# TARGET T0289 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.2251 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.004 0.013 0.014 0.031 0.036 0.054 0.141 0.168 0.197 0.194 0.150 2 L 0.005 0.006 0.009 0.020 0.039 0.081 0.178 0.184 0.197 0.154 0.127 3 D 0.060 0.076 0.249 0.258 0.152 0.087 0.058 0.030 0.018 0.008 0.003 4 F 0.003 0.010 0.021 0.064 0.092 0.122 0.241 0.184 0.124 0.090 0.050 5 I 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.031 0.073 0.233 0.309 0.340 6 Q 0.025 0.034 0.127 0.205 0.204 0.153 0.149 0.050 0.029 0.016 0.006 7 R 0.017 0.043 0.258 0.205 0.138 0.117 0.116 0.051 0.029 0.018 0.008 8 F 0.005 0.006 0.012 0.015 0.022 0.051 0.198 0.179 0.202 0.173 0.137 9 N 0.134 0.140 0.094 0.162 0.120 0.100 0.115 0.066 0.036 0.022 0.011 10 E 0.194 0.157 0.172 0.162 0.113 0.078 0.056 0.033 0.020 0.011 0.005 11 G 0.365 0.162 0.072 0.104 0.100 0.078 0.057 0.030 0.019 0.008 0.004 12 K 0.335 0.139 0.048 0.110 0.085 0.074 0.077 0.046 0.045 0.025 0.016 13 E 0.203 0.141 0.074 0.157 0.129 0.097 0.088 0.047 0.033 0.019 0.011 14 F 0.067 0.072 0.058 0.099 0.091 0.106 0.155 0.118 0.097 0.075 0.063 15 P 0.096 0.136 0.067 0.174 0.130 0.115 0.116 0.074 0.047 0.027 0.018 16 P 0.185 0.109 0.089 0.140 0.100 0.086 0.088 0.064 0.061 0.046 0.031 17 C 0.087 0.131 0.042 0.140 0.144 0.132 0.133 0.077 0.058 0.036 0.021 18 A 0.101 0.141 0.051 0.175 0.145 0.123 0.102 0.068 0.055 0.026 0.012 19 I 0.024 0.014 0.015 0.041 0.054 0.087 0.165 0.154 0.170 0.155 0.121 20 D 0.051 0.110 0.087 0.243 0.207 0.135 0.090 0.045 0.020 0.008 0.003 21 V 0.001 0.001 0.005 0.007 0.008 0.014 0.057 0.093 0.214 0.301 0.299 22 Y 0.008 0.008 0.029 0.035 0.071 0.108 0.210 0.173 0.158 0.126 0.075 23 K 0.019 0.049 0.230 0.255 0.149 0.103 0.095 0.044 0.031 0.018 0.008 24 I 0.005 0.016 0.034 0.051 0.063 0.109 0.246 0.187 0.133 0.099 0.055 25 M 0.013 0.016 0.018 0.034 0.046 0.069 0.175 0.168 0.177 0.163 0.122 26 E 0.167 0.140 0.188 0.240 0.120 0.067 0.047 0.014 0.009 0.005 0.002 27 K 0.160 0.150 0.157 0.209 0.152 0.083 0.046 0.024 0.011 0.005 0.002 28 V 0.007 0.004 0.003 0.006 0.014 0.043 0.144 0.189 0.232 0.194 0.164 29 D 0.195 0.217 0.103 0.223 0.118 0.064 0.037 0.022 0.012 0.006 0.003 30 Y 0.028 0.030 0.040 0.068 0.086 0.107 0.171 0.145 0.127 0.119 0.080 31 P 0.176 0.122 0.067 0.112 0.089 0.076 0.092 0.077 0.076 0.055 0.057 32 R 0.122 0.111 0.027 0.143 0.114 0.114 0.147 0.079 0.070 0.043 0.030 33 N 0.278 0.203 0.078 0.134 0.094 0.058 0.049 0.034 0.032 0.024 0.016 34 E 0.225 0.163 0.029 0.138 0.109 0.099 0.106 0.057 0.039 0.021 0.014 35 S 0.412 0.227 0.057 0.111 0.075 0.046 0.027 0.019 0.015 0.007 0.004 36 G 0.139 0.103 0.037 0.109 0.113 0.117 0.128 0.089 0.077 0.051 0.036 37 D 0.144 