# TARGET T0289 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.220 0.217 0.211 0.200 0.109 0.040 0.002 2 L 0.165 0.183 0.247 0.232 0.133 0.037 0.003 3 D 0.408 0.344 0.153 0.064 0.024 0.007 0.001 4 F 0.154 0.250 0.241 0.200 0.117 0.037 0.002 5 I 0.078 0.050 0.075 0.220 0.321 0.229 0.026 6 Q 0.137 0.237 0.249 0.227 0.114 0.032 0.003 7 R 0.396 0.363 0.151 0.056 0.026 0.007 0.001 8 F 0.125 0.172 0.211 0.257 0.170 0.061 0.003 9 N 0.229 0.163 0.200 0.258 0.117 0.031 0.002 10 E 0.627 0.259 0.077 0.026 0.009 0.002 0.001 11 G 0.740 0.194 0.044 0.017 0.004 0.001 0.001 12 K 0.499 0.275 0.147 0.062 0.013 0.002 0.001 13 E 0.335 0.250 0.182 0.151 0.069 0.012 0.001 14 F 0.348 0.271 0.171 0.138 0.059 0.012 0.001 15 P 0.225 0.289 0.240 0.172 0.061 0.012 0.001 16 P 0.138 0.167 0.199 0.248 0.177 0.066 0.005 17 C 0.241 0.300 0.198 0.151 0.081 0.026 0.003 18 A 0.121 0.294 0.289 0.188 0.079 0.025 0.004 19 I 0.034 0.074 0.118 0.227 0.320 0.210 0.017 20 D 0.020 0.116 0.243 0.322 0.214 0.077 0.007 21 V 0.016 0.033 0.056 0.139 0.289 0.400 0.067 22 Y 0.035 0.119 0.213 0.281 0.231 0.111 0.010 23 K 0.083 0.196 0.213 0.245 0.170 0.084 0.009 24 I 0.069 0.136 0.184 0.273 0.225 0.101 0.011 25 M 0.091 0.153 0.200 0.262 0.207 0.080 0.007 26 E 0.324 0.380 0.185 0.079 0.024 0.007 0.001 27 K 0.223 0.328 0.247 0.137 0.051 0.013 0.002 28 V 0.038 0.069 0.130 0.282 0.312 0.157 0.011 29 D 0.104 0.240 0.265 0.215 0.127 0.045 0.004 30 Y 0.026 0.045 0.106 0.231 0.321 0.236 0.035 31 P 0.079 0.149 0.184 0.236 0.225 0.115 0.011 32 R 0.092 0.160 0.217 0.288 0.183 0.055 0.004 33 N 0.307 0.351 0.200 0.100 0.033 0.008 0.001 34 E 0.363 0.270 0.182 0.131 0.044 0.008 0.001 35 S 0.705 0.211 0.054 0.020 0.007 0.002 0.001 36 G 0.476 0.293 0.147 0.065 0.016 0.003 0.001 37 D 0.305 0.357 0.202 0.099 0.030 0.006 0.001 38 V 0.060 0.128 0.176 0.286 0.248 0.093 0.009 39 A 0.037 0.095 0.155 0.259 0.274 0.157 0.023 40 A 0.021 0.025 0.046 0.101 0.190 0.399 0.218 41 V 0.018 0.026 0.044 0.100 0.185 0.364 0.264 42 I 0.027 0.042 0.069 0.123 0.205 0.320 0.213 43 H 0.029 0.063 0.095 0.173 0.226 0.280 0.134 44 P 0.118 0.179 0.175 0.193 0.178 0.122 0.035 45 N 0.165 0.286 0.246 0.168 0.078 0.045 0.013 46 L 0.100 0.139 0.174 0.247 0.224 0.104 0.013 47 Q 0.076 0.129 0.184 0.240 0.248 0.113 0.010 48 D 0.191 0.286 0.228 0.182 0.083 0.028 0.002 49 Q 0.128 0.269 0.293 0.193 0.084 0.029 0.004 50 D 0.055 0.088 0.145 0.256 0.308 0.135 0.012 51 W 0.044 0.089 0.177 0.258 0.281 0.137 0.014 52 K 0.267 0.331 0.205 0.128 0.049 0.017 0.002 53 P 0.242 0.320 0.235 0.135 0.051 0.016 0.001 54 L 0.038 0.059 0.133 0.288 0.344 0.130 0.007 55 H 0.199 0.297 0.268 0.174 0.053 0.009 0.001 56 P 0.438 0.296 0.145 0.084 0.030 