# TARGET T0289 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.7165 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.013 0.911 0.001 0.003 0.003 0.003 0.008 0.003 0.001 0.009 0.046 2 L 0.009 0.895 0.001 0.006 0.005 0.005 0.009 0.002 0.001 0.024 0.043 3 D 0.003 0.964 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.006 0.015 4 F 0.009 0.951 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.006 0.019 5 I 0.029 0.815 0.005 0.004 0.005 0.007 0.008 0.008 0.001 0.084 0.035 6 Q 0.024 0.714 0.007 0.005 0.003 0.006 0.021 0.003 0.004 0.113 0.100 7 R 0.042 0.090 0.358 0.005 0.004 0.006 0.034 0.011 0.161 0.149 0.140 8 F 0.470 0.036 0.028 0.005 0.004 0.008 0.050 0.024 0.018 0.077 0.281 9 N 0.212 0.007 0.001 0.004 0.002 0.005 0.045 0.003 0.001 0.033 0.687 10 E 0.018 0.005 0.001 0.007 0.001 0.005 0.070 0.001 0.001 0.016 0.875 11 G 0.011 0.002 0.001 0.008 0.005 0.018 0.092 0.003 0.001 0.028 0.832 12 K 0.017 0.001 0.001 0.009 0.036 0.033 0.098 0.001 0.001 0.040 0.765 13 E 0.003 0.001 0.001 0.018 0.013 0.022 0.094 0.001 0.001 0.019 0.829 14 F 0.046 0.001 0.002 0.020 0.020 0.026 0.121 0.004 0.001 0.045 0.712 15 P 0.377 0.006 0.001 0.013 0.007 0.007 0.102 0.015 0.001 0.072 0.399 16 P 0.045 0.002 0.001 0.011 0.002 0.005 0.107 0.002 0.001 0.033 0.791 17 C 0.011 0.006 0.001 0.052 0.024 0.048 0.113 0.001 0.001 0.027 0.718 18 A 0.008 0.006 0.001 0.093 0.106 0.162 0.111 0.002 0.001 0.055 0.457 19 I 0.003 0.017 0.001 0.091 0.210 0.200 0.045 0.001 0.001 0.033 0.401 20 D 0.004 0.010 0.001 0.120 0.364 0.347 0.019 0.001 0.001 0.032 0.102 21 V 0.003 0.023 0.001 0.108 0.269 0.278 0.029 0.001 0.001 0.019 0.268 22 Y 0.017 0.020 0.006 0.141 0.301 0.352 0.024 0.002 0.003 0.031 0.103 23 K 0.101 0.007 0.010 0.070 0.201 0.255 0.045 0.006 0.008 0.058 0.239 24 I 0.115 0.007 0.002 0.043 0.137 0.231 0.060 0.010 0.001 0.036 0.359 25 M 0.066 0.006 0.005 0.068 0.058 0.153 0.098 0.002 0.002 0.032 0.511 26 E 0.002 0.001 0.001 0.057 0.174 0.446 0.050 0.001 0.001 0.023 0.245 27 K 0.004 0.001 0.001 0.040 0.221 0.321 0.055 0.001 0.001 0.049 0.309 28 V 0.002 0.001 0.001 0.066 0.325 0.173 0.046 0.001 0.001 0.027 0.360 29 D 0.009 0.001 0.001 0.058 0.104 0.160 0.092 0.001 0.001 0.044 0.530 30 Y 0.008 0.001 0.001 0.024 0.119 0.146 0.096 0.006 0.001 0.055 0.546 31 P 0.037 0.006 0.001 0.044 0.038 0.052 0.124 0.001 0.001 0.055 0.640 32 R 0.009 0.001 0.004 0.018 0.038 0.072 0.138 0.006 0.002 0.035 0.676 33 N 0.502 0.012 0.002 0.008 0.008 0.009 0.047 0.005 0.002 0.035 0.370 34 E 0.300 0.013 0.002 0.008 0.006 0.009 0.073 0.006 0.001 0.070 0.512 35 S 0.020 0.011 0.001 0.007 0.004 0.011 0.098 0.001 0.001 0.018 0.829 36 G 0.039 0.021 0.002 0.019 0.059 0.095 0.124 0.004 0.001 0.042 0.596 37 D 0.033 0.039 0.001 0.028 0.114 0.112 