# TARGET T0289 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.7165 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.846 0.028 0.030 0.062 0.006 0.011 0.007 0.002 0.005 0.002 0.001 2 L 0.946 0.011 0.022 0.012 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 3 D 0.976 0.002 0.003 0.013 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 4 F 0.983 0.004 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 I 0.978 0.004 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 Q 0.979 0.006 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 R 0.929 0.006 0.005 0.053 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 F 0.672 0.013 0.022 0.282 0.002 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 9 N 0.317 0.032 0.027 0.196 0.010 0.035 0.315 0.025 0.041 0.003 0.001 10 E 0.233 0.036 0.159 0.486 0.009 0.006 0.062 0.002 0.004 0.003 0.001 11 G 0.017 0.001 0.013 0.022 0.008 0.001 0.102 0.813 0.001 0.022 0.001 12 K 0.075 0.296 0.506 0.046 0.013 0.045 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 13 E 0.036 0.400 0.461 0.025 0.010 0.040 0.006 0.001 0.020 0.001 0.001 14 F 0.015 0.329 0.497 0.001 0.008 0.016 0.003 0.001 0.130 0.001 0.001 15 P 0.017 0.004 0.940 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.003 0.001 0.026 16 P 0.195 0.005 0.654 0.016 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 17 C 0.125 0.183 0.154 0.128 0.226 0.016 0.070 0.069 0.013 0.016 0.001 18 A 0.087 0.329 0.221 0.111 0.141 0.046 0.034 0.007 0.018 0.006 0.001 19 I 0.014 0.741 0.135 0.012 0.062 0.012 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 20 D 0.025 0.537 0.311 0.007 0.038 0.065 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 21 V 0.028 0.834 0.066 0.008 0.032 0.017 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 22 Y 0.037 0.729 0.075 0.009 0.099 0.020 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 23 K 0.043 0.642 0.185 0.006 0.051 0.038 0.005 0.001 0.029 0.001 0.001 24 I 0.109 0.386 0.321 0.015 0.013 0.113 0.004 0.001 0.038 0.001 0.001 25 M 0.434 0.196 0.138 0.153 0.021 0.032 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 26 E 0.188 0.287 0.098 0.083 0.268 0.010 0.042 0.009 0.010 0.005 0.001 27 K 0.070 0.616 0.146 0.057 0.076 0.012 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 28 V 0.033 0.708 0.147 0.019 0.036 0.022 0.002 0.001 0.033 0.001 0.001 29 D 0.107 0.198 0.246 0.092 0.009 0.243 0.022 0.001 0.080 0.001 0.002 30 Y 0.018 0.330 0.216 0.007 0.053 0.032 0.018 0.001 0.324 0.001 0.001 31 P 0.052 0.013 0.792 0.007 0.001 0.028 0.001 0.001 0.002 0.001 0.105 32 R 0.067 0.250 0.505 0.063 0.041 0.052 0.005 0.002 0.011 0.002 0.001 33 N 0.011 0.137 0.588 0.013 0.086 0.104 0.007 0.002 0.046 0.006 0.001 34 E 0.788 0.026 0.035 0.123 0.005 0.009 0.004 0.003 0.005 0.001 0.001 35 S 0.163 0.021 0.084 0.684 0.005 0.007 0.024 0.003 0.009 0.001 0.001 36 G 0.016 0.003 0.045 0.018 0.046 0.001 0.031 0.648 0.001 0.192 0.001 37 D 0.057 0.096 0.669 0.044 0.020 0.063 0.022 0.002 0.018 0.002 0.005 38 V 0.059 0.297 0.569 0.012 0.009 0.037 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 39 A 0.175 0.463 0.153 0.102 0.052 0.023 0.005 0.001 0.024 0.001 0.001 40 A 0.025 0.528 0.258 0.008 0.155 0.013 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 41 V 0.017 0.759 0.112 0.006 0.060 0.023 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 42 I 0.020 0.677 0.197 0.011 0.029 0.037 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 43 H 0.007 0.188 0.341 0.001 0.021 0.077 0.005 0.001 0.358 0.002 0.001 44 P 0.932 0.001 0.038 0.012 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 45 N 0.699 0.017 0.036 0.162 0.010 0.024 0.032 0.009 0.010 0.001 0.001 46 L 0.633 0.024 0.035 0.271 0.004 0.014 0.006 0.002 0.010 0.001 0.001 47 Q 0.473 0.089 0.170 0.143 0.016 0.043 0.039 0.004 0.019 0.003 0.001 48 D 0.555 0.046 0.126 0.127 0.018 0.053 0.049 0.010 0.012 0.003 0.001 49 Q 0.653 0.087 0.051 0.157 0.019 0.011 0.009 0.005 0.007 0.001 0.001 50 D 0.252 0.056 0.067 0.508 0.012 0.033 0.049 0.003 0.019 0.002 0.001 51 W 0.339 0.079 0.149 0.207 0.021 0.029 0.115 0.030 0.025 0.005 0.001 52 K 0.143 0.296 0.408 0.004 0.045 0.008 0.011 0.001 0.078 0.006 0.001 53 P 0.223 0.004 0.680 0.006 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 54 L 0.226 0.121 0.491 0.085 0.013 0.048 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 55 H 0.028 0.331 0.392 0.002 0.049 0.012 0.009 0.001 0.173 0.004 0.001 56 P 0.172 0.001 0.779 0.010 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 57 G 