# TARGET T0288 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 195.398 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.117 0.012 0.040 0.057 0.089 0.118 0.022 0.543 2 M 0.106 0.020 0.067 0.070 0.094 0.070 0.044 0.529 3 V 0.122 0.005 0.049 0.130 0.152 0.140 0.011 0.392 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 5 G 0.007 0.001 0.031 0.134 0.394 0.100 0.003 0.330 6 K 0.338 0.001 0.057 0.144 0.190 0.070 0.006 0.194 7 V 0.025 0.001 0.050 0.334 0.317 0.030 0.001 0.242 8 T 0.007 0.001 0.058 0.358 0.497 0.011 0.001 0.068 9 L 0.003 0.001 0.079 0.353 0.442 0.013 0.001 0.107 10 Q 0.003 0.001 0.056 0.315 0.543 0.017 0.001 0.064 11 K 0.006 0.004 0.060 0.220 0.479 0.041 0.002 0.189 12 D 0.008 0.012 0.028 0.116 0.292 0.074 0.004 0.466 13 A 0.040 0.008 0.016 0.029 0.097 0.094 0.013 0.702 14 Q 0.102 0.011 0.013 0.020 0.027 0.334 0.033 0.460 15 N 0.337 0.015 0.015 0.023 0.018 0.187 0.081 0.324 16 L 0.222 0.028 0.079 0.035 0.041 0.135 0.025 0.436 17 I 0.048 0.016 0.141 0.102 0.158 0.149 0.008 0.378 18 G 0.035 0.007 0.167 0.202 0.312 0.078 0.007 0.192 19 I 0.026 0.008 0.231 0.212 0.321 0.030 0.003 0.168 20 S 0.005 0.005 0.318 0.258 0.303 0.020 0.003 0.090 21 I 0.009 0.005 0.139 0.157 0.318 0.037 0.003 0.332 22 G 0.009 0.007 0.238 0.176 0.319 0.073 0.005 0.173 23 G 0.031 0.006 0.062 0.066 0.112 0.125 0.013 0.585 24 G 0.090 0.006 0.059 0.035 0.059 0.110 0.016 0.624 25 A 0.061 0.004 0.033 0.024 0.038 0.170 0.008 0.662 26 Q 0.059 0.007 0.022 0.043 0.061 0.201 0.020 0.587 27 Y 0.148 0.009 0.029 0.034 0.065 0.125 0.030 0.559 28 C 0.066 0.007 0.055 0.075 0.084 0.124 0.009 0.580 29 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.993 30 C 0.019 0.001 0.063 0.121 0.242 0.087 0.005 0.463 31 L 0.075 0.001 0.197 0.231 0.245 0.041 0.005 0.205 32 Y 0.008 0.001 0.227 0.297 0.343 0.023 0.001 0.100 33 I 0.002 0.001 0.192 0.263 0.386 0.015 0.001 0.141 34 V 0.001 0.001 0.226 0.337 0.401 0.006 0.001 0.029 35 Q 0.002 0.001 0.174 0.268 0.364 0.019 0.001 0.172 36 V 0.004 0.001 0.288 0.184 0.318 0.027 0.002 0.177 37 F 0.007 0.003 0.137 0.189 0.295 0.087 0.002 0.281 38 D 0.003 0.001 0.014 0.012 0.046 0.047 0.003 0.874 39 N 0.062 0.009 0.024 0.024 0.036 0.093 0.054 0.698 40 T 0.553 0.002 0.008 0.009 0.009 0.172 0.013 0.234 41 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 42 A 0.011 0.011 0.014 0.087 0.351 0.129 0.002 0.395 43 A 0.266 0.034 0.025 0.076 0.188 0.106 0.010 0.294 44 L 0.205 0.133 0.017 0.078 0.136 0.078 0.015 0.338 45 D 0.241 0.143 0.040 0.060 0.063 0.063 0.031 0.359 46 G 0.455 0.055 0.029 0.080 0.030 0.019 