0.001 0.023 0.121 0.146 0.096 0.006 0.001 0.053 0.546 17 P 0.039 0.006 0.001 0.044 0.037 0.051 0.123 0.001 0.001 0.055 0.641 18 R 0.009 0.001 0.003 0.019 0.038 0.072 0.136 0.006 0.002 0.035 0.677 19 N 0.490 0.012 0.002 0.008 0.008 0.009 0.048 0.005 0.002 0.034 0.381 20 E 0.297 0.013 0.002 0.009 0.006 0.009 0.073 0.006 0.001 0.070 0.513 21 S 0.021 0.011 0.001 0.007 0.004 0.011 0.098 0.001 0.001 0.018 0.829 22 G 0.040 0.021 0.002 0.018 0.059 0.093 0.123 0.005 0.001 0.041 0.597 23 D 0.032 0.039 0.001 0.028 0.115 0.114 0.130 0.004 0.001 0.062 0.474 24 V 0.032 0.044 0.002 0.045 0.114 0.193 0.114 0.006 0.001 0.070 0.380 25 A 0.021 0.065 0.001 0.075 0.164 0.299 0.079 0.006 0.001 0.060 0.229 26 A 0.022 0.012 0.001 0.101 0.143 0.282 0.080 0.001 0.001 0.070 0.286 27 V 0.004 0.006 0.001 0.133 0.264 0.329 0.055 0.001 0.001 0.047 0.160 28 I 0.005 0.018 0.004 0.125 0.128 0.208 0.083 0.002 0.003 0.031 0.393 29 H 0.518 0.090 0.004 0.014 0.084 0.067 0.031 0.018 0.004 0.052 0.117 30 P 0.106 0.160 0.005 0.012 0.008 0.016 0.065 0.008 0.003 0.051 0.565 31 N 0.062 0.151 0.011 0.004 0.008 0.022 0.062 0.007 0.007 0.028 0.638 32 L 0.290 0.147 0.019 0.007 0.018 0.021 0.045 0.012 0.006 0.055 0.379 33 Q 0.188 0.096 0.003 0.004 0.027 0.031 0.061 0.015 0.002 0.046 0.527 34 D 0.108 0.057 0.004 0.010 0.013 0.025 0.055 0.004 0.001 0.029 0.693 35 Q 0.054 0.017 0.002 0.011 0.029 0.035 0.091 0.003 0.001 0.030 0.726 36 D 0.016 0.015 0.001 0.014 0.038 0.069 0.141 0.004 0.001 0.037 0.664 37 W 0.035 0.026 0.001 0.026 0.022 0.039 0.111 0.004 0.001 0.037 0.699 38 K 0.085 0.014 0.001 0.017 0.074 0.059 0.120 0.002 0.001 0.070 0.557 39 P 0.002 0.003 0.001 0.016 0.024 0.039 0.158 0.001 0.001 0.020 0.737 40 L 0.065 0.006 0.004 0.023 0.016 0.028 0.108 0.007 0.003 0.043 0.698 41 H 0.784 0.008 0.001 0.004 0.004 0.003 0.029 0.005 0.001 0.069 0.092 42 P 0.026 0.002 0.001 0.009 0.002 0.007 0.134 0.001 0.001 0.029 0.788 43 G 0.013 0.011 0.001 0.025 0.013 0.039 0.126 0.001 0.001 0.027 0.743 44 D 0.019 0.006 0.001 0.038 0.195 0.191 0.122 0.007 0.001 0.138 0.282 45 P 0.008 0.010 0.001 0.057 0.073 0.184 0.087 0.001 0.001 0.082 0.497 46 V 0.003 0.004 0.001 0.075 0.229 0.474 0.024 0.001 0.001 0.059 0.129 47 F 0.007 0.003 0.001 0.061 0.232 0.345 0.040 0.001 0.001 0.080 0.229 48 V 0.004 0.002 0.005 0.113 0.267 0.355 0.043 0.001 0.003 0.061 0.146 49 S 0.152 0.003 0.004 0.042 0.102 0.220 0.055 0.004 0.005 0.063 0.350 50 L 0.353 0.001 0.001 0.016 0.034 0.049 0.067 0.006 0.002 0.066 0.404 51 D 0.018 0.001 0.001 0.011 0.014 0.044 0.097 0.004 0.001 0.025 0.784 52 G 0.017 0.002 0.001 0.016 0.016 0.035 0.108 0.001 0.001 0.020 0.784 53 K 0.002 0.001 0.001 0.025 0.375 0.338 0.044 0.002 0.001 0.022 0.191 54 V 0.005 0.003 0.001 0.042 0.093 0.171 0.059 0.001 0.001 0.042 0.585 55 I 0.002 0.001 0.002 0.047 0.427 0.288 0.042 0.001 0.001 0.037 0.154 56 P 0.055 0.001 0.004 0.072 0.060 0.150 0.076 0.002 0.003 0.083 0.492 57 L 0.359 0.001 0.002 0.023 0.032 0.062 0.047 0.006 0.002 0.098 0.371 58 G 0.045 0.001 