0.131 0.004 0.001 0.064 0.473 38 V 0.033 0.045 0.002 0.044 0.112 0.189 0.116 0.006 0.001 0.071 0.382 39 A 0.021 0.067 0.001 0.074 0.162 0.299 0.079 0.006 0.001 0.061 0.229 40 A 0.023 0.013 0.001 0.100 0.141 0.281 0.081 0.001 0.001 0.073 0.287 41 V 0.004 0.006 0.001 0.134 0.263 0.326 0.056 0.001 0.001 0.048 0.160 42 I 0.005 0.018 0.004 0.126 0.128 0.207 0.084 0.002 0.003 0.032 0.392 43 H 0.515 0.092 0.004 0.014 0.083 0.067 0.032 0.018 0.004 0.052 0.119 44 P 0.104 0.163 0.005 0.012 0.008 0.016 0.065 0.008 0.003 0.050 0.566 45 N 0.063 0.162 0.011 0.004 0.008 0.021 0.062 0.007 0.007 0.028 0.627 46 L 0.298 0.156 0.019 0.007 0.018 0.021 0.044 0.012 0.006 0.055 0.365 47 Q 0.188 0.104 0.003 0.005 0.027 0.031 0.060 0.015 0.002 0.045 0.521 48 D 0.107 0.061 0.004 0.010 0.014 0.026 0.056 0.004 0.001 0.029 0.688 49 Q 0.058 0.018 0.002 0.012 0.029 0.035 0.091 0.003 0.001 0.031 0.720 50 D 0.016 0.016 0.001 0.015 0.038 0.069 0.141 0.004 0.001 0.038 0.662 51 W 0.035 0.026 0.001 0.026 0.022 0.039 0.111 0.004 0.001 0.036 0.699 52 K 0.084 0.014 0.001 0.018 0.073 0.059 0.120 0.002 0.001 0.070 0.559 53 P 0.002 0.003 0.001 0.016 0.024 0.039 0.158 0.001 0.001 0.020 0.737 54 L 0.070 0.007 0.004 0.023 0.016 0.027 0.108 0.008 0.003 0.044 0.692 55 H 0.782 0.009 0.001 0.004 0.004 0.003 0.029 0.005 0.001 0.069 0.092 56 P 0.026 0.002 0.001 0.009 0.002 0.007 0.135 0.001 0.001 0.029 0.787 57 G 0.013 0.012 0.001 0.026 0.013 0.040 0.127 0.001 0.001 0.028 0.737 58 D 0.021 0.007 0.001 0.038 0.190 0.188 0.122 0.008 0.001 0.142 0.283 59 P 0.009 0.010 0.001 0.055 0.072 0.182 0.088 0.001 0.001 0.082 0.498 60 V 0.003 0.005 0.001 0.074 0.225 0.470 0.026 0.001 0.001 0.060 0.135 61 F 0.008 0.003 0.001 0.060 0.228 0.343 0.041 0.001 0.001 0.082 0.233 62 V 0.005 0.002 0.005 0.111 0.265 0.351 0.045 0.001 0.003 0.062 0.151 63 S 0.155 0.003 0.004 0.041 0.100 0.217 0.056 0.004 0.005 0.062 0.353 64 L 0.348 0.001 0.002 0.016 0.034 0.049 0.068 0.006 0.002 0.065 0.409 65 D 0.018 0.001 0.001 0.012 0.015 0.045 0.099 0.004 0.001 0.025 0.781 66 G 0.017 0.002 0.001 0.017 0.017 0.036 0.110 0.001 0.001 0.021 0.779 67 K 0.002 0.001 0.001 0.027 0.375 0.344 0.043 0.002 0.001 0.022 0.184 68 V 0.005 0.003 0.001 0.044 0.097 0.181 0.058 0.001 0.001 0.043 0.569 69 I 0.002 0.001 0.002 0.049 0.432 0.291 0.040 0.001 0.001 0.036 0.148 70 P 0.052 0.001 0.004 0.075 0.063 0.159 0.074 0.002 0.003 0.084 0.483 71 L 0.353 0.001 0.002 0.023 0.033 0.064 0.047 0.006 0.002 0.100 0.370 72 G 0.044 0.001 0.001 0.009 0.004 0.008 0.057 0.001 0.001 0.019 0.856 73 G 0.003 0.001 0.001 0.004 0.018 0.029 0.116 0.002 0.001 0.011 0.818 74 D 0.005 0.001 0.001 0.011 0.086 0.073 0.121 0.003 0.001 0.032 0.671 75 C 0.011 0.001 0.001 0.053 0.128 0.115 0.097 0.001 0.001 0.061 0.532 76 T 