# TARGET T0288 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1199 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.129 0.135 0.061 0.022 0.276 0.016 0.033 0.037 0.079 0.141 0.070 2 M 0.246 0.108 0.036 0.010 0.360 0.008 0.012 0.019 0.039 0.094 0.068 3 V 0.084 0.315 0.171 0.019 0.344 0.007 0.008 0.007 0.006 0.020 0.019 4 P 0.256 0.119 0.036 0.024 0.340 0.018 0.031 0.016 0.015 0.042 0.103 5 G 0.145 0.223 0.058 0.029 0.433 0.013 0.010 0.005 0.005 0.035 0.044 6 K 0.099 0.208 0.014 0.001 0.663 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 7 V 0.501 0.016 0.001 0.001 0.450 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 8 T 0.148 0.163 0.013 0.008 0.623 0.013 0.005 0.003 0.001 0.003 0.021 9 L 0.297 0.101 0.013 0.001 0.532 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.050 10 Q 0.234 0.223 0.064 0.006 0.396 0.004 0.003 0.005 0.003 0.010 0.053 11 K 0.110 0.326 0.088 0.041 0.241 0.033 0.040 0.040 0.015 0.024 0.042 12 D 0.060 0.217 0.319 0.136 0.086 0.040 0.027 0.039 0.022 0.025 0.030 13 A 0.029 0.117 0.124 0.122 0.050 0.098 0.116 0.200 0.106 0.026 0.012 14 Q 0.019 0.059 0.069 0.138 0.025 0.108 0.107 0.110 0.141 0.183 0.041 15 N 0.019 0.241 0.282 0.187 0.068 0.037 0.027 0.027 0.030 0.065 0.018 16 L 0.088 0.092 0.066 0.057 0.117 0.071 0.089 0.087 0.099 0.141 0.093 17 I 0.193 0.214 0.050 0.014 0.348 0.008 0.008 0.014 0.020 0.050 0.081 18 G 0.181 0.092 0.055 0.091 0.349 0.028 0.018 0.012 0.014 0.053 0.106 19 I 0.269 0.154 0.013 0.002 0.524 0.001 0.002 0.005 0.005 0.006 0.019 20 S 0.198 0.149 0.025 0.002 0.577 0.001 0.003 0.004 0.002 0.004 0.034 21 I 0.462 0.055 0.012 0.006 0.263 0.009 0.007 0.020 0.013 0.034 0.118 22 G 0.055 0.206 0.137 0.109 0.183 0.068 0.083 0.055 0.030 0.051 0.023 23 G 0.081 0.163 0.100 0.181 0.117 0.062 0.038 0.049 0.038 0.111 0.061 24 G 0.052 0.086 0.087 0.083 0.096 0.044 0.048 0.105 0.106 0.220 0.073 25 A 0.062 0.151 0.078 0.062 0.090 0.074 0.109 0.152 0.105 0.083 0.034 26 Q 0.082 0.113 0.082 0.084 0.150 0.064 0.087 0.084 0.061 0.134 0.060 27 Y 0.081 0.082 0.079 0.095 0.112 0.058 0.073 0.102 0.085 0.165 0.067 28 C 0.076 0.126 0.105 0.101 0.129 0.071 0.061 0.076 0.068 0.138 0.049 29 P 0.050 0.220 0.176 0.098 0.129 0.034 0.049 0.071 0.056 0.092 0.025 30 C 0.139 0.244 0.088 0.017 0.381 0.005 0.011 0.016 0.014 0.045 0.039 31 L 0.226 0.132 0.008 0.001 0.615 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 32 Y 0.110 0.221 0.025 0.001 0.623 0.004 0.002 0.002 0.001 0.002 0.009 33 I 0.525 0.030 0.004 0.001 0.348 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.085 34 V 0.048 0.096 0.042 0.120 0.105 0.250 0.193 0.069 0.028 0.034 0.015 35 Q 0.087 0.355 0.099 0.001 0.402 0.001 0.001 0.006 0.004 0.018 0.027 36 V 0.242 0.140 0.016 0.005 0.442 0.010 0.021 0.033 0.013 0.023 0.054 37 F 0.017 0.260 0.510 0.116 0.058 0.015 0.007 0.006 0.002 0.004 0.006 38 D 0.009 0.021 0.012 0.022 0.013 0.163 0.385 0.281 0.081 0.008 0.004 39 N 0.023 0.017 0.026 0.046 0.015 0.011 0.007 0.010 0.026 0.692 0.128 40 T 0.010 0.298 0.453 0.118 0.051 0.007 0.002 0.006 0.006 0.031 0.018 41 P 0.066 0.282 0.118 0.009 0.145 0.007 0.014 0.172 0.083 0.074 0.031 42 A 0.015 0.095 0.010 0.003 0.100 0.005 0.021 0.496 0.217 0.035 0.005 43 A 0.031 0.032 0.031 0.007 0.016 0.020 0.088 0.572 0.160 0.029 0.013 44 L 0.023 0.015 0.025 0.019 0.026 0.042 0.120 0.443 0.208 0.063 0.016 45 D 0.012 0.614 0.149 0.077 0.064 0.006 0.008 0.022 0.018 0.021 0.009 46 G 0.008 0.029 0.038 0.030 0.014 0.012 0.007 0.036 0.063 0.682 0.081 47 T 