0.115 0.217 47 T 0.429 0.008 0.058 0.035 0.085 0.156 0.020 0.208 48 V 0.021 0.008 0.052 0.131 0.193 0.054 0.005 0.537 49 A 0.022 0.012 0.035 0.155 0.313 0.276 0.005 0.182 50 A 0.006 0.006 0.020 0.050 0.052 0.042 0.003 0.821 51 G 0.016 0.026 0.082 0.184 0.239 0.099 0.014 0.341 52 D 0.427 0.005 0.029 0.066 0.100 0.174 0.022 0.178 53 E 0.067 0.012 0.216 0.244 0.252 0.107 0.006 0.096 54 I 0.016 0.008 0.047 0.293 0.564 0.034 0.002 0.035 55 T 0.009 0.006 0.194 0.336 0.392 0.013 0.002 0.047 56 G 0.006 0.007 0.111 0.350 0.386 0.019 0.005 0.118 57 V 0.008 0.007 0.204 0.204 0.335 0.040 0.005 0.198 58 N 0.005 0.006 0.067 0.115 0.216 0.112 0.006 0.472 59 G 0.023 0.009 0.069 0.088 0.163 0.089 0.017 0.542 60 R 0.217 0.005 0.062 0.054 0.094 0.247 0.011 0.310 61 S 0.013 0.005 0.032 0.041 0.046 0.092 0.005 0.766 62 I 0.052 0.032 0.081 0.141 0.221 0.075 0.008 0.390 63 K 0.039 0.019 0.072 0.065 0.093 0.259 0.012 0.440 64 G 0.172 0.017 0.022 0.038 0.064 0.105 0.021 0.561 65 K 0.176 0.028 0.058 0.031 0.049 0.200 0.006 0.452 66 T 0.015 0.029 0.013 0.021 0.028 0.273 0.005 0.616 67 K 0.027 0.051 0.014 0.011 0.044 0.075 0.004 0.775 68 V 0.013 0.079 0.004 0.004 0.014 0.213 0.002 0.670 69 E 0.021 0.190 0.002 0.002 0.004 0.381 0.003 0.398 70 V 0.005 0.938 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.047 71 A 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 72 K 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 73 M 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 74 I 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 75 Q 0.008 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 76 E 0.059 0.887 0.002 0.002 0.001 0.001 0.028 0.020 77 V 0.163 0.679 0.015 0.005 0.005 0.005 0.071 0.057 78 K 0.061 0.363 0.024 0.017 0.012 0.026 0.092 0.405 79 G 0.070 0.079 0.058 0.043 0.021 0.040 0.174 0.515 80 E 0.409 0.007 0.072 0.035 0.033 0.123 0.042 0.280 81 V 0.037 0.003 0.161 0.163 0.128 0.096 0.006 0.406 82 T 0.007 0.001 0.135 0.353 0.404 0.034 0.001 0.065 83 I 0.002 0.001 0.168 0.417 0.318 0.010 0.001 0.084 84 H 0.001 0.001 0.183 0.360 0.438 0.003 0.001 0.016 85 Y 0.001 0.001 0.182 0.309 0.458 0.006 0.001 0.044 86 N 0.001 0.001 0.207 0.279 0.466 0.010 0.001 0.036 87 K 0.002 0.001 0.088 0.200 0.449 0.035 0.001 0.225 88 L 0.006 0.002 0.069 0.101 0.388 0.102 0.002 0.329 89 Q 0.026 0.005 0.020 0.044 0.099 0.246 0.011 0.549 90 Y 0.111 0.015 0.016 0.024 0.035 0.115 0.019 0.664 91 Y 0.210 0.043 0.043 0.081 0.064 0.118 0.030 0.410 92 K 0.059 0.016 0.026 0.032 0.039 0.072 0.014 0.741 93 V 0.065 0.034 0.100 0.092 0.151 0.069 0.010 0.480