0.001 0.009 0.004 0.008 0.057 0.001 0.001 0.019 0.856 59 G 0.003 0.001 0.001 0.004 0.018 0.029 0.116 0.002 0.001 0.012 0.817 60 D 0.005 0.001 0.001 0.011 0.086 0.074 0.121 0.003 0.001 0.033 0.668 61 C 0.011 0.001 0.001 0.052 0.132 0.117 0.096 0.001 0.001 0.061 0.527 62 T 0.006 0.002 0.001 0.104 0.132 0.157 0.066 0.001 0.001 0.042 0.490 63 V 0.007 0.004 0.001 0.121 0.088 0.090 0.089 0.001 0.001 0.039 0.561 64 Y 0.006 0.003 0.001 0.272 0.187 0.088 0.082 0.004 0.001 0.049 0.308 65 P 0.009 0.007 0.001 0.445 0.079 0.067 0.072 0.001 0.001 0.044 0.276 66 V 0.006 0.011 0.001 0.387 0.100 0.123 0.067 0.002 0.001 0.031 0.273 67 F 0.030 0.087 0.002 0.360 0.049 0.075 0.063 0.002 0.001 0.078 0.253 68 V 0.017 0.392 0.004 0.207 0.022 0.026 0.052 0.004 0.002 0.098 0.177 69 N 0.015 0.909 0.002 0.011 0.002 0.003 0.009 0.003 0.001 0.009 0.037 70 E 0.015 0.921 0.001 0.004 0.001 0.002 0.006 0.004 0.001 0.010 0.034 71 A 0.017 0.834 0.002 0.002 0.004 0.005 0.012 0.005 0.001 0.061 0.057 72 A 0.018 0.875 0.004 0.001 0.002 0.002 0.008 0.005 0.001 0.046 0.038 73 Y 0.064 0.612 0.080 0.002 0.002 0.002 0.017 0.016 0.029 0.089 0.087 74 Y 0.126 0.584 0.009 0.002 0.002 0.003 0.027 0.011 0.005 0.086 0.145 75 E 0.035 0.704 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.003 0.001 0.022 0.214 76 K 0.007 0.859 0.004 0.002 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.013 0.101 77 K 0.004 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.005 0.027 78 E 0.015 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.010 0.025 79 A 0.017 0.224 0.002 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.715 0.028 80 F 0.006 0.090 0.003 0.003 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.853 0.030 81 A 0.041 0.624 0.024 0.007 0.002 0.004 0.026 0.020 0.004 0.118 0.130 82 K 0.100 0.416 0.046 0.015 0.003 0.006 0.036 0.019 0.013 0.074 0.272 83 T 0.110 0.078 0.011 0.011 0.006 0.017 0.091 0.008 0.009 0.170 0.490 84 T 0.117 0.134 0.005 0.010 0.006 0.021 0.075 0.017 0.003 0.088 0.525 85 K 0.082 0.046 0.015 0.020 0.006 0.016 0.122 0.011 0.007 0.065 0.611 86 L 0.029 0.034 0.002 0.056 0.024 0.047 0.157 0.005 0.001 0.044 0.600 87 T 0.035 0.013 0.001 0.023 0.018 0.024 0.139 0.001 0.001 0.054 0.691 88 L 0.010 0.004 0.003 0.072 0.054 0.050 0.175 0.006 0.001 0.055 0.570 89 N 0.091 0.079 0.003 0.055 0.017 0.041 0.126 0.010 0.003 0.061 0.514 90 A 0.296 0.176 0.008 0.019 0.009 0.015 0.058 0.023 0.003 0.036 0.358 91 K 0.098 0.076 0.005 0.025 0.014 0.024 0.076 0.009 0.002 0.104 0.568 92 S 0.052 0.071 0.008 0.029 0.034 0.069 0.095 0.005 0.003 0.198 0.436 93 I 0.104 0.088 0.010 0.038 0.064 0.088 0.101 0.013 0.003 0.113 0.377 94 R 0.150 0.040 0.014 0.036 0.051 0.060 0.075 0.012 0.006 0.055 0.501 95 S 0.106 0.014 0.001 0.019 0.045 0.070 0.099 0.005 0.001 0.040 0.601 96 T 0.026 0.007 0.001 0.017 0.023 0.053 0.103 0.003 0.001 0.031 0.736 97 L 0.037 0.011 0.004 0.023 0.022 0.035 0.143 0.005 0.002 0.034 0.684 98 H 0.081 0.013 0.003 0.022 0.036 0.046 0.127 0.011 0.002 0.047 0.615