# TARGET T0289 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.2251 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.004 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.008 2 L 0.004 0.937 0.001 0.004 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.035 0.012 3 D 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.007 4 F 0.008 0.958 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.007 0.012 5 I 0.030 0.789 0.008 0.003 0.003 0.004 0.008 0.008 0.002 0.108 0.037 6 Q 0.027 0.675 0.007 0.003 0.002 0.003 0.025 0.003 0.005 0.113 0.136 7 R 0.055 0.093 0.315 0.004 0.002 0.004 0.041 0.012 0.152 0.149 0.173 8 F 0.459 0.038 0.027 0.005 0.003 0.005 0.053 0.023 0.018 0.074 0.295 9 N 0.203 0.008 0.001 0.004 0.001 0.004 0.047 0.003 0.001 0.030 0.699 10 E 0.020 0.006 0.001 0.008 0.001 0.005 0.076 0.001 0.001 0.018 0.864 11 G 0.014 0.002 0.001 0.009 0.005 0.017 0.099 0.003 0.001 0.030 0.821 12 K 0.020 0.001 0.001 0.010 0.033 0.032 0.098 0.001 0.001 0.041 0.763 13 E 0.003 0.001 0.001 0.018 0.012 0.020 0.094 0.001 0.001 0.018 0.833 14 F 0.041 0.002 0.002 0.021 0.021 0.027 0.122 0.004 0.001 0.044 0.714 15 P 0.371 0.008 0.001 0.013 0.007 0.007 0.101 0.015 0.001 0.074 0.401 16 P 0.051 0.002 0.001 0.012 0.002 0.006 0.105 0.002 0.001 0.035 0.784 17 C 0.013 0.007 0.001 0.052 0.024 0.046 0.111 0.002 0.001 0.027 0.718 18 A 0.009 0.007 0.001 0.093 0.099 0.150 0.112 0.002 0.001 0.053 0.474 19 I 0.003 0.021 0.001 0.091 0.201 0.189 0.047 0.001 0.001 0.033 0.411 20 D 0.006 0.012 0.001 0.126 0.357 0.331 0.021 0.001 0.001 0.033 0.113 21 V 0.004 0.027 0.002 0.107 0.256 0.270 0.032 0.001 0.001 0.018 0.284 22 Y 0.019 0.025 0.006 0.145 0.289 0.342 0.026 0.003 0.003 0.031 0.112 23 K 0.102 0.008 0.011 0.072 0.194 0.247 0.047 0.007 0.008 0.059 0.246 24 I 0.120 0.008 0.002 0.044 0.132 0.222 0.061 0.010 0.001 0.036 0.363 25 M 0.067 0.006 0.004 0.070 0.057 0.150 0.097 0.003 0.002 0.031 0.514 26 E 0.002 0.001 0.001 0.060 0.170 0.434 0.051 0.001 0.001 0.022 0.257 27 K 0.004 0.001 0.001 0.040 0.222 0.316 0.054 0.001 0.001 0.047 0.314 28 V 0.002 0.001 0.001 0.069 0.317 0.163 0.048 0.001 0.001 0.026 0.374 29 D 0.011 0.001 0.001 0.061 0.100 0.151 0.094 0.001 0.001 0.044 0.536 30 Y 0.010 0.001 0.001 0.024 0.106 0.128 0.102 0.006 0.001 0.059 0.565 31 P 0.036 0.006 0.001 0.042 0.030 0.042 0.126 0.001 0.001 0.050 0.664 32 R 0.010 0.001 0.003 0.018 0.034 0.066 0.139 0.006 0.002 0.035 0.685 33 N 0.490 0.013 0.002 0.008 0.008 0.008 0.049 0.005 0.002 0.036 0.380 34 E 0.286 0.014 0.002 0.009 0.006 0.009 0.076 0.006 0.001 0.071 0.520 35 S 0.022 0.012 0.001 0.007 0.004 0.011 0.101 0.001 0.001 0.019 0.821 36 G 0.039 0.022 0.002 0.018 0.061 0.098 0.127 0.005 0.001 0.043 0.585 37 D 0.034 0.041 0.001 0.029 0.110 0.113 