# TARGET T0288 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1199 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.028 0.006 0.003 0.001 0.098 0.864 2 M 0.111 0.028 0.008 0.001 0.166 0.686 3 V 0.234 0.013 0.005 0.001 0.200 0.548 4 P 0.320 0.007 0.004 0.001 0.130 0.539 5 G 0.701 0.007 0.003 0.001 0.082 0.206 6 K 0.941 0.005 0.001 0.001 0.018 0.035 7 V 0.972 0.001 0.001 0.001 0.005 0.021 8 T 0.979 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 9 L 0.973 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 10 Q 0.900 0.004 0.002 0.001 0.030 0.063 11 K 0.715 0.015 0.003 0.002 0.104 0.160 12 D 0.236 0.011 0.013 0.003 0.517 0.220 13 A 0.055 0.010 0.034 0.006 0.714 0.182 14 Q 0.044 0.007 0.054 0.005 0.723 0.167 15 N 0.118 0.015 0.048 0.005 0.613 0.201 16 L 0.287 0.005 0.010 0.002 0.289 0.406 17 I 0.681 0.015 0.005 0.002 0.119 0.178 18 G 0.884 0.005 0.002 0.001 0.040 0.068 19 I 0.957 0.003 0.001 0.001 0.010 0.029 20 S 0.967 0.002 0.001 0.001 0.009 0.021 21 I 0.945 0.005 0.002 0.001 0.017 0.031 22 G 0.785 0.006 0.005 0.003 0.092 0.110 23 G 0.397 0.010 0.009 0.004 0.324 0.255 24 G 0.178 0.012 0.012 0.004 0.546 0.248 25 A 0.186 0.037 0.025 0.007 0.501 0.243 26 Q 0.170 0.029 0.037 0.010 0.577 0.178 27 Y 0.100 0.014 0.052 0.013 0.582 0.237 28 C 0.124 0.019 0.024 0.005 0.503 0.325 29 P 0.261 0.016 0.011 0.003 0.389 0.320 30 C 0.619 0.007 0.003 0.001 0.118 0.253 31 L 0.936 0.003 0.001 0.001 0.016 0.045 32 Y 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 33 I 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 34 V 0.973 0.001 0.001 0.001 0.006 0.020 35 Q 0.929 0.002 0.001 0.001 0.015 0.053 36 V 0.763 0.018 0.001 0.001 0.056 0.160 37 F 0.291 0.037 0.003 0.004 0.560 0.106 38 D 0.044 0.007 0.007 0.008 0.854 0.080 39 N 0.013 0.004 0.004 0.009 0.830 0.140 40 T 0.070 0.062 0.006 0.036 0.748 0.078 41 P 0.065 0.031 0.021 0.259 0.336 0.287 42 A 0.066 0.024 0.104 0.362 0.267 0.176 43 A 0.034 0.005 0.316 0.329 0.273 0.043 44 L 0.016 0.002 0.318 0.357 0.261 0.045 45 D 0.015 0.008 0.095 0.227 0.481 0.173 46 G 0.013 0.005 0.023 0.022 0.456 0.481 47 T 0.075 0.016 0.017 0.013 0.389 0.489 48 V 0.257 0.161 0.017 0.010 0.303 0.253 49 A 0.130 0.024 0.013 0.014 0.732 0.086 50 A 0.134 0.007 0.041 0.016 0.742 0.060 51 G 0.165 0.003 0.018 0.007 0.748 0.059 52 D 0.585 0.007 0.011 0.005 0.356 0.036 53 E 0.910 0.008 0.002 0.003 0.034 0.044 54 I 0.967 0.005 0.001 0.002 0.012 0.013 55 T 0.978 0.001 0.001 0.001 0.010 0.010 56 G 0.976 0.002 0.001 0.001 0.013 0.007 57 V 0.932 0.004 0.001 0.001 0.041 0.020 58 N 0.345 0.003 0.009 0.007 0.537 0.100 59 G 0.083 0.004 0.033 0.015 0.742 0.122 60 R 0.318 0.075 0.018 0.015 0.426 0.148 61 S 0.283 0.072 0.017 0.022 0.351 0.254 62 I 0.194 0.056 0.048 0.018 0.583 0.102 63 K 0.133 0.007 0.048 0.013 0.736 0.063 64 G 0.058 0.002 0.050 0.014 0.799 0.077 65 K 0.149 0.063 0.009 0.015 0.570 0.194 66 T 0.052 0.049 0.002 0.022 0.111 0.765 67 K 0.002 0.001 0.013 0.950 0.019 0.015 68 V 0.001 0.001 0.006 0.982 0.009 0.003 69 E 0.001 0.001 0.005 0.991 0.003 0.001 70 V 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 71 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 72 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.004 0.001 73 M 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.002 74 I 0.001 0.001 0.005 0.987 0.006 0.002 75 Q 0.001 0.001 0.012 0.972 0.010 0.006 76 E 0.004 0.002 0.020 0.738 0.119 0.117 77 V 0.012 0.006 0.032 0.233 0.389 0.327 78 K 0.011 0.006 0.012 0.020 0.551 0.400 79 G 0.020 0.008 0.026 0.011 0.621 0.314 80 E 0.188 0.008 0.010 0.003 0.352 0.439 81 V 0.767 0.008 0.002 0.001 0.067 0.155 82 T 0.959 0.003 0.001 0.001 0.006 0.032 83 I 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 84 H 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 85 Y 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 86 N 0.920 0.001 0.001 0.001 0.013 0.065 87 K 0.679 0.007 0.001 0.001 0.048 0.263 88 L 0.248 0.009 0.006 0.002 0.174 0.561 89 Q 0.094 0.013 0.013 0.003 0.283 0.595 90 Y 0.047 0.012 0.018 0.006 0.371 0.545 91 Y 0.049 0.021 0.023 0.014 0.401 0.493 92 K 0.064 0.024 0.022 0.034 0.280 0.574 93 V 0.039 0.018 0.028 0.074 0.254 0.587