# TARGET T0289 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.004 0.002 0.002 0.380 0.035 0.576 2 L 0.005 0.001 0.005 0.867 0.013 0.109 3 D 0.004 0.001 0.012 0.944 0.009 0.029 4 F 0.001 0.001 0.016 0.974 0.004 0.005 5 I 0.002 0.001 0.008 0.977 0.007 0.006 6 Q 0.002 0.001 0.006 0.979 0.008 0.004 7 R 0.003 0.001 0.005 0.941 0.031 0.019 8 F 0.003 0.001 0.004 0.921 0.037 0.035 9 N 0.006 0.003 0.008 0.845 0.075 0.063 10 E 0.007 0.003 0.011 0.629 0.179 0.172 11 G 0.008 0.001 0.004 0.045 0.236 0.707 12 K 0.019 0.006 0.005 0.015 0.200 0.755 13 E 0.040 0.031 0.005 0.016 0.209 0.699 14 F 0.025 0.018 0.005 0.019 0.204 0.728 15 P 0.036 0.019 0.014 0.023 0.326 0.582 16 P 0.082 0.016 0.070 0.026 0.515 0.291 17 C 0.117 0.004 0.057 0.014 0.527 0.281 18 A 0.535 0.007 0.035 0.010 0.259 0.153 19 I 0.887 0.006 0.002 0.003 0.033 0.069 20 D 0.950 0.003 0.001 0.003 0.010 0.033 21 V 0.972 0.002 0.001 0.003 0.006 0.017 22 Y 0.949 0.001 0.001 0.004 0.014 0.031 23 K 0.873 0.003 0.004 0.007 0.053 0.060 24 I 0.694 0.008 0.010 0.010 0.160 0.118 25 M 0.299 0.006 0.035 0.017 0.426 0.218 26 E 0.232 0.007 0.025 0.013 0.423 0.301 27 K 0.421 0.036 0.019 0.009 0.266 0.249 28 V 0.605 0.023 0.009 0.007 0.159 0.197 29 D 0.481 0.023 0.007 0.005 0.135 0.350 30 Y 0.415 0.025 0.003 0.003 0.126 0.427 31 P 0.401 0.038 0.003 0.003 0.211 0.344 32 R 0.370 0.174 0.001 0.002 0.164 0.287 33 N 0.069 0.024 0.004 0.002 0.863 0.038 34 E 0.011 0.004 0.011 0.002 0.956 0.016 35 S 0.011 0.002 0.007 0.001 0.959 0.020 36 G 0.054 0.012 0.003 0.001 0.881 0.051 37 D 0.286 0.042 0.001 0.001 0.133 0.539 38 V 0.774 0.076 0.001 0.001 0.036 0.113 39 A 0.918 0.006 0.001 0.001 0.022 0.053 40 A 0.945 0.003 0.001 0.001 0.013 0.038 41 V 0.944 0.008 0.001 0.001 0.016 0.029 42 I 0.871 0.012 0.003 0.001 0.031 0.082 43 H 0.519 0.016 0.017 0.003 0.242 0.203 44 P 0.076 0.005 0.264 0.010 0.568 0.077 45 N 0.011 0.003 0.375 0.013 0.562 0.036 46 L 0.025 0.029 0.226 0.021 0.671 0.028 47 Q 0.058 0.025 0.058 0.031 0.685 0.142 48 D 0.063 0.023 0.018 0.014 0.618 0.264 49 Q 0.121 0.054 0.056 0.028 0.611 0.129 50 D 0.154 0.033 0.082 0.043 0.403 0.285 51 W 0.133 0.040 0.280 0.056 0.295 0.196 52 K 0.122 0.030 0.202 0.067 0.255 0.323 53 P 0.154 0.041 0.110 0.089 0.207 0.400 54 L 0.074 0.066 0.027 0.071 0.231 0.531 55 H 0.033 0.052 0.013 0.013 0.798 0.091 56 P 0.026 0.008 