# TARGET T0289 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.7165 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.087 0.022 0.009 0.016 0.009 0.015 0.062 0.003 0.001 0.003 0.773 2 L 0.050 0.032 0.008 0.029 0.009 0.025 0.096 0.001 0.001 0.005 0.744 3 D 0.015 0.036 0.001 0.009 0.005 0.009 0.120 0.001 0.001 0.002 0.802 4 F 0.045 0.230 0.001 0.010 0.009 0.016 0.124 0.002 0.001 0.003 0.560 5 I 0.049 0.666 0.001 0.012 0.016 0.041 0.056 0.003 0.001 0.004 0.154 6 Q 0.050 0.775 0.001 0.005 0.015 0.037 0.035 0.004 0.001 0.002 0.076 7 R 0.070 0.823 0.001 0.001 0.008 0.009 0.004 0.008 0.001 0.001 0.074 8 F 0.060 0.887 0.001 0.002 0.006 0.005 0.002 0.013 0.001 0.001 0.023 9 N 0.067 0.773 0.011 0.002 0.010 0.008 0.019 0.024 0.001 0.001 0.084 10 E 0.084 0.329 0.031 0.007 0.008 0.013 0.066 0.045 0.001 0.004 0.413 11 G 0.445 0.087 0.023 0.012 0.006 0.006 0.128 0.045 0.001 0.018 0.231 12 K 0.495 0.034 0.159 0.010 0.003 0.003 0.107 0.004 0.001 0.018 0.167 13 E 0.032 0.020 0.072 0.028 0.013 0.017 0.100 0.002 0.001 0.002 0.713 14 F 0.026 0.007 0.006 0.101 0.034 0.088 0.048 0.001 0.001 0.002 0.686 15 P 0.029 0.003 0.001 0.024 0.018 0.038 0.032 0.001 0.001 0.001 0.853 16 P 0.005 0.001 0.001 0.007 0.005 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.967 17 C 0.022 0.003 0.001 0.087 0.069 0.149 0.109 0.001 0.001 0.003 0.556 18 A 0.148 0.009 0.001 0.080 0.031 0.059 0.067 0.001 0.001 0.008 0.596 19 I 0.074 0.040 0.003 0.249 0.106 0.179 0.067 0.001 0.001 0.005 0.276 20 D 0.028 0.025 0.003 0.210 0.142 0.199 0.118 0.001 0.001 0.003 0.271 21 V 0.027 0.048 0.004 0.200 0.131 0.199 0.052 0.001 0.001 0.003 0.334 22 Y 0.011 0.050 0.002 0.189 0.224 0.387 0.038 0.001 0.001 0.002 0.096 23 K 0.019 0.059 0.002 0.116 0.155 0.288 0.064 0.002 0.001 0.004 0.291 24 I 0.038 0.068 0.003 0.109 0.187 0.266 0.038 0.004 0.001 0.003 0.283 25 M 0.025 0.050 0.004 0.071 0.143 0.324 0.056 0.004 0.001 0.006 0.318 26 E 0.045 0.042 0.004 0.067 0.123 0.187 0.084 0.006 0.001 0.007 0.434 27 K 0.143 0.034 0.011 0.038 0.063 0.091 0.069 0.009 0.001 0.009 0.534 28 V 0.099 0.042 0.019 0.067 0.095 0.149 0.079 0.006 0.001 0.007 0.438 29 D 0.038 0.017 0.011 0.051 0.074 0.144 0.084 0.004 0.001 0.006 0.572 30 Y 0.055 0.010 0.013 0.052 0.100 0.153 0.084 0.002 0.001 0.004 0.527 31 P 0.003 0.001 0.001 0.005 0.009 0.010 0.008 0.001 0.001 0.001 0.964 32 R 0.023 0.002 0.001 0.038 0.087 0.197 0.176 0.001 0.001 0.006 0.469 33 N 0.113 0.008 0.001 0.037 0.057 0.090 0.151 0.001 0.001 0.012 0.529 34 E 0.081 0.026 0.001 0.026 0.037 0.038 0.131 0.001 0.001 0.008 0.650 35 S 0.103 0.012 0.001 0.010 0.015 0.021 0.367 0.002 0.001 0.025 0.443 36 G 0.493 0.015 0.007 0.014 0.008 0.010 0.156 0.004 0.001 0.051 0.243 37 D 0.186 0.018 0.040 