0.036 0.002 0.016 0.063 0.006 0.001 0.018 0.839 0.001 0.018 0.001 58 D 0.002 0.118 0.710 0.001 0.006 0.031 0.004 0.001 0.127 0.001 0.001 59 P 0.045 0.013 0.845 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 60 V 0.059 0.582 0.231 0.034 0.059 0.019 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 61 F 0.014 0.655 0.164 0.007 0.080 0.046 0.002 0.001 0.030 0.001 0.001 62 V 0.017 0.736 0.131 0.029 0.032 0.032 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 63 S 0.017 0.408 0.408 0.013 0.088 0.043 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 64 L 0.145 0.483 0.123 0.061 0.035 0.053 0.010 0.002 0.085 0.002 0.001 65 D 0.023 0.041 0.160 0.149 0.011 0.028 0.509 0.004 0.062 0.011 0.001 66 G 0.003 0.001 0.010 0.004 0.017 0.001 0.046 0.868 0.001 0.050 0.001 67 K 0.025 0.421 0.462 0.028 0.031 0.020 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 68 V 0.006 0.339 0.599 0.003 0.004 0.034 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 69 I 0.007 0.710 0.148 0.003 0.021 0.030 0.002 0.001 0.077 0.001 0.001 70 P 0.005 0.033 0.923 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 71 L 0.094 0.371 0.274 0.091 0.057 0.043 0.016 0.004 0.047 0.002 0.001 72 G 0.053 0.047 0.200 0.059 0.146 0.007 0.089 0.208 0.009 0.183 0.001 73 G 0.052 0.021 0.156 0.022 0.138 0.002 0.011 0.105 0.001 0.491 0.001 74 D 0.286 0.061 0.240 0.302 0.041 0.024 0.018 0.011 0.005 0.008 0.004 75 C 0.101 0.227 0.353 0.066 0.148 0.019 0.028 0.018 0.025 0.015 0.001 76 T 0.345 0.160 0.330 0.067 0.039 0.035 0.005 0.004 0.007 0.006 0.003 77 V 0.318 0.383 0.153 0.079 0.025 0.019 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 78 Y 0.122 0.382 0.265 0.004 0.029 0.027 0.009 0.001 0.161 0.001 0.001 79 P 0.517 0.009 0.387 0.004 0.001 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 80 V 0.805 0.083 0.050 0.022 0.011 0.014 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 81 F 0.862 0.051 0.037 0.018 0.007 0.015 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 82 V 0.882 0.032 0.024 0.028 0.002 0.022 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 83 N 0.912 0.014 0.015 0.033 0.003 0.013 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 84 E 0.950 0.016 0.009 0.014 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 A 0.980 0.005 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 A 0.976 0.003 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 Y 0.954 0.003 0.003 0.035 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 Y 0.954 0.004 0.004 0.032 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 89 E 0.952 0.006 0.007 0.028 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 90 K 0.895 0.005 0.015 0.074 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 91 K 0.857 0.009 0.014 0.044 0.005 0.004 0.043 0.020 0.002 0.002 0.001 92 E 0.891 0.038 0.032 0.024 0.006 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 93 A 0.932 0.018 0.025 0.016 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 F 0.893 0.031 0.014 0.042 0.005 0.006 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 95 A 0.909 0.030 0.024 0.021 0.004 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 96 K 0.819 0.026 0.027 0.095 0.007 0.011 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 97 T 0.629 0.087 0.105 0.115 0.027 0.012 0.012 0.005 0.008 0.001 0.001 98 T 0.454 0.266 0.117 0.091 0.027 0.019 0.011 0.002 0.013 0.001 0.001 99 K 0.335 0.226 0.314 0.025 0.014 0.042 0.009 0.002 0.031 0.001 0.001 100 L 0.374 0.296 0.174 0.070 0.021 0.029 0.007 0.001 0.029 0.001 0.001 101 T 0.298 0.218 0.319 0.068 0.011 0.050 0.008 0.001 0.025 0.001 0.002 102 L 0.097 0.428 0.316 0.045 0.043 0.044 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 103 N 0.032 0.093 0.424 0.025 0.017 0.308 0.013 0.001 0.086 0.002 0.001 104 A 0.814 0.029 0.046 0.080 0.006 0.011 0.004 0.002 0.006 0.001 0.001 105 K 0.904 0.006 0.021 0.058 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 106 S 0.784 0.022 0.034 0.105 0.019 0.004 0.014 0.009 0.005 0.003 0.001 107 I 0.826 0.033 0.049 0.066 0.005 0.009 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 108 R 0.813 0.041 0.060 0.058 0.006 0.011 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 109 S 0.798 0.030 0.060 0.068 0.016 0.007 0.011 0.003 0.004 0.002 0.001 110 T 0.699 0.044 0.073 0.145 0.009 0.011 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 111 L 0.449 0.096 0.187 0.197 0.010 0.029 0.010 0.002 0.019 0.001 0.001 112 H 0.411 0.131 0.184 0.104 0.047 0.022 0.036 0.017 0.017 0.031 0.001