# TARGET T0288 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t1c2-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 195.398 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.017 0.031 0.344 0.021 0.033 0.018 0.003 0.003 0.012 0.168 0.113 0.166 0.071 2 M 0.023 0.026 0.302 0.018 0.018 0.011 0.004 0.002 0.013 0.123 0.077 0.029 0.354 3 V 0.019 0.014 0.408 0.035 0.007 0.006 0.002 0.001 0.013 0.109 0.016 0.318 0.052 4 P 0.021 0.009 0.265 0.064 0.013 0.015 0.003 0.001 0.014 0.107 0.124 0.052 0.313 5 G 0.115 0.010 0.249 0.084 0.011 0.006 0.016 0.003 0.017 0.043 0.089 0.183 0.174 6 K 0.243 0.006 0.043 0.005 0.001 0.002 0.022 0.002 0.014 0.008 0.002 0.494 0.157 7 V 0.272 0.003 0.033 0.009 0.002 0.001 0.034 0.002 0.010 0.002 0.002 0.065 0.563 8 T 0.334 0.002 0.021 0.125 0.003 0.002 0.037 0.002 0.015 0.006 0.003 0.355 0.094 9 L 0.394 0.002 0.025 0.013 0.003 0.003 0.028 0.001 0.013 0.006 0.004 0.123 0.386 10 Q 0.226 0.004 0.069 0.036 0.007 0.006 0.020 0.002 0.014 0.014 0.014 0.253 0.334 11 K 0.115 0.010 0.094 0.018 0.012 0.011 0.009 0.002 0.014 0.049 0.040 0.293 0.334 12 D 0.026 0.009 0.229 0.023 0.020 0.008 0.002 0.001 0.005 0.102 0.129 0.149 0.297 13 A 0.008 0.008 0.155 0.014 0.040 0.011 0.001 0.001 0.002 0.195 0.400 0.079 0.087 14 Q 0.003 0.004 0.107 0.019 0.077 0.007 0.001 0.001 0.001 0.231 0.487 0.017 0.047 15 N 0.012 0.007 0.149 0.026 0.100 0.009 0.001 0.001 0.001 0.327 0.261 0.070 0.036 16 L 0.071 0.012 0.206 0.011 0.053 0.009 0.006 0.002 0.010 0.115 0.063 0.052 0.393 17 I 0.232 0.010 0.224 0.089 0.020 0.005 0.020 0.004 0.025 0.064 0.029 0.158 0.120 18 G 0.410 0.006 0.069 0.058 0.007 0.002 0.043 0.010 0.044 0.045 0.007 0.153 0.146 19 I 0.505 0.002 0.026 0.005 0.002 0.001 0.116 0.045 0.052 0.003 0.002 0.047 0.195 20 S 0.485 0.003 0.011 0.009 0.002 0.001 0.152 0.053 0.070 0.005 0.003 0.170 0.036 21 I 0.388 0.004 0.028 0.009 0.004 0.001 0.119 0.045 0.103 0.005 0.006 0.027 0.263 22 G 0.183 0.006 0.164 0.029 0.008 0.002 0.043 0.019 0.136 0.049 0.049 0.275 0.038 23 G 0.031 0.016 0.231 0.010 0.017 0.002 0.009 0.006 0.047 0.302 0.171 0.018 0.139 24 G 0.003 0.015 0.344 0.004 0.021 0.003 0.001 0.001 0.007 0.296 0.261 0.030 0.016 25 A 0.001 0.011 0.262 0.005 0.098 0.007 0.001 0.001 0.002 0.256 0.335 0.005 0.016 26 Q 0.001 0.013 0.293 0.005 0.104 0.006 0.001 0.001 0.001 0.221 0.328 0.017 0.010 27 Y 0.003 0.032 0.285 0.005 0.057 0.004 0.001 0.001 0.004 0.359 0.180 0.006 0.066 28 C 0.001 0.008 0.485 0.014 0.010 0.002 0.001 0.001 0.006 0.381 0.024 0.061 