0.136 0.069 0.177 0.143 0.113 0.091 0.051 0.040 0.022 0.015 38 V 0.014 0.021 0.024 0.062 0.072 0.096 0.174 0.137 0.154 0.142 0.105 39 A 0.016 0.031 0.042 0.123 0.132 0.139 0.179 0.121 0.095 0.070 0.050 40 A 0.004 0.004 0.012 0.020 0.025 0.041 0.114 0.131 0.219 0.239 0.191 41 V 0.015 0.022 0.044 0.098 0.114 0.119 0.177 0.142 0.114 0.090 0.066 42 I 0.003 0.006 0.011 0.016 0.020 0.032 0.096 0.137 0.222 0.236 0.220 43 H 0.017 0.029 0.022 0.060 0.087 0.110 0.183 0.168 0.138 0.104 0.083 44 P 0.166 0.107 0.092 0.147 0.120 0.095 0.093 0.061 0.061 0.036 0.021 45 N 0.290 0.152 0.077 0.173 0.129 0.083 0.053 0.023 0.014 0.006 0.002 46 L 0.026 0.028 0.014 0.037 0.044 0.066 0.158 0.145 0.185 0.161 0.136 47 Q 0.048 0.071 0.048 0.125 0.118 0.127 0.187 0.103 0.080 0.054 0.039 48 D 0.086 0.088 0.199 0.214 0.138 0.097 0.082 0.038 0.027 0.019 0.010 49 Q 0.060 0.066 0.105 0.154 0.143 0.141 0.158 0.077 0.048 0.032 0.017 50 D 0.031 0.048 0.029 0.082 0.074 0.085 0.168 0.158 0.145 0.113 0.067 51 W 0.019 0.016 0.015 0.041 0.068 0.104 0.187 0.157 0.157 0.135 0.102 52 K 0.195 0.117 0.215 0.220 0.111 0.058 0.042 0.016 0.014 0.008 0.005 53 P 0.069 0.079 0.061 0.187 0.154 0.119 0.151 0.082 0.048 0.034 0.017 54 L 0.008 0.008 0.003 0.006 0.012 0.024 0.083 0.179 0.222 0.231 0.224 55 H 0.285 0.286 0.051 0.164 0.096 0.052 0.028 0.020 0.010 0.004 0.003 56 P 0.409 0.228 0.079 0.111 0.086 0.043 0.018 0.011 0.008 0.004 0.002 57 G 0.382 0.173 0.024 0.093 0.103 0.079 0.055 0.035 0.031 0.015 0.009 58 D 0.086 0.069 0.011 0.092 0.103 0.132 0.174 0.121 0.111 0.060 0.041 59 P 0.021 0.032 0.034 0.095 0.099 0.104 0.151 0.136 0.128 0.110 0.091 60 V 0.006 0.012 0.026 0.065 0.069 0.079 0.164 0.159 0.151 0.143 0.128 61 F 0.003 0.003 0.014 0.020 0.027 0.036 0.091 0.120 0.205 0.242 0.239 62 V 0.010 0.014 0.036 0.068 0.074 0.083 0.171 0.130 0.156 0.143 0.113 63 S 0.029 0.054 0.056 0.135 0.135 0.123 0.164 0.120 0.089 0.061 0.033 64 L 0.019 0.021 0.011 0.027 0.039 0.065 0.146 0.184 0.186 0.167 0.135 65 D 0.318 0.264 0.045 0.146 0.101 0.056 0.031 0.020 0.011 0.004 0.002 66 G 0.287 0.107 0.041 0.087 0.096 0.086 0.083 0.063 0.069 0.048 0.033 67 K 0.318 0.177 0.039 0.144 0.118 0.077 0.062 0.028 0.020 0.010 0.006 68 V 0.093 0.081 0.039 0.133 0.113 0.100 0.142 0.098 0.091 0.067 0.044 69 I 0.036 0.031 0.027 0.057 0.068 0.091 0.167 0.147 0.138 0.128 0.109 70 P 0.149 0.180 0.130 0.214 0.126 0.077 0.052 0.032 0.021 0.012 0.007 71 L 0.033 0.036 0.020 0.053 0.068 0.098 0.180 0.157 0.141 0.123 0.090 72 G 0.338 0.221 0.052 0.137 0.095 0.056 0.040 0.026 0.018 0.010 0.006 73 G 0.273 0.146 0.043 0.125 0.100 0.086 0.084 0.051 0.047 0.028 0.016 74 D 0.355 0.237 0.069 0.132 0.094 0.051 0.027 0.016 0.011 0.005 0.003 75 C 0.053 