# TARGET T0289 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.0479 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.162 0.129 0.034 0.120 0.111 0.110 0.129 0.081 0.061 0.037 0.027 2 P 0.379 0.182 0.071 0.131 0.078 0.051 0.040 0.025 0.022 0.013 0.008 3 C 0.077 0.109 0.039 0.126 0.130 0.130 0.150 0.088 0.071 0.048 0.032 4 A 0.109 0.151 0.068 0.176 0.145 0.120 0.092 0.059 0.046 0.023 0.012 5 I 0.021 0.014 0.017 0.048 0.058 0.094 0.182 0.149 0.163 0.143 0.111 6 D 0.041 0.092 0.083 0.227 0.204 0.142 0.109 0.058 0.027 0.012 0.005 7 V 0.001 0.001 0.005 0.008 0.008 0.014 0.058 0.094 0.220 0.299 0.292 8 Y 0.008 0.007 0.028 0.034 0.070 0.105 0.204 0.174 0.162 0.131 0.078 9 K 0.020 0.047 0.224 0.247 0.153 0.105 0.099 0.046 0.033 0.019 0.008 10 I 0.005 0.015 0.031 0.049 0.061 0.106 0.245 0.190 0.139 0.102 0.057 11 M 0.011 0.014 0.017 0.031 0.044 0.067 0.171 0.169 0.180 0.170 0.127 12 E 0.157 0.137 0.195 0.243 0.123 0.068 0.047 0.014 0.009 0.005 0.002 13 K 0.150 0.148 0.158 0.212 0.156 0.087 0.048 0.024 0.011 0.005 0.001 14 V 0.007 0.004 0.003 0.006 0.013 0.041 0.141 0.186 0.234 0.198 0.167 15 D 0.188 0.212 0.105 0.230 0.121 0.065 0.038 0.021 0.012 0.006 0.003 16 Y 0.025 0.028 0.041 0.066 0.084 0.106 0.172 0.148 0.129 0.120 0.079 17 P 0.160 0.115 0.066 0.109 0.088 0.078 0.097 0.083 0.081 0.059 0.063 18 R 0.128 0.116 0.029 0.148 0.116 0.114 0.143 0.075 0.065 0.039 0.026 19 N 0.287 0.205 0.081 0.135 0.093 0.056 0.046 0.032 0.029 0.022 0.014 20 E 0.235 0.166 0.028 0.135 0.107 0.098 0.105 0.056 0.037 0.020 0.013 21 S 0.423 0.230 0.056 0.108 0.072 0.043 0.025 0.018 0.014 0.007 0.003 22 G 0.150 0.108 0.039 0.111 0.114 0.116 0.124 0.085 0.073 0.047 0.032 23 D 0.158 0.144 0.073 0.178 0.141 0.108 0.084 0.046 0.036 0.020 0.013 24 V 0.015 0.022 0.025 0.064 0.074 0.099 0.177 0.137 0.150 0.136 0.099 25 A 0.017 0.033 0.045 0.128 0.134 0.140 0.177 0.119 0.093 0.067 0.048 26 A 0.004 0.004 0.013 0.021 0.026 0.043 0.117 0.133 0.218 0.235 0.186 27 V 0.016 0.024 0.047 0.104 0.118 0.122 0.176 0.138 0.109 0.084 0.062 28 I 0.003 0.006 0.011 0.016 0.020 0.032 0.096 0.136 0.222 0.237 0.221 29 H 0.018 0.030 0.023 0.062 0.089 0.112 0.183 0.165 0.135 0.102 0.080 30 P 0.173 0.111 0.096 0.152 0.121 0.093 0.089 0.056 0.056 0.033 0.019 31 N 0.289 0.151 0.077 0.172 0.129 0.084 0.053 0.023 0.014 0.006 0.002 32 L 0.026 0.027 0.014 0.036 0.043 0.064 