# TARGET T0289 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.2251 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.964 0.007 0.005 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 2 L 0.989 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 3 D 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 F 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 I 0.988 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 Q 0.989 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 R 0.938 0.003 0.003 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 F 0.650 0.008 0.017 0.316 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 9 N 0.302 0.023 0.024 0.190 0.008 0.037 0.351 0.023 0.039 0.003 0.001 10 E 0.259 0.035 0.141 0.490 0.009 0.005 0.051 0.002 0.003 0.002 0.001 11 G 0.029 0.002 0.018 0.028 0.013 0.001 0.096 0.782 0.001 0.030 0.001 12 K 0.099 0.316 0.456 0.054 0.017 0.040 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 13 E 0.047 0.419 0.413 0.036 0.012 0.042 0.008 0.001 0.022 0.001 0.001 14 F 0.016 0.375 0.417 0.001 0.010 0.015 0.003 0.001 0.162 0.001 0.001 15 P 0.018 0.004 0.916 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.004 0.001 0.043 16 P 0.169 0.006 0.695 0.013 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 17 C 0.167 0.185 0.185 0.129 0.182 0.020 0.055 0.050 0.013 0.014 0.001 18 A 0.099 0.311 0.196 0.130 0.146 0.042 0.040 0.009 0.019 0.007 0.001 19 I 0.017 0.719 0.148 0.014 0.064 0.013 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 20 D 0.030 0.532 0.301 0.008 0.041 0.068 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 21 V 0.035 0.811 0.073 0.011 0.034 0.020 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 22 Y 0.044 0.702 0.084 0.011 0.103 0.022 0.003 0.001 0.031 0.001 0.001 23 K 0.051 0.620 0.193 0.007 0.049 0.040 0.006 0.001 0.032 0.001 0.001 24 I 0.125 0.350 0.341 0.016 0.012 0.114 0.004 0.001 0.036 0.001 0.001 25 M 0.464 0.172 0.128 0.159 0.019 0.032 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 26 E 0.201 0.281 0.103 0.085 0.253 0.010 0.042 0.009 0.010 0.005 0.001 27 K 0.075 0.597 0.153 0.063 0.074 0.014 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 28 V 0.032 0.689 0.163 0.019 0.036 0.024 0.002 0.001 0.034 0.001 0.001 29 D 0.113 0.186 0.246 0.098 0.009 0.249 0.022 0.001 0.074 0.001 0.002 30 Y 0.017 0.317 0.213 0.008 0.060 0.032 0.019 0.001 0.333 0.001 0.001 31 P 0.059 0.012 0.774 0.009 0.001 0.026 0.001 0.001 0.002 0.001 0.115 32 R 0.070 0.239 0.505 0.069 0.044 0.052 0.005 0.003 0.011 0.002 0.001 33 N 0.009 0.132 0.596 0.012 0.087 0.101 0.006 0.002 0.048 0.006 0.001 34 E 0.816 0.019 0.030 0.112 0.004 0.008 0.004 0.002 0.004 0.001 0.001 35 S 0.171 0.018 0.076 0.694 0.004 0.006 0.020 0.003 0.007 0.001 0.001 36 G 0.019 0.003 0.049 0.021 0.046 0.001 0.034 0.647 0.001 0.180 0.001 37 D 0.056 0.096 0.674 0.042 0.020 0.063 0.023 0.002 0.018 0.002 0.005 38 V 0.057 0.302 0.567 0.012 0.008 0.037 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 39 A 0.178 0.463 0.152 0.102 0.052 0.023 0.005 0.001 0.023 0.001 0.001 40 A 0.023 0.552 0.237 0.007 0.156 0.013 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 41 V 0.016 0.767 0.108 0.006 0.057 0.022 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 42 I 0.018 0.682 0.194 0.011 0.029 0.037 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 43 H 0.006 0.185 0.338 0.001 0.021 0.077 0.004 0.001 0.365 0.002 0.001 44 P 0.937 0.001 0.034 0.012 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 45 N 0.691 0.015 0.034 0.171 0.010 0.024 0.033 0.010 0.010 0.001 0.001 46 L 0.627 0.024 0.034 0.279 0.004 0.014 0.006 0.002 0.010 0.001 0.001 47 Q 0.481 0.085 0.169 0.143 0.015 0.041 0.039 0.004 0.018 0.003 0.001 48 D 0.559 0.046 0.125 0.128 0.018 0.052 0.047 0.010 0.012 0.003 0.001 49 Q 0.659 0.084 0.051 0.155 0.019 0.011 0.009 0.005 0.007 0.001 0.001 50 D 0.255 0.055 0.068 0.506 0.011 0.033 0.047 0.003 0.019 0.001 0.001 51 W 0.349 0.078 0.149 0.207 0.020 0.029 0.109 0.028 0.024 0.004 0.001 52 K 0.151 0.287 0.409 0.004 0.045 0.008 0.012 0.001 0.077 0.007 0.001 53 P 0.230 0.004 0.673 0.007 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 54 L 0.230 0.121 0.486 0.087 0.013 0.047 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 55 H 0.029 0.329 0.392 0.002 0.050 0.012 0.009 0.001 0.173 0.004 0.001 56 P 0.176 0.001 0.774 0.011 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 57 G 0.036 0.002 0.016 0.065 0.006 0.001 