# TARGET T0289 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.2251 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.135 0.159 0.012 0.019 0.013 0.021 0.079 0.005 0.001 0.005 0.552 2 L 0.047 0.317 0.009 0.036 0.016 0.041 0.078 0.003 0.001 0.004 0.449 3 D 0.011 0.282 0.001 0.008 0.006 0.010 0.065 0.002 0.001 0.001 0.614 4 F 0.035 0.689 0.001 0.004 0.007 0.011 0.056 0.004 0.001 0.002 0.192 5 I 0.022 0.910 0.001 0.003 0.004 0.012 0.011 0.003 0.001 0.001 0.033 6 Q 0.017 0.924 0.001 0.001 0.006 0.012 0.007 0.004 0.001 0.001 0.028 7 R 0.041 0.899 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 0.039 8 F 0.057 0.903 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 0.015 9 N 0.057 0.815 0.017 0.002 0.005 0.004 0.014 0.024 0.001 0.001 0.061 10 E 0.081 0.393 0.039 0.006 0.006 0.009 0.058 0.047 0.001 0.004 0.358 11 G 0.424 0.117 0.025 0.011 0.006 0.005 0.112 0.045 0.001 0.016 0.239 12 K 0.463 0.049 0.151 0.010 0.003 0.003 0.107 0.005 0.001 0.016 0.193 13 E 0.038 0.029 0.080 0.026 0.012 0.017 0.093 0.002 0.001 0.002 0.702 14 F 0.033 0.012 0.007 0.094 0.034 0.084 0.043 0.001 0.001 0.002 0.690 15 P 0.031 0.005 0.001 0.020 0.016 0.033 0.028 0.001 0.001 0.001 0.864 16 P 0.006 0.001 0.001 0.007 0.005 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.966 17 C 0.024 0.004 0.001 0.086 0.067 0.143 0.102 0.001 0.001 0.003 0.570 18 A 0.140 0.011 0.001 0.076 0.031 0.059 0.063 0.001 0.001 0.007 0.611 19 I 0.075 0.050 0.003 0.239 0.103 0.181 0.066 0.001 0.001 0.004 0.278 20 D 0.030 0.032 0.003 0.205 0.137 0.193 0.117 0.001 0.001 0.003 0.280 21 V 0.029 0.060 0.004 0.190 0.125 0.190 0.054 0.001 0.001 0.003 0.344 22 Y 0.012 0.063 0.002 0.183 0.221 0.379 0.039 0.001 0.001 0.002 0.098 23 K 0.019 0.072 0.003 0.113 0.150 0.282 0.064 0.002 0.001 0.004 0.291 24 I 0.041 0.082 0.004 0.104 0.183 0.260 0.037 0.004 0.001 0.003 0.282 25 M 0.027 0.061 0.005 0.070 0.144 0.322 0.053 0.004 0.001 0.006 0.307 26 E 0.046 0.049 0.005 0.065 0.125 0.190 0.080 0.007 0.001 0.007 0.426 27 K 0.142 0.037 0.012 0.038 0.064 0.090 0.065 0.010 0.001 0.009 0.534 28 V 0.101 0.045 0.022 0.068 0.097 0.153 0.079 0.007 0.001 0.007 0.422 29 D 0.037 0.018 0.011 0.052 0.075 0.145 0.085 0.004 0.001 0.006 0.567 30 Y 0.054 0.010 0.014 0.053 0.096 0.145 0.081 0.002 0.001 0.004 0.541 31 P 0.003 0.001 0.001 0.005 0.010 0.011 0.009 0.001 0.001 0.001 0.961 32 R 0.026 0.002 0.001 0.037 0.083 0.181 0.183 0.001 0.001 0.007 0.479 33 N 0.114 0.007 0.001 0.039 0.058 0.088 0.158 0.001 0.001 0.012 0.521 34 E 0.076 0.023 0.001 0.026 0.035 0.036 0.135 0.001 0.001 0.009 0.657 35 S 0.093 0.011 0.001 0.010 0.015 0.021 0.388 0.002 0.001 0.025 0.434 36 G 0.507 0.013 0.006 0.014 0.007 0.009 0.154 0.003 0.001 0.053 0.231 37 D 0.191 0.017 