# TARGET T0289 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t1c2-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.7165 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.001 0.010 0.398 0.001 0.051 0.394 0.001 0.001 0.002 0.029 0.110 0.001 0.004 2 L 0.001 0.003 0.267 0.001 0.036 0.647 0.001 0.001 0.003 0.014 0.023 0.002 0.004 3 D 0.003 0.006 0.137 0.005 0.042 0.707 0.001 0.002 0.004 0.034 0.040 0.016 0.004 4 F 0.004 0.003 0.050 0.001 0.039 0.744 0.002 0.004 0.016 0.013 0.092 0.011 0.021 5 I 0.005 0.009 0.112 0.020 0.031 0.726 0.002 0.006 0.009 0.026 0.033 0.005 0.016 6 Q 0.003 0.005 0.074 0.004 0.027 0.746 0.001 0.010 0.014 0.030 0.017 0.041 0.027 7 R 0.003 0.010 0.062 0.006 0.021 0.716 0.001 0.008 0.012 0.033 0.029 0.008 0.090 8 F 0.001 0.009 0.171 0.009 0.023 0.627 0.001 0.006 0.026 0.047 0.049 0.019 0.012 9 N 0.001 0.015 0.262 0.008 0.022 0.390 0.001 0.004 0.011 0.093 0.154 0.014 0.025 10 E 0.001 0.004 0.054 0.010 0.016 0.118 0.001 0.001 0.001 0.084 0.702 0.004 0.006 11 G 0.001 0.001 0.088 0.001 0.007 0.019 0.001 0.001 0.002 0.120 0.756 0.003 0.002 12 K 0.001 0.025 0.656 0.001 0.007 0.014 0.001 0.001 0.009 0.155 0.091 0.013 0.026 13 E 0.002 0.178 0.476 0.002 0.006 0.006 0.003 0.001 0.033 0.114 0.034 0.033 0.113 14 F 0.001 0.025 0.701 0.005 0.006 0.002 0.001 0.001 0.016 0.146 0.024 0.048 0.025 15 P 0.001 0.010 0.722 0.003 0.013 0.004 0.001 0.001 0.009 0.139 0.049 0.007 0.042 16 P 0.001 0.009 0.451 0.007 0.128 0.013 0.001 0.001 0.004 0.150 0.215 0.004 0.019 17 C 0.002 0.011 0.314 0.044 0.179 0.016 0.001 0.001 0.003 0.221 0.189 0.016 0.005 18 A 0.019 0.021 0.373 0.010 0.121 0.024 0.004 0.001 0.023 0.111 0.117 0.029 0.147 19 I 0.086 0.013 0.295 0.011 0.016 0.010 0.025 0.007 0.097 0.027 0.012 0.150 0.251 20 D 0.222 0.012 0.087 0.021 0.004 0.010 0.070 0.009 0.069 0.020 0.003 0.351 0.122 21 V 0.243 0.004 0.041 0.007 0.006 0.010 0.098 0.017 0.068 0.004 0.004 0.072 0.426 22 Y 0.254 0.004 0.035 0.259 0.008 0.016 0.089 0.036 0.054 0.008 0.006 0.118 0.111 23 K 0.163 0.003 0.040 0.019 0.008 0.012 0.023 0.019 0.059 0.017 0.006 0.455 0.176 24 I 0.109 0.004 0.100 0.048 0.016 0.024 0.009 0.006 0.027 0.029 0.031 0.041 0.557 25 M 0.071 0.016 0.181 0.211 0.049 0.041 0.008 0.009 0.020 0.101 0.053 0.150 0.089 26 E 0.040 0.008 0.179 0.036 0.057 0.043 0.006 0.012 0.030 0.117 0.116 0.213 0.143 27 K 0.038 0.011 0.257 0.040 0.052 0.027 0.006 0.009 0.017 0.081 0.136 0.049 0.279 28 V 0.041 0.034 0.341 0.010 0.018 0.023 0.012 0.005 0.031 0.118 0.041 0.238 0.088 29 D 0.016 0.030 0.376 0.008 0.011 0.007 0.004 0.001 0.021 0.094 0.022 0.069 0.341 30 Y 0.005 0.016 0.539 0.021 0.014 0.010 0.001 0.001 0.009 0.188 0.021 0.111 0.063 31 P 0.003 0.013 0.662 0.006 0.016 0.016 0.001 0.001 0.010 0.110 0.054 0.023 0.086 32 R 0.006 0.106 0.400 0.008 0.038 0.031 0.006 0.001 0.011 0.155 0.143 0.016 0.079 33 N 0.001 0.013 0.753 0.004 0.017 0.006 0.001 0.001 0.005 0.101 0.060 0.018 0.022 34 E 0.001 0.011 0.151 0.003 0.018 0.010 0.001 0.001 0.002 0.231 0.550 0.013 0.009 35 S 0.001 0.001 0.024 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.911 0.002 0.004 36 G 0.001 0.004 0.195 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.617 0.156 0.013 0.006 37 D 0.018 0.017 