0.018 0.022 0.020 0.327 0.002 0.001 0.026 0.342 38 V 0.021 0.007 0.021 0.038 0.063 0.077 0.189 0.001 0.001 0.008 0.575 39 A 0.014 0.008 0.002 0.160 0.174 0.318 0.110 0.001 0.001 0.003 0.210 40 A 0.017 0.016 0.001 0.151 0.210 0.304 0.066 0.001 0.001 0.003 0.232 41 V 0.016 0.023 0.001 0.130 0.196 0.379 0.062 0.001 0.001 0.003 0.189 42 I 0.042 0.039 0.005 0.244 0.126 0.272 0.055 0.004 0.001 0.005 0.207 43 H 0.028 0.024 0.004 0.232 0.173 0.275 0.077 0.003 0.001 0.004 0.180 44 P 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.966 45 N 0.014 0.002 0.001 0.046 0.028 0.070 0.229 0.001 0.001 0.005 0.604 46 L 0.528 0.011 0.004 0.023 0.016 0.025 0.048 0.002 0.001 0.016 0.329 47 Q 0.123 0.104 0.002 0.046 0.047 0.049 0.179 0.004 0.001 0.005 0.440 48 D 0.116 0.041 0.003 0.035 0.021 0.038 0.099 0.002 0.001 0.006 0.638 49 Q 0.116 0.071 0.004 0.044 0.021 0.035 0.122 0.003 0.001 0.006 0.578 50 D 0.086 0.021 0.002 0.015 0.021 0.024 0.413 0.008 0.001 0.015 0.396 51 W 0.272 0.057 0.051 0.060 0.020 0.038 0.123 0.004 0.001 0.017 0.358 52 K 0.085 0.045 0.006 0.089 0.058 0.057 0.275 0.004 0.001 0.003 0.378 53 P 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.987 54 L 0.043 0.007 0.002 0.075 0.025 0.088 0.119 0.001 0.001 0.003 0.638 55 H 0.352 0.007 0.002 0.011 0.006 0.011 0.065 0.001 0.001 0.003 0.543 56 P 0.009 0.002 0.001 0.005 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.977 57 G 0.052 0.002 0.002 0.017 0.007 0.018 0.172 0.001 0.001 0.007 0.723 58 D 0.579 0.005 0.005 0.026 0.004 0.008 0.064 0.001 0.001 0.010 0.298 59 P 0.008 0.003 0.002 0.012 0.003 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.957 60 V 0.030 0.005 0.001 0.097 0.071 0.132 0.295 0.001 0.001 0.007 0.361 61 F 0.192 0.030 0.001 0.135 0.120 0.200 0.076 0.002 0.001 0.008 0.237 62 V 0.044 0.085 0.002 0.213 0.233 0.259 0.031 0.003 0.001 0.002 0.129 63 S 0.034 0.037 0.002 0.076 0.280 0.307 0.051 0.003 0.001 0.003 0.206 64 L 0.025 0.023 0.002 0.101 0.196 0.211 0.074 0.004 0.001 0.005 0.359 65 D 0.025 0.012 0.002 0.053 0.057 0.097 0.299 0.004 0.001 0.014 0.437 66 G 0.278 0.006 0.010 0.039 0.031 0.035 0.214 0.006 0.001 0.121 0.260 67 K 0.317 0.007 0.027 0.052 0.036 0.025 0.336 0.003 0.001 0.040 0.158 68 V 0.054 0.004 0.039 0.079 0.041 0.063 0.193 0.001 0.001 0.015 0.512 69 I 0.009 0.001 0.003 0.172 0.306 0.316 0.091 0.001 0.001 0.002 0.099 70 P 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.016 0.008 0.001 0.001 0.001 0.959 71 L 0.002 0.001 0.001 0.056 0.179 0.494 0.064 0.001 0.001 0.001 0.203 72 G 0.022 0.001 0.001 0.020 0.037 0.097 0.106 0.001 0.001 0.007 0.709 73 G 0.060 0.004 0.001 0.037 0.085 0.093 0.137 0.001 0.001 0.013 0.570 74 D 0.071 0.003 0.002 0.042 0.025 0.042 0.153 0.001 0.001 0.013 