# TARGET T0288 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 195.398 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.012 0.015 0.048 0.108 0.138 0.019 0.187 0.027 0.005 0.003 0.001 0.002 0.004 0.002 0.016 0.014 0.188 0.031 0.056 0.124 0.001 2 M 0.014 0.021 0.049 0.053 0.229 0.005 0.242 0.009 0.003 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.013 0.011 0.064 0.178 0.045 0.052 0.001 3 V 0.020 0.026 0.178 0.219 0.080 0.001 0.020 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.001 0.020 0.010 0.032 0.032 0.122 0.222 0.002 4 P 0.023 0.034 0.040 0.082 0.497 0.001 0.013 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.016 0.014 0.063 0.022 0.057 0.121 0.002 5 G 0.056 0.090 0.082 0.107 0.399 0.001 0.036 0.004 0.001 0.001 0.008 0.004 0.011 0.002 0.037 0.023 0.018 0.016 0.041 0.058 0.005 6 K 0.142 0.182 0.143 0.222 0.138 0.001 0.009 0.006 0.001 0.001 0.009 0.008 0.024 0.003 0.040 0.006 0.010 0.007 0.022 0.017 0.012 7 V 0.165 0.211 0.032 0.050 0.382 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.017 0.015 0.028 0.003 0.015 0.019 0.005 0.004 0.017 0.006 0.022 8 T 0.203 0.235 0.131 0.155 0.084 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.009 0.010 0.035 0.004 0.087 0.005 0.004 0.002 0.006 0.006 0.012 9 L 0.149 0.173 0.026 0.064 0.478 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.010 0.006 0.017 0.002 0.020 0.013 0.007 0.003 0.006 0.006 0.010 10 Q 0.156 0.157 0.122 0.227 0.142 0.001 0.008 0.010 0.001 0.001 0.008 0.009 0.024 0.005 0.067 0.007 0.009 0.005 0.019 0.014 0.010 11 K 0.095 0.063 0.040 0.091 0.527 0.001 0.011 0.007 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.002 0.035 0.012 0.058 0.010 0.015 0.018 0.002 12 D 0.043 0.033 0.137 0.158 0.208 0.003 0.061 0.022 0.003 0.001 0.003 0.003 0.005 0.003 0.060 0.010 0.055 0.027 0.075 0.087 0.002 13 A 0.009 0.008 0.039 0.056 0.189 0.004 0.058 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.013 0.369 0.066 0.047 0.084 0.001 14 Q 0.005 0.007 0.037 0.038 0.108 0.010 0.421 0.020 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.012 0.139 0.049 0.040 0.082 0.001 15 N 0.012 0.020 0.082 0.084 0.089 0.009 0.252 0.012 0.003 0.003 0.003 0.003 0.005 0.005 0.031 0.017 0.105 0.113 0.060 0.091 0.002 16 L 0.027 0.048 0.084 0.093 0.189 0.003 0.068 0.006 0.004 0.003 0.010 0.008 0.016 0.014 0.045 0.058 0.073 0.050 0.088 0.102 0.011 17 I 0.052 0.094 0.079 0.058 0.227 0.002 0.034 0.003 0.001 0.001 0.022 0.017 0.040 0.040 0.107 0.058 0.028 0.014 0.041 0.065 0.018 18 G 0.081 0.141 0.094 0.084 0.091 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.044 0.029 0.076 0.075 0.112 0.031 0.008 0.017 0.018 0.012 0.070 19 I 0.112 0.126 0.034 0.025 0.115 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.074 0.046 0.108 0.108 0.068 0.071 0.003 0.003 0.014 0.006 0.085 20 S 0.115 0.102 0.085 0.057 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.044 0.131 0.171 0.131 0.018 0.002 0.002 0.008 0.004 0.041 21 I 0.098 0.104 0.020 0.055 0.149 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.035 0.036 0.088 0.200 0.060 0.106 0.007 0.004 0.009 0.006 0.020 22 G 0.072 0.075 0.083 0.103 0.049 