# TARGET T0289 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.0479 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 2 P 0.044 0.012 0.007 0.003 0.006 0.004 0.923 3 C 0.116 0.005 0.045 0.009 0.394 0.049 0.381 4 A 0.728 0.004 0.037 0.004 0.044 0.040 0.144 5 I 0.881 0.003 0.002 0.004 0.004 0.001 0.104 6 D 0.980 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.013 7 V 0.980 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 8 Y 0.965 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.026 9 K 0.951 0.001 0.001 0.002 0.015 0.003 0.027 10 I 0.867 0.004 0.005 0.006 0.025 0.009 0.084 11 M 0.807 0.004 0.008 0.008 0.053 0.016 0.104 12 E 0.665 0.005 0.014 0.010 0.124 0.049 0.134 13 K 0.729 0.014 0.010 0.009 0.053 0.047 0.139 14 V 0.680 0.017 0.002 0.004 0.026 0.011 0.260 15 D 0.586 0.011 0.003 0.003 0.041 0.015 0.341 16 Y 0.547 0.026 0.003 0.003 0.083 0.008 0.331 17 P 0.582 0.016 0.002 0.002 0.047 0.017 0.334 18 R 0.391 0.190 0.006 0.003 0.105 0.037 0.267 19 N 0.088 0.013 0.009 0.002 0.087 0.041 0.760 20 E 0.021 0.005 0.035 0.004 0.160 0.675 0.100 21 S 0.007 0.004 0.017 0.002 0.104 0.835 0.030 22 G 0.031 0.004 0.011 0.001 0.580 0.197 0.176 23 D 0.157 0.033 0.002 0.001 0.089 0.011 0.707 24 V 0.775 0.045 0.003 0.002 0.033 0.005 0.138 25 A 0.922 0.007 0.004 0.002 0.008 0.003 0.054 26 A 0.962 0.001 0.003 0.003 0.004 0.003 0.024 27 V 0.963 0.003 0.003 0.003 0.006 0.001 0.021 28 I 0.913 0.021 0.002 0.006 0.006 0.003 0.049 29 H 0.312 0.010 0.004 0.005 0.083 0.006 0.579 30 P 0.025 0.002 0.201 0.071 0.096 0.550 0.055 31 N 0.010 0.004 0.235 0.060 0.070 0.573 0.047 32 L 0.018 0.017 0.447 0.105 0.066 0.185 0.161 33 Q 0.059 0.039 0.161 0.120 0.165 0.206 0.251 34 D 0.062 0.020 0.188 0.134 0.118 0.233 0.245 35 Q 0.113 0.023 0.154 0.075 0.149 0.276 0.209 36 D 0.114 0.030 0.055 0.039 0.139 0.247 0.375 37 W 0.219 0.014 0.054 0.020 0.151 0.188 0.355 38 K 0.490 0.019 0.010 0.018 0.155 0.015 0.293 39 P 0.542 0.101 0.004 0.009 0.062 0.009 0.273 40 L 0.164 0.218 0.002 0.005 0.088 0.017 0.506 41 H 0.037 0.018 0.001 0.001 0.077 0.013 0.854 42 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 0.959 0.007 43 G 0.003 0.003 0.006 0.002 0.122 0.841 0.024 44 D 0.026 0.012 0.002 0.001 0.287 0.003 0.670 45 P 0.109 0.048 0.010 0.003 0.059 0.033 0.737 46 V 0.602 0.081 0.030 0.007 0.080 0.037 0.162 47 F 0.833 0.020 0.013 0.006 0.024 0.013 0.091 48 V 0.865 0.043 0.006 0.008 0.013 0.006 0.059 49 S 0.734 0.020 0.006 0.004 0.009 0.012 0.215 50 L 0.405 0.018 0.024 0.005 0.085 0.293 0.169 51 D 0.047 0.002 0.009 0.001 0.103 0.789 0.049 52 G 0.092 0.002 0.011 0.001 0.445 0.351 0.099 53 K 0.437 0.024 0.004 0.001 0.079 0.019 0.436 54 V 0.898 0.022 0.001 0.001 0.015 0.003 0.061 55 I 0.889 0.016 0.001 0.001 0.008 0.001 0.084 56 P 0.788 0.014 0.002 0.001 0.010 0.003 0.182 57 L 0.525 0.019 0.017 0.002 0.070 0.059 0.308 58 G 0.131 0.014 0.027 0.002 0.183 0.279 0.365 59 G 0.055 0.006 0.045 0.004 0.361 0.303 0.227 60 D 0.063 0.023 0.049 0.010 0.286 0.233 0.337 61 C 0.115 0.029 0.055 0.011 0.280 0.169 0.341 62 T 0.283 0.028 0.015 0.007 0.130 0.070 0.467 63 V 0.359 0.075 0.007 0.013 0.138 0.029 0.380 64 Y 0.417 0.011 0.002 0.011 0.207 0.009 0.343 65 P 0.341 0.006 0.010 0.057 0.105 0.036 0.445 66 V 0.628 0.011 0.012 0.105 0.113 0.033 0.099 67 F 0.525 0.011 0.013 0.286 0.035 0.011 0.120 68 V 0.138 0.003 0.012 0.789 0.009 0.009 0.040 69 N 0.037 0.001 0.012 0.900 0.008 0.013 0.029 70 E 0.012 0.001 0.009 0.945 0.005 0.010 0.019 71 A 0.004 0.001 0.010 0.965 0.003 0.009 0.009 72 A 0.002 0.001 0.013 0.943 0.003 0.031 0.006 73 Y 0.002 0.001 0.007 0.944 0.003 0.039 0.005 74 Y 0.002 0.001 0.006 0.945 0.006 0.034 0.006 75 E 0.002 0.001 0.004 0.931 0.005 0.047 0.011 76 K 0.001 0.001 0.006 0.918 0.006 0.053 0.015 77 K 0.002 0.001 0.010 0.907 0.020 0.041 0.019 78 E 0.005 0.001 0.012 0.932 0.011 0.024 0.014 79 A 0.015 0.002 0.014 0.913 0.009 0.031 0.014 80 F 0.026 0.003 0.015 0.896 0.008 0.032 0.020 81 A 0.038 0.002 0.018 0.855 0.023 0.034 0.029 82 K 0.051 0.001 0.022 0.806 0.020 0.071 0.030 83 T 0.140 0.005 0.013 0.632 0.041 0.077 0.092 84 T 0.297 0.011 0.011 0.438 0.051 0.060 0.134 85 K 0.416 0.006 0.016 0.364 0.053 0.043 0.102 86 L 0.443 0.004 0.015 0.342 0.040 0.055 0.100 87 T 0.620 0.014 0.010 0.188 0.028 0.056 0.084 88 L 0.549 0.048 0.005 0.103 0.059 0.032 0.204 89 N 0.256 0.015 0.005 0.046 0.032 0.038 0.607 90 A 0.029 0.003 0.093 0.521 0.027 0.110 0.218 91 K 0.016 0.002 0.189 0.501 0.055 0.159 0.078 92 S 0.015 0.006 0.293 0.424 0.048 0.125 0.089 93 I 0.025 0.007 0.135 0.615 0.024 0.093 0.101 94 R 0.041 0.009 0.087 0.677 0.026 0.070 0.090 95 S 0.041 0.004 0.100 0.591 0.053 0.080 0.131 96 T 0.031 0.006 0.082 0.501 0.061 0.171 0.148 97 L 0.031 0.016 0.031 0.334 0.079 0.132 0.377 98 H 0.014 0.003 0.013 0.062 0.035 0.041 0.832