# TARGET T0289 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.7165 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.011 0.065 0.023 0.004 0.021 0.003 0.009 0.663 0.124 0.070 0.006 2 L 0.013 0.023 0.004 0.001 0.026 0.001 0.003 0.817 0.096 0.010 0.007 3 D 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.004 0.011 0.924 0.046 0.003 0.001 4 F 0.003 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.003 0.921 0.044 0.018 0.001 5 I 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.877 0.091 0.022 0.002 6 Q 0.001 0.007 0.001 0.001 0.004 0.002 0.011 0.879 0.090 0.004 0.001 7 R 0.001 0.004 0.004 0.001 0.005 0.002 0.037 0.878 0.055 0.012 0.001 8 F 0.005 0.035 0.038 0.006 0.012 0.014 0.122 0.672 0.074 0.020 0.003 9 N 0.042 0.027 0.029 0.020 0.020 0.021 0.052 0.450 0.118 0.167 0.054 10 E 0.007 0.476 0.169 0.075 0.067 0.047 0.067 0.043 0.017 0.027 0.006 11 G 0.016 0.029 0.026 0.036 0.015 0.005 0.003 0.014 0.031 0.616 0.209 12 K 0.057 0.233 0.084 0.015 0.196 0.013 0.038 0.091 0.106 0.132 0.033 13 E 0.154 0.219 0.072 0.005 0.358 0.006 0.021 0.036 0.038 0.051 0.040 14 F 0.046 0.348 0.381 0.042 0.109 0.008 0.019 0.014 0.008 0.009 0.016 15 P 0.012 0.357 0.518 0.034 0.049 0.007 0.003 0.007 0.004 0.004 0.005 16 P 0.068 0.164 0.053 0.018 0.100 0.042 0.069 0.162 0.206 0.067 0.051 17 C 0.037 0.076 0.044 0.023 0.058 0.031 0.055 0.173 0.195 0.258 0.050 18 A 0.154 0.147 0.040 0.007 0.310 0.008 0.031 0.107 0.077 0.092 0.026 19 I 0.253 0.164 0.022 0.003 0.406 0.005 0.007 0.046 0.021 0.025 0.048 20 D 0.256 0.124 0.031 0.005 0.437 0.003 0.011 0.057 0.014 0.015 0.047 21 V 0.290 0.087 0.011 0.009 0.351 0.013 0.012 0.116 0.035 0.033 0.044 22 Y 0.125 0.169 0.020 0.014 0.414 0.014 0.024 0.155 0.032 0.013 0.021 23 K 0.231 0.124 0.037 0.005 0.321 0.008 0.029 0.168 0.022 0.017 0.038 24 I 0.129 0.115 0.033 0.026 0.186 0.022 0.072 0.230 0.060 0.081 0.047 25 M 0.163 0.150 0.041 0.031 0.214 0.035 0.033 0.115 0.106 0.051 0.060 26 E 0.018 0.113 0.049 0.031 0.066 0.057 0.095 0.388 0.139 0.035 0.011 27 K 0.160 0.106 0.023 0.003 0.237 0.003 0.017 0.107 0.073 0.209 0.062 28 V 0.193 0.186 0.047 0.005 0.466 0.005 0.009 0.019 0.014 0.016 0.038 29 D 0.275 0.052 0.020 0.009 0.278 0.010 0.043 0.034 0.046 0.078 0.155 30 Y 0.063 0.415 0.264 0.003 0.218 0.001 0.002 0.011 0.005 0.007 0.011 31 P 0.059 0.524 0.056 0.001 0.315 0.002 0.006 0.014 0.004 0.010 0.010 32 R 0.047 0.338 0.065 0.005 0.394 0.011 0.018 0.041 0.024 0.041 0.017 33 N 0.051 0.100 0.628 0.018 0.072 0.005 0.011 0.064 0.023 0.010 0.019 34 E 0.004 0.006 0.010 0.016 0.003 0.027 0.165 0.628 0.120 0.018 0.003 35 S 0.001 0.751 0.196 0.028 0.012 0.002 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 36 G 0.012 0.097 0.213 0.159 0.012 0.013 