# TARGET T0289 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.0479 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.023 0.413 0.377 0.033 0.094 0.008 0.010 0.018 0.008 0.007 0.009 2 P 0.101 0.224 0.065 0.015 0.166 0.025 0.051 0.107 0.125 0.061 0.060 3 C 0.042 0.153 0.075 0.025 0.106 0.039 0.071 0.177 0.166 0.119 0.029 4 A 0.215 0.102 0.027 0.006 0.320 0.009 0.031 0.100 0.069 0.077 0.045 5 I 0.215 0.193 0.024 0.004 0.413 0.007 0.009 0.047 0.020 0.026 0.043 6 D 0.299 0.099 0.019 0.003 0.459 0.002 0.007 0.038 0.010 0.016 0.048 7 V 0.293 0.095 0.011 0.009 0.367 0.012 0.011 0.094 0.031 0.032 0.045 8 Y 0.129 0.175 0.019 0.013 0.439 0.014 0.024 0.126 0.028 0.012 0.022 9 K 0.236 0.125 0.037 0.005 0.341 0.007 0.025 0.148 0.020 0.017 0.039 10 I 0.138 0.120 0.031 0.024 0.194 0.021 0.064 0.212 0.060 0.086 0.051 11 M 0.161 0.154 0.042 0.030 0.216 0.033 0.032 0.115 0.108 0.050 0.061 12 E 0.017 0.107 0.046 0.030 0.062 0.056 0.097 0.398 0.143 0.034 0.010 13 K 0.154 0.101 0.023 0.003 0.223 0.003 0.018 0.113 0.078 0.223 0.062 14 V 0.193 0.191 0.049 0.005 0.457 0.005 0.009 0.020 0.015 0.017 0.039 15 D 0.265 0.054 0.021 0.010 0.270 0.011 0.048 0.038 0.050 0.082 0.152 16 Y 0.063 0.411 0.269 0.004 0.215 0.001 0.002 0.012 0.005 0.007 0.012 17 P 0.059 0.518 0.059 0.001 0.315 0.002 0.006 0.015 0.005 0.011 0.010 18 R 0.048 0.334 0.063 0.005 0.391 0.011 0.019 0.044 0.026 0.042 0.017 19 N 0.056 0.104 0.607 0.018 0.076 0.005 0.012 0.068 0.024 0.011 0.021 20 E 0.005 0.006 0.011 0.017 0.003 0.030 0.165 0.618 0.122 0.019 0.004 21 S 0.001 0.738 0.201 0.032 0.012 0.003 0.007 0.003 0.001 0.002 0.001 22 G 0.011 0.094 0.208 0.166 0.012 0.014 0.002 0.002 0.003 0.267 0.223 23 D 0.172 0.287 0.069 0.006 0.345 0.006 0.012 0.019 0.007 0.018 0.059 24 V 0.447 0.054 0.007 0.003 0.355 0.003 0.002 0.010 0.016 0.030 0.073 25 A 0.202 0.108 0.023 0.060 0.379 0.057 0.072 0.032 0.021 0.024 0.022 26 A 0.196 0.142 0.017 0.008 0.582 0.006 0.006 0.011 0.004 0.008 0.020 27 V 0.211 0.139 0.012 0.001 0.585 0.001 0.004 0.008 0.002 0.005 0.031 28 I 0.147 0.231 0.093 0.013 0.324 0.009 0.011 0.014 0.008 0.048 0.103 29 H 0.148 0.300 0.081 0.003 0.423 0.001 0.002 0.005 0.003 0.004 0.030 30 P 0.005 0.030 0.009 0.003 0.015 0.010 0.016 0.266 0.617 0.026 0.004 31 N 0.029 0.029 0.015 0.005 0.035 0.007 0.086 0.286 0.215 0.258 0.035 32 L 0.059 0.039 0.009 0.006 0.044 0.012 