# TARGET T0288 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 195.398 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.019 0.002 0.001 0.019 0.021 0.040 0.129 0.002 0.001 0.029 0.738 2 M 0.018 0.001 0.001 0.012 0.019 0.032 0.120 0.002 0.001 0.024 0.772 3 V 0.040 0.002 0.001 0.031 0.079 0.048 0.153 0.007 0.001 0.038 0.602 4 P 0.014 0.003 0.001 0.094 0.030 0.055 0.143 0.001 0.001 0.034 0.624 5 G 0.003 0.005 0.001 0.147 0.094 0.187 0.081 0.002 0.001 0.045 0.435 6 K 0.004 0.006 0.001 0.232 0.207 0.210 0.054 0.002 0.001 0.030 0.254 7 V 0.003 0.008 0.001 0.254 0.222 0.213 0.028 0.001 0.001 0.019 0.251 8 T 0.007 0.010 0.001 0.181 0.240 0.308 0.027 0.002 0.001 0.050 0.173 9 L 0.020 0.017 0.001 0.118 0.181 0.214 0.055 0.002 0.001 0.054 0.335 10 Q 0.028 0.033 0.011 0.070 0.171 0.206 0.081 0.003 0.009 0.045 0.342 11 K 0.077 0.012 0.010 0.022 0.080 0.114 0.073 0.006 0.008 0.037 0.561 12 D 0.215 0.010 0.004 0.009 0.035 0.050 0.059 0.010 0.005 0.061 0.541 13 A 0.136 0.010 0.004 0.008 0.011 0.022 0.073 0.004 0.002 0.056 0.673 14 Q 0.022 0.002 0.004 0.015 0.018 0.049 0.097 0.001 0.001 0.050 0.740 15 N 0.004 0.001 0.001 0.021 0.132 0.226 0.096 0.002 0.001 0.066 0.453 16 L 0.006 0.001 0.001 0.038 0.087 0.118 0.109 0.001 0.001 0.077 0.563 17 I 0.001 0.001 0.001 0.109 0.265 0.273 0.061 0.001 0.001 0.060 0.229 18 G 0.001 0.001 0.001 0.129 0.176 0.414 0.035 0.001 0.001 0.100 0.144 19 I 0.001 0.001 0.001 0.273 0.263 0.247 0.023 0.001 0.001 0.054 0.138 20 S 0.004 0.001 0.001 0.350 0.214 0.270 0.025 0.001 0.001 0.056 0.080 21 I 0.021 0.001 0.001 0.137 0.202 0.301 0.044 0.001 0.001 0.085 0.207 22 G 0.032 0.004 0.001 0.128 0.074 0.144 0.102 0.001 0.002 0.042 0.469 23 G 0.032 0.004 0.003 0.042 0.035 0.095 0.150 0.007 0.003 0.038 0.590 24 G 0.250 0.009 0.002 0.013 0.024 0.029 0.087 0.009 0.003 0.072 0.502 25 A 0.187 0.002 0.002 0.008 0.016 0.021 0.096 0.004 0.001 0.047 0.617 26 Q 0.021 0.001 0.001 0.010 0.014 0.029 0.097 0.001 0.001 0.023 0.803 27 Y 0.030 0.001 0.001 0.011 0.033 0.044 0.161 0.002 0.001 0.037 0.681 28 C 0.011 0.001 0.001 0.009 0.042 0.035 0.192 0.003 0.001 0.031 0.676 29 P 0.002 0.001 0.001 0.081 0.106 0.168 0.159 0.001 0.001 0.034 0.448 30 C 0.001 0.001 0.001 0.207 0.123 0.393 0.043 0.001 0.001 0.073 0.160 31 L 0.001 0.001 0.001 0.367 0.189 0.279 0.016 0.001 0.001 0.055 0.094 32 Y 0.001 0.001 0.001 0.397 0.283 0.222 0.008 0.001 0.001 0.038 0.052 33 I 0.001 0.001 0.001 0.332 0.270 0.237 0.012 0.001 0.001 0.040 0.107 34 V 0.003 0.001 0.001 0.369 0.164 0.213 0.032 0.001 0.001 0.054 0.165 35 Q 0.005 0.001 0.001 0.255 0.156 0.248 0.083 0.001 0.001 0.068 0.183 36 V 0.009 0.001 0.001 0.164 0.074 0.162 0.125 0.002 0.001 0.039 0.423 37 F 0.647 0.006 0.001 0.031 0.021 0.016 0.054 0.003 0.001 0.049 0.171 38 D 0.015 0.005 0.001 0.018 0.006 0.010 0.135 0.001 0.001 0.030 0.779 39 N 0.010 0.029 0.001 0.007 0.004 0.008 0.101 0.003 0.001 0.008 0.829 40 T 0.177 0.253 0.002 0.009 0.042 0.048 0.083 0.037 0.001 0.085 0.265 41 P 0.087 0.304 0.010 0.009 0.012 0.022 0.079 0.005 0.005 0.139 0.329 42 A 0.159 0.128 0.067 0.008 0.031 0.058 0.070 0.009 0.022 0.094 0.354 43 A 0.448 0.018 0.004 0.004 0.013 0.019 0.058 0.011 0.002 0.059 0.364 44 L 0.330 0.030 0.001 0.006 0.009 0.017 0.065 0.009 0.001 0.042 0.490 45 D 0.027 0.025 0.001 0.008 0.006 0.021 0.093 0.003 0.001 0.012 0.805 46 G 0.007 0.005 0.001 0.010 0.103 