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.022 0.031 0.073 0.188 0.186 0.031 0.015 0.008 0.019 0.021 0.011 23 G 0.030 0.036 0.044 0.072 0.214 0.003 0.040 0.003 0.001 0.001 0.008 0.011 0.020 0.065 0.069 0.133 0.069 0.045 0.045 0.085 0.005 24 G 0.016 0.018 0.078 0.058 0.156 0.005 0.095 0.006 0.002 0.002 0.004 0.004 0.008 0.015 0.098 0.044 0.087 0.092 0.071 0.138 0.003 25 A 0.012 0.010 0.109 0.059 0.108 0.010 0.055 0.009 0.003 0.002 0.003 0.003 0.004 0.006 0.060 0.031 0.170 0.068 0.094 0.181 0.002 26 Q 0.009 0.009 0.060 0.052 0.119 0.017 0.099 0.009 0.003 0.002 0.003 0.003 0.005 0.006 0.041 0.031 0.206 0.048 0.118 0.159 0.003 27 Y 0.009 0.014 0.051 0.052 0.137 0.005 0.143 0.004 0.002 0.002 0.003 0.003 0.005 0.004 0.048 0.028 0.149 0.093 0.092 0.152 0.002 28 C 0.011 0.014 0.116 0.086 0.111 0.001 0.024 0.002 0.002 0.002 0.003 0.003 0.004 0.002 0.025 0.021 0.053 0.038 0.159 0.319 0.003 29 P 0.013 0.021 0.074 0.062 0.228 0.002 0.025 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.003 0.043 0.036 0.263 0.045 0.032 0.132 0.004 30 C 0.045 0.122 0.059 0.081 0.160 0.004 0.126 0.003 0.001 0.001 0.016 0.014 0.042 0.043 0.105 0.053 0.022 0.020 0.023 0.036 0.023 31 L 0.143 0.278 0.045 0.052 0.110 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.040 0.031 0.081 0.074 0.046 0.037 0.003 0.005 0.013 0.006 0.027 32 Y 0.229 0.189 0.055 0.039 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.043 0.130 0.116 0.042 0.016 0.001 0.001 0.004 0.002 0.033 33 I 0.216 0.182 0.028 0.032 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.064 0.089 0.085 0.064 0.014 0.002 0.001 0.003 0.001 0.097 34 V 0.188 0.222 0.018 0.026 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.031 0.173 0.131 0.084 0.017 0.001 0.001 0.002 0.002 0.023 35 Q 0.140 0.159 0.077 0.158 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.044 0.079 0.098 0.042 0.014 0.002 0.003 0.008 0.006 0.047 36 V 0.079 0.121 0.014 0.022 0.511 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.025 0.021 0.028 0.112 0.012 0.012 0.010 0.010 0.004 37 F 0.038 0.032 0.159 0.191 0.020 0.001 0.013 0.001 0.002 0.002 0.006 0.008 0.010 0.017 0.314 0.012 0.018 0.009 0.048 0.097 0.003 38 D 0.005 0.002 0.008 0.013 0.249 0.002 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.042 0.450 0.016 0.034 0.131 0.001 39 N 0.001 0.002 0.016 0.010 0.025 0.006 0.610 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.010 0.059 0.132 0.024 0.062 0.001 40 T 0.007 0.007 0.121 0.049 0.042 0.002 0.019 0.012 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.017 0.016 0.084 0.091 0.188 0.332 0.001 41 P 0.006 0.013 0.035 0.031 0.354 0.003 0.021 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.020 0.236 0.055 0.060 0.108 0.002 42 A 0.018 0.032 0.089 0.056 0.135 0.016 0.177 0.162 0.003 0.001 0.003 0.002 0.005 0.002 0.039 0.013 0.133 0.045 0.034 0.032 0.002 43 A 0.034 0.041 0.096 0.107 0.115 0.013 0.123 0.219 0.005 0.001 0.004 0.003 0.010 0.006 0.034 0.009 0.075 0.022 0.047 0.033 0.003 44 L 0.032 0.027 0.050 0.075 0.102 0.005 0.111 0.040 0.064 0.020 0.005 0.007 0.014 0.010 0.022 0.026 0.269 0.044 0.036 0.037 0.003 45 D 0.011 