0.677 0.004 0.001 0.002 0.006 0.001 0.007 0.096 0.014 0.053 0.104 38 V 0.123 0.051 0.198 0.013 0.001 0.001 0.034 0.001 0.012 0.016 0.006 0.182 0.362 39 A 0.180 0.006 0.080 0.235 0.003 0.001 0.046 0.002 0.014 0.015 0.002 0.228 0.188 40 A 0.292 0.001 0.018 0.005 0.001 0.002 0.162 0.009 0.025 0.002 0.002 0.168 0.314 41 V 0.524 0.002 0.011 0.012 0.001 0.001 0.173 0.012 0.013 0.002 0.001 0.106 0.141 42 I 0.372 0.007 0.022 0.005 0.001 0.002 0.097 0.010 0.038 0.006 0.001 0.201 0.238 43 H 0.063 0.004 0.312 0.052 0.004 0.004 0.005 0.001 0.082 0.059 0.007 0.192 0.216 44 P 0.010 0.005 0.387 0.079 0.068 0.027 0.002 0.001 0.019 0.109 0.159 0.009 0.123 45 N 0.013 0.013 0.140 0.012 0.086 0.019 0.005 0.003 0.016 0.200 0.429 0.047 0.016 46 L 0.016 0.028 0.290 0.001 0.115 0.028 0.008 0.006 0.018 0.172 0.218 0.037 0.061 47 Q 0.012 0.141 0.309 0.003 0.058 0.020 0.008 0.007 0.019 0.160 0.208 0.016 0.038 48 D 0.002 0.039 0.430 0.002 0.076 0.020 0.001 0.001 0.010 0.257 0.133 0.011 0.019 49 Q 0.001 0.005 0.177 0.008 0.112 0.034 0.001 0.001 0.001 0.348 0.306 0.003 0.005 50 D 0.002 0.014 0.227 0.014 0.114 0.044 0.001 0.001 0.001 0.270 0.296 0.010 0.009 51 W 0.003 0.040 0.328 0.003 0.163 0.059 0.001 0.001 0.004 0.182 0.138 0.007 0.073 52 K 0.008 0.040 0.415 0.007 0.064 0.057 0.002 0.003 0.010 0.135 0.117 0.129 0.013 53 P 0.016 0.097 0.260 0.002 0.063 0.041 0.006 0.009 0.017 0.085 0.106 0.015 0.281 54 L 0.014 0.189 0.430 0.010 0.027 0.040 0.005 0.003 0.018 0.136 0.054 0.028 0.044 55 H 0.001 0.007 0.822 0.002 0.011 0.007 0.001 0.001 0.003 0.080 0.031 0.017 0.021 56 P 0.001 0.002 0.032 0.001 0.008 0.009 0.001 0.001 0.001 0.043 0.901 0.001 0.002 57 G 0.001 0.001 0.031 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.063 0.894 0.001 0.001 58 D 0.001 0.005 0.574 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.377 0.023 0.006 0.003 59 P 0.016 0.044 0.457 0.016 0.024 0.014 0.002 0.001 0.007 0.128 0.143 0.015 0.134 60 V 0.105 0.052 0.149 0.050 0.088 0.017 0.024 0.012 0.015 0.066 0.122 0.152 0.147 61 F 0.245 0.015 0.073 0.023 0.045 0.017 0.064 0.019 0.023 0.027 0.019 0.173 0.257 62 V 0.237 0.029 0.058 0.025 0.028 0.020 0.084 0.027 0.026 0.038 0.016 0.224 0.187 63 S 0.118 0.015 0.218 0.034 0.024 0.017 0.011 0.012 0.061 0.028 0.066 0.113 0.284 64 L 0.039 0.013 0.334 0.022 0.011 0.006 0.002 0.002 0.024 0.105 0.098 0.273 0.072 65 D 0.003 0.002 0.045 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.082 0.814 0.009 0.018 66 G 0.002 0.003 0.120 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.351 0.487 0.009 0.007 67 K 0.008 0.024 0.502 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.011 0.138 0.012 0.257 0.039 68 V 0.012 0.054 0.105 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.012 0.012 0.003 0.014 0.777 69 I 0.013 0.027 0.154 0.043 0.005 0.002 0.005 0.001 0.023 0.024 0.004 0.664 0.035 70 P 0.013 0.012 0.228 0.009 0.013 0.005 0.005 0.001 0.038 0.026 0.039 0.023 0.587 71 L 0.021 0.035 0.396 0.024 0.039 0.016 0.014 0.005 0.031 0.063 0.162 0.126 0.069 72 G 0.003 0.014 0.238 0.017 0.034 0.019 0.002 0.002 0.017 0.144 0.457 0.020 0.033 73 G 0.001 0.006 0.167 0.007 0.037 0.009 0.001 0.001 0.004 0.305 0.452 0.009 0.004 74 D 0.001 0.011 0.523 0.007 0.019 0.008 0.001 