0.001 0.002 0.003 0.257 0.231 37 D 0.175 0.286 0.068 0.006 0.346 0.005 0.012 0.018 0.007 0.016 0.060 38 V 0.444 0.055 0.007 0.003 0.354 0.003 0.002 0.010 0.017 0.031 0.073 39 A 0.200 0.106 0.023 0.061 0.373 0.058 0.074 0.035 0.022 0.025 0.022 40 A 0.196 0.140 0.017 0.009 0.579 0.007 0.006 0.013 0.005 0.008 0.020 41 V 0.208 0.140 0.012 0.001 0.585 0.001 0.005 0.009 0.002 0.005 0.032 42 I 0.144 0.230 0.094 0.014 0.320 0.009 0.012 0.015 0.008 0.051 0.103 43 H 0.150 0.300 0.078 0.003 0.424 0.001 0.001 0.005 0.003 0.004 0.031 44 P 0.005 0.028 0.008 0.003 0.014 0.010 0.014 0.264 0.627 0.025 0.004 45 N 0.026 0.027 0.014 0.005 0.031 0.007 0.091 0.306 0.222 0.239 0.031 46 L 0.051 0.035 0.008 0.006 0.038 0.012 0.049 0.217 0.198 0.356 0.030 47 Q 0.041 0.178 0.063 0.021 0.128 0.035 0.062 0.225 0.118 0.095 0.033 48 D 0.023 0.117 0.136 0.034 0.061 0.022 0.042 0.237 0.225 0.082 0.021 49 Q 0.026 0.057 0.069 0.017 0.044 0.021 0.078 0.386 0.188 0.095 0.021 50 D 0.058 0.238 0.060 0.012 0.185 0.007 0.033 0.181 0.074 0.114 0.037 51 W 0.108 0.049 0.017 0.007 0.082 0.009 0.017 0.118 0.139 0.328 0.128 52 K 0.012 0.415 0.265 0.014 0.105 0.007 0.020 0.105 0.041 0.012 0.004 53 P 0.121 0.188 0.089 0.006 0.242 0.008 0.042 0.158 0.064 0.051 0.032 54 L 0.071 0.237 0.081 0.020 0.151 0.024 0.080 0.104 0.089 0.096 0.047 55 H 0.038 0.251 0.441 0.035 0.151 0.010 0.005 0.019 0.018 0.015 0.018 56 P 0.002 0.020 0.017 0.027 0.005 0.142 0.473 0.231 0.075 0.006 0.001 57 G 0.006 0.009 0.015 0.022 0.006 0.006 0.008 0.011 0.048 0.820 0.048 58 D 0.146 0.287 0.069 0.003 0.430 0.002 0.007 0.007 0.009 0.015 0.025 59 P 0.162 0.143 0.033 0.004 0.396 0.004 0.012 0.048 0.094 0.044 0.060 60 V 0.190 0.155 0.035 0.009 0.354 0.015 0.045 0.063 0.056 0.038 0.040 61 F 0.259 0.117 0.019 0.002 0.451 0.003 0.011 0.022 0.018 0.051 0.045 62 V 0.118 0.282 0.035 0.003 0.455 0.007 0.010 0.033 0.013 0.018 0.026 63 S 0.279 0.170 0.103 0.003 0.326 0.002 0.006 0.017 0.009 0.024 0.062 64 L 0.080 0.059 0.062 0.137 0.078 0.177 0.077 0.147 0.083 0.056 0.044 65 D 0.004 0.101 0.130 0.452 0.018 0.081 0.127 0.043 0.021 0.018 0.005 66 G 0.017 0.023 0.052 0.067 0.015 0.012 0.003 0.011 0.038 0.634 0.126 67 K 0.047 0.408 0.099 0.004 0.337 0.003 0.012 0.026 0.030 0.026 0.011 68 V 0.260 0.129 0.026 0.001 0.517 0.001 0.004 0.004 0.006 0.009 0.044 69 I 0.101 0.400 0.084 0.005 0.381 0.003 0.005 0.004 0.002 0.003 0.011 70 P 0.292 0.136 0.061 0.006 0.403 0.004 0.005 0.007 0.004 0.015 0.068 71 L 0.100 0.065 0.063 0.168 0.093 0.231 0.084 0.058 0.043 0.047 0.049 72 G 0.011 0.023 0.055 0.408 0.012 0.130 0.105 0.046 0.051 0.135 0.025 73 G 0.011 0.064 0.174 0.369 0.026 0.056 0.012 0.027 0.046 0.195 0.020 74 D 0.056 0.095 0.039 0.027 0.102 0.030 0.078 0.183 0.222 0.136 