0.038 0.018 0.021 0.019 0.335 0.002 0.001 0.027 0.330 38 V 0.021 0.007 0.022 0.040 0.065 0.079 0.197 0.001 0.001 0.008 0.561 39 A 0.013 0.008 0.002 0.168 0.176 0.328 0.108 0.001 0.001 0.003 0.194 40 A 0.015 0.015 0.001 0.157 0.217 0.316 0.063 0.001 0.001 0.003 0.213 41 V 0.015 0.022 0.001 0.131 0.200 0.385 0.058 0.001 0.001 0.003 0.184 42 I 0.040 0.038 0.005 0.250 0.128 0.275 0.054 0.003 0.001 0.005 0.202 43 H 0.027 0.023 0.004 0.235 0.174 0.274 0.077 0.003 0.001 0.004 0.180 44 P 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.966 45 N 0.013 0.002 0.001 0.045 0.027 0.068 0.236 0.001 0.001 0.005 0.602 46 L 0.534 0.010 0.004 0.023 0.015 0.023 0.047 0.002 0.001 0.016 0.326 47 Q 0.124 0.104 0.002 0.046 0.046 0.047 0.181 0.004 0.001 0.005 0.441 48 D 0.118 0.042 0.003 0.035 0.021 0.037 0.099 0.002 0.001 0.007 0.638 49 Q 0.120 0.073 0.004 0.044 0.021 0.034 0.121 0.003 0.001 0.006 0.573 50 D 0.087 0.022 0.002 0.014 0.021 0.024 0.413 0.008 0.001 0.015 0.394 51 W 0.270 0.057 0.052 0.060 0.020 0.038 0.121 0.004 0.001 0.017 0.361 52 K 0.084 0.044 0.006 0.090 0.059 0.059 0.275 0.004 0.001 0.003 0.376 53 P 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.987 54 L 0.043 0.006 0.002 0.076 0.025 0.088 0.119 0.001 0.001 0.003 0.637 55 H 0.353 0.006 0.002 0.011 0.007 0.011 0.067 0.001 0.001 0.003 0.539 56 P 0.009 0.002 0.001 0.005 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.977 57 G 0.050 0.002 0.001 0.017 0.007 0.019 0.175 0.001 0.001 0.007 0.721 58 D 0.593 0.004 0.005 0.025 0.004 0.008 0.064 0.001 0.001 0.011 0.286 59 P 0.008 0.003 0.002 0.013 0.003 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.955 60 V 0.028 0.005 0.001 0.103 0.074 0.137 0.291 0.001 0.001 0.007 0.354 61 F 0.184 0.026 0.001 0.146 0.125 0.206 0.074 0.001 0.001 0.008 0.229 62 V 0.039 0.074 0.002 0.225 0.228 0.261 0.032 0.002 0.001 0.002 0.134 63 S 0.030 0.032 0.002 0.081 0.284 0.312 0.053 0.002 0.001 0.003 0.202 64 L 0.023 0.020 0.002 0.102 0.181 0.200 0.075 0.003 0.001 0.005 0.389 65 D 0.023 0.011 0.002 0.052 0.056 0.097 0.314 0.004 0.001 0.014 0.428 66 G 0.295 0.006 0.009 0.038 0.031 0.034 0.209 0.005 0.001 0.122 0.250 67 K 0.315 0.008 0.025 0.046 0.035 0.025 0.339 0.003 0.001 0.039 0.165 68 V 0.056 0.005 0.037 0.075 0.043 0.067 0.190 0.001 0.001 0.015 0.511 69 I 0.011 0.002 0.003 0.161 0.288 0.323 0.098 0.001 0.001 0.002 0.112 70 P 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.013 0.007 0.001 0.001 0.001 0.966 71 L 0.002 0.001 0.001 0.048 0.163 0.474 0.072 0.001 0.001 0.002 0.239 72 G 0.032 0.001 0.001 0.018 0.035 0.088 0.107 0.001 0.001 0.008 0.711 73 G 0.076 0.005 0.001 0.034 0.078 0.083 0.135 0.001 0.001 0.012 0.577 74 D 0.069 0.003 0.002 0.037 0.025 0.039 0.151 0.001 0.001 0.011 