# TARGET T0289 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.7165 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.008 0.001 0.003 0.379 0.004 0.010 0.595 2 L 0.024 0.010 0.008 0.690 0.004 0.006 0.258 3 D 0.027 0.003 0.019 0.829 0.019 0.006 0.097 4 F 0.035 0.001 0.039 0.872 0.011 0.020 0.023 5 I 0.019 0.005 0.022 0.923 0.005 0.018 0.008 6 Q 0.016 0.001 0.022 0.901 0.008 0.036 0.016 7 R 0.012 0.001 0.015 0.873 0.008 0.062 0.029 8 F 0.013 0.004 0.016 0.704 0.027 0.105 0.131 9 N 0.023 0.013 0.031 0.511 0.063 0.160 0.198 10 E 0.005 0.002 0.023 0.133 0.043 0.758 0.036 11 G 0.004 0.001 0.014 0.008 0.090 0.817 0.066 12 K 0.047 0.024 0.012 0.005 0.281 0.069 0.562 13 E 0.158 0.089 0.010 0.002 0.185 0.045 0.511 14 F 0.097 0.029 0.001 0.001 0.119 0.005 0.749 15 P 0.031 0.011 0.001 0.001 0.010 0.002 0.945 16 P 0.087 0.020 0.103 0.019 0.078 0.063 0.630 17 C 0.108 0.005 0.161 0.019 0.337 0.152 0.216 18 A 0.568 0.011 0.090 0.015 0.058 0.070 0.187 19 I 0.848 0.007 0.003 0.008 0.008 0.003 0.122 20 D 0.955 0.002 0.001 0.005 0.006 0.001 0.030 21 V 0.974 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.017 22 Y 0.966 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.022 23 K 0.949 0.001 0.002 0.004 0.014 0.003 0.028 24 I 0.867 0.004 0.006 0.010 0.023 0.011 0.078 25 M 0.785 0.005 0.010 0.014 0.056 0.021 0.110 26 E 0.649 0.005 0.015 0.012 0.128 0.059 0.133 27 K 0.725 0.014 0.010 0.009 0.054 0.047 0.141 28 V 0.686 0.017 0.002 0.004 0.025 0.010 0.257 29 D 0.590 0.011 0.002 0.003 0.039 0.014 0.341 30 Y 0.559 0.026 0.003 0.003 0.079 0.008 0.322 31 P 0.598 0.016 0.002 0.002 0.047 0.016 0.319 32 R 0.394 0.201 0.006 0.003 0.102 0.034 0.260 33 N 0.086 0.014 0.008 0.001 0.086 0.037 0.767 34 E 0.018 0.004 0.033 0.003 0.150 0.702 0.090 35 S 0.006 0.004 0.017 0.002 0.099 0.846 0.027 36 G 0.028 0.004 0.011 0.002 0.588 0.194 0.174 37 D 0.146 0.034 0.002 0.001 0.092 0.011 0.714 38 V 0.758 0.049 0.003 0.002 0.035 0.006 0.147 39 A 0.919 0.007 0.004 0.002 0.009 0.003 0.055 40 A 0.960 0.001 0.003 0.003 0.005 0.003 0.025 41 V 0.962 0.004 0.003 0.003 0.006 0.001 0.021 42 I 0.910 0.022 0.002 0.006 0.006 0.003 0.050 43 H 0.310 0.011 0.005 0.005 0.084 0.006 0.579 44 P 0.025 0.002 0.208 0.070 0.095 0.545 0.055 45 N 0.010 0.004 0.241 0.058 0.069 0.571 0.046 46 L 0.017 0.016 0.464 0.105 0.064 0.183 0.151 47 Q 0.058 0.038 0.166 0.121 0.168 0.208 0.241 48 D 0.062 0.020 0.188 0.134 0.116 0.237 0.244 49 Q 0.116 0.024 0.154 0.075 0.151 0.268 0.211 50 D 0.116 0.030 0.055 0.040 0.137 0.240 0.382 51 W 0.218 0.014 0.055 0.020 0.150 0.190 0.353 52 K 0.491 0.019 0.010 0.018 0.158 0.015 0.289 53 P 0.536 0.101 0.004 0.009 0.062 0.010 0.277 54 L 0.160 0.217 0.002 0.005 0.090 0.017 0.509 55 H 0.036 0.018 0.001 0.001 0.080 