0.008 29 P 0.002 0.004 0.626 0.045 0.012 0.001 0.001 0.001 0.003 0.190 0.059 0.006 0.052 30 C 0.031 0.009 0.351 0.036 0.013 0.003 0.015 0.005 0.080 0.143 0.054 0.182 0.078 31 L 0.211 0.009 0.108 0.008 0.002 0.001 0.112 0.045 0.130 0.011 0.003 0.062 0.298 32 Y 0.200 0.008 0.033 0.017 0.001 0.001 0.102 0.038 0.105 0.006 0.001 0.431 0.058 33 I 0.168 0.004 0.025 0.006 0.001 0.001 0.097 0.038 0.091 0.002 0.001 0.069 0.499 34 V 0.094 0.002 0.086 0.147 0.003 0.001 0.101 0.040 0.191 0.008 0.003 0.236 0.089 35 Q 0.092 0.005 0.092 0.016 0.004 0.002 0.040 0.010 0.182 0.035 0.003 0.154 0.364 36 V 0.062 0.032 0.265 0.021 0.008 0.007 0.031 0.008 0.146 0.040 0.016 0.023 0.342 37 F 0.007 0.028 0.608 0.019 0.007 0.007 0.005 0.002 0.066 0.052 0.033 0.122 0.043 38 D 0.001 0.003 0.044 0.002 0.005 0.004 0.001 0.001 0.002 0.081 0.841 0.008 0.008 39 N 0.001 0.001 0.045 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.126 0.820 0.001 0.001 40 T 0.001 0.006 0.399 0.001 0.015 0.012 0.001 0.001 0.001 0.482 0.068 0.011 0.005 41 P 0.004 0.023 0.280 0.002 0.150 0.164 0.001 0.001 0.001 0.098 0.200 0.005 0.071 42 A 0.016 0.023 0.106 0.047 0.331 0.206 0.006 0.002 0.002 0.058 0.089 0.068 0.047 43 A 0.047 0.020 0.140 0.019 0.211 0.185 0.014 0.003 0.010 0.021 0.038 0.082 0.209 44 L 0.053 0.051 0.139 0.022 0.128 0.259 0.009 0.005 0.014 0.060 0.067 0.066 0.127 45 D 0.010 0.007 0.239 0.076 0.065 0.093 0.001 0.002 0.006 0.185 0.249 0.034 0.035 46 G 0.014 0.003 0.140 0.012 0.043 0.039 0.002 0.002 0.008 0.360 0.313 0.048 0.017 47 T 0.041 0.021 0.278 0.018 0.028 0.032 0.015 0.013 0.059 0.191 0.097 0.016 0.192 48 V 0.055 0.108 0.283 0.003 0.021 0.027 0.027 0.019 0.109 0.082 0.026 0.192 0.047 49 A 0.019 0.037 0.488 0.003 0.016 0.012 0.015 0.034 0.103 0.057 0.034 0.029 0.153 50 A 0.003 0.022 0.220 0.005 0.060 0.015 0.002 0.011 0.028 0.086 0.473 0.052 0.022 51 G 0.001 0.001 0.025 0.004 0.090 0.010 0.001 0.001 0.003 0.066 0.797 0.001 0.003 52 D 0.004 0.005 0.279 0.036 0.164 0.026 0.002 0.002 0.006 0.254 0.195 0.023 0.004 53 E 0.059 0.016 0.206 0.005 0.076 0.021 0.022 0.029 0.123 0.067 0.024 0.016 0.337 54 I 0.197 0.019 0.090 0.042 0.026 0.017 0.093 0.103 0.117 0.051 0.013 0.135 0.097 55 T 0.240 0.018 0.051 0.169 0.021 0.021 0.082 0.105 0.046 0.033 0.013 0.087 0.114 56 G 0.399 0.008 0.073 0.009 0.013 0.008 0.038 0.041 0.063 0.013 0.016 0.147 0.173 57 V 0.170 0.012 0.228 0.037 0.013 0.006 0.015 0.017 0.075 0.029 0.029 0.110 0.260 58 N 0.023 0.005 0.171 0.179 0.018 0.004 0.005 0.002 0.027 