# TARGET T0289 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.0479 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.031 0.005 0.002 0.007 0.008 0.012 0.012 0.002 0.001 0.001 0.921 2 P 0.014 0.001 0.001 0.005 0.003 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.966 3 C 0.054 0.004 0.002 0.050 0.041 0.061 0.094 0.001 0.001 0.003 0.691 4 A 0.103 0.004 0.002 0.048 0.020 0.036 0.062 0.001 0.001 0.004 0.719 5 I 0.046 0.013 0.004 0.269 0.087 0.164 0.082 0.001 0.001 0.003 0.331 6 D 0.018 0.008 0.001 0.334 0.124 0.164 0.123 0.001 0.001 0.002 0.225 7 V 0.016 0.018 0.002 0.311 0.106 0.156 0.050 0.001 0.001 0.003 0.337 8 Y 0.007 0.021 0.001 0.302 0.199 0.342 0.037 0.001 0.001 0.002 0.089 9 K 0.014 0.030 0.001 0.171 0.149 0.278 0.067 0.001 0.001 0.004 0.284 10 I 0.030 0.043 0.002 0.135 0.191 0.278 0.040 0.002 0.001 0.004 0.275 11 M 0.021 0.037 0.003 0.077 0.149 0.344 0.058 0.003 0.001 0.006 0.302 12 E 0.043 0.039 0.004 0.068 0.127 0.197 0.084 0.005 0.001 0.007 0.425 13 K 0.137 0.034 0.009 0.037 0.067 0.097 0.069 0.008 0.001 0.009 0.533 14 V 0.103 0.044 0.018 0.064 0.098 0.155 0.079 0.006 0.001 0.007 0.427 15 D 0.040 0.019 0.011 0.049 0.075 0.147 0.082 0.004 0.001 0.006 0.565 16 Y 0.056 0.011 0.014 0.050 0.100 0.154 0.083 0.002 0.001 0.004 0.527 17 P 0.003 0.001 0.001 0.004 0.009 0.010 0.008 0.001 0.001 0.001 0.965 18 R 0.023 0.002 0.001 0.037 0.085 0.194 0.175 0.001 0.001 0.006 0.477 19 N 0.116 0.008 0.001 0.035 0.055 0.088 0.148 0.001 0.001 0.012 0.535 20 E 0.085 0.028 0.001 0.026 0.037 0.038 0.131 0.002 0.001 0.008 0.644 21 S 0.106 0.013 0.001 0.011 0.016 0.021 0.359 0.002 0.001 0.024 0.447 22 G 0.484 0.015 0.007 0.014 0.008 0.011 0.156 0.004 0.001 0.049 0.252 23 D 0.184 0.018 0.039 0.018 0.022 0.020 0.322 0.002 0.001 0.025 0.348 24 V 0.022 0.007 0.022 0.039 0.064 0.078 0.189 0.001 0.001 0.008 0.570 25 A 0.014 0.008 0.002 0.161 0.174 0.316 0.110 0.001 0.001 0.003 0.211 26 A 0.017 0.015 0.001 0.155 0.211 0.307 0.065 0.001 0.001 0.003 0.226 27 V 0.016 0.023 0.001 0.132 0.194 0.377 0.062 0.001 0.001 0.003 0.193 28 I 0.041 0.038 0.005 0.246 0.127 0.273 0.054 0.003 0.001 0.005 0.206 29 H 0.027 0.024 0.004 0.230 0.173 0.277 0.077 0.003 0.001 0.004 0.181 30 P 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.965 31 N 0.014 0.002 0.001 0.046 0.028 0.070 0.228 0.001 0.001 0.005 0.605 32 L 0.523 0.011 0.004 0.023 0.016 0.025 0.048 0.002 0.001 0.016 0.331 33 Q 0.122 0.102 0.002 0.046 0.048 0.050 0.180 0.004 0.001 0.005 0.440 34 D 0.115 0.041 0.003 0.035 0.022 0.038 0.100 0.002 0.001 0.006 0.638 35 Q 0.117 0.070 0.004 0.043 0.021 0.034 0.124 0.003 0.001 0.007 0.576 36 D 0.085 0.021 0.002 0.014 0.020 0.023 0.423 0.008 0.001 0.016 0.388 37 W 0.275 0.056 0.051 0.059 0.020 0.037 0.125 0.004 0.001 0.017 0.355 38 K 0.087 0.044 0.006 0.087 0.057 0.055 0.281 0.004 0.001 0.003 0.376 39 P 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.987 40 L 0.043 0.007 0.002 0.075 0.025 0.088 0.121 0.001 0.001 0.003 0.636 41 H 0.351 0.007 0.002 0.011 0.007 0.011 0.068 0.001 0.001 0.003 0.539 42 P 0.009 0.002 0.001 0.005 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.978 43 G 0.051 0.002 0.001 0.017 0.007 0.018 0.172 0.001 0.001 0.007 0.724 44 D 0.585 0.005 0.005 0.026 0.004 0.008 0.063 0.001 0.001 0.010 0.293 45 P 0.008 0.003 0.002 0.013 0.003 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.956 46 V 0.029 0.005 0.001 0.100 0.073 0.136 0.289 0.001 0.001 0.007 0.359 47 F 0.186 0.029 0.001 0.140 0.122 0.203 0.074 0.001 0.001 0.008 0.236 48 V 0.041 0.082 0.002 0.215 0.235 0.261 0.031 0.003 0.001 0.002 0.130 49 