0.157 0.146 0.186 0.163 0.138 33 Q 0.050 0.075 0.051 0.129 0.120 0.127 0.183 0.100 0.077 0.051 0.036 34 D 0.090 0.090 0.201 0.212 0.137 0.096 0.081 0.037 0.027 0.019 0.010 35 Q 0.065 0.069 0.104 0.155 0.143 0.140 0.154 0.075 0.047 0.031 0.017 36 D 0.032 0.050 0.029 0.084 0.075 0.085 0.167 0.157 0.144 0.111 0.066 37 W 0.019 0.016 0.015 0.041 0.069 0.104 0.187 0.157 0.157 0.134 0.102 38 K 0.196 0.116 0.216 0.219 0.110 0.058 0.042 0.016 0.014 0.008 0.005 39 P 0.067 0.078 0.061 0.189 0.155 0.119 0.151 0.082 0.047 0.033 0.017 40 L 0.008 0.007 0.003 0.006 0.011 0.023 0.081 0.177 0.222 0.233 0.228 41 H 0.282 0.285 0.052 0.166 0.097 0.052 0.029 0.020 0.010 0.004 0.003 42 P 0.411 0.231 0.081 0.110 0.085 0.042 0.017 0.010 0.008 0.004 0.002 43 G 0.383 0.171 0.024 0.092 0.103 0.080 0.056 0.036 0.032 0.015 0.009 44 D 0.095 0.075 0.011 0.096 0.106 0.133 0.169 0.116 0.105 0.055 0.037 45 P 0.021 0.031 0.033 0.092 0.098 0.104 0.152 0.138 0.129 0.111 0.091 46 V 0.006 0.012 0.027 0.066 0.069 0.079 0.162 0.159 0.150 0.142 0.128 47 F 0.003 0.003 0.014 0.020 0.027 0.037 0.092 0.121 0.207 0.242 0.235 48 V 0.011 0.015 0.039 0.072 0.076 0.085 0.171 0.127 0.153 0.141 0.111 49 S 0.028 0.052 0.053 0.132 0.133 0.124 0.170 0.122 0.090 0.062 0.034 50 L 0.018 0.021 0.011 0.027 0.038 0.063 0.143 0.183 0.186 0.170 0.139 51 D 0.306 0.270 0.045 0.149 0.101 0.057 0.033 0.021 0.011 0.005 0.002 52 G 0.296 0.114 0.043 0.091 0.099 0.086 0.078 0.058 0.063 0.043 0.028 53 K 0.318 0.166 0.037 0.141 0.118 0.080 0.068 0.031 0.023 0.012 0.008 54 V 0.107 0.093 0.042 0.153 0.126 0.103 0.130 0.088 0.076 0.052 0.032 55 I 0.023 0.019 0.019 0.036 0.049 0.074 0.155 0.156 0.164 0.162 0.142 56 P 0.138 0.182 0.127 0.222 0.131 0.079 0.051 0.032 0.020 0.011 0.007 57 L 0.025 0.030 0.017 0.044 0.059 0.090 0.174 0.161 0.154 0.140 0.106 58 G 0.322 0.228 0.050 0.141 0.097 0.057 0.041 0.028 0.019 0.010 0.007 59 G 0.280 0.150 0.039 0.123 0.099 0.086 0.082 0.050 0.048 0.028 0.016 60 D 0.367 0.230 0.064 0.131 0.095 0.051 0.027 0.016 0.011 0.006 0.003 61 C 0.050 0.043 0.016 0.066 0.077 0.112 0.189 0.135 0.132 0.101 0.079 62 T 0.120 0.143 0.089 0.192 0.141 0.108 0.083 0.052 0.037 0.022 0.014 63 V 0.014 0.024 0.032 0.073 0.079 0.108 0.171 0.139 0.139 0.127 0.094 64 Y 0.008 0.016 0.017 0.052 0.074 0.110 0.173 0.154 0.154 0.132 0.109 65 P 0.006 0.009 0.014 0.045 0.052 0.077 0.149 0.140 0.196 