0.001 0.006 0.191 0.205 0.014 0.014 75 C 0.006 0.036 0.550 0.011 0.013 0.004 0.006 0.002 0.016 0.142 0.047 0.045 0.123 76 T 0.023 0.048 0.303 0.019 0.006 0.007 0.031 0.021 0.076 0.126 0.014 0.123 0.201 77 V 0.085 0.037 0.147 0.078 0.006 0.016 0.066 0.029 0.099 0.061 0.020 0.109 0.248 78 Y 0.079 0.005 0.185 0.249 0.003 0.011 0.027 0.019 0.057 0.047 0.009 0.242 0.068 79 P 0.090 0.004 0.241 0.045 0.003 0.012 0.038 0.070 0.173 0.023 0.011 0.032 0.259 80 V 0.242 0.004 0.048 0.006 0.003 0.031 0.175 0.179 0.099 0.008 0.010 0.123 0.073 81 F 0.226 0.009 0.049 0.003 0.004 0.069 0.152 0.280 0.082 0.007 0.007 0.032 0.079 82 V 0.172 0.004 0.040 0.008 0.011 0.284 0.127 0.144 0.104 0.010 0.017 0.031 0.049 83 N 0.021 0.006 0.166 0.060 0.020 0.384 0.019 0.019 0.049 0.108 0.058 0.066 0.024 84 E 0.023 0.003 0.255 0.004 0.011 0.431 0.005 0.001 0.017 0.092 0.035 0.009 0.114 85 A 0.004 0.001 0.018 0.001 0.009 0.915 0.001 0.001 0.001 0.012 0.031 0.003 0.004 86 A 0.002 0.001 0.008 0.001 0.010 0.934 0.001 0.001 0.001 0.005 0.031 0.003 0.003 87 Y 0.002 0.001 0.013 0.001 0.017 0.928 0.001 0.001 0.002 0.005 0.025 0.003 0.003 88 Y 0.004 0.006 0.024 0.004 0.024 0.882 0.001 0.001 0.001 0.009 0.038 0.001 0.005 89 E 0.002 0.002 0.023 0.001 0.024 0.823 0.001 0.001 0.001 0.013 0.099 0.007 0.005 90 K 0.001 0.001 0.024 0.002 0.029 0.477 0.001 0.001 0.001 0.029 0.433 0.002 0.003 91 K 0.004 0.002 0.093 0.002 0.022 0.295 0.001 0.001 0.001 0.081 0.485 0.010 0.004 92 E 0.004 0.011 0.343 0.002 0.048 0.329 0.001 0.001 0.007 0.082 0.138 0.006 0.030 93 A 0.009 0.017 0.240 0.013 0.048 0.388 0.002 0.001 0.008 0.092 0.091 0.066 0.024 94 F 0.036 0.006 0.229 0.020 0.049 0.315 0.006 0.008 0.020 0.064 0.067 0.053 0.127 95 A 0.084 0.008 0.147 0.019 0.029 0.217 0.017 0.018 0.031 0.020 0.032 0.182 0.196 96 K 0.118 0.009 0.092 0.044 0.021 0.183 0.024 0.025 0.045 0.029 0.034 0.157 0.218 97 T 0.137 0.010 0.112 0.064 0.014 0.113 0.012 0.010 0.023 0.033 0.023 0.225 0.225 98 T 0.075 0.004 0.132 0.135 0.010 0.082 0.006 0.008 0.024 0.061 0.029 0.207 0.228 99 K 0.060 0.008 0.196 0.052 0.008 0.075 0.007 0.010 0.035 0.056 0.033 0.100 0.361 100 L 0.034 0.009 0.200 0.017 0.006 0.085 0.014 0.021 0.082 0.055 0.036 0.345 0.096 101 T 0.029 0.023 0.322 0.023 0.010 0.083 0.018 0.014 0.102 0.067 0.057 0.030 0.222 102 L 0.015 0.019 0.383 0.007 0.006 0.050 0.012 0.011 0.087 0.069 0.019 0.280 0.041 103 N 0.003 0.027 0.501 0.002 0.008 0.065 0.008 0.007 0.112 0.056 0.026 0.015 0.170 104 A 0.001 0.015 0.452 0.005 0.047 0.298 0.002 0.002 0.050 0.058 0.032 0.015 0.023 105 K 0.001 0.005 0.143 0.016 0.119 0.577 0.001 0.002 0.012 0.056 0.056 0.003 0.009 106 S 0.002 0.005 0.120 0.003 0.187 0.533 0.001 0.001 0.008 0.068 0.049 0.016 0.007 107 I 0.002 0.010 0.079 0.001 0.106 0.681 0.001 0.002 0.010 0.018 0.056 0.002 0.035 108 R 0.001 0.015 0.103 0.003 0.092 0.662 0.001 0.002 0.006 0.018 0.082 0.011 0.004 109 S 0.001 0.002 0.071 0.001 0.158 0.616 0.001 0.002 0.002 0.032 0.105 0.003 0.007 110 T 0.001 0.006 0.104 0.002 0.121 0.524 0.001 0.001 0.002 0.066 0.166 0.003 0.004 111 L 0.001 0.024 0.269 0.001 0.075 0.377 0.001 0.001 0.011 0.094 0.134 0.003 0.010 112 H 0.001 0.015 0.560 0.001 0.040 0.186 0.001 0.001 0.003 0.118 0.064 0.005 0.007