0.049 0.210 0.192 0.346 0.034 33 Q 0.039 0.185 0.068 0.023 0.127 0.037 0.064 0.215 0.115 0.095 0.031 34 D 0.024 0.119 0.140 0.034 0.065 0.021 0.041 0.230 0.222 0.083 0.022 35 Q 0.026 0.057 0.067 0.016 0.044 0.021 0.075 0.382 0.193 0.097 0.021 36 D 0.058 0.241 0.060 0.012 0.187 0.007 0.033 0.175 0.073 0.116 0.037 37 W 0.112 0.048 0.017 0.007 0.083 0.008 0.016 0.114 0.136 0.326 0.131 38 K 0.012 0.419 0.267 0.014 0.106 0.007 0.020 0.100 0.040 0.012 0.004 39 P 0.124 0.193 0.089 0.006 0.250 0.007 0.040 0.147 0.061 0.050 0.033 40 L 0.075 0.243 0.082 0.019 0.157 0.023 0.077 0.099 0.085 0.091 0.048 41 H 0.037 0.246 0.452 0.036 0.147 0.010 0.005 0.018 0.017 0.014 0.017 42 P 0.001 0.019 0.017 0.028 0.005 0.144 0.481 0.227 0.070 0.006 0.001 43 G 0.006 0.009 0.015 0.022 0.006 0.006 0.008 0.010 0.048 0.819 0.049 44 D 0.144 0.289 0.071 0.003 0.430 0.002 0.007 0.007 0.008 0.015 0.025 45 P 0.168 0.142 0.032 0.004 0.404 0.004 0.011 0.044 0.087 0.043 0.061 46 V 0.191 0.158 0.035 0.009 0.359 0.015 0.044 0.059 0.053 0.036 0.039 47 F 0.263 0.116 0.019 0.002 0.451 0.003 0.011 0.021 0.018 0.050 0.046 48 V 0.118 0.281 0.035 0.003 0.457 0.007 0.010 0.032 0.013 0.018 0.026 49 S 0.284 0.167 0.100 0.003 0.325 0.002 0.006 0.017 0.009 0.024 0.063 50 L 0.081 0.059 0.063 0.140 0.079 0.178 0.075 0.143 0.081 0.057 0.045 51 D 0.004 0.100 0.128 0.455 0.017 0.083 0.128 0.042 0.020 0.017 0.005 52 G 0.017 0.021 0.049 0.064 0.015 0.012 0.003 0.011 0.038 0.643 0.129 53 K 0.046 0.412 0.100 0.004 0.334 0.003 0.012 0.026 0.030 0.025 0.011 54 V 0.262 0.128 0.025 0.001 0.513 0.001 0.005 0.004 0.006 0.010 0.045 55 I 0.100 0.404 0.087 0.005 0.375 0.003 0.005 0.004 0.002 0.003 0.011 56 P 0.285 0.142 0.065 0.006 0.400 0.004 0.005 0.007 0.004 0.015 0.066 57 L 0.101 0.066 0.063 0.164 0.093 0.228 0.087 0.059 0.043 0.047 0.049 58 G 0.012 0.025 0.057 0.414 0.013 0.130 0.100 0.045 0.049 0.131 0.025 59 G 0.010 0.063 0.170 0.370 0.025 0.057 0.012 0.027 0.046 0.197 0.020 60 D 0.057 0.099 0.040 0.028 0.106 0.030 0.078 0.179 0.214 0.136 0.033 61 C 0.096 0.108 0.060 0.013 0.178 0.039 0.050 0.118 0.120 0.121 0.096 62 T 0.161 0.178 0.062 0.008 0.323 0.007 0.023 0.085 0.057 0.052 0.043 63 V 0.200 0.145 0.101 0.010 0.273 0.007 0.022 0.076 0.061 0.061 0.043 64 Y 0.045 0.395 0.154 0.013 0.217 0.007 0.017 0.123 0.018 0.003 0.006 65 P 0.298 0.104 0.007 0.002 0.397 0.004 0.018 0.100 0.013 