# TARGET T0288 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 195.398 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.129 0.043 0.004 0.027 0.052 0.076 0.104 0.005 0.001 0.008 0.552 2 M 0.198 0.034 0.010 0.036 0.050 0.070 0.081 0.008 0.001 0.011 0.502 3 V 0.145 0.022 0.015 0.063 0.133 0.127 0.143 0.003 0.001 0.010 0.340 4 P 0.007 0.002 0.007 0.017 0.020 0.036 0.028 0.001 0.001 0.002 0.881 5 G 0.009 0.002 0.003 0.100 0.165 0.368 0.073 0.001 0.001 0.004 0.276 6 K 0.042 0.003 0.002 0.141 0.180 0.267 0.058 0.001 0.001 0.007 0.299 7 V 0.010 0.004 0.002 0.146 0.229 0.311 0.029 0.001 0.001 0.002 0.267 8 T 0.003 0.002 0.001 0.166 0.274 0.422 0.022 0.001 0.001 0.001 0.110 9 L 0.007 0.003 0.001 0.143 0.213 0.373 0.031 0.001 0.001 0.002 0.226 10 Q 0.007 0.003 0.001 0.073 0.283 0.398 0.034 0.001 0.001 0.002 0.197 11 K 0.008 0.002 0.001 0.042 0.178 0.319 0.055 0.001 0.001 0.003 0.391 12 D 0.012 0.003 0.001 0.029 0.120 0.168 0.178 0.001 0.001 0.007 0.482 13 A 0.063 0.005 0.001 0.016 0.043 0.047 0.154 0.001 0.001 0.021 0.650 14 Q 0.105 0.008 0.002 0.008 0.025 0.023 0.356 0.001 0.001 0.033 0.438 15 N 0.240 0.011 0.003 0.009 0.021 0.020 0.276 0.002 0.001 0.039 0.379 16 L 0.235 0.016 0.018 0.017 0.034 0.052 0.173 0.001 0.001 0.031 0.422 17 I 0.034 0.005 0.014 0.049 0.251 0.228 0.150 0.001 0.001 0.009 0.260 18 G 0.008 0.001 0.004 0.048 0.181 0.319 0.077 0.001 0.001 0.003 0.359 19 I 0.003 0.001 0.001 0.086 0.343 0.485 0.016 0.001 0.001 0.001 0.064 20 S 0.001 0.001 0.001 0.134 0.292 0.450 0.031 0.001 0.001 0.001 0.091 21 I 0.002 0.002 0.001 0.200 0.218 0.379 0.030 0.001 0.001 0.001 0.167 22 G 0.005 0.003 0.001 0.331 0.170 0.343 0.053 0.001 0.001 0.003 0.092 23 G 0.009 0.004 0.001 0.078 0.072 0.128 0.125 0.001 0.001 0.006 0.576 24 G 0.050 0.005 0.002 0.092 0.077 0.089 0.143 0.001 0.001 0.016 0.526 25 A 0.069 0.006 0.005 0.030 0.043 0.062 0.158 0.001 0.001 0.014 0.612 26 Q 0.035 0.007 0.002 0.030 0.056 0.074 0.131 0.002 0.001 0.006 0.657 27 Y 0.086 0.009 0.004 0.023 0.043 0.086 0.077 0.002 0.001 0.010 0.660 28 C 0.111 0.008 0.004 0.042 0.104 0.148 0.105 0.002 0.001 0.007 0.468 29 P 0.004 0.001 0.002 0.007 0.012 0.013 0.009 0.001 0.001 0.001 0.952 30 C 0.011 0.001 0.002 0.120 0.119 0.227 0.090 0.001 0.001 0.003 0.428 31 L 0.042 0.001 0.003 0.200 0.128 0.215 0.057 0.001 0.001 0.007 0.348 32 Y 0.006 0.001 0.001 0.410 0.219 0.257 0.030 0.001 0.001 0.001 0.074 33 I 0.002 0.001 0.001 0.366 0.160 0.285 0.031 0.001 0.001 0.001 0.154 34 V 0.002 0.001 0.001 0.462 0.197 0.258 0.017 0.001 0.001 0.001 0.062 35 Q 0.003 0.001 0.001 0.177 0.175 0.284 0.043 0.001 0.001 0.002 0.313 36 V 0.006 0.002 0.001 0.176 0.155 0.244 0.052 0.001 0.001 0.004 0.359 37 F 0.012 0.003 0.001 0.085 0.092 0.207 0.145 0.001 0.001 0.006 0.449 38 D 0.009 0.002 0.001 0.020 0.013 0.047 0.048 0.001 0.001 0.003 0.857 39 N 0.056 0.005 0.001 0.023 0.031 0.053 0.099 0.002 0.001 0.012 0.717 40 T 0.346 0.011 0.003 0.005 0.009 0.016 0.117 0.001 0.001 0.012 0.479 41 P 0.009 0.005 0.001 0.002 0.006 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.961 42 A 0.045 0.029 0.001 0.016 0.057 0.136 0.273 0.001 0.001 0.009 0.433 43 A 0.110 0.111 0.001 0.030 0.102 0.187 0.160 0.004 0.001 0.012 0.282 44 L 0.141 0.378 0.002 0.019 0.065 0.075 0.058 0.006 0.001 0.005 0.251 45 D 0.177 0.214 0.006 0.014 0.042 0.082 0.127 0.013 0.001 0.016 0.309 46 G 0.374 0.064 0.023 