# TARGET T0289 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.7165 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.332 0.178 0.144 0.161 0.118 0.060 0.008 2 L 0.149 0.203 0.282 0.231 0.110 0.025 0.001 3 D 0.504 0.325 0.107 0.041 0.016 0.006 0.001 4 F 0.101 0.153 0.251 0.280 0.161 0.051 0.003 5 I 0.041 0.031 0.073 0.204 0.392 0.243 0.016 6 Q 0.225 0.327 0.261 0.146 0.036 0.005 0.001 7 R 0.270 0.429 0.205 0.075 0.017 0.003 0.001 8 F 0.111 0.125 0.214 0.287 0.216 0.046 0.002 9 N 0.334 0.261 0.204 0.152 0.045 0.005 0.001 10 E 0.765 0.192 0.034 0.007 0.001 0.001 0.001 11 G 0.739 0.179 0.057 0.020 0.004 0.001 0.001 12 K 0.609 0.246 0.095 0.040 0.008 0.001 0.001 13 E 0.421 0.315 0.157 0.078 0.025 0.004 0.001 14 F 0.219 0.214 0.225 0.210 0.105 0.025 0.002 15 P 0.347 0.292 0.191 0.118 0.043 0.009 0.001 16 P 0.401 0.266 0.171 0.110 0.042 0.009 0.001 17 C 0.288 0.243 0.216 0.168 0.069 0.016 0.001 18 A 0.321 0.336 0.194 0.099 0.037 0.012 0.001 19 I 0.061 0.106 0.192 0.284 0.250 0.099 0.008 20 D 0.107 0.215 0.263 0.236 0.127 0.048 0.005 21 V 0.054 0.063 0.087 0.171 0.279 0.302 0.044 22 Y 0.070 0.106 0.150 0.252 0.262 0.147 0.014 23 K 0.118 0.321 0.309 0.171 0.060 0.019 0.002 24 I 0.086 0.130 0.186 0.268 0.226 0.093 0.011 25 M 0.110 0.173 0.249 0.250 0.161 0.051 0.005 26 E 0.437 0.313 0.145 0.069 0.026 0.008 0.001 27 K 0.218 0.343 0.270 0.128 0.035 0.006 0.001 28 V 0.065 0.078 0.147 0.264 0.306 0.130 0.009 29 D 0.228 0.376 0.223 0.112 0.043 0.015 0.003 30 Y 0.099 0.152 0.197 0.259 0.206 0.079 0.008 31 P 0.209 0.238 0.222 0.206 0.101 0.023 0.001 32 R 0.268 0.351 0.233 0.116 0.028 0.003 0.001 33 N 0.695 0.218 0.065 0.019 0.004 0.001 0.001 34 E 0.781 0.163 0.042 0.011 0.002 0.001 0.001 35 S 0.849 0.116 0.026 0.007 0.002 0.001 0.001 36 G 0.549 0.243 0.131 0.062 0.013 0.001 0.001 37 D 0.488 0.327 0.132 0.042 0.010 0.001 0.001 38 V 0.185 0.176 0.216 0.240 0.145 0.036 0.002 39 A 0.179 0.251 0.246 0.182 0.101 0.038 0.003 40 A 0.208 0.139 0.129 0.181 0.204 0.122 0.016 41 V 0.190 0.186 0.201 0.229 0.131 0.055 0.008 42 I 0.132 0.129 0.150 0.210 0.187 0.160 0.032 43 H 0.226 0.207 0.180 0.171 0.122 0.074 0.021 44 P 0.404 0.290 0.156 0.086 0.039 0.020 0.005 45 N 0.406 0.266 0.156 0.097 0.048 0.021 0.005 46 L 0.171 0.142 0.155 0.203 0.191 0.124 0.014 47 Q 0.163 0.163 0.170 0.212 0.190 0.093 0.009 48 D 0.348 0.315 0.199 0.099 0.031 0.007 0.001 49 Q 0.381 0.234 0.190 0.129 0.052 0.013 0.001 50 D 0.336 0.211 0.164 0.141 0.104 0.042 0.003 51 W 0.187 0.159 0.221 0.242 0.149 0.040 0.002 52 K 0.517 0.310 0.115 0.043 0.013 0.002 0.001 53 P 0.379 0.293 0.173 0.108 0.038 0.007 0.001 54 L 0.125 0.123 0.168 0.301 0.222 0.058 0.002 55 H 0.419 0.329 0.166 0.067 0.017 0.003 