0.006 0.002 0.001 0.107 0.130 0.152 0.067 0.001 0.001 0.043 0.493 77 V 0.006 0.003 0.001 0.125 0.087 0.086 0.089 0.001 0.001 0.038 0.564 78 Y 0.006 0.002 0.001 0.289 0.182 0.083 0.080 0.004 0.001 0.047 0.306 79 P 0.008 0.006 0.001 0.471 0.076 0.062 0.068 0.001 0.001 0.042 0.264 80 V 0.006 0.011 0.001 0.412 0.097 0.117 0.064 0.002 0.001 0.030 0.261 81 F 0.028 0.083 0.002 0.389 0.047 0.072 0.060 0.002 0.001 0.077 0.240 82 V 0.016 0.384 0.004 0.224 0.021 0.025 0.050 0.003 0.002 0.100 0.170 83 N 0.014 0.911 0.002 0.012 0.002 0.003 0.009 0.003 0.001 0.009 0.035 84 E 0.014 0.923 0.001 0.005 0.001 0.002 0.006 0.004 0.001 0.010 0.034 85 A 0.016 0.837 0.002 0.002 0.004 0.005 0.012 0.004 0.001 0.063 0.054 86 A 0.017 0.880 0.003 0.001 0.001 0.002 0.008 0.005 0.001 0.045 0.036 87 Y 0.063 0.605 0.085 0.002 0.002 0.002 0.017 0.016 0.031 0.092 0.085 88 Y 0.129 0.577 0.009 0.002 0.002 0.003 0.028 0.011 0.005 0.090 0.145 89 E 0.034 0.702 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.003 0.001 0.022 0.217 90 K 0.007 0.855 0.004 0.002 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.013 0.104 91 K 0.004 0.952 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.005 0.028 92 E 0.016 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.010 0.025 93 A 0.018 0.226 0.002 0.004 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.710 0.029 94 F 0.007 0.090 0.003 0.003 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.850 0.031 95 A 0.042 0.611 0.024 0.007 0.002 0.005 0.028 0.020 0.004 0.120 0.136 96 K 0.101 0.399 0.048 0.016 0.003 0.007 0.038 0.019 0.014 0.076 0.280 97 T 0.111 0.074 0.011 0.012 0.006 0.018 0.093 0.008 0.009 0.166 0.493 98 T 0.119 0.121 0.005 0.010 0.006 0.023 0.075 0.017 0.003 0.089 0.533 99 K 0.079 0.041 0.014 0.021 0.006 0.016 0.123 0.011 0.006 0.062 0.622 100 L 0.028 0.030 0.002 0.057 0.025 0.050 0.155 0.005 0.001 0.042 0.604 101 T 0.032 0.012 0.001 0.022 0.018 0.024 0.138 0.001 0.001 0.052 0.699 102 L 0.008 0.004 0.002 0.070 0.056 0.051 0.178 0.006 0.001 0.052 0.572 103 N 0.087 0.086 0.003 0.055 0.017 0.039 0.125 0.010 0.003 0.057 0.518 104 A 0.300 0.201 0.008 0.018 0.008 0.014 0.053 0.025 0.003 0.033 0.338 105 K 0.102 0.087 0.005 0.023 0.012 0.020 0.070 0.009 0.002 0.108 0.560 106 S 0.054 0.081 0.009 0.027 0.030 0.060 0.092 0.005 0.003 0.213 0.426 107 I 0.118 0.104 0.011 0.034 0.058 0.078 0.099 0.014 0.004 0.115 0.365 108 R 0.167 0.045 0.015 0.032 0.044 0.053 0.072 0.013 0.007 0.054 0.498 109 S 0.113 0.015 0.001 0.017 0.041 0.064 0.100 0.005 0.001 0.038 0.605 110 T 0.024 0.007 0.001 0.016 0.021 0.051 0.103 0.003 0.001 0.030 0.743 111 L 0.038 0.011 0.005 0.022 0.021 0.034 0.143 0.005 0.002 0.034 0.685 112 H 0.084 0.014 0.003 0.022 0.035 0.045 0.126 0.011 0.002 0.048 0.612