# TARGET T0289 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.7165 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.007 0.016 0.013 0.028 0.034 0.054 0.137 0.157 0.195 0.197 0.161 2 L 0.023 0.024 0.018 0.063 0.094 0.137 0.206 0.156 0.128 0.085 0.065 3 D 0.114 0.104 0.213 0.230 0.136 0.082 0.055 0.031 0.021 0.010 0.004 4 F 0.005 0.016 0.021 0.071 0.093 0.113 0.215 0.173 0.129 0.099 0.064 5 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.010 0.046 0.092 0.244 0.292 0.304 6 Q 0.029 0.041 0.148 0.236 0.200 0.133 0.123 0.042 0.026 0.015 0.007 7 R 0.022 0.048 0.229 0.206 0.145 0.122 0.121 0.053 0.029 0.018 0.007 8 F 0.005 0.006 0.010 0.015 0.020 0.044 0.171 0.173 0.210 0.193 0.153 9 N 0.144 0.149 0.092 0.164 0.125 0.100 0.107 0.060 0.032 0.018 0.009 10 E 0.194 0.159 0.170 0.158 0.114 0.078 0.055 0.034 0.021 0.012 0.006 11 G 0.375 0.163 0.070 0.102 0.099 0.077 0.055 0.029 0.018 0.007 0.004 12 K 0.346 0.133 0.047 0.108 0.084 0.074 0.077 0.046 0.045 0.025 0.015 13 E 0.207 0.143 0.075 0.157 0.126 0.095 0.088 0.047 0.032 0.018 0.011 14 F 0.065 0.075 0.061 0.104 0.092 0.104 0.154 0.117 0.094 0.073 0.062 15 P 0.094 0.129 0.064 0.161 0.125 0.116 0.124 0.081 0.053 0.032 0.021 16 P 0.241 0.139 0.105 0.161 0.103 0.075 0.062 0.041 0.035 0.023 0.014 17 C 0.091 0.126 0.041 0.132 0.140 0.132 0.137 0.080 0.061 0.038 0.022 18 A 0.115 0.152 0.051 0.175 0.145 0.121 0.096 0.064 0.049 0.023 0.010 19 I 0.024 0.014 0.016 0.041 0.053 0.088 0.169 0.157 0.171 0.152 0.116 20 D 0.046 0.107 0.094 0.245 0.210 0.136 0.089 0.044 0.019 0.008 0.003 21 V 0.001 0.001 0.005 0.007 0.008 0.013 0.056 0.091 0.216 0.302 0.299 22 Y 0.009 0.008 0.029 0.036 0.073 0.110 0.211 0.173 0.156 0.124 0.073 23 K 0.019 0.048 0.229 0.254 0.149 0.104 0.097 0.044 0.031 0.018 0.008 24 I 0.005 0.016 0.033 0.050 0.060 0.107 0.246 0.189 0.137 0.102 0.057 25 M 0.013 0.016 0.018 0.035 0.047 0.071 0.178 0.168 0.174 0.162 0.119 26 E 0.164 0.140 0.195 0.241 0.119 0.066 0.046 0.014 0.008 0.005 0.002 27 K 0.156 0.149 0.158 0.210 0.154 0.085 0.047 0.024 0.011 0.005 0.001 28 V 0.006 0.004 0.003 0.006 0.013 0.041 0.140 0.186 0.235 0.198 0.169 29 D 0.183 0.209 0.105 0.230 0.123 0.067 0.039 0.022 0.013 0.006 0.003 30 Y 0.024 0.026 0.039 0.064 0.082 0.104 0.171 0.149 0.132 0.125 0.084 31 P 0.154 0.112 0.066 0.109 0.088 0.078 0.098 0.084 0.084 0.062 0.066 32 R 0.118 0.109 0.028 0.144 0.114 0.115 0.149 0.080 0.070 0.043 0.029 33 N 0.278 0.203 0.079 0.135 0.094 0.058 0.048 0.034 0.031 0.024 0.016 34 E 0.234 0.165 0.028 0.136 0.108 0.098 0.105 0.056 0.037 0.020 0.013 35 S 0.425 0.228 0.055 0.108 0.072 0.044 0.026 0.018 0.014 0.007 0.003 36 G 0.148 0.107 0.038 0.110 0.114 0.116 0.126 0.086 0.074 0.048 0.034 37 D 0.152 