0.203 0.161 0.151 0.052 59 G 0.019 0.006 0.170 0.051 0.013 0.001 0.004 0.001 0.019 0.282 0.305 0.017 0.111 60 R 0.025 0.051 0.343 0.008 0.007 0.003 0.008 0.006 0.026 0.124 0.020 0.322 0.059 61 S 0.017 0.047 0.230 0.001 0.014 0.008 0.012 0.008 0.064 0.049 0.063 0.075 0.410 62 I 0.045 0.033 0.288 0.032 0.057 0.025 0.017 0.007 0.074 0.071 0.122 0.113 0.116 63 K 0.009 0.010 0.139 0.025 0.031 0.028 0.008 0.001 0.034 0.117 0.512 0.062 0.022 64 G 0.003 0.012 0.173 0.007 0.011 0.003 0.003 0.001 0.010 0.314 0.424 0.005 0.035 65 K 0.001 0.058 0.514 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.005 0.213 0.036 0.142 0.012 66 T 0.001 0.061 0.721 0.001 0.002 0.032 0.001 0.001 0.003 0.047 0.013 0.002 0.120 67 K 0.001 0.001 0.031 0.001 0.015 0.931 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 69 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 70 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 75 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 76 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 0.804 0.001 0.001 0.001 0.004 0.179 0.001 0.001 77 V 0.001 0.002 0.101 0.001 0.035 0.563 0.001 0.001 0.001 0.079 0.218 0.001 0.001 78 K 0.001 0.002 0.149 0.002 0.035 0.044 0.001 0.001 0.001 0.074 0.692 0.001 0.001 79 G 0.001 0.004 0.144 0.005 0.029 0.011 0.001 0.001 0.006 0.402 0.388 0.006 0.006 80 E 0.006 0.009 0.488 0.004 0.009 0.006 0.008 0.008 0.143 0.154 0.032 0.022 0.113 81 V 0.046 0.010 0.225 0.021 0.002 0.001 0.039 0.019 0.423 0.040 0.008 0.099 0.068 82 T 0.100 0.004 0.072 0.086 0.002 0.001 0.046 0.037 0.377 0.021 0.002 0.101 0.151 83 I 0.214 0.001 0.041 0.028 0.002 0.001 0.137 0.122 0.260 0.002 0.004 0.086 0.102 84 H 0.477 0.001 0.010 0.006 0.001 0.001 0.153 0.058 0.100 0.002 0.001 0.116 0.074 85 Y 0.332 0.001 0.024 0.021 0.001 0.001 0.178 0.059 0.084 0.002 0.001 0.034 0.261 86 N 0.236 0.002 0.040 0.067 0.002 0.001 0.040 0.009 0.067 0.026 0.002 0.475 0.033 87 K 0.078 0.004 0.085 0.005 0.004 0.001 0.008 0.003 0.051 0.016 0.006 0.015 0.722 88 L 0.056 0.012 0.263 0.064 0.008 0.004 0.006 0.003 0.026 0.076 0.055 0.333 0.093 89 Q 0.008 0.006 0.197 0.049 0.026 0.009 0.002 0.002 0.009 0.199 0.370 0.042 0.083 90 Y 0.003 0.005 0.228 0.041 0.029 0.008 0.001 0.001 0.005 0.320 0.290 0.041 0.027 91 Y 0.007 0.014 0.464 0.005 0.024 0.012 0.002 0.001 0.016 0.215 0.062 0.109 0.069 92 K 0.010 0.046 0.467 0.004 0.013 0.012 0.008 0.001 0.026 0.071 0.027 0.052 0.263 93 V 0.006 0.041 0.537 0.014 0.016 0.017 0.004 0.002 0.033 0.073 0.019 0.139 0.100