# TARGET T0288 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 195.398 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.004 0.005 0.051 0.086 0.353 0.115 0.031 0.356 2 M 0.012 0.005 0.053 0.112 0.277 0.075 0.028 0.437 3 V 0.084 0.017 0.042 0.327 0.179 0.063 0.047 0.241 4 P 0.016 0.019 0.055 0.082 0.194 0.079 0.049 0.505 5 G 0.013 0.026 0.057 0.144 0.433 0.051 0.054 0.223 6 K 0.013 0.018 0.064 0.332 0.404 0.026 0.035 0.109 7 V 0.016 0.024 0.045 0.311 0.362 0.032 0.022 0.188 8 T 0.007 0.019 0.045 0.326 0.446 0.022 0.018 0.118 9 L 0.016 0.033 0.043 0.249 0.338 0.047 0.028 0.246 10 Q 0.048 0.032 0.044 0.289 0.263 0.039 0.080 0.205 11 K 0.065 0.026 0.028 0.136 0.140 0.074 0.136 0.394 12 D 0.340 0.025 0.015 0.046 0.042 0.055 0.075 0.401 13 A 0.223 0.015 0.007 0.019 0.031 0.080 0.035 0.590 14 Q 0.012 0.003 0.011 0.008 0.022 0.096 0.021 0.827 15 N 0.062 0.006 0.030 0.035 0.097 0.168 0.036 0.566 16 L 0.024 0.004 0.027 0.051 0.064 0.108 0.073 0.650 17 I 0.005 0.003 0.190 0.096 0.204 0.129 0.033 0.340 18 G 0.004 0.002 0.235 0.108 0.339 0.045 0.064 0.203 19 I 0.003 0.002 0.254 0.317 0.196 0.034 0.044 0.151 20 S 0.008 0.004 0.540 0.125 0.176 0.024 0.048 0.076 21 I 0.057 0.008 0.168 0.180 0.191 0.072 0.067 0.258 22 G 0.050 0.005 0.169 0.083 0.116 0.086 0.066 0.424 23 G 0.049 0.005 0.052 0.040 0.088 0.106 0.059 0.602 24 G 0.107 0.004 0.025 0.050 0.078 0.097 0.057 0.582 25 A 0.059 0.002 0.014 0.053 0.063 0.105 0.043 0.661 26 Q 0.009 0.001 0.018 0.029 0.061 0.131 0.033 0.718 27 Y 0.033 0.001 0.018 0.028 0.061 0.103 0.033 0.723 28 C 0.092 0.004 0.033 0.069 0.067 0.137 0.085 0.514 29 P 0.007 0.003 0.079 0.067 0.183 0.106 0.028 0.526 30 C 0.002 0.002 0.173 0.107 0.471 0.039 0.039 0.167 31 L 0.001 0.001 0.194 0.261 0.363 0.020 0.041 0.120 32 Y 0.002 0.001 0.276 0.369 0.281 0.010 0.020 0.040 33 I 0.005 0.002 0.231 0.242 0.308 0.026 0.031 0.155 34 V 0.011 0.003 0.264 0.204 0.269 0.042 0.045 0.162 35 Q 0.013 0.002 0.202 0.189 0.267 0.054 0.055 0.218 36 V 0.043 0.003 0.056 0.082 0.114 0.084 0.032 0.587 37 F 0.433 0.009 0.033 0.065 0.056 0.077 0.049 0.278 38 D 0.014 0.008 0.004 0.009 0.019 0.116 0.006 0.823 39 N 0.007 0.020 0.005 0.003 0.006 0.046 0.004 0.909 40 T 0.219 0.524 0.006 0.027 0.010 0.042 0.032 0.141 41 P 0.283 0.332 0.032 0.024 0.018 0.052 0.073 0.185 42 A 0.233 0.126 0.032 0.029 0.048 0.057 0.127 0.348 43 A 0.393 0.020 0.019 0.012 0.022 0.070 0.150 0.313 44 L 0.076 0.026 0.004 0.015 0.022 0.083 0.083 0.692 45 D 0.008 0.016 0.008 0.010 0.045 0.089 0.013 0.811 46 G 0.034 0.028 0.045 0.083 0.191 