0.011 0.004 0.904 0.048 57 G 0.011 0.003 0.009 0.001 0.934 0.042 58 D 0.076 0.018 0.006 0.001 0.847 0.053 59 P 0.316 0.017 0.016 0.002 0.316 0.333 60 V 0.564 0.050 0.044 0.002 0.214 0.126 61 F 0.708 0.037 0.038 0.002 0.134 0.081 62 V 0.785 0.042 0.012 0.001 0.066 0.094 63 S 0.470 0.019 0.016 0.003 0.361 0.133 64 L 0.096 0.012 0.062 0.010 0.726 0.094 65 D 0.062 0.013 0.038 0.004 0.803 0.081 66 G 0.042 0.006 0.042 0.006 0.834 0.070 67 K 0.238 0.009 0.015 0.007 0.325 0.405 68 V 0.762 0.044 0.005 0.006 0.063 0.119 69 I 0.831 0.012 0.005 0.006 0.056 0.090 70 P 0.802 0.013 0.006 0.006 0.066 0.108 71 L 0.503 0.029 0.027 0.014 0.230 0.197 72 G 0.157 0.008 0.052 0.016 0.480 0.288 73 G 0.069 0.006 0.052 0.015 0.631 0.227 74 D 0.110 0.020 0.044 0.014 0.551 0.262 75 C 0.236 0.026 0.013 0.007 0.306 0.411 76 T 0.431 0.032 0.007 0.004 0.185 0.340 77 V 0.469 0.031 0.005 0.004 0.135 0.356 78 Y 0.490 0.008 0.008 0.014 0.139 0.342 79 P 0.658 0.005 0.021 0.021 0.099 0.195 80 V 0.836 0.004 0.012 0.023 0.057 0.068 81 F 0.822 0.011 0.013 0.048 0.056 0.050 82 V 0.572 0.008 0.008 0.074 0.137 0.201 83 N 0.275 0.012 0.013 0.147 0.294 0.259 84 E 0.062 0.009 0.042 0.626 0.162 0.099 85 A 0.110 0.011 0.045 0.634 0.113 0.087 86 A 0.174 0.008 0.059 0.590 0.097 0.072 87 Y 0.205 0.006 0.084 0.532 0.109 0.064 88 Y 0.251 0.027 0.056 0.496 0.118 0.054 89 E 0.259 0.007 0.046 0.490 0.143 0.055 90 K 0.049 0.002 0.031 0.744 0.133 0.041 91 K 0.026 0.003 0.034 0.699 0.166 0.072 92 E 0.053 0.005 0.035 0.739 0.120 0.049 93 A 0.119 0.017 0.048 0.624 0.115 0.077 94 F 0.268 0.012 0.071 0.460 0.101 0.089 95 A 0.382 0.009 0.079 0.295 0.148 0.088 96 K 0.380 0.006 0.078 0.193 0.194 0.149 97 T 0.481 0.018 0.030 0.079 0.190 0.202 98 T 0.515 0.010 0.016 0.035 0.154 0.269 99 K 0.565 0.006 0.012 0.024 0.119 0.273 100 L 0.708 0.009 0.007 0.016 0.076 0.184 101 T 0.836 0.012 0.003 0.007 0.041 0.102 102 L 0.711 0.010 0.002 0.010 0.067 0.199 103 N 0.595 0.019 0.003 0.018 0.079 0.287 104 A 0.352 0.021 0.028 0.068 0.170 0.361 105 K 0.177 0.005 0.066 0.120 0.252 0.379 106 S 0.294 0.013 0.102 0.174 0.216 0.201 107 I 0.459 0.029 0.057 0.146 0.148 0.161 108 R 0.536 0.013 0.034 0.142 0.086 0.187 109 S 0.443 0.010 0.064 0.132 0.091 0.260 110 T 0.328 0.020 0.027 0.095 0.094 0.436 111 L 0.145 0.018 0.011 0.059 0.073 0.694 112 H 0.002 0.001 0.001 0.002 0.011 0.983