0.141 0.071 0.177 0.141 0.109 0.087 0.049 0.038 0.021 0.014 38 V 0.015 0.022 0.025 0.064 0.074 0.099 0.176 0.137 0.150 0.137 0.101 39 A 0.018 0.033 0.044 0.128 0.135 0.141 0.177 0.118 0.092 0.067 0.047 40 A 0.004 0.004 0.012 0.021 0.026 0.043 0.116 0.132 0.218 0.236 0.188 41 V 0.016 0.022 0.045 0.100 0.115 0.120 0.177 0.140 0.113 0.088 0.064 42 I 0.003 0.006 0.011 0.017 0.020 0.032 0.096 0.137 0.222 0.236 0.220 43 H 0.017 0.029 0.023 0.061 0.088 0.111 0.183 0.167 0.137 0.103 0.082 44 P 0.168 0.108 0.094 0.148 0.120 0.094 0.092 0.059 0.060 0.035 0.021 45 N 0.284 0.150 0.077 0.174 0.131 0.085 0.054 0.023 0.014 0.006 0.002 46 L 0.025 0.026 0.014 0.035 0.042 0.064 0.155 0.145 0.188 0.165 0.141 47 Q 0.047 0.071 0.049 0.125 0.118 0.127 0.187 0.103 0.080 0.054 0.039 48 D 0.086 0.089 0.203 0.214 0.138 0.096 0.081 0.037 0.027 0.019 0.010 49 Q 0.059 0.065 0.103 0.152 0.142 0.142 0.159 0.078 0.049 0.032 0.017 50 D 0.032 0.049 0.029 0.083 0.074 0.085 0.167 0.158 0.145 0.112 0.067 51 W 0.019 0.016 0.015 0.041 0.069 0.105 0.188 0.157 0.156 0.134 0.101 52 K 0.197 0.117 0.215 0.218 0.110 0.058 0.042 0.016 0.014 0.008 0.005 53 P 0.067 0.079 0.060 0.188 0.154 0.119 0.151 0.083 0.047 0.034 0.017 54 L 0.008 0.007 0.003 0.006 0.011 0.024 0.081 0.178 0.222 0.233 0.227 55 H 0.289 0.287 0.051 0.166 0.095 0.051 0.027 0.018 0.009 0.004 0.003 56 P 0.412 0.229 0.079 0.110 0.085 0.042 0.017 0.010 0.008 0.004 0.002 57 G 0.373 0.170 0.024 0.093 0.104 0.082 0.058 0.038 0.034 0.016 0.009 58 D 0.087 0.071 0.011 0.094 0.104 0.133 0.173 0.120 0.109 0.058 0.040 59 P 0.020 0.031 0.033 0.093 0.098 0.104 0.151 0.137 0.129 0.111 0.092 60 V 0.006 0.012 0.026 0.065 0.068 0.078 0.161 0.159 0.151 0.144 0.130 61 F 0.003 0.003 0.013 0.019 0.026 0.036 0.091 0.120 0.207 0.243 0.237 62 V 0.010 0.015 0.039 0.072 0.076 0.084 0.171 0.127 0.153 0.141 0.112 63 S 0.027 0.052 0.053 0.134 0.135 0.124 0.170 0.122 0.089 0.061 0.033 64 L 0.017 0.019 0.011 0.025 0.036 0.061 0.140 0.185 0.189 0.174 0.144 65 D 0.305 0.273 0.044 0.149 0.101 0.056 0.032 0.021 0.011 0.004 0.002 66 G 0.294 0.112 0.043 0.091 0.100 0.086 0.078 0.059 0.064 0.044 0.029 67 K 0.317 0.166 0.037 0.141 0.119 0.080 0.068 0.031 0.023 0.012 0.008 68 V 0.104 0.094 0.041 0.155 0.127 0.102 0.129 0.088 0.076 0.052 0.031 69 I 0.021 0.017 0.016 0.031 0.044 0.069 0.149 0.159 0.171 0.171 0.152 70 P 0.142 0.189 0.128 0.226 0.131 0.076 0.046 0.029 0.018 0.009 0.006 71 L 0.023 0.027 0.016 0.041 0.056 0.086 0.172 0.162 0.158 0.147 0.112 72 G 0.322 0.230 0.049 0.141 0.097 0.057 0.041 0.028 0.019 0.010 0.007 73 G 0.274 0.149 0.038 0.123 0.099 0.087 0.084 0.052 0.050 0.029 0.017 74 D 0.367 0.233 0.064 0.131 0.094 0.050 0.026 0.015 0.011 0.006 0.003 75 C 0.051 