0.662 75 C 0.059 0.007 0.002 0.059 0.063 0.077 0.145 0.001 0.001 0.009 0.578 76 T 0.061 0.012 0.003 0.060 0.094 0.161 0.144 0.001 0.001 0.010 0.454 77 V 0.041 0.015 0.007 0.042 0.103 0.198 0.069 0.001 0.001 0.007 0.516 78 Y 0.024 0.012 0.003 0.114 0.200 0.348 0.070 0.001 0.001 0.004 0.224 79 P 0.005 0.003 0.002 0.023 0.026 0.049 0.015 0.001 0.001 0.001 0.877 80 V 0.011 0.007 0.001 0.204 0.215 0.311 0.052 0.001 0.001 0.003 0.196 81 F 0.024 0.025 0.002 0.178 0.138 0.277 0.065 0.001 0.001 0.004 0.287 82 V 0.010 0.068 0.001 0.244 0.167 0.384 0.040 0.001 0.001 0.002 0.084 83 N 0.018 0.123 0.002 0.107 0.088 0.193 0.097 0.002 0.001 0.004 0.366 84 E 0.050 0.226 0.003 0.040 0.042 0.083 0.171 0.004 0.001 0.011 0.370 85 A 0.088 0.337 0.013 0.033 0.053 0.091 0.178 0.011 0.001 0.016 0.181 86 A 0.073 0.531 0.018 0.033 0.047 0.046 0.085 0.008 0.001 0.007 0.152 87 Y 0.057 0.587 0.014 0.013 0.024 0.026 0.058 0.006 0.001 0.004 0.211 88 Y 0.063 0.594 0.018 0.010 0.018 0.030 0.043 0.004 0.001 0.003 0.217 89 E 0.017 0.571 0.008 0.014 0.018 0.036 0.046 0.005 0.001 0.002 0.283 90 K 0.031 0.526 0.005 0.012 0.017 0.037 0.060 0.015 0.001 0.007 0.290 91 K 0.067 0.692 0.009 0.006 0.005 0.014 0.038 0.009 0.001 0.004 0.157 92 E 0.041 0.777 0.003 0.006 0.007 0.007 0.014 0.014 0.001 0.001 0.131 93 A 0.023 0.888 0.003 0.005 0.007 0.007 0.005 0.004 0.001 0.001 0.058 94 F 0.014 0.912 0.003 0.003 0.006 0.013 0.005 0.004 0.001 0.001 0.040 95 A 0.024 0.902 0.002 0.004 0.007 0.009 0.004 0.008 0.001 0.001 0.040 96 K 0.055 0.840 0.005 0.005 0.006 0.010 0.005 0.013 0.001 0.001 0.059 97 T 0.063 0.709 0.032 0.008 0.017 0.026 0.020 0.017 0.001 0.002 0.106 98 T 0.043 0.559 0.029 0.040 0.050 0.066 0.025 0.024 0.001 0.003 0.162 99 K 0.068 0.309 0.022 0.034 0.035 0.070 0.055 0.026 0.001 0.008 0.374 100 L 0.135 0.321 0.040 0.057 0.081 0.089 0.055 0.020 0.001 0.006 0.195 101 T 0.116 0.338 0.018 0.065 0.051 0.073 0.047 0.019 0.001 0.005 0.268 102 L 0.051 0.221 0.034 0.136 0.120 0.152 0.052 0.010 0.001 0.005 0.219 103 N 0.051 0.112 0.010 0.070 0.089 0.134 0.100 0.009 0.001 0.005 0.420 104 A 0.048 0.069 0.023 0.085 0.053 0.110 0.059 0.004 0.001 0.006 0.542 105 K 0.027 0.055 0.005 0.064 0.053 0.105 0.184 0.003 0.001 0.007 0.495 106 S 0.098 0.053 0.007 0.028 0.034 0.048 0.146 0.004 0.001 0.013 0.568 107 I 0.111 0.200 0.006 0.044 0.053 0.091 0.128 0.005 0.001 0.009 0.353 108 R 0.089 0.223 0.006 0.041 0.061 0.120 0.118 0.006 0.001 0.012 0.321 109 S 0.093 0.323 0.007 0.020 0.042 0.059 0.067 0.006 0.001 0.004 0.379 110 T 0.134 0.337 0.006 0.015 0.036 0.054 0.051 0.012 0.001 0.005 0.349 111 L 0.165 0.292 0.019 0.016 0.046 0.057 0.072 0.012 0.001 0.008 0.313 112 H 0.090 0.201 0.021 0.018 0.038 0.067 0.117 0.009 0.001 0.009 0.430