0.014 0.017 0.026 0.129 0.002 0.465 0.011 0.003 0.001 0.002 0.002 0.006 0.004 0.018 0.029 0.069 0.014 0.049 0.125 0.001 46 G 0.014 0.017 0.098 0.040 0.131 0.005 0.128 0.009 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.017 0.010 0.034 0.399 0.031 0.049 0.004 47 T 0.035 0.033 0.158 0.061 0.270 0.003 0.016 0.011 0.002 0.001 0.005 0.004 0.009 0.006 0.033 0.082 0.074 0.038 0.096 0.058 0.008 48 V 0.031 0.054 0.109 0.102 0.281 0.002 0.012 0.006 0.001 0.001 0.004 0.005 0.023 0.008 0.150 0.015 0.033 0.017 0.074 0.068 0.005 49 A 0.014 0.018 0.130 0.144 0.134 0.002 0.008 0.008 0.003 0.003 0.011 0.006 0.005 0.004 0.061 0.034 0.039 0.027 0.091 0.252 0.006 50 A 0.006 0.005 0.021 0.024 0.159 0.001 0.021 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.004 0.002 0.035 0.031 0.538 0.019 0.026 0.095 0.001 51 G 0.006 0.014 0.026 0.024 0.068 0.006 0.617 0.025 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.005 0.039 0.022 0.034 0.048 0.019 0.033 0.002 52 D 0.098 0.096 0.205 0.084 0.155 0.003 0.046 0.050 0.002 0.001 0.007 0.007 0.018 0.006 0.021 0.027 0.034 0.041 0.060 0.033 0.006 53 E 0.170 0.118 0.194 0.087 0.155 0.003 0.007 0.063 0.002 0.001 0.006 0.010 0.035 0.014 0.032 0.014 0.037 0.011 0.023 0.010 0.010 54 I 0.212 0.241 0.032 0.082 0.194 0.003 0.018 0.040 0.001 0.001 0.006 0.025 0.039 0.028 0.020 0.015 0.014 0.005 0.009 0.005 0.011 55 T 0.182 0.197 0.099 0.135 0.048 0.003 0.015 0.053 0.002 0.001 0.014 0.016 0.061 0.073 0.056 0.006 0.013 0.004 0.005 0.005 0.013 56 G 0.147 0.234 0.037 0.100 0.130 0.005 0.019 0.057 0.005 0.002 0.017 0.022 0.050 0.079 0.030 0.014 0.017 0.007 0.007 0.005 0.017 57 V 0.164 0.118 0.097 0.075 0.077 0.003 0.022 0.020 0.047 0.016 0.020 0.024 0.047 0.050 0.097 0.020 0.045 0.008 0.016 0.015 0.020 58 N 0.062 0.045 0.043 0.060 0.243 0.003 0.079 0.010 0.005 0.002 0.007 0.008 0.016 0.018 0.079 0.037 0.082 0.009 0.039 0.148 0.007 59 G 0.018 0.022 0.042 0.026 0.242 0.004 0.120 0.009 0.002 0.001 0.007 0.006 0.010 0.013 0.034 0.041 0.036 0.278 0.032 0.043 0.014 60 R 0.025 0.029 0.253 0.087 0.061 0.004 0.015 0.012 0.002 0.001 0.010 0.009 0.022 0.031 0.110 0.068 0.051 0.028 0.066 0.104 0.014 61 S 0.021 0.025 0.038 0.034 0.490 0.002 0.013 0.007 0.001 0.001 0.006 0.006 0.021 0.029 0.057 0.058 0.055 0.021 0.069 0.039 0.006 62 I 0.015 0.014 0.120 0.103 0.053 0.003 0.031 0.006 0.006 0.006 0.011 0.011 0.012 0.028 0.244 0.053 0.075 0.040 0.083 0.081 0.005 63 K 0.005 0.004 0.023 0.036 0.102 0.009 0.082 0.012 0.002 0.001 0.003 0.003 0.006 0.011 0.059 0.055 0.294 0.022 0.060 0.210 0.001 64 G 0.002 0.003 0.007 0.010 0.054 0.008 0.331 0.017 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.006 0.041 0.071 0.061 0.279 0.046 0.055 0.001 65 K 0.005 0.003 0.100 0.057 0.013 0.001 0.028 0.021 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.001 0.050 0.016 0.134 0.052 0.139 0.369 0.001 66 T 0.002 0.002 0.007 0.010 0.099 0.001 0.010 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.031 0.031 0.023 0.211 0.527 0.001 67 K 0.001 0.001 0.015 0.002 0.003 0.001 0.003 0.098 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.828 0.018 0.011 0.009 