0.170 0.143 66 V 0.004 0.007 0.014 0.043 0.061 0.080 0.171 0.159 0.168 0.159 0.134 67 F 0.001 0.003 0.006 0.015 0.021 0.029 0.087 0.134 0.216 0.243 0.244 68 V 0.001 0.002 0.006 0.011 0.019 0.031 0.089 0.136 0.235 0.234 0.235 69 N 0.010 0.017 0.043 0.073 0.100 0.117 0.179 0.143 0.150 0.100 0.068 70 E 0.008 0.014 0.028 0.075 0.090 0.119 0.227 0.145 0.133 0.095 0.066 71 A 0.010 0.013 0.026 0.044 0.051 0.073 0.172 0.153 0.196 0.155 0.105 72 A 0.008 0.014 0.030 0.050 0.059 0.088 0.201 0.159 0.168 0.134 0.089 73 Y 0.023 0.034 0.110 0.110 0.122 0.140 0.190 0.102 0.084 0.055 0.030 74 Y 0.036 0.044 0.124 0.136 0.110 0.125 0.185 0.095 0.071 0.048 0.028 75 E 0.039 0.069 0.102 0.127 0.107 0.123 0.189 0.100 0.074 0.046 0.024 76 K 0.034 0.050 0.077 0.098 0.094 0.126 0.202 0.114 0.097 0.069 0.040 77 K 0.105 0.097 0.169 0.189 0.150 0.125 0.096 0.034 0.021 0.011 0.004 78 E 0.085 0.068 0.167 0.197 0.138 0.121 0.122 0.049 0.030 0.016 0.007 79 A 0.018 0.021 0.050 0.060 0.057 0.084 0.215 0.156 0.143 0.117 0.078 80 F 0.013 0.021 0.062 0.067 0.073 0.102 0.199 0.141 0.138 0.108 0.075 81 A 0.032 0.051 0.232 0.130 0.109 0.109 0.133 0.073 0.060 0.046 0.025 82 K 0.057 0.094 0.129 0.213 0.176 0.140 0.108 0.047 0.021 0.010 0.004 83 T 0.045 0.033 0.040 0.045 0.049 0.074 0.149 0.154 0.179 0.139 0.091 84 T 0.127 0.144 0.072 0.193 0.141 0.109 0.103 0.054 0.032 0.016 0.008 85 K 0.063 0.062 0.103 0.118 0.118 0.123 0.139 0.083 0.087 0.065 0.039 86 L 0.057 0.062 0.096 0.170 0.136 0.129 0.172 0.068 0.052 0.036 0.021 87 T 0.063 0.071 0.085 0.197 0.149 0.123 0.140 0.082 0.048 0.030 0.012 88 L 0.008 0.006 0.011 0.011 0.018 0.039 0.106 0.165 0.215 0.229 0.191 89 N 0.082 0.212 0.094 0.222 0.150 0.101 0.067 0.039 0.019 0.008 0.005 90 A 0.033 0.030 0.030 0.048 0.059 0.081 0.150 0.131 0.163 0.158 0.117 91 K 0.400 0.184 0.069 0.159 0.095 0.046 0.026 0.010 0.006 0.003 0.001 92 S 0.217 0.148 0.065 0.167 0.112 0.093 0.090 0.045 0.037 0.018 0.008 93 I 0.046 0.046 0.030 0.064 0.068 0.087 0.168 0.139 0.138 0.120 0.093 94 R 0.097 0.100 0.095 0.174 0.141 0.124 0.128 0.060 0.043 0.024 0.014 95 S 0.113 0.099 0.245 0.191 0.115 0.083 0.073 0.033 0.024 0.015 0.007 96 T 0.088 0.096 0.098 0.163 0.132 0.121 0.143 0.076 0.044 0.026 0.014 97 L 0.051 0.039 0.029 0.049 0.059 0.091 0.177 0.162 0.160 0.111 0.071 98 H 0.205 0.183 0.153 0.199 0.116 0.065 0.040 0.019 0.011 0.006 0.003