# TARGET T0288 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 195.398 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.137 0.088 0.048 0.103 0.100 0.109 0.136 0.094 0.088 0.058 0.038 2 M 0.114 0.110 0.054 0.142 0.117 0.102 0.118 0.085 0.070 0.049 0.038 3 V 0.047 0.052 0.031 0.068 0.074 0.094 0.157 0.136 0.136 0.113 0.092 4 P 0.135 0.161 0.081 0.198 0.139 0.095 0.076 0.047 0.034 0.021 0.014 5 G 0.083 0.067 0.037 0.092 0.097 0.113 0.149 0.108 0.113 0.085 0.055 6 K 0.135 0.141 0.053 0.176 0.146 0.110 0.093 0.059 0.047 0.026 0.015 7 V 0.032 0.028 0.020 0.063 0.071 0.097 0.186 0.149 0.154 0.120 0.080 8 T 0.077 0.072 0.077 0.151 0.126 0.105 0.130 0.091 0.075 0.056 0.037 9 L 0.040 0.050 0.071 0.119 0.105 0.111 0.177 0.107 0.102 0.073 0.044 10 Q 0.074 0.079 0.108 0.149 0.124 0.108 0.143 0.076 0.063 0.048 0.028 11 K 0.126 0.111 0.097 0.172 0.133 0.114 0.129 0.052 0.035 0.022 0.011 12 D 0.278 0.220 0.142 0.164 0.085 0.049 0.034 0.015 0.008 0.004 0.001 13 A 0.239 0.160 0.061 0.122 0.104 0.096 0.103 0.061 0.030 0.016 0.007 14 Q 0.408 0.185 0.086 0.102 0.081 0.056 0.036 0.022 0.015 0.007 0.004 15 N 0.271 0.178 0.106 0.168 0.119 0.074 0.043 0.020 0.013 0.006 0.002 16 L 0.064 0.065 0.054 0.118 0.137 0.143 0.149 0.107 0.079 0.052 0.033 17 I 0.006 0.010 0.010 0.028 0.042 0.074 0.162 0.178 0.190 0.161 0.139 18 G 0.015 0.031 0.048 0.132 0.131 0.125 0.137 0.135 0.108 0.079 0.058 19 I 0.001 0.001 0.005 0.007 0.012 0.023 0.067 0.111 0.211 0.277 0.283 20 S 0.013 0.025 0.024 0.093 0.109 0.106 0.154 0.152 0.136 0.102 0.086 21 I 0.002 0.003 0.004 0.009 0.013 0.022 0.071 0.109 0.223 0.271 0.274 22 G 0.066 0.068 0.040 0.116 0.125 0.119 0.143 0.111 0.094 0.067 0.053 23 G 0.082 0.092 0.040 0.125 0.106 0.105 0.140 0.095 0.096 0.069 0.049 24 G 0.155 0.122 0.034 0.112 0.110 0.104 0.125 0.083 0.073 0.049 0.034 25 A 0.237 0.121 0.037 0.116 0.095 0.086 0.105 0.065 0.063 0.043 0.032 26 Q 0.226 0.178 0.076 0.171 0.119 0.080 0.067 0.032 0.025 0.015 0.010 27 Y 0.124 0.116 0.054 0.141 0.117 0.105 0.128 0.081 0.062 0.044 0.028 28 C 0.064 0.059 0.032 0.092 0.095 0.115 0.162 0.117 0.106 0.086 0.072 29 P 0.091 0.140 0.092 0.182 0.150 0.118 0.094 0.053 0.043 0.025 0.013 30 C 0.027 0.029 0.029 0.097 0.111 0.131 0.173 0.131 0.120 0.094 0.059 31 L 0.014 0.011 0.011 0.027 0.043 0.070 0.148 0.179 0.195 0.167 0.133 32 Y 0.008 0.033 0.024 0.116 0.122 0.114 0.168 0.154 0.117 0.081 0.062 33 I 0.001 0.001 0.005 0.006 0.008 0.013 0.044 0.075 0.196 0.295 0.356 34 V 0.035 0.027 0.050 0.123 0.165 0.147 0.187 0.098 0.082 0.055 0.031 35 Q 0.039 0.061 0.103 0.228 0.159 0.123 0.135 0.066 0.047 0.027 0.012 36 V 0.003 0.005 0.006 0.012 0.016 0.030 0.114 0.150 0.210 0.235 0.220 37 F 0.048 0.063 0.033 0.083 0.094 0.110 0.181 0.151 0.105 0.077 0.055 38 D 0.155 0.186 0.169 0.199 0.125 0.073 0.044 0.021 0.015 0.008 0.004 39 N 0.283 0.141 0.066 0.129 0.136 0.109 0.068 0.034 0.020 0.009 0.004 40 T 0.126 0.056 0.017 0.055 0.066 0.087 0.143 0.140 0.154 0.094 0.061 41 P 0.081 0.078 0.048 0.143 0.127 0.116 0.143 0.096 0.079 0.049 0.039 42 A 0.027 0.028 0.069 0.073 0.064 0.071 0.136 0.111 0.144 0.144 0.134 43 A 0.038 0.064 0.103 0.164 0.139 0.123 0.150 0.079 0.060 0.046 0.035 44 L 0.026 0.059 0.046 0.105 0.095 0.116 0.191 0.129 0.108 0.079 0.047 45 D 0.112 0.099 0.057 0.156 0.145 0.131 0.122 0.076 0.053 0.032 0.017 46 G 0.264 0.098 0.071 0.117 0.101 0.095 0.095 0.061 0.054 0.030 0.013 