# TARGET T0288 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 195.398 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.004 0.001 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.028 0.141 0.727 2 M 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.161 0.018 0.097 0.710 3 V 0.072 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.042 0.015 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.118 0.043 0.095 0.550 4 P 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.222 0.030 0.090 0.646 5 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.015 0.008 0.003 0.167 0.023 0.063 0.703 6 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.004 0.004 0.005 0.009 0.009 0.013 0.621 0.031 0.026 0.260 7 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.483 0.044 0.034 0.432 8 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.697 0.035 0.017 0.205 9 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.023 0.036 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.420 0.030 0.031 0.407 10 Q 0.010 0.002 0.001 0.001 0.143 0.238 0.276 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.026 0.022 0.155 11 K 0.024 0.003 0.001 0.005 0.013 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.149 0.021 0.056 0.720 12 D 0.465 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.086 0.035 0.391 13 A 0.107 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.021 0.069 0.775 14 Q 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.012 0.082 0.861 15 N 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 0.007 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.070 0.119 0.540 16 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.287 0.004 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.107 0.078 0.086 0.401 17 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.124 0.009 0.161 0.036 0.022 0.006 0.311 0.080 0.041 0.207 18 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.038 0.014 0.391 0.010 0.019 0.417 0.057 0.008 0.041 19 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.089 0.004 0.703 0.050 0.022 0.096 20 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.010 0.018 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.012 0.788 0.053 0.014 0.057 21 I 0.025 0.002 0.001 0.009 0.008 0.007 0.024 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.452 0.056 0.077 0.323 22 G 0.072 0.005 0.003 0.006 0.006 0.015 0.025 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.242 0.096 0.117 0.399 23 G 0.050 0.005 0.003 0.002 0.005 0.002 0.009 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.052 0.119 0.657 24 G 0.140 0.006 0.001 0.002 0.004 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.094 0.095 0.596 25 A 0.079 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.041 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.040 0.090 0.667 26 Q 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.010 0.004 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.049 0.023 0.097 0.789 27 Y 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 0.009 0.006 0.057 0.013 0.006 0.001 0.036 0.029 0.105 0.698 28 C 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.025 0.007 0.015 0.011 0.017 0.004 0.007 0.066 0.034 0.147 0.643 29 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.003 0.009 0.012 0.008 0.004 0.232 0.041 0.110 0.570 30 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.006 0.005 0.037 0.008 0.056 0.013 0.013 0.390 0.075 0.057 0.325 31 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.004 0.018 0.005 0.710 0.035 0.032 0.185 32 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.021 0.032 0.055 0.763 0.048 0.007 0.050 33 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.615 0.067 0.037 0.267 34 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.785 0.023 0.024 0.161 35 Q 0.003 0.004 0.001 0.001 0.015 0.013 0.006 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.480 0.117 0.067 0.281 36 V 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.250 0.055 0.097 0.593 37 F 0.254 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.310 0.080 0.056 0.295 38 D 0.010 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.012 0.127 0.789 39 N 0.007 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.008 0.098 0.818 40 T 0.171 0.508 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.141 0.035 0.114 41 P 0.199 0.452 0.017 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.139 0.028 0.142 42 A 0.064 0.100 0.092 0.005 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.016 0.253 0.051 0.391 43 A 0.508 0.004 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.001 0.002 0.022 0.073 0.058 0.314 44 L 0.147 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.049 0.121 0.635 45 D 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.010 0.102 0.870 46 G 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.166 0.043 0.136 0.639 47 T 0.005 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.044 0.045 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.176 0.041 0.124 0.540 48 V 0.018 0.009 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.495 0.030 0.083 0.345 49 A 0.509 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.002 0.001 0.120 0.093 0.042 0.204 50 A 0.110 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.001 0.199 0.062 0.115 0.481 51 G 0.021 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.192 0.068 0.141 0.561 52 D 0.004 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.508 0.089 0.091 0.266 53 E 0.021 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.008 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.596 0.073 0.041 0.201 54 I 0.009 0.020 0.002 0.004 0.001 0.031 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.622 0.087 0.026 0.184 55 T 0.002 0.003 0.012 0.001 0.310 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.464 0.051 0.020 0.123 56 G 0.042 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.610 0.015 0.040 0.265 57 V 0.527 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.122 0.036 0.053 0.253 58 N 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.019 0.125 0.791 59 G 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.029 0.064 0.822 60 R 0.011 0.003 0.001 0.001 0.029 0.001 0.003 0.002 0.509 0.021 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.018 0.031 0.324 61 S 0.213 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.035 0.057 0.557 62 I 0.268 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.002 0.003 0.001 0.023 0.052 0.067 0.513 63 K 0.007 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.012 0.003 0.006 0.045 0.031 0.094 0.778 64 G 0.009 0.063 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.019 0.094 0.789 65 K 0.004 0.084 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.027 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.035 0.095 0.593 66 T 0.007 0.898 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.005 0.041 67 K 0.004 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.011 68 V 0.002 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.016 69 E 0.001 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.015 70 V 0.003 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.017 71 A 0.008 0.922 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.002 0.032 72 K 0.020 0.845 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.011 0.076 73 M 0.181 0.580 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.024 0.148 74 I 0.399 0.107 0.053 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.207 0.034 0.187 75 Q 0.057 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.038 0.101 0.789 76 E 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.062 0.893 77 V 0.284 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.057 0.130 0.509 78 K 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.018 0.145 0.823 79 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.025 0.086 0.799 80 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.214 0.030 0.111 0.638 81 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.710 0.043 0.042 0.197 82 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.771 0.058 0.017 0.148 83 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.869 0.029 0.012 0.088 84 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.924 0.032 0.004 0.034 85 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.538 0.034 0.038 0.380 86 N 0.002 0.002 0.001 0.001 0.010 0.013 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.766 0.042 0.023 0.126 87 K 0.011 0.009 0.001 0.008 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.177 0.033 0.082 0.673 88 L 0.051 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.195 0.088 0.060 0.593 89 Q 0.183 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.027 0.065 0.616 90 Y 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.013 0.058 0.864 91 Y 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.023 0.088 0.767 92 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.011 0.076 0.841 93 V 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.019 0.001 0.008 0.001 0.002 0.001 0.045 0.018 0.099 0.792