# TARGET T0289 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.7165 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.003 0.001 0.042 0.854 0.038 0.062 2 L 0.008 0.003 0.024 0.856 0.046 0.063 3 D 0.006 0.002 0.023 0.875 0.047 0.046 4 F 0.005 0.001 0.018 0.947 0.016 0.012 5 I 0.003 0.001 0.009 0.979 0.006 0.003 6 Q 0.003 0.001 0.015 0.972 0.007 0.003 7 R 0.001 0.001 0.004 0.982 0.007 0.005 8 F 0.001 0.001 0.006 0.966 0.022 0.004 9 N 0.002 0.002 0.013 0.827 0.124 0.033 10 E 0.001 0.001 0.018 0.675 0.236 0.068 11 G 0.007 0.005 0.015 0.044 0.606 0.324 12 K 0.023 0.005 0.003 0.002 0.143 0.824 13 E 0.198 0.045 0.006 0.004 0.140 0.608 14 F 0.141 0.028 0.004 0.002 0.124 0.701 15 P 0.068 0.015 0.004 0.001 0.141 0.771 16 P 0.036 0.005 0.371 0.035 0.335 0.218 17 C 0.062 0.002 0.381 0.043 0.347 0.165 18 A 0.200 0.006 0.354 0.071 0.270 0.100 19 I 0.664 0.008 0.026 0.042 0.109 0.150 20 D 0.879 0.004 0.008 0.029 0.029 0.051 21 V 0.907 0.003 0.007 0.053 0.012 0.018 22 Y 0.919 0.002 0.004 0.041 0.013 0.020 23 K 0.889 0.002 0.007 0.037 0.028 0.036 24 I 0.792 0.009 0.009 0.037 0.057 0.096 25 M 0.623 0.009 0.027 0.045 0.129 0.166 26 E 0.577 0.005 0.036 0.030 0.143 0.209 27 K 0.653 0.010 0.041 0.026 0.102 0.169 28 V 0.732 0.016 0.011 0.011 0.073 0.158 29 D 0.558 0.014 0.008 0.007 0.095 0.318 30 Y 0.210 0.017 0.006 0.004 0.140 0.623 31 P 0.183 0.022 0.013 0.004 0.229 0.549 32 R 0.183 0.051 0.022 0.005 0.249 0.490 33 N 0.108 0.038 0.029 0.004 0.620 0.201 34 E 0.061 0.014 0.033 0.008 0.834 0.049 35 S 0.043 0.005 0.016 0.007 0.857 0.073 36 G 0.067 0.005 0.009 0.006 0.818 0.094 37 D 0.309 0.021 0.006 0.012 0.364 0.288 38 V 0.650 0.036 0.006 0.020 0.076 0.211 39 A 0.848 0.007 0.007 0.016 0.047 0.075 40 A 0.951 0.002 0.005 0.011 0.012 0.018 41 V 0.958 0.003 0.005 0.012 0.010 0.013 42 I 0.864 0.015 0.005 0.017 0.033 0.066 43 H 0.320 0.010 0.010 0.035 0.412 0.212 44 P 0.015 0.001 0.205 0.099 0.560 0.120 45 N 0.005 0.004 0.193 0.081 0.621 0.097 46 L 0.005 0.021 0.371 0.073 0.502 0.027 47 Q 0.021 0.019 0.190 0.086 0.492 0.193 48 D 0.024 0.025 0.161 0.109 0.504 0.176 49 Q 0.044 0.018 0.120 0.071 0.483 0.264 50 D 0.105 0.038 0.056 0.047 0.371 0.383 51 W 0.098 0.047 0.093 0.060 0.428 0.275 52 K 0.123 0.020 0.091 0.032 0.334 0.400 53 P 0.211 0.022 0.120 0.030 0.269 0.347 54 L 0.133 0.090 0.048 0.017 0.191 0.521 55 H 0.066 0.048 0.012 0.005 