# TARGET T0289 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.005 0.026 0.015 0.003 0.006 0.003 0.007 0.776 0.136 0.022 0.002 2 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.896 0.092 0.004 0.001 3 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.955 0.037 0.001 0.001 4 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.044 0.002 0.001 5 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.936 0.060 0.002 0.001 6 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.930 0.061 0.002 0.001 7 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.931 0.036 0.012 0.001 8 F 0.009 0.013 0.014 0.003 0.010 0.006 0.056 0.722 0.134 0.026 0.007 9 N 0.012 0.028 0.024 0.016 0.017 0.014 0.077 0.669 0.087 0.048 0.009 10 E 0.002 0.647 0.167 0.033 0.029 0.020 0.032 0.044 0.008 0.016 0.002 11 G 0.030 0.022 0.018 0.011 0.020 0.003 0.003 0.012 0.012 0.572 0.297 12 K 0.132 0.312 0.083 0.008 0.240 0.010 0.028 0.049 0.038 0.053 0.048 13 E 0.054 0.434 0.192 0.015 0.230 0.006 0.010 0.022 0.011 0.013 0.013 14 F 0.055 0.389 0.246 0.032 0.141 0.021 0.039 0.039 0.014 0.009 0.015 15 P 0.056 0.290 0.296 0.043 0.141 0.024 0.025 0.035 0.030 0.036 0.025 16 P 0.069 0.210 0.112 0.041 0.174 0.037 0.054 0.110 0.118 0.040 0.034 17 C 0.033 0.041 0.031 0.028 0.050 0.058 0.123 0.188 0.211 0.216 0.020 18 A 0.221 0.119 0.022 0.006 0.261 0.005 0.020 0.052 0.059 0.157 0.078 19 I 0.342 0.081 0.005 0.002 0.470 0.002 0.002 0.007 0.006 0.017 0.066 20 D 0.207 0.113 0.020 0.010 0.552 0.017 0.016 0.021 0.006 0.011 0.026 21 V 0.508 0.031 0.004 0.002 0.369 0.002 0.002 0.006 0.003 0.008 0.066 22 Y 0.224 0.152 0.021 0.023 0.484 0.016 0.008 0.015 0.007 0.009 0.043 23 K 0.238 0.160 0.046 0.007 0.448 0.006 0.008 0.023 0.008 0.008 0.047 24 I 0.337 0.067 0.023 0.013 0.269 0.015 0.029 0.047 0.023 0.055 0.122 25 M 0.087 0.123 0.050 0.160 0.133 0.105 0.076 0.077 0.075 0.078 0.037 26 E 0.034 0.122 0.120 0.184 0.088 0.066 0.066 0.124 0.093 0.086 0.019 27 K 0.230 0.100 0.024 0.006 0.309 0.006 0.017 0.055 0.058 0.116 0.080 28 V 0.279 0.135 0.013 0.001 0.501 0.002 0.002 0.006 0.006 0.012 0.044 29 D 0.255 0.071 0.027 0.018 0.316 0.032 0.052 0.036 0.033 0.070 0.091 30 Y 0.075 0.354 0.329 0.014 0.192 0.001 0.001 0.005 0.004 0.010 0.015 31 P 0.100 0.458 0.123 0.002 0.272 0.002 0.004 0.012 0.003 0.006 0.017 32 R 0.035 0.428 0.030 0.012 0.382 0.023 0.015 0.031 0.008 0.020 0.016 33 N 0.028 0.163 0.660 0.076 0.020 0.011 0.006 0.016 0.009 0.003 0.007 34 E 0.001 0.001 0.015 0.010 0.001 0.022 0.050 0.555 0.332 0.010 0.002 35 S 0.001 0.713 0.237 0.027 0.008 0.001 0.003 0.005 0.003 0.002 0.001 36 G 0.005 0.012 0.008 0.010 0.006 0.003 0.002 0.005 0.012 0.620 0.318 37 D 0.045 0.518 0.047 0.002 0.275 0.014 0.029 0.031 0.018 0.015 