0.007 0.048 66 V 0.229 0.059 0.006 0.013 0.446 0.042 0.070 0.103 0.011 0.004 0.018 67 F 0.203 0.086 0.005 0.008 0.566 0.013 0.012 0.085 0.008 0.003 0.011 68 V 0.176 0.102 0.005 0.008 0.370 0.020 0.025 0.243 0.017 0.008 0.026 69 N 0.137 0.039 0.005 0.009 0.134 0.014 0.042 0.302 0.033 0.176 0.110 70 E 0.151 0.076 0.017 0.006 0.153 0.013 0.042 0.296 0.059 0.084 0.103 71 A 0.044 0.078 0.023 0.015 0.078 0.018 0.028 0.523 0.130 0.043 0.019 72 A 0.048 0.041 0.012 0.007 0.057 0.009 0.026 0.659 0.096 0.027 0.019 73 Y 0.026 0.026 0.006 0.005 0.041 0.012 0.051 0.719 0.083 0.017 0.012 74 Y 0.028 0.037 0.014 0.005 0.035 0.009 0.034 0.731 0.075 0.021 0.011 75 E 0.043 0.020 0.014 0.007 0.026 0.011 0.026 0.683 0.104 0.043 0.023 76 K 0.013 0.047 0.011 0.012 0.028 0.023 0.036 0.718 0.097 0.010 0.005 77 K 0.012 0.015 0.005 0.013 0.013 0.039 0.118 0.553 0.124 0.088 0.019 78 E 0.029 0.043 0.023 0.013 0.051 0.013 0.071 0.508 0.126 0.108 0.015 79 A 0.085 0.055 0.014 0.006 0.090 0.012 0.020 0.537 0.091 0.056 0.032 80 F 0.042 0.065 0.014 0.012 0.101 0.011 0.020 0.507 0.165 0.044 0.020 81 A 0.062 0.039 0.016 0.008 0.076 0.021 0.074 0.597 0.074 0.016 0.016 82 K 0.040 0.045 0.023 0.015 0.073 0.018 0.104 0.366 0.126 0.166 0.024 83 T 0.202 0.133 0.029 0.007 0.270 0.012 0.032 0.144 0.049 0.068 0.054 84 T 0.082 0.249 0.061 0.020 0.245 0.024 0.049 0.127 0.056 0.060 0.026 85 K 0.257 0.117 0.031 0.007 0.366 0.009 0.025 0.049 0.029 0.049 0.062 86 L 0.140 0.232 0.034 0.004 0.524 0.005 0.011 0.022 0.007 0.006 0.016 87 T 0.242 0.114 0.012 0.002 0.491 0.003 0.011 0.028 0.013 0.023 0.059 88 L 0.102 0.357 0.067 0.009 0.354 0.013 0.018 0.030 0.011 0.014 0.026 89 N 0.290 0.137 0.042 0.004 0.331 0.002 0.005 0.013 0.007 0.046 0.124 90 A 0.054 0.200 0.063 0.017 0.145 0.009 0.010 0.240 0.179 0.056 0.026 91 K 0.004 0.018 0.009 0.009 0.010 0.039 0.094 0.565 0.222 0.027 0.004 92 S 0.039 0.051 0.026 0.007 0.053 0.004 0.030 0.500 0.134 0.131 0.025 93 I 0.028 0.033 0.011 0.004 0.036 0.007 0.015 0.558 0.187 0.102 0.018 94 R 0.022 0.033 0.010 0.008 0.041 0.012 0.025 0.579 0.208 0.045 0.017 95 S 0.020 0.043 0.014 0.006 0.041 0.010 0.040 0.627 0.155 0.033 0.010 96 T 0.022 0.033 0.015 0.006 0.041 0.008 0.058 0.546 0.132 0.125 0.013 97 L 0.088 0.064 0.018 0.006 0.090 0.008 0.026 0.393 0.150 0.112 0.046 98 H 0.039 0.093 0.040 0.024 0.074 0.036 0.071 0.366 0.143 0.088 0.025