0.032 0.048 0.050 0.107 0.033 0.001 0.037 0.233 47 T 0.185 0.036 0.210 0.037 0.046 0.037 0.205 0.008 0.001 0.013 0.223 48 V 0.024 0.021 0.032 0.112 0.099 0.115 0.121 0.003 0.001 0.006 0.468 49 A 0.023 0.015 0.003 0.128 0.164 0.232 0.157 0.001 0.001 0.005 0.271 50 A 0.013 0.008 0.001 0.014 0.024 0.031 0.071 0.001 0.001 0.003 0.835 51 G 0.091 0.023 0.003 0.083 0.060 0.170 0.182 0.004 0.001 0.041 0.343 52 D 0.271 0.014 0.016 0.064 0.073 0.075 0.169 0.003 0.001 0.057 0.258 53 E 0.038 0.015 0.010 0.200 0.132 0.140 0.167 0.001 0.001 0.012 0.285 54 I 0.016 0.010 0.006 0.167 0.226 0.370 0.058 0.001 0.001 0.004 0.143 55 T 0.003 0.008 0.001 0.357 0.243 0.345 0.019 0.001 0.001 0.001 0.023 56 G 0.002 0.020 0.001 0.185 0.171 0.251 0.033 0.001 0.001 0.001 0.334 57 V 0.018 0.016 0.002 0.192 0.254 0.435 0.026 0.001 0.001 0.003 0.052 58 N 0.006 0.012 0.001 0.062 0.094 0.249 0.159 0.002 0.001 0.004 0.412 59 G 0.037 0.003 0.002 0.060 0.055 0.071 0.095 0.006 0.001 0.027 0.645 60 R 0.186 0.006 0.176 0.041 0.031 0.052 0.191 0.001 0.001 0.044 0.270 61 S 0.017 0.008 0.003 0.070 0.066 0.050 0.233 0.001 0.001 0.004 0.548 62 I 0.028 0.010 0.005 0.070 0.050 0.069 0.072 0.001 0.001 0.006 0.690 63 K 0.034 0.038 0.001 0.080 0.058 0.137 0.287 0.001 0.001 0.008 0.355 64 G 0.167 0.020 0.002 0.017 0.007 0.016 0.191 0.007 0.001 0.021 0.553 65 K 0.489 0.053 0.058 0.050 0.008 0.018 0.086 0.003 0.001 0.020 0.216 66 T 0.026 0.022 0.004 0.017 0.011 0.009 0.314 0.002 0.001 0.002 0.592 67 K 0.008 0.013 0.002 0.008 0.001 0.002 0.033 0.001 0.001 0.001 0.931 68 V 0.006 0.044 0.001 0.005 0.002 0.005 0.207 0.001 0.001 0.003 0.726 69 E 0.022 0.082 0.001 0.001 0.001 0.002 0.715 0.001 0.001 0.007 0.169 70 V 0.026 0.885 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.071 71 A 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 72 K 0.007 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 73 M 0.013 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 74 I 0.007 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 75 Q 0.035 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.011 76 E 0.078 0.825 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 0.050 77 V 0.208 0.593 0.009 0.001 0.002 0.001 0.002 0.047 0.001 0.001 0.138 78 K 0.117 0.305 0.017 0.006 0.005 0.005 0.012 0.032 0.001 0.001 0.499 79 G 0.072 0.049 0.040 0.013 0.008 0.011 0.056 0.021 0.001 0.004 0.726 80 E 0.397 0.019 0.061 0.037 0.016 0.017 0.074 0.005 0.001 0.009 0.365 81 V 0.087 0.011 0.050 0.251 0.085 0.083 0.102 0.001 0.001 0.006 0.322 82 T 0.006 0.003 0.010 0.342 0.155 0.238 0.053 0.001 0.001 0.002 0.191 83 I 0.001 0.001 0.001 0.456 0.224 0.284 0.010 0.001 0.001 0.001 0.023 84 H 0.001 0.003 0.001 0.370 0.190 0.309 0.022 0.001 0.001 0.001 0.104 85 Y 0.002 0.003 0.001 0.346 0.237 0.351 0.013 0.001 0.001 0.001 0.046 86 N 0.002 0.005 0.001 0.274 0.212 0.391 0.030 0.001 0.001 0.001 0.084 87 K 0.007 0.006 0.001 0.116 0.189 0.376 0.050 0.001 0.001 0.004 0.250 88 L 0.018 0.011 0.002 0.073 0.145 0.335 0.079 0.001 0.001 0.007 0.328 89 Q 0.031 0.015 0.002 0.030 0.092 0.170 0.088 0.003 0.001 0.008 0.560 90 Y 0.097 0.020 0.007 0.018 0.049 0.083 0.066 0.003 0.001 0.010 0.646 91 Y 0.103 0.022 0.008 0.024 0.085 0.109 0.053 0.004 0.001 0.007 0.585 92 K 0.064 0.013 0.008 0.032 0.119 0.128 0.062 0.002 0.001 0.004 0.570 93 V 0.020 0.007 0.009 0.035 0.111 0.177 0.040 0.001 0.001 0.002 0.598