0.132 0.004 0.001 0.066 0.470 38 V 0.033 0.045 0.002 0.045 0.114 0.197 0.116 0.006 0.001 0.072 0.370 39 A 0.020 0.064 0.001 0.073 0.163 0.309 0.078 0.006 0.001 0.061 0.226 40 A 0.021 0.012 0.001 0.101 0.146 0.290 0.078 0.001 0.001 0.073 0.277 41 V 0.004 0.006 0.001 0.132 0.266 0.333 0.055 0.001 0.001 0.048 0.155 42 I 0.005 0.016 0.004 0.128 0.130 0.212 0.083 0.002 0.003 0.032 0.386 43 H 0.512 0.085 0.004 0.014 0.086 0.070 0.032 0.017 0.004 0.053 0.122 44 P 0.100 0.155 0.005 0.012 0.008 0.016 0.066 0.008 0.003 0.050 0.578 45 N 0.064 0.154 0.011 0.004 0.008 0.021 0.062 0.008 0.007 0.028 0.635 46 L 0.301 0.151 0.018 0.007 0.018 0.020 0.044 0.012 0.006 0.054 0.370 47 Q 0.185 0.101 0.003 0.004 0.027 0.031 0.060 0.015 0.002 0.044 0.528 48 D 0.108 0.061 0.005 0.010 0.014 0.027 0.055 0.004 0.001 0.029 0.685 49 Q 0.057 0.018 0.002 0.011 0.030 0.036 0.091 0.003 0.001 0.031 0.720 50 D 0.016 0.015 0.001 0.015 0.039 0.071 0.140 0.004 0.001 0.037 0.661 51 W 0.033 0.025 0.001 0.027 0.023 0.039 0.111 0.004 0.001 0.036 0.702 52 K 0.081 0.013 0.001 0.018 0.076 0.060 0.121 0.002 0.001 0.070 0.558 53 P 0.002 0.003 0.001 0.016 0.024 0.039 0.157 0.001 0.001 0.020 0.735 54 L 0.068 0.006 0.004 0.023 0.016 0.028 0.108 0.007 0.003 0.044 0.692 55 H 0.780 0.008 0.001 0.005 0.004 0.003 0.030 0.005 0.001 0.070 0.094 56 P 0.026 0.002 0.001 0.009 0.002 0.007 0.136 0.001 0.001 0.029 0.786 57 G 0.013 0.010 0.001 0.026 0.013 0.042 0.129 0.001 0.001 0.029 0.736 58 D 0.019 0.006 0.001 0.039 0.196 0.195 0.120 0.007 0.001 0.142 0.277 59 P 0.007 0.009 0.001 0.057 0.075 0.190 0.086 0.001 0.001 0.079 0.494 60 V 0.003 0.004 0.001 0.074 0.232 0.478 0.024 0.001 0.001 0.057 0.126 61 F 0.007 0.003 0.001 0.062 0.235 0.341 0.041 0.001 0.001 0.081 0.229 62 V 0.004 0.002 0.004 0.114 0.273 0.354 0.042 0.001 0.003 0.059 0.144 63 S 0.156 0.003 0.004 0.043 0.102 0.216 0.057 0.004 0.004 0.063 0.347 64 L 0.343 0.002 0.001 0.017 0.035 0.050 0.071 0.007 0.002 0.063 0.408 65 D 0.019 0.002 0.001 0.013 0.015 0.047 0.101 0.004 0.001 0.027 0.771 66 G 0.019 0.002 0.001 0.019 0.021 0.043 0.112 0.002 0.001 0.023 0.759 67 K 0.002 0.001 0.001 0.027 0.364 0.330 0.047 0.002 0.001 0.023 0.205 68 V 0.006 0.004 0.001 0.041 0.091 0.158 0.063 0.001 0.001 0.040 0.596 69 I 0.004 0.001 0.002 0.043 0.402 0.287 0.047 0.002 0.001 0.044 0.169 70 P 0.064 0.002 0.004 0.059 0.049 0.124 0.081 0.003 0.003 0.082 0.530 71 L 0.319 0.001 0.002 0.021 0.030 0.061 0.051 0.006 0.002 0.093 0.416 72 G 0.052 0.001 0.001 0.009 0.004 0.008 0.055 0.001 0.001 0.019 0.851 73 G 0.003 0.001 0.001 0.003 0.019 0.027 0.114 0.002 0.001 0.012 0.820 74 D 0.006 0.001 0.001 0.010 0.064 0.056 0.118 0.003 0.001 0.030 0.713 75 C 0.015 0.001 0.001 0.045 0.115 0.098 0.105 0.002 0.001 0.057 0.562 76 