0.018 0.835 0.001 0.019 0.001 58 D 0.002 0.121 0.700 0.001 0.006 0.032 0.004 0.001 0.134 0.001 0.001 59 P 0.044 0.013 0.844 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 60 V 0.054 0.598 0.221 0.033 0.059 0.019 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 61 F 0.013 0.658 0.164 0.007 0.077 0.047 0.002 0.001 0.031 0.001 0.001 62 V 0.016 0.739 0.130 0.028 0.032 0.032 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 63 S 0.016 0.406 0.407 0.012 0.092 0.043 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 64 L 0.153 0.477 0.119 0.063 0.036 0.053 0.010 0.002 0.084 0.002 0.001 65 D 0.024 0.040 0.153 0.157 0.011 0.029 0.509 0.004 0.062 0.010 0.001 66 G 0.003 0.001 0.010 0.004 0.018 0.001 0.043 0.868 0.001 0.052 0.001 67 K 0.027 0.427 0.451 0.030 0.030 0.021 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 68 V 0.006 0.367 0.571 0.003 0.005 0.034 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 69 I 0.008 0.711 0.144 0.003 0.020 0.028 0.002 0.001 0.083 0.001 0.001 70 P 0.006 0.027 0.936 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 71 L 0.096 0.341 0.297 0.101 0.051 0.046 0.018 0.004 0.043 0.002 0.002 72 G 0.044 0.043 0.171 0.050 0.143 0.006 0.099 0.231 0.008 0.205 0.001 73 G 0.058 0.024 0.149 0.025 0.137 0.002 0.012 0.119 0.002 0.473 0.001 74 D 0.250 0.075 0.239 0.316 0.043 0.028 0.022 0.010 0.006 0.007 0.003 75 C 0.095 0.214 0.357 0.072 0.154 0.020 0.032 0.020 0.023 0.015 0.001 76 T 0.364 0.156 0.300 0.076 0.048 0.030 0.005 0.005 0.006 0.007 0.002 77 V 0.310 0.396 0.152 0.077 0.027 0.017 0.003 0.001 0.016 0.002 0.001 78 Y 0.109 0.401 0.258 0.004 0.027 0.025 0.007 0.001 0.168 0.001 0.001 79 P 0.462 0.010 0.440 0.004 0.001 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 80 V 0.774 0.096 0.059 0.023 0.014 0.016 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 81 F 0.834 0.065 0.046 0.019 0.009 0.016 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 82 V 0.861 0.041 0.029 0.031 0.002 0.024 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 83 N 0.897 0.019 0.019 0.034 0.004 0.015 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 84 E 0.940 0.022 0.012 0.014 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 85 A 0.977 0.007 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 A 0.973 0.004 0.003 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 Y 0.946 0.004 0.003 0.039 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 88 Y 0.948 0.005 0.005 0.035 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 89 E 0.947 0.007 0.009 0.029 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 90 K 0.901 0.005 0.016 0.066 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 91 K 0.882 0.008 0.013 0.038 0.004 0.004 0.032 0.014 0.002 0.002 0.001 92 E 0.903 0.032 0.028 0.024 0.005 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 93 A 0.940 0.015 0.022 0.016 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 F 0.902 0.025 0.013 0.041 0.004 0.006 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 95 A 0.920 0.024 0.022 0.021 0.003 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 96 K 0.823 0.023 0.025 0.099 0.006 0.010 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 97 T 0.611 0.087 0.110 0.125 0.027 0.012 0.013 0.005 0.009 0.001 0.001 98 T 0.447 0.259 0.121 0.097 0.028 0.019 0.012 0.002 0.014 0.001 0.001 99 K 0.322 0.233 0.322 0.023 0.013 0.044 0.009 0.002 0.030 0.001 0.001 100 L 0.408 0.272 0.167 0.071 0.017 0.030 0.007 0.001 0.026 0.001 0.001 101 T 0.315 0.244 0.282 0.064 0.013 0.045 0.008 0.001 0.026 0.001 0.002 102 L 0.105 0.448 0.295 0.038 0.047 0.038 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 103 N 0.049 0.111 0.382 0.033 0.017 0.306 0.016 0.001 0.081 0.003 0.001 104 A 0.770 0.052 0.066 0.067 0.011 0.017 0.005 0.002 0.009 0.001 0.001 105 K 0.903 0.009 0.020 0.056 0.002 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 106 S 0.767 0.043 0.046 0.093 0.026 0.006 0.008 0.004 0.005 0.001 0.001 107 I 0.667 0.123 0.076 0.086 0.016 0.015 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 108 R 0.637 0.128 0.115 0.058 0.013 0.026 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 109 S 0.630 0.097 0.113 0.074 0.049 0.011 0.010 0.004 0.007 0.003 0.001 110 T 0.540 0.110 0.103 0.180 0.022 0.017 0.008 0.002 0.018 0.001 0.001 111 L 0.345 0.154 0.222 0.168 0.018 0.040 0.015 0.003 0.032 0.002 0.001 112 H 0.324 0.142 0.216 0.116 0.053 0.030 0.044 0.018 0.020 0.035 0.001