0.649 75 C 0.056 0.006 0.002 0.063 0.070 0.081 0.149 0.001 0.001 0.009 0.564 76 T 0.059 0.010 0.004 0.063 0.100 0.173 0.134 0.001 0.001 0.010 0.447 77 V 0.037 0.014 0.007 0.046 0.119 0.229 0.067 0.001 0.001 0.007 0.473 78 Y 0.020 0.010 0.003 0.116 0.201 0.356 0.066 0.001 0.001 0.004 0.223 79 P 0.005 0.002 0.002 0.024 0.028 0.053 0.014 0.001 0.001 0.001 0.871 80 V 0.009 0.006 0.001 0.215 0.210 0.314 0.053 0.001 0.001 0.002 0.187 81 F 0.022 0.025 0.002 0.185 0.135 0.279 0.066 0.001 0.001 0.004 0.282 82 V 0.010 0.070 0.001 0.260 0.162 0.372 0.041 0.001 0.001 0.002 0.083 83 N 0.019 0.134 0.002 0.102 0.082 0.179 0.104 0.002 0.001 0.004 0.371 84 E 0.052 0.253 0.003 0.038 0.040 0.078 0.168 0.004 0.001 0.010 0.354 85 A 0.079 0.376 0.012 0.029 0.049 0.086 0.171 0.011 0.001 0.015 0.172 86 A 0.073 0.557 0.016 0.027 0.041 0.041 0.082 0.009 0.001 0.007 0.146 87 Y 0.059 0.625 0.015 0.011 0.020 0.021 0.051 0.006 0.001 0.004 0.189 88 Y 0.059 0.634 0.017 0.008 0.015 0.024 0.035 0.004 0.001 0.002 0.202 89 E 0.017 0.597 0.008 0.012 0.016 0.032 0.041 0.005 0.001 0.002 0.270 90 K 0.031 0.554 0.005 0.011 0.016 0.035 0.054 0.017 0.001 0.007 0.270 91 K 0.073 0.696 0.009 0.006 0.005 0.013 0.035 0.010 0.001 0.004 0.150 92 E 0.041 0.786 0.003 0.006 0.007 0.007 0.012 0.013 0.001 0.001 0.124 93 A 0.022 0.888 0.003 0.006 0.007 0.008 0.005 0.004 0.001 0.001 0.056 94 F 0.013 0.905 0.003 0.004 0.007 0.016 0.005 0.004 0.001 0.001 0.041 95 A 0.025 0.893 0.002 0.005 0.009 0.012 0.004 0.008 0.001 0.001 0.042 96 K 0.056 0.830 0.006 0.006 0.008 0.012 0.006 0.012 0.001 0.001 0.062 97 T 0.066 0.667 0.033 0.011 0.025 0.040 0.022 0.019 0.001 0.002 0.114 98 T 0.046 0.477 0.032 0.050 0.067 0.090 0.028 0.026 0.001 0.003 0.181 99 K 0.069 0.248 0.022 0.042 0.043 0.085 0.055 0.027 0.001 0.008 0.401 100 L 0.155 0.223 0.043 0.066 0.097 0.103 0.060 0.021 0.001 0.006 0.225 101 T 0.123 0.230 0.021 0.078 0.051 0.074 0.060 0.020 0.001 0.006 0.338 102 L 0.061 0.134 0.038 0.140 0.108 0.146 0.064 0.011 0.001 0.006 0.292 103 N 0.058 0.053 0.011 0.066 0.075 0.118 0.136 0.007 0.001 0.005 0.471 104 A 0.033 0.019 0.015 0.043 0.020 0.041 0.060 0.002 0.001 0.004 0.764 105 K 0.014 0.015 0.003 0.026 0.015 0.032 0.175 0.001 0.001 0.005 0.715 106 S 0.079 0.022 0.002 0.010 0.012 0.015 0.287 0.002 0.001 0.015 0.556 107 I 0.160 0.175 0.003 0.017 0.014 0.025 0.219 0.003 0.001 0.011 0.374 108 R 0.117 0.348 0.003 0.021 0.025 0.036 0.111 0.006 0.001 0.012 0.320 109 S 0.115 0.463 0.005 0.004 0.007 0.012 0.074 0.003 0.001 0.005 0.312 110 T 0.114 0.541 0.004 0.004 0.013 0.020 0.030 0.013 0.001 0.002 0.257 111 L 0.198 0.499 0.009 0.005 0.016 0.016 0.028 0.017 0.001 0.004 0.208 112 H 0.119 0.382 0.026 0.008 0.020 0.037 0.075 0.015 0.001 0.007 0.311