T 0.007 0.002 0.001 0.099 0.109 0.133 0.076 0.001 0.001 0.039 0.533 77 V 0.007 0.004 0.001 0.115 0.071 0.074 0.096 0.001 0.001 0.036 0.596 78 Y 0.006 0.003 0.001 0.280 0.172 0.077 0.088 0.005 0.001 0.046 0.323 79 P 0.008 0.007 0.001 0.455 0.069 0.059 0.074 0.001 0.001 0.040 0.286 80 V 0.005 0.011 0.001 0.416 0.092 0.115 0.064 0.002 0.001 0.029 0.265 81 F 0.028 0.075 0.002 0.393 0.045 0.069 0.060 0.002 0.001 0.086 0.240 82 V 0.015 0.368 0.004 0.224 0.022 0.026 0.052 0.003 0.002 0.110 0.174 83 N 0.015 0.911 0.002 0.011 0.002 0.003 0.009 0.003 0.001 0.009 0.036 84 E 0.015 0.917 0.001 0.005 0.001 0.002 0.007 0.004 0.001 0.011 0.036 85 A 0.016 0.828 0.002 0.003 0.004 0.005 0.013 0.004 0.001 0.066 0.060 86 A 0.018 0.880 0.004 0.001 0.001 0.002 0.008 0.005 0.001 0.043 0.036 87 Y 0.062 0.641 0.066 0.002 0.002 0.002 0.016 0.016 0.023 0.085 0.085 88 Y 0.106 0.597 0.009 0.002 0.002 0.003 0.028 0.010 0.005 0.094 0.144 89 E 0.031 0.736 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.003 0.001 0.021 0.187 90 K 0.007 0.870 0.004 0.002 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.013 0.090 91 K 0.004 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.005 0.025 92 E 0.015 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.010 0.024 93 A 0.017 0.229 0.002 0.003 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.709 0.029 94 F 0.006 0.107 0.003 0.003 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.837 0.030 95 A 0.034 0.688 0.019 0.005 0.001 0.003 0.021 0.017 0.003 0.095 0.113 96 K 0.087 0.525 0.031 0.011 0.002 0.004 0.028 0.015 0.009 0.065 0.222 97 T 0.088 0.093 0.010 0.009 0.005 0.013 0.082 0.007 0.008 0.252 0.434 98 T 0.097 0.259 0.005 0.007 0.004 0.014 0.067 0.018 0.003 0.082 0.445 99 K 0.108 0.085 0.021 0.017 0.006 0.014 0.104 0.014 0.008 0.088 0.534 100 L 0.030 0.097 0.006 0.042 0.019 0.036 0.148 0.006 0.003 0.051 0.563 101 T 0.058 0.040 0.003 0.019 0.015 0.024 0.127 0.003 0.001 0.059 0.650 102 L 0.035 0.019 0.008 0.076 0.047 0.043 0.143 0.010 0.003 0.093 0.523 103 N 0.095 0.094 0.003 0.053 0.021 0.053 0.128 0.012 0.003 0.079 0.458 104 A 0.152 0.120 0.008 0.033 0.020 0.035 0.084 0.014 0.003 0.038 0.492 105 K 0.057 0.059 0.004 0.061 0.066 0.097 0.098 0.009 0.002 0.090 0.458 106 S 0.033 0.042 0.005 0.057 0.071 0.142 0.096 0.004 0.002 0.171 0.377 107 I 0.044 0.042 0.009 0.097 0.128 0.157 0.092 0.008 0.003 0.097 0.323 108 R 0.099 0.026 0.011 0.081 0.087 0.115 0.083 0.008 0.005 0.064 0.421 109 S 0.069 0.009 0.002 0.046 0.071 0.108 0.096 0.004 0.001 0.050 0.543 110 T 0.033 0.006 0.001 0.033 0.036 0.074 0.105 0.003 0.001 0.040 0.668 111 L 0.033 0.007 0.003 0.029 0.030 0.049 0.144 0.006 0.002 0.036 0.661 112 H 0.081 0.013 0.003 0.026 0.035 0.047 0.128 0.009 0.002 0.046 0.612