0.008 38 V 0.564 0.029 0.004 0.001 0.282 0.001 0.002 0.005 0.007 0.009 0.097 39 A 0.076 0.159 0.105 0.218 0.161 0.118 0.066 0.035 0.031 0.012 0.019 40 A 0.229 0.151 0.038 0.011 0.447 0.004 0.006 0.021 0.029 0.018 0.045 41 V 0.173 0.114 0.037 0.003 0.502 0.002 0.013 0.031 0.033 0.035 0.056 42 I 0.173 0.235 0.069 0.015 0.366 0.028 0.036 0.016 0.011 0.029 0.024 43 H 0.183 0.225 0.063 0.005 0.470 0.001 0.001 0.005 0.005 0.006 0.034 44 P 0.016 0.018 0.007 0.012 0.030 0.020 0.032 0.295 0.530 0.032 0.010 45 N 0.022 0.030 0.022 0.013 0.033 0.012 0.083 0.271 0.204 0.279 0.031 46 L 0.072 0.075 0.027 0.015 0.076 0.027 0.099 0.186 0.101 0.267 0.054 47 Q 0.035 0.240 0.109 0.058 0.105 0.033 0.065 0.148 0.085 0.091 0.031 48 D 0.034 0.132 0.104 0.065 0.101 0.028 0.068 0.245 0.134 0.075 0.014 49 Q 0.023 0.042 0.023 0.012 0.043 0.033 0.114 0.270 0.162 0.250 0.028 50 D 0.164 0.092 0.020 0.008 0.272 0.007 0.029 0.110 0.091 0.132 0.075 51 W 0.115 0.074 0.035 0.027 0.118 0.007 0.008 0.060 0.142 0.258 0.157 52 K 0.013 0.456 0.231 0.009 0.117 0.007 0.024 0.074 0.055 0.012 0.003 53 P 0.162 0.344 0.104 0.001 0.256 0.001 0.005 0.028 0.036 0.037 0.026 54 L 0.172 0.248 0.071 0.009 0.335 0.014 0.040 0.041 0.017 0.019 0.035 55 H 0.008 0.163 0.647 0.129 0.034 0.011 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 56 P 0.001 0.003 0.002 0.023 0.002 0.107 0.677 0.150 0.033 0.002 0.001 57 G 0.006 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.002 0.010 0.033 0.859 0.080 58 D 0.006 0.702 0.154 0.007 0.121 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 59 P 0.541 0.026 0.004 0.002 0.359 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.060 60 V 0.091 0.155 0.027 0.085 0.279 0.147 0.107 0.036 0.013 0.018 0.041 61 F 0.237 0.116 0.013 0.001 0.500 0.001 0.001 0.007 0.005 0.028 0.092 62 V 0.190 0.227 0.013 0.001 0.484 0.005 0.007 0.011 0.007 0.015 0.040 63 S 0.373 0.180 0.042 0.007 0.198 0.004 0.005 0.009 0.011 0.030 0.142 64 L 0.068 0.041 0.121 0.228 0.058 0.110 0.038 0.124 0.108 0.060 0.044 65 D 0.002 0.160 0.160 0.445 0.013 0.069 0.088 0.040 0.016 0.007 0.001 66 G 0.006 0.012 0.014 0.032 0.006 0.011 0.006 0.026 0.062 0.707 0.118 67 K 0.051 0.401 0.090 0.008 0.332 0.007 0.013 0.032 0.023 0.028 0.013 68 V 0.335 0.065 0.011 0.002 0.492 0.002 0.004 0.008 0.008 0.016 0.057 69 I 0.109 0.322 0.061 0.004 0.479 0.002 0.003 0.004 0.002 0.003 0.012 70 P 0.357 0.116 0.025 0.003 0.390 0.006 0.007 0.010 0.005 0.011 0.071 71 L 0.125 0.186 0.178 0.088 0.224 0.041 0.025 0.034 0.028 0.024 0.047 72 G 0.034 0.086 0.071 0.174 0.042 0.158 0.180 0.096 0.066 0.071 0.021 73 G 0.032 0.087 0.102 0.149 0.051 0.054 0.038 0.066 0.087 0.270 0.064 74 D 0.087 0.103 0.040 0.056 0.097 0.037 0.048 0.079 0.127 0.237 