0.045 0.017 0.066 0.077 0.111 0.185 0.137 0.131 0.101 0.078 76 T 0.155 0.168 0.097 0.194 0.136 0.096 0.065 0.039 0.027 0.015 0.009 77 V 0.021 0.031 0.038 0.089 0.093 0.120 0.173 0.130 0.125 0.107 0.074 78 Y 0.009 0.017 0.017 0.052 0.075 0.112 0.175 0.154 0.154 0.130 0.106 79 P 0.006 0.009 0.014 0.048 0.054 0.081 0.156 0.143 0.192 0.162 0.135 80 V 0.004 0.007 0.015 0.043 0.060 0.079 0.169 0.160 0.167 0.161 0.136 81 F 0.001 0.003 0.006 0.015 0.021 0.029 0.087 0.135 0.215 0.243 0.245 82 V 0.001 0.002 0.005 0.010 0.017 0.028 0.083 0.133 0.238 0.241 0.242 83 N 0.008 0.015 0.038 0.066 0.094 0.113 0.180 0.147 0.158 0.107 0.074 84 E 0.007 0.013 0.028 0.073 0.088 0.117 0.226 0.147 0.136 0.097 0.068 85 A 0.009 0.013 0.025 0.044 0.051 0.072 0.172 0.154 0.198 0.156 0.107 86 A 0.007 0.012 0.026 0.044 0.052 0.081 0.195 0.161 0.178 0.145 0.100 87 Y 0.022 0.032 0.105 0.110 0.124 0.144 0.194 0.103 0.083 0.054 0.030 88 Y 0.036 0.043 0.127 0.136 0.109 0.124 0.183 0.095 0.071 0.048 0.028 89 E 0.037 0.066 0.096 0.124 0.106 0.122 0.193 0.105 0.078 0.048 0.026 90 K 0.030 0.045 0.069 0.088 0.087 0.121 0.206 0.122 0.108 0.078 0.047 91 K 0.102 0.096 0.173 0.193 0.154 0.124 0.093 0.032 0.020 0.010 0.004 92 E 0.085 0.068 0.176 0.204 0.139 0.119 0.117 0.046 0.027 0.014 0.006 93 A 0.017 0.020 0.048 0.058 0.054 0.081 0.216 0.158 0.147 0.121 0.080 94 F 0.013 0.021 0.062 0.066 0.073 0.103 0.203 0.142 0.136 0.107 0.074 95 A 0.033 0.052 0.253 0.133 0.109 0.108 0.126 0.067 0.055 0.042 0.022 96 K 0.056 0.095 0.135 0.214 0.177 0.140 0.106 0.045 0.020 0.009 0.003 97 T 0.043 0.030 0.036 0.040 0.044 0.070 0.147 0.159 0.187 0.147 0.098 98 T 0.144 0.149 0.074 0.196 0.139 0.104 0.095 0.048 0.028 0.014 0.007 99 K 0.069 0.068 0.115 0.121 0.117 0.119 0.132 0.078 0.083 0.061 0.037 100 L 0.054 0.064 0.092 0.168 0.137 0.132 0.174 0.068 0.052 0.036 0.022 101 T 0.061 0.070 0.080 0.188 0.144 0.126 0.147 0.086 0.052 0.033 0.014 102 L 0.009 0.008 0.014 0.016 0.023 0.047 0.119 0.170 0.203 0.215 0.177 103 N 0.067 0.197 0.085 0.214 0.153 0.109 0.078 0.051 0.027 0.012 0.007 104 A 0.015 0.016 0.018 0.031 0.045 0.068 0.134 0.130 0.184 0.195 0.164 105 K 0.281 0.169 0.074 0.203 0.127 0.066 0.044 0.017 0.011 0.005 0.003 106 S 0.125 0.106 0.058 0.191 0.143 0.114 0.113 0.063 0.049 0.026 0.011 107 I 0.011 0.010 0.010 0.017 0.023 0.040 0.109 0.140 0.206 0.227 0.207 108 R 0.065 0.100 0.081 0.200 0.171 0.135 0.121 0.060 0.037 0.019 0.011 109 S 0.047 0.051 0.136 0.115 0.095 0.102 0.140 0.095 0.091 0.080 0.049 110 T 0.121 0.137 0.090 0.189 0.145 0.113 0.104 0.051 0.028 0.014 0.008 111 L 0.064 0.045 0.024 0.051 0.056 0.084 0.164 0.150 0.165 0.120 0.076 112 H 0.238 0.188 0.098 0.185 0.118 0.070 0.049 0.024 0.016 0.009 0.005