0.013 0.852 56 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 0.960 0.007 57 G 0.003 0.003 0.006 0.002 0.121 0.842 0.024 58 D 0.026 0.013 0.002 0.001 0.286 0.003 0.671 59 P 0.105 0.050 0.011 0.004 0.061 0.037 0.733 60 V 0.575 0.083 0.035 0.009 0.086 0.043 0.168 61 F 0.813 0.023 0.016 0.007 0.027 0.015 0.100 62 V 0.848 0.050 0.006 0.010 0.015 0.007 0.065 63 S 0.708 0.022 0.006 0.004 0.010 0.012 0.237 64 L 0.376 0.018 0.026 0.005 0.091 0.310 0.174 65 D 0.046 0.003 0.009 0.001 0.107 0.781 0.052 66 G 0.094 0.002 0.011 0.001 0.458 0.329 0.106 67 K 0.419 0.023 0.004 0.001 0.081 0.019 0.452 68 V 0.893 0.022 0.002 0.001 0.016 0.003 0.064 69 I 0.889 0.016 0.001 0.001 0.008 0.001 0.084 70 P 0.797 0.014 0.002 0.001 0.010 0.003 0.174 71 L 0.537 0.019 0.016 0.002 0.067 0.055 0.304 72 G 0.137 0.014 0.026 0.002 0.182 0.268 0.371 73 G 0.057 0.006 0.044 0.004 0.363 0.299 0.228 74 D 0.064 0.023 0.048 0.009 0.290 0.230 0.337 75 C 0.113 0.028 0.053 0.011 0.286 0.168 0.341 76 T 0.281 0.027 0.015 0.007 0.131 0.070 0.470 77 V 0.358 0.075 0.007 0.012 0.135 0.028 0.385 78 Y 0.421 0.011 0.002 0.010 0.210 0.009 0.338 79 P 0.345 0.006 0.009 0.053 0.103 0.035 0.448 80 V 0.637 0.011 0.011 0.101 0.111 0.032 0.098 81 F 0.524 0.011 0.012 0.288 0.034 0.010 0.120 82 V 0.126 0.003 0.012 0.805 0.008 0.008 0.038 83 N 0.030 0.001 0.011 0.913 0.007 0.012 0.026 84 E 0.010 0.001 0.008 0.954 0.005 0.008 0.016 85 A 0.003 0.001 0.008 0.971 0.002 0.008 0.007 86 A 0.002 0.001 0.011 0.952 0.003 0.027 0.005 87 Y 0.001 0.001 0.006 0.953 0.002 0.034 0.004 88 Y 0.001 0.001 0.005 0.953 0.005 0.031 0.005 89 E 0.001 0.001 0.004 0.939 0.004 0.043 0.008 90 K 0.001 0.001 0.005 0.929 0.005 0.048 0.012 91 K 0.002 0.001 0.009 0.919 0.017 0.038 0.015 92 E 0.004 0.001 0.012 0.940 0.009 0.023 0.012 93 A 0.012 0.002 0.014 0.920 0.008 0.031 0.012 94 F 0.021 0.002 0.015 0.905 0.008 0.031 0.018 95 A 0.031 0.002 0.019 0.868 0.021 0.034 0.025 96 K 0.042 0.001 0.023 0.815 0.018 0.073 0.027 97 T 0.129 0.005 0.014 0.640 0.041 0.080 0.091 98 T 0.287 0.011 0.011 0.442 0.051 0.060 0.137 99 K 0.406 0.006 0.018 0.368 0.054 0.045 0.103 100 L 0.432 0.004 0.017 0.347 0.041 0.059 0.099 101 T 0.616 0.015 0.011 0.188 0.029 0.059 0.083 102 L 0.548 0.051 0.005 0.100 0.062 0.033 0.200 103 N 0.248 0.016 0.005 0.043 0.032 0.039 0.617 104 A 0.025 0.003 0.097 0.520 0.025 0.107 0.222 105 K 0.013 0.002 0.199 0.507 0.054 0.148 0.075 106 S 0.012 0.006 0.303 0.435 0.045 0.118 0.081 107 I 0.018 0.006 0.141 0.642 0.021 0.089 0.083 108 R 0.028 0.007 0.095 0.708 0.023 0.066 0.072 109 S 0.027 0.003 0.110 0.633 0.044 0.081 0.103 110 T 0.022 0.005 0.091 0.543 0.051 0.168 0.119 111 L 0.025 0.015 0.035 0.371 0.078 0.142 0.334 112 H 0.014 0.004 0.016 0.076 0.040 0.050 0.801