0.006 0.001 57 G 0.304 0.272 0.179 0.144 0.071 0.028 0.003 58 D 0.130 0.211 0.225 0.244 0.134 0.049 0.006 59 P 0.103 0.142 0.188 0.211 0.190 0.128 0.039 60 V 0.078 0.097 0.111 0.178 0.247 0.241 0.048 61 F 0.060 0.054 0.087 0.151 0.215 0.340 0.093 62 V 0.104 0.180 0.184 0.218 0.171 0.120 0.022 63 S 0.089 0.175 0.230 0.239 0.173 0.084 0.010 64 L 0.070 0.092 0.124 0.252 0.301 0.144 0.016 65 D 0.425 0.349 0.159 0.055 0.011 0.002 0.001 66 G 0.385 0.295 0.163 0.105 0.042 0.010 0.001 67 K 0.216 0.299 0.238 0.159 0.068 0.018 0.001 68 V 0.057 0.129 0.226 0.287 0.221 0.078 0.003 69 I 0.034 0.059 0.109 0.228 0.317 0.237 0.016 70 P 0.028 0.112 0.218 0.302 0.231 0.102 0.007 71 L 0.010 0.032 0.097 0.287 0.391 0.173 0.010 72 G 0.156 0.319 0.247 0.173 0.084 0.020 0.001 73 G 0.351 0.306 0.180 0.122 0.033 0.006 0.001 74 D 0.564 0.293 0.090 0.036 0.013 0.003 0.001 75 C 0.295 0.357 0.208 0.105 0.030 0.005 0.001 76 T 0.069 0.256 0.271 0.259 0.119 0.025 0.001 77 V 0.007 0.030 0.083 0.231 0.336 0.280 0.033 78 Y 0.001 0.003 0.012 0.065 0.258 0.514 0.147 79 P 0.001 0.002 0.008 0.033 0.147 0.417 0.392 80 V 0.001 0.001 0.003 0.013 0.059 0.307 0.618 81 F 0.001 0.001 0.001 0.007 0.031 0.218 0.743 82 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.115 0.866 83 N 0.001 0.001 0.003 0.016 0.067 0.320 0.593 84 E 0.001 0.001 0.003 0.021 0.121 0.394 0.460 85 A 0.001 0.001 0.002 0.008 0.033 0.248 0.707 86 A 0.002 0.008 0.017 0.058 0.140 0.394 0.380 87 Y 0.005 0.018 0.048 0.138 0.277 0.383 0.131 88 Y 0.004 0.010 0.025 0.095 0.261 0.465 0.141 89 E 0.008 0.024 0.049 0.115 0.262 0.391 0.150 90 K 0.023 0.085 0.177 0.231 0.201 0.212 0.071 91 K 0.047 0.122 0.146 0.221 0.256 0.170 0.039 92 E 0.012 0.033 0.077 0.173 0.311 0.310 0.084 93 A 0.028 0.051 0.077 0.150 0.245 0.364 0.084 94 F 0.040 0.065 0.110 0.204 0.259 0.254 0.067 95 A 0.069 0.088 0.104 0.160 0.229 0.284 0.066 96 K 0.072 0.113 0.168 0.260 0.244 0.125 0.018 97 T 0.115 0.126 0.136 0.224 0.236 0.141 0.022 98 T 0.195 0.285 0.247 0.178 0.070 0.022 0.004 99 K 0.208 0.263 0.212 0.186 0.096 0.031 0.004 100 L 0.275 0.315 0.199 0.131 0.060 0.018 0.001 101 T 0.262 0.311 0.231 0.137 0.049 0.010 0.001 102 L 0.130 0.120 0.136 0.239 0.249 0.119 0.006 103 N 0.219 0.306 0.254 0.162 0.048 0.010 0.001 104 A 0.103 0.098 0.138 0.231 0.262 0.154 0.014 105 K 0.225 0.294 0.248 0.156 0.062 0.014 0.001 106 S 0.167 0.212 0.240 0.212 0.129 0.036 0.004 107 I 0.130 0.116 0.130 0.196 0.227 0.180 0.020 108 R 0.113 0.203 0.263 0.257 0.127 0.035 0.002 109 S 0.226 0.219 0.173 0.150 0.135 0.087 0.009 110 T 0.253 0.229 0.203 0.198 0.091 0.025 0.002 111 L 0.354 0.166 0.144 0.182 0.117 0.035 0.003 112 H 0.655 0.222 0.079 0.030 0.010 0.003 0.001