# TARGET T0289 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.001 0.001 0.012 0.498 0.004 0.005 0.479 2 L 0.003 0.003 0.003 0.958 0.001 0.005 0.028 3 D 0.002 0.001 0.006 0.960 0.006 0.011 0.015 4 F 0.002 0.001 0.007 0.956 0.005 0.019 0.012 5 I 0.002 0.001 0.009 0.952 0.006 0.017 0.014 6 Q 0.004 0.001 0.011 0.942 0.012 0.015 0.015 7 R 0.004 0.001 0.016 0.915 0.016 0.032 0.017 8 F 0.004 0.006 0.021 0.852 0.018 0.067 0.031 9 N 0.005 0.012 0.028 0.629 0.023 0.236 0.067 10 E 0.002 0.001 0.022 0.166 0.030 0.753 0.027 11 G 0.004 0.002 0.019 0.039 0.178 0.646 0.112 12 K 0.023 0.017 0.008 0.006 0.270 0.023 0.654 13 E 0.111 0.071 0.006 0.004 0.100 0.015 0.693 14 F 0.118 0.028 0.006 0.004 0.095 0.027 0.722 15 P 0.084 0.019 0.006 0.002 0.127 0.037 0.724 16 P 0.048 0.007 0.062 0.007 0.355 0.363 0.158 17 C 0.063 0.009 0.070 0.004 0.365 0.334 0.155 18 A 0.338 0.019 0.092 0.014 0.129 0.065 0.342 19 I 0.838 0.016 0.006 0.008 0.014 0.008 0.111 20 D 0.925 0.012 0.003 0.010 0.006 0.003 0.040 21 V 0.908 0.008 0.007 0.011 0.007 0.004 0.054 22 Y 0.865 0.006 0.013 0.019 0.017 0.015 0.065 23 K 0.768 0.008 0.035 0.032 0.029 0.039 0.089 24 I 0.559 0.014 0.057 0.040 0.051 0.118 0.162 25 M 0.494 0.022 0.087 0.019 0.096 0.123 0.159 26 E 0.372 0.015 0.088 0.019 0.167 0.228 0.112 27 K 0.209 0.022 0.049 0.010 0.194 0.262 0.254 28 V 0.226 0.023 0.003 0.002 0.182 0.020 0.544 29 D 0.122 0.012 0.002 0.001 0.258 0.030 0.575 30 Y 0.372 0.110 0.003 0.003 0.211 0.012 0.289 31 P 0.411 0.024 0.004 0.004 0.044 0.010 0.503 32 R 0.414 0.163 0.006 0.003 0.060 0.023 0.331 33 N 0.091 0.048 0.013 0.002 0.060 0.045 0.741 34 E 0.012 0.007 0.013 0.001 0.174 0.649 0.144 35 S 0.004 0.005 0.008 0.002 0.265 0.673 0.043 36 G 0.011 0.002 0.001 0.001 0.828 0.034 0.124 37 D 0.085 0.027 0.002 0.003 0.115 0.013 0.756 38 V 0.545 0.228 0.004 0.002 0.018 0.005 0.199 39 A 0.785 0.017 0.010 0.004 0.019 0.005 0.160 40 A 0.864 0.003 0.014 0.006 0.035 0.009 0.070 41 V 0.907 0.008 0.009 0.006 0.010 0.008 0.051 42 I 0.781 0.014 0.008 0.008 0.029 0.008 0.152 43 H 0.427 0.006 0.006 0.005 0.036 0.007 0.513 44 P 0.011 0.001 0.544 0.044 0.030 0.343 0.025 45 N 0.007 0.002 0.582 0.035 0.060 0.290 0.024 46 L 0.017 0.007 0.668 0.063 0.054 0.082 0.109 47 Q 0.046 0.042 0.238 0.076 0.105 0.203 0.290 48 D 0.056 0.019 0.156 0.036 0.181 0.260 0.291 49 Q 0.101 0.020 0.140 0.034 0.290 0.100 0.315 50 D 0.140 0.014 0.087 0.034 0.122 0.120 0.482 51 W 0.240 0.019 0.148 0.040 0.113 0.089 0.350 52 K 0.224 0.008 0.079 0.034 0.171 0.042 0.443 53 P 0.298 0.043 0.046 0.022 0.111 0.052 0.427 54 L 0.162 0.076 0.014 0.018 0.066 0.018 0.646 55 H 0.024 0.011 0.014 0.003 0.049 0.025 0.874 56 P 0.002 0.001 0.013 0.002 0.063 