0.033 75 C 0.096 0.108 0.062 0.013 0.179 0.040 0.051 0.118 0.117 0.119 0.097 76 T 0.164 0.178 0.061 0.007 0.328 0.007 0.022 0.082 0.056 0.052 0.043 77 V 0.206 0.142 0.100 0.010 0.279 0.007 0.021 0.073 0.060 0.059 0.043 78 Y 0.043 0.408 0.155 0.013 0.216 0.007 0.017 0.116 0.017 0.003 0.006 79 P 0.310 0.100 0.007 0.002 0.407 0.004 0.017 0.087 0.011 0.006 0.049 80 V 0.230 0.058 0.006 0.013 0.457 0.043 0.069 0.094 0.010 0.003 0.017 81 F 0.200 0.085 0.004 0.007 0.582 0.012 0.011 0.076 0.007 0.003 0.011 82 V 0.183 0.102 0.005 0.008 0.382 0.018 0.024 0.229 0.016 0.008 0.026 83 N 0.137 0.038 0.004 0.009 0.135 0.014 0.043 0.302 0.033 0.174 0.111 84 E 0.149 0.078 0.017 0.006 0.152 0.013 0.042 0.294 0.059 0.084 0.106 85 A 0.044 0.077 0.023 0.015 0.076 0.017 0.027 0.525 0.133 0.044 0.019 86 A 0.046 0.041 0.011 0.007 0.055 0.009 0.024 0.668 0.096 0.026 0.018 87 Y 0.024 0.024 0.005 0.004 0.038 0.011 0.049 0.733 0.083 0.016 0.012 88 Y 0.025 0.033 0.013 0.005 0.032 0.008 0.033 0.751 0.072 0.019 0.009 89 E 0.038 0.017 0.011 0.006 0.023 0.010 0.024 0.708 0.103 0.040 0.020 90 K 0.012 0.042 0.009 0.011 0.025 0.021 0.034 0.737 0.095 0.009 0.005 91 K 0.010 0.012 0.004 0.012 0.011 0.038 0.123 0.565 0.124 0.083 0.017 92 E 0.026 0.041 0.023 0.013 0.048 0.013 0.074 0.520 0.127 0.102 0.013 93 A 0.086 0.052 0.013 0.006 0.087 0.012 0.020 0.540 0.094 0.058 0.034 94 F 0.042 0.064 0.014 0.012 0.100 0.011 0.021 0.502 0.170 0.045 0.020 95 A 0.063 0.038 0.016 0.009 0.074 0.021 0.077 0.593 0.076 0.017 0.017 96 K 0.040 0.045 0.023 0.016 0.072 0.018 0.107 0.355 0.129 0.171 0.024 97 T 0.213 0.132 0.028 0.006 0.276 0.011 0.030 0.129 0.047 0.070 0.057 98 T 0.082 0.252 0.060 0.020 0.251 0.025 0.050 0.119 0.056 0.059 0.026 99 K 0.263 0.116 0.030 0.007 0.377 0.008 0.023 0.043 0.026 0.046 0.062 100 L 0.140 0.226 0.033 0.004 0.535 0.005 0.010 0.019 0.006 0.005 0.016 101 T 0.246 0.109 0.011 0.002 0.498 0.003 0.010 0.026 0.012 0.022 0.060 102 L 0.095 0.368 0.070 0.009 0.352 0.013 0.017 0.028 0.010 0.013 0.025 103 N 0.304 0.128 0.037 0.003 0.337 0.002 0.004 0.011 0.006 0.041 0.127 104 A 0.050 0.201 0.064 0.016 0.139 0.009 0.010 0.244 0.187 0.055 0.024 105 K 0.003 0.016 0.009 0.009 0.008 0.038 0.095 0.569 0.223 0.027 0.003 106 S 0.036 0.048 0.026 0.007 0.049 0.004 0.030 0.519 0.135 0.123 0.023 107 I 0.022 0.029 0.010 0.004 0.028 0.007 0.014 0.576 0.194 0.101 0.015 108 R 0.018 0.029 0.009 0.007 0.034 0.010 0.022 0.591 0.221 0.044 0.016 109 S 0.015 0.036 0.012 0.005 0.031 0.009 0.039 0.655 0.161 0.028 0.008 110 T 0.018 0.027 0.013 0.005 0.032 0.007 0.057 0.562 0.137 0.130 0.011 111 L 0.085 0.059 0.016 0.005 0.083 0.007 0.024 0.402 0.156 0.116 0.046 112 H 0.034 0.086 0.037 0.023 0.067 0.037 0.072 0.384 0.151 0.085 0.023