0.087 75 C 0.056 0.196 0.195 0.090 0.136 0.037 0.053 0.053 0.059 0.092 0.034 76 T 0.114 0.302 0.122 0.016 0.278 0.008 0.018 0.045 0.041 0.030 0.028 77 V 0.238 0.164 0.058 0.015 0.340 0.014 0.020 0.028 0.027 0.030 0.066 78 Y 0.092 0.326 0.165 0.025 0.304 0.009 0.011 0.016 0.012 0.013 0.027 79 P 0.206 0.164 0.039 0.008 0.357 0.008 0.023 0.084 0.042 0.023 0.046 80 V 0.174 0.093 0.020 0.010 0.304 0.015 0.068 0.182 0.058 0.036 0.040 81 F 0.151 0.131 0.025 0.015 0.406 0.015 0.025 0.135 0.029 0.034 0.034 82 V 0.223 0.061 0.014 0.009 0.275 0.015 0.023 0.229 0.047 0.033 0.071 83 N 0.092 0.055 0.034 0.052 0.096 0.083 0.061 0.353 0.073 0.056 0.045 84 E 0.062 0.043 0.025 0.018 0.083 0.009 0.016 0.493 0.135 0.064 0.053 85 A 0.033 0.049 0.020 0.011 0.058 0.011 0.018 0.622 0.130 0.033 0.015 86 A 0.024 0.048 0.019 0.007 0.065 0.010 0.026 0.667 0.094 0.028 0.013 87 Y 0.049 0.044 0.011 0.005 0.074 0.007 0.023 0.658 0.074 0.034 0.020 88 Y 0.034 0.027 0.015 0.008 0.019 0.009 0.042 0.662 0.132 0.031 0.020 89 E 0.024 0.019 0.008 0.007 0.028 0.019 0.061 0.684 0.115 0.026 0.008 90 K 0.010 0.391 0.104 0.095 0.052 0.043 0.082 0.175 0.027 0.016 0.005 91 K 0.030 0.017 0.016 0.015 0.018 0.017 0.022 0.125 0.033 0.575 0.133 92 E 0.078 0.143 0.039 0.012 0.152 0.032 0.054 0.327 0.073 0.055 0.037 93 A 0.176 0.099 0.024 0.013 0.306 0.012 0.015 0.212 0.047 0.044 0.051 94 F 0.125 0.146 0.038 0.020 0.316 0.028 0.039 0.196 0.042 0.027 0.023 95 A 0.206 0.106 0.021 0.008 0.390 0.007 0.017 0.157 0.037 0.026 0.025 96 K 0.185 0.084 0.027 0.023 0.239 0.024 0.045 0.181 0.052 0.078 0.061 97 T 0.118 0.299 0.058 0.022 0.333 0.021 0.020 0.055 0.017 0.033 0.024 98 T 0.167 0.185 0.055 0.014 0.388 0.012 0.022 0.061 0.023 0.035 0.039 99 K 0.248 0.138 0.048 0.014 0.326 0.023 0.025 0.050 0.028 0.033 0.066 100 L 0.105 0.291 0.063 0.007 0.450 0.005 0.008 0.024 0.012 0.011 0.023 101 T 0.279 0.139 0.030 0.003 0.419 0.005 0.012 0.026 0.015 0.022 0.050 102 L 0.084 0.397 0.089 0.011 0.367 0.007 0.007 0.012 0.006 0.008 0.012 103 N 0.218 0.195 0.077 0.016 0.326 0.009 0.010 0.023 0.015 0.042 0.070 104 A 0.072 0.175 0.160 0.064 0.145 0.016 0.025 0.138 0.115 0.061 0.028 105 K 0.014 0.128 0.133 0.061 0.047 0.028 0.063 0.338 0.146 0.033 0.009 106 S 0.056 0.120 0.038 0.007 0.141 0.011 0.055 0.368 0.136 0.049 0.018 107 I 0.080 0.044 0.015 0.009 0.112 0.019 0.040 0.391 0.153 0.100 0.038 108 R 0.120 0.057 0.022 0.017 0.143 0.023 0.052 0.268 0.123 0.105 0.072 109 S 0.074 0.145 0.053 0.029 0.158 0.023 0.044 0.258 0.122 0.061 0.033 110 T 0.065 0.159 0.059 0.012 0.187 0.007 0.044 0.233 0.113 0.093 0.028 111 L 0.115 0.115 0.042 0.022 0.167 0.032 0.067 0.186 0.101 0.100 0.054 112 H 0.099 0.157 0.077 0.036 0.178 0.025 0.054 0.144 0.071 0.098 0.062