0.094 0.401 0.062 0.002 0.224 0.003 0.011 0.042 0.041 0.082 0.037 48 V 0.213 0.243 0.031 0.002 0.447 0.002 0.004 0.005 0.005 0.015 0.033 49 A 0.023 0.319 0.507 0.040 0.099 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 50 A 0.006 0.006 0.004 0.020 0.009 0.117 0.395 0.341 0.092 0.007 0.002 51 G 0.014 0.014 0.029 0.077 0.015 0.009 0.008 0.051 0.069 0.602 0.114 52 D 0.118 0.267 0.049 0.010 0.394 0.011 0.030 0.036 0.016 0.053 0.016 53 E 0.243 0.148 0.033 0.004 0.509 0.003 0.004 0.015 0.005 0.010 0.027 54 I 0.303 0.120 0.006 0.003 0.499 0.003 0.008 0.014 0.003 0.004 0.037 55 T 0.092 0.245 0.016 0.005 0.537 0.019 0.021 0.011 0.006 0.022 0.026 56 G 0.423 0.081 0.029 0.003 0.336 0.002 0.006 0.006 0.003 0.007 0.104 57 V 0.065 0.051 0.049 0.233 0.051 0.324 0.093 0.026 0.019 0.034 0.056 58 N 0.004 0.106 0.049 0.589 0.020 0.085 0.084 0.033 0.018 0.010 0.003 59 G 0.006 0.001 0.001 0.009 0.002 0.005 0.008 0.012 0.059 0.846 0.051 60 R 0.008 0.480 0.350 0.022 0.100 0.002 0.005 0.008 0.010 0.012 0.003 61 S 0.205 0.230 0.041 0.005 0.362 0.003 0.007 0.016 0.014 0.021 0.097 62 I 0.108 0.039 0.012 0.023 0.087 0.048 0.055 0.117 0.209 0.232 0.070 63 K 0.008 0.030 0.028 0.041 0.019 0.205 0.412 0.157 0.065 0.029 0.006 64 G 0.069 0.035 0.027 0.010 0.031 0.004 0.002 0.008 0.027 0.602 0.186 65 K 0.017 0.428 0.364 0.044 0.104 0.007 0.005 0.009 0.005 0.009 0.007 66 T 0.009 0.612 0.320 0.003 0.032 0.001 0.001 0.011 0.003 0.006 0.004 67 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.832 0.150 0.007 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.947 0.046 0.001 0.001 69 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.045 0.007 0.001 70 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.041 0.002 0.001 71 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.050 0.001 0.001 72 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.955 0.039 0.001 0.001 73 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.897 0.089 0.006 0.001 74 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.718 0.240 0.025 0.002 75 Q 0.001 0.007 0.002 0.001 0.003 0.007 0.074 0.715 0.173 0.017 0.001 76 E 0.028 0.015 0.005 0.003 0.020 0.009 0.088 0.304 0.126 0.359 0.040 77 V 0.098 0.219 0.209 0.041 0.184 0.028 0.024 0.064 0.038 0.054 0.042 78 K 0.010 0.048 0.025 0.074 0.024 0.171 0.345 0.184 0.087 0.027 0.006 79 G 0.031 0.039 0.052 0.052 0.040 0.021 0.023 0.066 0.123 0.492 0.060 80 E 0.116 0.279 0.039 0.004 0.480 0.004 0.008 0.007 0.010 0.028 0.025 81 V 0.272 0.057 0.004 0.001 0.640 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 82 T 0.223 0.058 0.003 0.002 0.691 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.015 83 I 0.239 0.041 0.001 0.001 0.707 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 84 H 0.218 0.056 0.003 0.001 0.712 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 85 Y 0.450 0.039 0.003 0.001 0.454 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 86 N 0.143 0.281 0.067 0.011 0.443 0.005 0.004 0.003 0.001 0.006 0.035 87 K 0.109 0.344 0.215 0.012 0.272 0.002 0.002 0.007 0.003 0.009 0.026 88 L 0.071 0.278 0.240 0.043 0.163 0.026 0.034 0.073 0.031 0.022 0.020 89 Q 0.031 0.305 0.285 0.060 0.106 0.029 0.051 0.071 0.033 0.021 0.009 90 Y 0.064 0.212 0.177 0.058 0.115 0.038 0.071 0.105 0.074 0.052 0.033 91 Y 0.038 0.368 0.273 0.018 0.163 0.009 0.015 0.046 0.036 0.020 0.013 92 K 0.127 0.234 0.100 0.011 0.246 0.014 0.035 0.082 0.058 0.041 0.051 93 V 0.165 0.217 0.084 0.013 0.283 0.014 0.023 0.058 0.035 0.056 0.052