0.710 0.159 56 P 0.040 0.011 0.012 0.006 0.816 0.114 57 G 0.012 0.005 0.012 0.004 0.873 0.094 58 D 0.090 0.026 0.008 0.003 0.768 0.105 59 P 0.225 0.013 0.017 0.013 0.271 0.460 60 V 0.545 0.034 0.024 0.021 0.176 0.200 61 F 0.846 0.010 0.015 0.015 0.053 0.062 62 V 0.920 0.009 0.004 0.008 0.018 0.041 63 S 0.858 0.016 0.003 0.006 0.080 0.038 64 L 0.462 0.010 0.006 0.006 0.478 0.037 65 D 0.121 0.003 0.004 0.004 0.822 0.046 66 G 0.095 0.003 0.004 0.002 0.844 0.052 67 K 0.650 0.015 0.002 0.002 0.219 0.112 68 V 0.902 0.017 0.001 0.001 0.020 0.059 69 I 0.900 0.012 0.001 0.001 0.024 0.061 70 P 0.775 0.012 0.002 0.002 0.098 0.110 71 L 0.488 0.026 0.005 0.002 0.284 0.194 72 G 0.142 0.012 0.009 0.003 0.631 0.203 73 G 0.111 0.012 0.014 0.002 0.658 0.203 74 D 0.182 0.016 0.019 0.003 0.481 0.299 75 C 0.418 0.019 0.019 0.005 0.270 0.269 76 T 0.609 0.027 0.011 0.010 0.153 0.190 77 V 0.563 0.033 0.007 0.027 0.108 0.263 78 Y 0.566 0.014 0.009 0.070 0.094 0.246 79 P 0.315 0.004 0.029 0.423 0.083 0.146 80 V 0.239 0.006 0.044 0.583 0.047 0.081 81 F 0.169 0.006 0.035 0.726 0.026 0.037 82 V 0.107 0.006 0.027 0.797 0.026 0.037 83 N 0.053 0.002 0.039 0.810 0.051 0.044 84 E 0.023 0.001 0.054 0.852 0.046 0.023 85 A 0.014 0.002 0.054 0.871 0.042 0.017 86 A 0.012 0.002 0.068 0.859 0.048 0.012 87 Y 0.008 0.001 0.047 0.890 0.042 0.012 88 Y 0.009 0.002 0.037 0.876 0.046 0.030 89 E 0.007 0.002 0.027 0.886 0.041 0.037 90 K 0.004 0.001 0.022 0.892 0.037 0.045 91 K 0.005 0.001 0.020 0.873 0.039 0.062 92 E 0.013 0.002 0.024 0.836 0.055 0.070 93 A 0.036 0.003 0.032 0.814 0.053 0.062 94 F 0.098 0.006 0.040 0.718 0.078 0.059 95 A 0.168 0.005 0.042 0.520 0.142 0.123 96 K 0.165 0.005 0.027 0.492 0.165 0.145 97 T 0.353 0.010 0.018 0.252 0.192 0.175 98 T 0.483 0.008 0.012 0.174 0.140 0.182 99 K 0.595 0.004 0.014 0.125 0.115 0.146 100 L 0.790 0.005 0.006 0.056 0.049 0.094 101 T 0.772 0.006 0.002 0.049 0.031 0.139 102 L 0.470 0.025 0.003 0.046 0.041 0.415 103 N 0.178 0.017 0.002 0.035 0.098 0.670 104 A 0.021 0.002 0.091 0.576 0.129 0.181 105 K 0.008 0.001 0.202 0.653 0.109 0.027 106 S 0.009 0.002 0.269 0.557 0.148 0.015 107 I 0.016 0.006 0.068 0.792 0.086 0.032 108 R 0.036 0.008 0.079 0.737 0.091 0.049 109 S 0.033 0.004 0.092 0.673 0.116 0.082 110 T 0.039 0.005 0.063 0.569 0.115 0.209 111 L 0.039 0.016 0.024 0.374 0.108 0.439 112 H 0.023 0.006 0.005 0.083 0.078 0.804