# TARGET T0289 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.0479 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.767 0.178 0.040 0.012 0.002 0.001 0.001 2 P 0.768 0.163 0.048 0.016 0.004 0.001 0.001 3 C 0.559 0.246 0.127 0.056 0.011 0.001 0.001 4 A 0.584 0.281 0.097 0.031 0.007 0.001 0.001 5 I 0.153 0.170 0.245 0.251 0.145 0.034 0.002 6 D 0.205 0.252 0.245 0.186 0.085 0.025 0.002 7 V 0.125 0.119 0.150 0.217 0.245 0.134 0.011 8 Y 0.121 0.147 0.186 0.245 0.206 0.088 0.007 9 K 0.174 0.375 0.271 0.128 0.040 0.010 0.001 10 I 0.162 0.158 0.187 0.249 0.186 0.054 0.005 11 M 0.170 0.198 0.243 0.237 0.122 0.028 0.002 12 E 0.472 0.313 0.130 0.060 0.020 0.005 0.001 13 K 0.232 0.352 0.260 0.120 0.031 0.005 0.001 14 V 0.069 0.082 0.153 0.269 0.299 0.120 0.008 15 D 0.239 0.382 0.217 0.105 0.040 0.014 0.002 16 Y 0.100 0.153 0.202 0.262 0.202 0.074 0.008 17 P 0.210 0.238 0.221 0.205 0.102 0.023 0.001 18 R 0.278 0.354 0.229 0.110 0.026 0.003 0.001 19 N 0.698 0.215 0.064 0.019 0.004 0.001 0.001 20 E 0.779 0.165 0.043 0.011 0.002 0.001 0.001 21 S 0.848 0.116 0.026 0.008 0.002 0.001 0.001 22 G 0.565 0.239 0.125 0.058 0.012 0.001 0.001 23 D 0.498 0.326 0.127 0.039 0.009 0.001 0.001 24 V 0.189 0.179 0.218 0.240 0.139 0.033 0.002 25 A 0.174 0.253 0.250 0.183 0.100 0.037 0.003 26 A 0.208 0.139 0.130 0.184 0.205 0.119 0.015 27 V 0.185 0.190 0.207 0.230 0.128 0.052 0.008 28 I 0.132 0.128 0.149 0.211 0.191 0.159 0.030 29 H 0.222 0.209 0.184 0.174 0.122 0.071 0.018 30 P 0.402 0.297 0.157 0.084 0.038 0.019 0.004 31 N 0.403 0.269 0.159 0.098 0.047 0.020 0.005 32 L 0.158 0.141 0.158 0.208 0.196 0.124 0.014 33 Q 0.153 0.158 0.171 0.218 0.196 0.095 0.009 34 D 0.344 0.320 0.201 0.097 0.030 0.007 0.001 35 Q 0.376 0.241 0.192 0.127 0.050 0.012 0.001 36 D 0.314 0.207 0.168 0.151 0.112 0.044 0.003 37 W 0.172 0.154 0.224 0.252 0.156 0.041 0.002 38 K 0.515 0.316 0.114 0.041 0.012 0.002 0.001 39 P 0.368 0.302 0.178 0.108 0.037 0.007 0.001 40 L 0.117 0.121 0.170 0.307 0.226 0.058 0.002 41 H 0.418 0.330 0.166 0.067 0.016 0.003 0.001 42 P 0.659 0.241 0.071 0.023 0.005 0.001 0.001 43 G 0.499 0.256 0.138 0.073 0.026 0.006 0.001 44 D 0.169 0.254 0.261 0.199 0.088 0.026 0.002 45 P 0.074 0.126 0.187 0.242 0.223 0.129 0.019 46 V 0.033 0.068 0.115 0.203 0.284 0.252 0.046 47 F 0.016 0.036 0.074 0.175 0.301 0.328 0.069 48 V 0.055 0.125 0.174 0.241 0.225 