0.043 0.016 0.066 0.077 0.112 0.189 0.135 0.132 0.101 0.079 76 T 0.120 0.144 0.087 0.193 0.142 0.108 0.083 0.051 0.037 0.022 0.013 77 V 0.013 0.022 0.030 0.071 0.077 0.107 0.172 0.140 0.141 0.129 0.097 78 Y 0.007 0.015 0.016 0.049 0.073 0.109 0.174 0.155 0.156 0.134 0.112 79 P 0.005 0.008 0.013 0.043 0.050 0.074 0.149 0.141 0.198 0.173 0.147 80 V 0.003 0.006 0.012 0.037 0.053 0.072 0.162 0.160 0.176 0.171 0.148 81 F 0.001 0.003 0.006 0.014 0.020 0.028 0.085 0.135 0.218 0.245 0.247 82 V 0.001 0.002 0.005 0.010 0.017 0.029 0.085 0.134 0.237 0.238 0.241 83 N 0.008 0.015 0.039 0.067 0.095 0.114 0.181 0.147 0.156 0.105 0.073 84 E 0.007 0.013 0.027 0.073 0.088 0.117 0.227 0.147 0.135 0.097 0.068 85 A 0.009 0.012 0.025 0.043 0.050 0.072 0.172 0.154 0.198 0.157 0.108 86 A 0.008 0.013 0.028 0.048 0.056 0.086 0.200 0.159 0.171 0.138 0.093 87 Y 0.023 0.033 0.108 0.110 0.123 0.142 0.191 0.102 0.084 0.055 0.030 88 Y 0.035 0.043 0.121 0.135 0.110 0.125 0.187 0.096 0.072 0.049 0.028 89 E 0.036 0.063 0.095 0.120 0.104 0.121 0.195 0.107 0.082 0.051 0.028 90 K 0.030 0.045 0.071 0.090 0.089 0.122 0.205 0.120 0.105 0.077 0.046 91 K 0.101 0.096 0.171 0.191 0.153 0.125 0.094 0.034 0.021 0.011 0.004 92 E 0.079 0.065 0.160 0.194 0.138 0.124 0.128 0.053 0.033 0.018 0.007 93 A 0.018 0.021 0.048 0.060 0.056 0.082 0.212 0.155 0.146 0.120 0.081 94 F 0.013 0.021 0.060 0.066 0.073 0.102 0.201 0.141 0.139 0.109 0.076 95 A 0.032 0.050 0.232 0.129 0.109 0.109 0.133 0.073 0.061 0.046 0.025 96 K 0.054 0.091 0.125 0.212 0.178 0.143 0.112 0.048 0.022 0.011 0.004 97 T 0.039 0.029 0.035 0.040 0.044 0.069 0.145 0.158 0.189 0.151 0.102 98 T 0.125 0.146 0.071 0.195 0.143 0.109 0.102 0.054 0.032 0.016 0.008 99 K 0.061 0.061 0.101 0.116 0.117 0.123 0.139 0.083 0.090 0.067 0.041 100 L 0.056 0.062 0.093 0.172 0.138 0.130 0.174 0.068 0.051 0.036 0.021 101 T 0.061 0.069 0.081 0.197 0.149 0.123 0.143 0.084 0.049 0.031 0.013 102 L 0.007 0.006 0.010 0.010 0.016 0.037 0.102 0.164 0.217 0.234 0.197 103 N 0.079 0.214 0.093 0.224 0.151 0.101 0.066 0.038 0.019 0.008 0.005 104 A 0.029 0.028 0.028 0.044 0.056 0.078 0.148 0.132 0.168 0.166 0.125 105 K 0.408 0.184 0.067 0.158 0.094 0.045 0.025 0.010 0.006 0.003 0.001 106 S 0.223 0.149 0.065 0.167 0.111 0.092 0.088 0.044 0.036 0.017 0.007 107 I 0.046 0.047 0.030 0.065 0.069 0.087 0.168 0.139 0.137 0.119 0.093 108 R 0.093 0.096 0.090 0.168 0.141 0.127 0.135 0.063 0.046 0.025 0.015 109 S 0.119 0.101 0.260 0.194 0.112 0.078 0.066 0.029 0.021 0.013 0.006 110 T 0.089 0.097 0.101 0.167 0.135 0.122 0.141 0.073 0.041 0.024 0.012 111 L 0.046 0.035 0.027 0.043 0.054 0.086 0.176 0.168 0.169 0.119 0.077 112 H 0.202 0.185 0.155 0.202 0.117 0.065 0.039 0.018 0.011 0.005 0.003