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 69 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 70 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 71 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 73 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 74 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.926 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.003 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.024 0.240 0.504 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.191 0.005 0.003 0.004 0.001 76 E 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.013 0.470 0.102 0.125 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.165 0.062 0.017 0.007 0.001 77 V 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.162 0.014 0.049 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.160 0.093 0.338 0.132 0.001 78 K 0.001 0.001 0.005 0.003 0.011 0.002 0.173 0.003 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 0.212 0.168 0.165 0.220 0.001 79 G 0.001 0.001 0.012 0.006 0.028 0.003 0.227 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.090 0.043 0.249 0.133 0.187 0.001 80 E 0.005 0.012 0.144 0.044 0.100 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.008 0.010 0.104 0.121 0.040 0.090 0.114 0.149 0.011 81 V 0.023 0.056 0.105 0.048 0.202 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.028 0.018 0.040 0.057 0.173 0.129 0.012 0.012 0.029 0.022 0.039 82 T 0.057 0.087 0.063 0.057 0.064 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.042 0.096 0.144 0.245 0.049 0.003 0.002 0.006 0.003 0.033 83 I 0.108 0.120 0.020 0.025 0.116 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.053 0.140 0.152 0.094 0.046 0.001 0.001 0.002 0.002 0.025 84 H 0.155 0.149 0.055 0.085 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.051 0.144 0.111 0.122 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 85 Y 0.201 0.196 0.021 0.039 0.188 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.036 0.091 0.049 0.037 0.047 0.002 0.002 0.005 0.002 0.030 86 N 0.211 0.215 0.119 0.144 0.056 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.016 0.022 0.060 0.021 0.085 0.009 0.004 0.003 0.008 0.008 0.012 87 K 0.081 0.093 0.033 0.093 0.484 0.001 0.009 0.005 0.001 0.001 0.004 0.005 0.011 0.005 0.036 0.037 0.027 0.013 0.023 0.034 0.005 88 L 0.052 0.039 0.111 0.112 0.199 0.003 0.045 0.012 0.003 0.001 0.004 0.004 0.009 0.003 0.146 0.013 0.101 0.027 0.043 0.071 0.003 89 Q 0.017 0.014 0.073 0.084 0.153 0.010 0.127 0.024 0.003 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.044 0.019 0.130 0.052 0.080 0.159 0.001 90 Y 0.009 0.008 0.041 0.060 0.142 0.006 0.158 0.013 0.006 0.003 0.002 0.002 0.003 0.002 0.030 0.019 0.137 0.105 0.123 0.131 0.001 91 Y 0.006 0.007 0.074 0.072 0.086 0.008 0.113 0.016 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.031 0.017 0.089 0.042 0.145 0.282 0.001 92 K 0.008 0.011 0.057 0.068 0.206 0.007 0.082 0.021 0.002 0.001 0.002 0.003 0.005 0.003 0.036 0.027 0.084 0.137 0.130 0.108 0.003 93 V 0.013 0.018 0.087 0.108 0.194 0.003 0.027 0.016 0.001 0.001 0.006 0.005 0.011 0.007 0.073 0.058 0.041 0.029 0.156 0.143 0.005