S 0.032 0.036 0.002 0.078 0.279 0.311 0.050 0.002 0.001 0.003 0.206 50 L 0.025 0.023 0.002 0.104 0.200 0.218 0.075 0.004 0.001 0.005 0.345 51 D 0.025 0.012 0.002 0.053 0.058 0.099 0.291 0.004 0.001 0.013 0.442 52 G 0.268 0.006 0.010 0.039 0.032 0.037 0.216 0.006 0.001 0.118 0.268 53 K 0.319 0.007 0.028 0.050 0.036 0.026 0.330 0.003 0.001 0.040 0.162 54 V 0.053 0.004 0.038 0.076 0.041 0.063 0.192 0.001 0.001 0.015 0.518 55 I 0.010 0.001 0.003 0.167 0.301 0.317 0.093 0.001 0.001 0.002 0.106 56 P 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.016 0.009 0.001 0.001 0.001 0.958 57 L 0.002 0.001 0.001 0.055 0.176 0.486 0.066 0.001 0.001 0.002 0.212 58 G 0.023 0.001 0.001 0.020 0.036 0.095 0.107 0.001 0.001 0.007 0.711 59 G 0.061 0.004 0.001 0.036 0.081 0.089 0.137 0.001 0.001 0.013 0.578 60 D 0.073 0.003 0.002 0.040 0.025 0.040 0.154 0.001 0.001 0.013 0.650 61 C 0.057 0.006 0.002 0.061 0.067 0.078 0.150 0.001 0.001 0.009 0.569 62 T 0.061 0.011 0.004 0.062 0.097 0.168 0.136 0.001 0.001 0.010 0.451 63 V 0.039 0.015 0.007 0.045 0.115 0.225 0.068 0.001 0.001 0.007 0.477 64 Y 0.021 0.011 0.003 0.113 0.197 0.357 0.067 0.001 0.001 0.004 0.227 65 P 0.005 0.002 0.002 0.022 0.026 0.050 0.014 0.001 0.001 0.001 0.877 66 V 0.010 0.008 0.001 0.205 0.205 0.308 0.056 0.001 0.001 0.003 0.203 67 F 0.025 0.029 0.002 0.176 0.131 0.273 0.067 0.001 0.001 0.004 0.292 68 V 0.011 0.081 0.001 0.247 0.161 0.368 0.042 0.001 0.001 0.002 0.086 69 N 0.021 0.148 0.002 0.095 0.080 0.174 0.102 0.002 0.001 0.004 0.372 70 E 0.055 0.269 0.004 0.036 0.038 0.075 0.159 0.004 0.001 0.010 0.351 71 A 0.079 0.387 0.013 0.028 0.048 0.083 0.166 0.011 0.001 0.014 0.171 72 A 0.072 0.564 0.017 0.027 0.041 0.041 0.081 0.009 0.001 0.007 0.143 73 Y 0.058 0.631 0.014 0.011 0.020 0.022 0.049 0.006 0.001 0.004 0.185 74 Y 0.060 0.633 0.017 0.008 0.014 0.024 0.035 0.004 0.001 0.002 0.203 75 E 0.018 0.591 0.008 0.012 0.015 0.031 0.041 0.006 0.001 0.002 0.277 76 K 0.032 0.549 0.005 0.011 0.015 0.034 0.054 0.016 0.001 0.007 0.275 77 K 0.074 0.688 0.009 0.006 0.005 0.013 0.036 0.010 0.001 0.004 0.156 78 E 0.043 0.778 0.003 0.006 0.007 0.007 0.013 0.013 0.001 0.001 0.129 79 A 0.023 0.885 0.004 0.006 0.007 0.008 0.005 0.004 0.001 0.001 0.058 80 F 0.014 0.904 0.003 0.004 0.007 0.016 0.005 0.004 0.001 0.001 0.042 81 A 0.025 0.893 0.002 0.005 0.009 0.012 0.004 0.008 0.001 0.001 0.042 82 K 0.055 0.829 0.006 0.006 0.008 0.012 0.006 0.012 0.001 0.001 0.065 83 T 0.065 0.676 0.032 0.011 0.023 0.038 0.021 0.018 0.001 0.002 0.112 84 T 0.046 0.492 0.030 0.048 0.065 0.086 0.027 0.026 0.001 0.003 0.177 85 K 0.070 0.262 0.022 0.041 0.042 0.083 0.054 0.027 0.001 0.008 0.392 86 L 0.152 0.237 0.042 0.064 0.095 0.101 0.059 0.022 0.001 0.006 0.223 87 T 0.122 0.242 0.020 0.076 0.052 0.074 0.058 0.020 0.001 0.005 0.329 88 L 0.060 0.143 0.037 0.135 0.110 0.147 0.063 0.011 0.001 0.005 0.288 89 N 0.058 0.059 0.011 0.066 0.077 0.122 0.134 0.007 0.001 0.005 0.460 90 A 0.036 0.023 0.015 0.045 0.022 0.044 0.062 0.002 0.001 0.004 0.747 91 K 0.016 0.018 0.003 0.027 0.016 0.034 0.177 0.001 0.001 0.005 0.703 92 S 0.085 0.024 0.003 0.011 0.014 0.017 0.279 0.002 0.001 0.016 0.550 93 I 0.160 0.171 0.003 0.018 0.015 0.027 0.209 0.004 0.001 0.011 0.382 94 R 0.116 0.328 0.004 0.022 0.028 0.040 0.115 0.006 0.001 0.012 0.328 95 S 0.113 0.435 0.005 0.005 0.009 0.016 0.077 0.003 0.001 0.005 0.333 96 T 0.122 0.502 0.004 0.005 0.016 0.024 0.035 0.013 0.001 0.003 0.275 97 L 0.197 0.464 0.010 0.007 0.019 0.020 0.033 0.016 0.001 0.005 0.229 98 H 0.114 0.345 0.024 0.009 0.023 0.041 0.080 0.014 0.001 0.007 0.343