47 T 0.143 0.129 0.091 0.195 0.155 0.102 0.079 0.047 0.033 0.018 0.009 48 V 0.003 0.004 0.005 0.008 0.015 0.034 0.114 0.143 0.212 0.230 0.231 49 A 0.059 0.108 0.122 0.245 0.159 0.110 0.094 0.046 0.027 0.017 0.012 50 A 0.021 0.050 0.080 0.123 0.121 0.131 0.166 0.108 0.086 0.074 0.040 51 G 0.044 0.056 0.037 0.109 0.131 0.155 0.154 0.119 0.105 0.059 0.033 52 D 0.010 0.008 0.007 0.029 0.038 0.073 0.173 0.154 0.206 0.167 0.134 53 E 0.009 0.028 0.025 0.140 0.180 0.147 0.198 0.129 0.069 0.047 0.028 54 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.006 0.027 0.056 0.180 0.301 0.421 55 T 0.003 0.003 0.016 0.018 0.036 0.052 0.131 0.160 0.211 0.207 0.162 56 G 0.006 0.022 0.058 0.144 0.169 0.148 0.177 0.123 0.080 0.048 0.024 57 V 0.001 0.002 0.004 0.005 0.010 0.024 0.079 0.131 0.221 0.249 0.274 58 N 0.044 0.064 0.028 0.106 0.107 0.110 0.169 0.148 0.110 0.068 0.045 59 G 0.104 0.081 0.069 0.121 0.114 0.108 0.123 0.085 0.088 0.063 0.041 60 R 0.137 0.082 0.042 0.117 0.131 0.137 0.154 0.076 0.061 0.037 0.028 61 S 0.176 0.159 0.051 0.180 0.117 0.083 0.094 0.055 0.045 0.025 0.014 62 I 0.023 0.019 0.013 0.028 0.035 0.055 0.135 0.142 0.174 0.190 0.187 63 K 0.154 0.188 0.092 0.191 0.140 0.097 0.069 0.033 0.020 0.010 0.006 64 G 0.182 0.117 0.116 0.169 0.114 0.089 0.088 0.047 0.040 0.025 0.013 65 K 0.264 0.129 0.066 0.157 0.104 0.087 0.090 0.045 0.028 0.017 0.011 66 T 0.059 0.174 0.049 0.098 0.100 0.114 0.131 0.109 0.095 0.047 0.022 67 K 0.026 0.055 0.042 0.136 0.137 0.178 0.194 0.099 0.069 0.038 0.025 68 V 0.229 0.077 0.201 0.183 0.113 0.078 0.060 0.027 0.018 0.010 0.004 69 E 0.014 0.041 0.049 0.242 0.214 0.179 0.171 0.062 0.018 0.007 0.002 70 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.018 0.058 0.231 0.345 0.341 71 A 0.001 0.001 0.010 0.025 0.094 0.216 0.325 0.157 0.092 0.059 0.021 72 K 0.007 0.021 0.613 0.192 0.091 0.043 0.020 0.008 0.003 0.002 0.001 73 M 0.001 0.001 0.007 0.017 0.027 0.075 0.320 0.255 0.153 0.097 0.047 74 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.053 0.216 0.350 0.360 75 Q 0.005 0.013 0.287 0.176 0.186 0.140 0.140 0.026 0.014 0.010 0.003 76 E 0.009 0.042 0.556 0.183 0.090 0.061 0.039 0.012 0.004 0.002 0.001 77 V 0.005 0.007 0.007 0.010 0.015 0.051 0.256 0.262 0.190 0.122 0.076 78 K 0.380 0.256 0.066 0.123 0.071 0.045 0.031 0.016 0.007 0.003 0.002 79 G 0.469 0.161 0.145 0.097 0.060 0.032 0.017 0.009 0.006 0.003 0.001 80 E 0.379 0.208 0.068 0.145 0.110 0.051 0.023 0.009 0.004 0.001 0.001 81 V 0.021 0.015 0.006 0.018 0.027 0.064 0.168 0.182 0.222 0.161 0.116 82 T 0.058 0.135 0.109 0.299 0.183 0.097 0.055 0.032 0.017 0.009 0.005 83 I 0.004 0.005 0.018 0.016 0.024 0.054 0.134 0.158 0.206 0.217 0.163 84 H 0.036 0.094 0.075 0.251 0.187 0.131 0.103 0.064 0.032 0.017 0.010 85 Y 0.005 0.006 0.010 0.017 0.022 0.044 0.126 0.150 0.232 0.228 0.160 86 N 0.082 0.097 0.099 0.191 0.147 0.105 0.108 0.062 0.051 0.036 0.023 87 K 0.093 0.105 0.096 0.190 0.137 0.119 0.131 0.057 0.042 0.022 0.008 88 L 0.074 0.060 0.080 0.112 0.102 0.108 0.160 0.095 0.086 0.073 0.049 89 Q 0.142 0.189 0.096 0.203 0.116 0.092 0.096 0.035 0.019 0.009 0.004 90 Y 0.148 0.127 0.130 0.161 0.122 0.096 0.095 0.054 0.035 0.022 0.009 91 Y 0.251 0.111 0.095 0.113 0.100 0.097 0.105 0.057 0.036 0.022 0.013 92 K 0.341 0.230 0.109 0.163 0.086 0.040 0.018 0.008 0.004 0.001 0.001 93 V 0.046 0.030 0.026 0.034 0.048 0.078 0.156 0.164 0.168 0.142 0.107