0.901 0.018 57 G 0.005 0.002 0.016 0.001 0.082 0.870 0.026 58 D 0.042 0.013 0.007 0.004 0.096 0.009 0.829 59 P 0.371 0.076 0.013 0.017 0.028 0.036 0.459 60 V 0.722 0.019 0.025 0.016 0.031 0.035 0.152 61 F 0.809 0.011 0.033 0.013 0.024 0.016 0.093 62 V 0.844 0.015 0.014 0.011 0.021 0.008 0.087 63 S 0.692 0.012 0.024 0.013 0.047 0.039 0.174 64 L 0.371 0.013 0.032 0.010 0.142 0.130 0.302 65 D 0.034 0.002 0.018 0.002 0.141 0.755 0.049 66 G 0.050 0.002 0.020 0.002 0.208 0.651 0.067 67 K 0.446 0.011 0.009 0.002 0.106 0.034 0.393 68 V 0.836 0.028 0.002 0.001 0.011 0.004 0.118 69 I 0.931 0.012 0.001 0.001 0.007 0.001 0.048 70 P 0.891 0.012 0.002 0.001 0.007 0.003 0.084 71 L 0.726 0.015 0.006 0.002 0.027 0.029 0.194 72 G 0.204 0.007 0.018 0.003 0.160 0.471 0.137 73 G 0.058 0.006 0.016 0.002 0.283 0.503 0.132 74 D 0.102 0.012 0.017 0.003 0.326 0.167 0.372 75 C 0.154 0.017 0.011 0.004 0.379 0.083 0.353 76 T 0.383 0.024 0.014 0.007 0.132 0.058 0.381 77 V 0.704 0.022 0.005 0.004 0.039 0.011 0.215 78 Y 0.811 0.008 0.002 0.005 0.031 0.002 0.140 79 P 0.859 0.005 0.002 0.006 0.012 0.002 0.113 80 V 0.939 0.002 0.003 0.008 0.011 0.003 0.034 81 F 0.963 0.002 0.001 0.007 0.003 0.001 0.023 82 V 0.915 0.002 0.002 0.025 0.007 0.003 0.045 83 N 0.672 0.007 0.004 0.076 0.047 0.015 0.180 84 E 0.242 0.007 0.036 0.451 0.068 0.060 0.135 85 A 0.147 0.006 0.041 0.617 0.066 0.041 0.082 86 A 0.096 0.003 0.040 0.733 0.032 0.037 0.059 87 Y 0.080 0.003 0.030 0.779 0.032 0.035 0.040 88 Y 0.080 0.004 0.022 0.751 0.030 0.063 0.049 89 E 0.054 0.003 0.023 0.713 0.031 0.109 0.067 90 K 0.019 0.001 0.023 0.503 0.038 0.384 0.032 91 K 0.038 0.001 0.015 0.164 0.077 0.657 0.048 92 E 0.230 0.012 0.020 0.187 0.109 0.128 0.314 93 A 0.600 0.031 0.008 0.118 0.043 0.022 0.177 94 F 0.700 0.007 0.018 0.122 0.030 0.030 0.093 95 A 0.798 0.007 0.031 0.059 0.016 0.030 0.059 96 K 0.724 0.005 0.043 0.064 0.034 0.061 0.069 97 T 0.734 0.004 0.020 0.034 0.086 0.039 0.083 98 T 0.754 0.004 0.009 0.016 0.033 0.019 0.166 99 K 0.819 0.004 0.003 0.008 0.030 0.008 0.129 100 L 0.906 0.001 0.002 0.005 0.032 0.004 0.049 101 T 0.916 0.007 0.001 0.002 0.010 0.002 0.062 102 L 0.878 0.006 0.001 0.002 0.012 0.001 0.100 103 N 0.694 0.006 0.001 0.002 0.025 0.003 0.268 104 A 0.376 0.008 0.008 0.040 0.087 0.028 0.453 105 K 0.218 0.007 0.025 0.096 0.228 0.096 0.330 106 S 0.221 0.014 0.082 0.177 0.094 0.077 0.334 107 I 0.261 0.022 0.081 0.264 0.081 0.097 0.195 108 R 0.262 0.013 0.069 0.229 0.107 0.089 0.231 109 S 0.181 0.009 0.092 0.192 0.164 0.103 0.260 110 T 0.123 0.010 0.051 0.122 0.225 0.165 0.304 111 L 0.056 0.017 0.026 0.047 0.008 0.116 0.730 112 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999