0.001 56 P 0.651 0.244 0.073 0.025 0.006 0.001 0.001 57 G 0.486 0.255 0.142 0.079 0.030 0.007 0.001 58 D 0.166 0.248 0.258 0.202 0.094 0.029 0.003 59 P 0.077 0.127 0.186 0.238 0.220 0.132 0.021 60 V 0.035 0.069 0.115 0.200 0.280 0.253 0.048 61 F 0.017 0.038 0.076 0.176 0.297 0.325 0.070 62 V 0.059 0.130 0.176 0.239 0.220 0.150 0.026 63 S 0.082 0.179 0.245 0.257 0.165 0.065 0.007 64 L 0.120 0.154 0.214 0.245 0.184 0.074 0.009 65 D 0.494 0.307 0.128 0.049 0.016 0.006 0.001 66 G 0.288 0.225 0.205 0.170 0.088 0.023 0.002 67 K 0.363 0.299 0.183 0.098 0.041 0.014 0.002 68 V 0.154 0.229 0.236 0.203 0.128 0.047 0.004 69 I 0.075 0.081 0.139 0.262 0.297 0.136 0.010 70 P 0.189 0.362 0.262 0.134 0.042 0.010 0.001 71 L 0.148 0.197 0.232 0.256 0.136 0.029 0.001 72 G 0.512 0.289 0.130 0.053 0.014 0.002 0.001 73 G 0.505 0.284 0.135 0.059 0.014 0.002 0.001 74 D 0.608 0.233 0.100 0.044 0.013 0.002 0.001 75 C 0.279 0.292 0.236 0.140 0.047 0.006 0.001 76 T 0.237 0.316 0.249 0.140 0.046 0.011 0.001 77 V 0.045 0.097 0.169 0.280 0.274 0.123 0.012 78 Y 0.032 0.076 0.139 0.221 0.283 0.204 0.045 79 P 0.020 0.054 0.099 0.202 0.271 0.265 0.089 80 V 0.010 0.024 0.052 0.117 0.218 0.350 0.229 81 F 0.004 0.009 0.018 0.048 0.121 0.389 0.411 82 V 0.008 0.017 0.037 0.086 0.156 0.332 0.364 83 N 0.021 0.050 0.073 0.130 0.179 0.343 0.204 84 E 0.019 0.040 0.073 0.146 0.235 0.323 0.166 85 A 0.028 0.047 0.074 0.145 0.197 0.354 0.155 86 A 0.051 0.108 0.150 0.215 0.205 0.205 0.066 87 Y 0.125 0.145 0.151 0.209 0.203 0.145 0.023 88 Y 0.232 0.256 0.193 0.149 0.098 0.060 0.012 89 E 0.190 0.267 0.216 0.182 0.095 0.044 0.006 90 K 0.178 0.179 0.202 0.199 0.146 0.080 0.016 91 K 0.306 0.260 0.178 0.141 0.083 0.030 0.003 92 E 0.258 0.304 0.245 0.141 0.043 0.010 0.001 93 A 0.121 0.080 0.116 0.239 0.282 0.152 0.010 94 F 0.090 0.099 0.125 0.192 0.237 0.210 0.047 95 A 0.226 0.263 0.174 0.153 0.106 0.066 0.012 96 K 0.199 0.233 0.249 0.200 0.089 0.026 0.004 97 T 0.124 0.114 0.150 0.237 0.234 0.125 0.017 98 T 0.167 0.280 0.241 0.177 0.090 0.040 0.006 99 K 0.166 0.230 0.205 0.188 0.146 0.057 0.008 100 L 0.129 0.175 0.227 0.232 0.163 0.066 0.009 101 T 0.118 0.251 0.263 0.227 0.100 0.037 0.004 102 L 0.060 0.069 0.108 0.244 0.330 0.170 0.020 103 N 0.173 0.321 0.260 0.161 0.063 0.019 0.003 104 A 0.138 0.179 0.212 0.244 0.163 0.059 0.004 105 K 0.601 0.259 0.092 0.035 0.010 0.002 0.001 106 S 0.657 0.217 0.077 0.035 0.011 0.002 0.001 107 I 0.353 0.185 0.184 0.179 0.081 0.018 0.001 108 R 0.444 0.280 0.165 0.082 0.025 0.005 0.001 109 S 0.570 0.282 0.103 0.035 0.008 0.001 0.001 110 T 0.487 0.272 0.145 0.068 0.022 0.005 0.001 111 L 0.268 0.176 0.203 0.212 0.114 0.025 0.001 112 H 0.618 0.229 0.094 0.041 0.013 0.004 0.001