0.188 0.094 0.006 0.001 0.023 0.562 47 T 0.016 0.014 0.002 0.025 0.157 0.143 0.133 0.001 0.001 0.049 0.459 48 V 0.009 0.006 0.003 0.069 0.081 0.081 0.088 0.002 0.001 0.023 0.636 49 A 0.507 0.033 0.002 0.025 0.036 0.055 0.065 0.010 0.002 0.081 0.183 50 A 0.133 0.049 0.003 0.036 0.005 0.012 0.097 0.006 0.001 0.041 0.616 51 G 0.034 0.028 0.003 0.041 0.013 0.037 0.106 0.004 0.001 0.068 0.664 52 D 0.016 0.042 0.003 0.075 0.114 0.162 0.106 0.004 0.001 0.125 0.352 53 E 0.024 0.017 0.002 0.068 0.161 0.262 0.074 0.005 0.001 0.104 0.284 54 I 0.015 0.006 0.002 0.123 0.234 0.189 0.052 0.001 0.001 0.058 0.318 55 T 0.009 0.002 0.002 0.114 0.173 0.282 0.086 0.001 0.001 0.073 0.257 56 G 0.041 0.003 0.003 0.111 0.094 0.199 0.088 0.005 0.002 0.097 0.358 57 V 0.177 0.003 0.002 0.069 0.043 0.061 0.122 0.006 0.002 0.066 0.450 58 N 0.029 0.005 0.001 0.059 0.036 0.078 0.140 0.004 0.001 0.058 0.587 59 G 0.015 0.002 0.001 0.050 0.031 0.065 0.127 0.003 0.001 0.051 0.654 60 R 0.015 0.002 0.002 0.120 0.160 0.142 0.136 0.004 0.001 0.060 0.360 61 S 0.046 0.004 0.002 0.161 0.040 0.078 0.102 0.003 0.001 0.081 0.483 62 I 0.142 0.005 0.002 0.093 0.035 0.042 0.106 0.003 0.001 0.111 0.461 63 K 0.017 0.008 0.001 0.032 0.012 0.023 0.160 0.003 0.001 0.034 0.708 64 G 0.055 0.069 0.001 0.014 0.010 0.017 0.128 0.003 0.001 0.034 0.668 65 K 0.016 0.075 0.001 0.026 0.021 0.030 0.155 0.010 0.001 0.104 0.562 66 T 0.021 0.712 0.001 0.003 0.003 0.004 0.026 0.002 0.001 0.117 0.111 67 K 0.003 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.014 68 V 0.004 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.008 69 E 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 70 V 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 71 A 0.007 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.032 0.006 72 K 0.014 0.695 0.021 0.002 0.001 0.001 0.011 0.004 0.009 0.195 0.047 73 M 0.132 0.508 0.017 0.002 0.001 0.001 0.034 0.014 0.007 0.162 0.121 74 I 0.086 0.197 0.121 0.009 0.002 0.004 0.051 0.021 0.099 0.183 0.225 75 Q 0.165 0.028 0.019 0.003 0.002 0.004 0.091 0.004 0.018 0.044 0.623 76 E 0.058 0.003 0.003 0.003 0.001 0.004 0.053 0.002 0.003 0.027 0.844 77 V 0.172 0.002 0.001 0.003 0.001 0.004 0.096 0.004 0.001 0.051 0.664 78 K 0.023 0.001 0.002 0.014 0.001 0.004 0.100 0.001 0.001 0.027 0.827 79 G 0.002 0.001 0.001 0.018 0.013 0.029 0.106 0.001 0.001 0.027 0.803 80 E 0.003 0.001 0.001 0.087 0.076 0.102 0.127 0.001 0.001 0.070 0.533 81 V 0.001 0.002 0.001 0.292 0.136 0.205 0.044 0.001 0.001 0.045 0.275 82 T 0.001 0.001 0.001 0.237 0.228 0.352 0.016 0.001 0.001 0.078 0.087 83 I 0.001 0.002 0.001 0.250 0.298 0.246 0.013 0.001 0.001 0.020 0.169 84 H 0.001 0.001 0.001 0.128 0.367 0.415 0.010 0.001 0.001 0.019 0.058 85 Y 0.011 0.005 0.002 0.070 0.368 0.330 0.018 0.001 0.002 0.020 0.173 86 N 0.056 0.007 0.004 0.044 0.303 0.341 0.031 0.005 0.004 0.040 0.164 87 K 0.204 0.014 0.006 0.023 0.092 0.161 0.053 0.014 0.005 0.043 0.383 88 L 0.153 0.003 0.005 0.027 0.050 0.105 0.063 0.003 0.003 0.023 0.565 89 Q 0.024 0.001 0.002 0.028 0.123 0.164 0.051 0.002 0.001 0.020 0.583 90 Y 0.010 0.001 0.001 0.022 0.025 0.040 0.068 0.001 0.001 0.014 0.819 91 Y 0.011 0.001 0.001 0.015 0.252 0.058 0.072 0.003 0.001 0.022 0.567 92 K 0.004 0.001 0.001 0.020 0.034 0.025 0.107 0.001 0.001 0.008 0.801 93 V 0.003 0.001 0.001 0.016 0.048 0.040 0.079 0.007 0.001 0.009 0.798