0.154 0.026 49 S 0.077 0.173 0.243 0.260 0.170 0.069 0.008 50 L 0.114 0.152 0.216 0.248 0.186 0.075 0.009 51 D 0.486 0.309 0.131 0.051 0.016 0.006 0.001 52 G 0.287 0.224 0.205 0.171 0.089 0.023 0.002 53 K 0.367 0.296 0.182 0.098 0.041 0.014 0.002 54 V 0.158 0.229 0.235 0.200 0.127 0.047 0.004 55 I 0.075 0.083 0.141 0.265 0.294 0.132 0.010 56 P 0.188 0.358 0.262 0.137 0.044 0.010 0.001 57 L 0.150 0.200 0.235 0.254 0.133 0.028 0.001 58 G 0.522 0.285 0.126 0.051 0.014 0.002 0.001 59 G 0.517 0.281 0.131 0.056 0.013 0.002 0.001 60 D 0.618 0.230 0.096 0.042 0.012 0.002 0.001 61 C 0.280 0.291 0.236 0.140 0.046 0.006 0.001 62 T 0.237 0.315 0.248 0.140 0.047 0.011 0.001 63 V 0.046 0.096 0.169 0.281 0.274 0.123 0.012 64 Y 0.033 0.078 0.141 0.222 0.280 0.201 0.044 65 P 0.020 0.055 0.102 0.205 0.272 0.260 0.085 66 V 0.011 0.025 0.055 0.124 0.225 0.345 0.216 67 F 0.004 0.009 0.017 0.047 0.120 0.394 0.409 68 V 0.008 0.017 0.037 0.088 0.159 0.337 0.355 69 N 0.021 0.052 0.076 0.134 0.182 0.341 0.193 70 E 0.018 0.038 0.072 0.147 0.238 0.327 0.159 71 A 0.025 0.043 0.069 0.139 0.201 0.369 0.154 72 A 0.048 0.106 0.149 0.218 0.210 0.206 0.062 73 Y 0.119 0.147 0.158 0.216 0.203 0.137 0.021 74 Y 0.226 0.259 0.199 0.150 0.098 0.057 0.011 75 E 0.198 0.272 0.217 0.178 0.090 0.039 0.005 76 K 0.192 0.190 0.207 0.194 0.135 0.070 0.013 77 K 0.320 0.263 0.176 0.136 0.076 0.026 0.002 78 E 0.263 0.307 0.243 0.137 0.040 0.009 0.001 79 A 0.123 0.080 0.118 0.243 0.280 0.146 0.009 80 F 0.090 0.099 0.125 0.193 0.239 0.209 0.045 81 A 0.232 0.265 0.173 0.152 0.103 0.062 0.011 82 K 0.206 0.240 0.249 0.194 0.083 0.024 0.004 83 T 0.126 0.116 0.154 0.238 0.231 0.119 0.016 84 T 0.171 0.280 0.240 0.175 0.090 0.039 0.006 85 K 0.167 0.227 0.204 0.189 0.148 0.058 0.008 86 L 0.131 0.172 0.224 0.232 0.165 0.067 0.009 87 T 0.124 0.254 0.260 0.222 0.098 0.037 0.004 88 L 0.061 0.070 0.110 0.244 0.326 0.168 0.020 89 N 0.184 0.317 0.253 0.159 0.064 0.020 0.003 90 A 0.152 0.187 0.214 0.236 0.152 0.054 0.004 91 K 0.612 0.252 0.089 0.034 0.010 0.002 0.001 92 S 0.643 0.221 0.082 0.038 0.013 0.003 0.001 93 I 0.356 0.185 0.180 0.177 0.083 0.019 0.001 94 R 0.440 0.283 0.165 0.081 0.025 0.005 0.001 95 S 0.552 0.284 0.111 0.040 0.010 0.002 0.001 96 T 0.475 0.266 0.150 0.076 0.027 0.006 0.001 97 L 0.293 0.182 0.198 0.198 0.104 0.024 0.001 98 H 0.618 0.226 0.095 0.042 0.013 0.004 0.001