0.129 0.054 0.436 47 T 0.015 0.025 0.062 0.193 0.174 0.090 0.067 0.374 48 V 0.055 0.025 0.085 0.073 0.085 0.097 0.032 0.547 49 A 0.259 0.071 0.062 0.091 0.058 0.089 0.070 0.299 50 A 0.057 0.075 0.023 0.017 0.032 0.075 0.035 0.686 51 G 0.025 0.044 0.033 0.026 0.109 0.092 0.268 0.403 52 D 0.012 0.048 0.030 0.179 0.248 0.058 0.252 0.172 53 E 0.019 0.026 0.051 0.307 0.342 0.042 0.040 0.174 54 I 0.017 0.009 0.040 0.215 0.391 0.053 0.041 0.234 55 T 0.005 0.003 0.075 0.216 0.470 0.042 0.057 0.133 56 G 0.052 0.002 0.040 0.137 0.321 0.078 0.039 0.330 57 V 0.275 0.004 0.020 0.133 0.090 0.090 0.073 0.316 58 N 0.019 0.004 0.011 0.027 0.071 0.135 0.011 0.722 59 G 0.014 0.002 0.013 0.011 0.056 0.087 0.013 0.805 60 R 0.016 0.004 0.050 0.231 0.145 0.115 0.062 0.377 61 S 0.090 0.008 0.038 0.060 0.072 0.091 0.041 0.599 62 I 0.336 0.008 0.026 0.075 0.057 0.059 0.079 0.360 63 K 0.023 0.009 0.024 0.020 0.040 0.096 0.023 0.765 64 G 0.022 0.027 0.010 0.011 0.037 0.072 0.021 0.802 65 K 0.023 0.094 0.020 0.077 0.048 0.119 0.036 0.583 66 T 0.025 0.788 0.005 0.012 0.014 0.021 0.029 0.108 67 K 0.010 0.966 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.011 68 V 0.002 0.955 0.002 0.005 0.005 0.003 0.015 0.013 69 E 0.001 0.976 0.001 0.003 0.003 0.001 0.011 0.004 70 V 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 71 A 0.004 0.946 0.003 0.002 0.002 0.001 0.040 0.002 72 K 0.005 0.939 0.004 0.006 0.005 0.002 0.027 0.011 73 M 0.081 0.718 0.016 0.007 0.008 0.011 0.103 0.056 74 I 0.173 0.230 0.042 0.062 0.023 0.026 0.314 0.128 75 Q 0.054 0.024 0.017 0.019 0.020 0.043 0.108 0.716 76 E 0.182 0.004 0.006 0.003 0.003 0.045 0.044 0.713 77 V 0.348 0.002 0.006 0.007 0.005 0.060 0.035 0.537 78 K 0.013 0.001 0.004 0.001 0.004 0.068 0.005 0.905 79 G 0.006 0.001 0.027 0.009 0.053 0.136 0.016 0.752 80 E 0.003 0.001 0.112 0.115 0.165 0.085 0.039 0.479 81 V 0.002 0.002 0.201 0.294 0.294 0.023 0.024 0.161 82 T 0.001 0.001 0.189 0.284 0.391 0.010 0.034 0.090 83 I 0.001 0.001 0.174 0.451 0.298 0.006 0.015 0.054 84 H 0.002 0.002 0.180 0.409 0.352 0.006 0.013 0.036 85 Y 0.006 0.003 0.107 0.313 0.362 0.021 0.024 0.163 86 N 0.023 0.007 0.091 0.346 0.305 0.027 0.043 0.158 87 K 0.072 0.009 0.032 0.136 0.199 0.062 0.051 0.440 88 L 0.086 0.006 0.026 0.071 0.097 0.075 0.060 0.579 89 Q 0.067 0.006 0.012 0.083 0.118 0.074 0.037 0.603 90 Y 0.018 0.002 0.009 0.023 0.051 0.070 0.031 0.796 91 Y 0.012 0.003 0.026 0.129 0.166 0.105 0.034 0.524 92 K 0.014 0.002 0.026 0.064 0.110 0.084 0.036 0.664 93 V 0.029 0.005 0.033 0.084 0.081 0.086 0.040 0.643