# TARGET T0288 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1199 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.723 0.180 0.064 0.026 0.007 0.001 0.001 2 M 0.566 0.222 0.108 0.066 0.028 0.009 0.001 3 V 0.419 0.214 0.151 0.125 0.066 0.022 0.003 4 P 0.411 0.260 0.144 0.101 0.057 0.024 0.004 5 G 0.251 0.193 0.215 0.202 0.098 0.035 0.006 6 K 0.360 0.259 0.169 0.120 0.066 0.023 0.002 7 V 0.207 0.176 0.181 0.208 0.166 0.059 0.003 8 T 0.195 0.193 0.208 0.232 0.136 0.035 0.002 9 L 0.208 0.281 0.243 0.182 0.071 0.015 0.001 10 Q 0.276 0.275 0.198 0.168 0.071 0.011 0.001 11 K 0.449 0.297 0.153 0.081 0.018 0.002 0.001 12 D 0.726 0.189 0.056 0.023 0.005 0.001 0.001 13 A 0.749 0.181 0.050 0.017 0.003 0.001 0.001 14 Q 0.660 0.251 0.066 0.019 0.004 0.001 0.001 15 N 0.204 0.370 0.255 0.135 0.032 0.004 0.001 16 L 0.034 0.153 0.231 0.319 0.197 0.062 0.004 17 I 0.002 0.008 0.028 0.114 0.283 0.456 0.109 18 G 0.003 0.011 0.038 0.111 0.249 0.418 0.170 19 I 0.001 0.001 0.005 0.019 0.066 0.373 0.535 20 S 0.001 0.008 0.029 0.095 0.210 0.409 0.248 21 I 0.001 0.003 0.009 0.042 0.178 0.506 0.262 22 G 0.003 0.036 0.103 0.235 0.360 0.226 0.036 23 G 0.015 0.094 0.222 0.333 0.240 0.087 0.009 24 G 0.134 0.285 0.238 0.192 0.110 0.039 0.003 25 A 0.376 0.295 0.158 0.114 0.045 0.012 0.001 26 Q 0.489 0.294 0.134 0.058 0.019 0.005 0.001 27 Y 0.327 0.319 0.197 0.114 0.036 0.006 0.001 28 C 0.176 0.335 0.272 0.151 0.054 0.010 0.001 29 P 0.055 0.193 0.257 0.293 0.155 0.044 0.003 30 C 0.007 0.052 0.142 0.282 0.328 0.172 0.016 31 L 0.001 0.005 0.020 0.089 0.261 0.518 0.106 32 Y 0.001 0.009 0.039 0.146 0.337 0.401 0.068 33 I 0.001 0.002 0.008 0.033 0.150 0.567 0.239 34 V 0.005 0.047 0.136 0.298 0.289 0.188 0.038 35 Q 0.011 0.081 0.215 0.312 0.240 0.125 0.016 36 V 0.003 0.018 0.050 0.182 0.434 0.292 0.022 37 F 0.042 0.178 0.273 0.316 0.155 0.034 0.002 38 D 0.338 0.395 0.178 0.066 0.018 0.005 0.001 39 N 0.419 0.353 0.138 0.061 0.022 0.007 0.001 40 T 0.171 0.246 0.232 0.211 0.107 0.030 0.002 41 P 0.247 0.251 0.212 0.168 0.087 0.031 0.003 42 A 0.261 0.233 0.180 0.180 0.110 0.033 0.003 43 A 0.309 0.322 0.203 0.115 0.041 0.008 0.001 44 L 0.320 0.295 0.199 0.132 0.044 0.010 0.001 45 D 0.327 0.274 0.186 0.133 0.061 0.017 0.001 46 G 0.294 0.312 0.190 0.128 0.057 0.017 0.002 47 T 0.140 0.300 0.263 0.187 0.082 0.025 0.003 48 V 0.027 0.043 0.093 0.235 0.365 0.215 0.021 49 A 0.089 0.253 0.276 0.227 0.118 0.034 0.003 50 A 0.041 0.112 0.190 0.309 0.233 0.106 0.010 51 G 0.038 0.143 0.199 0.291 0.236 0.086 0.007 52 D 0.024 0.075 0.130 0.231 0.312 0.201 0.027 53 E 0.020 0.122 0.198 0.244 0.220 0.165 0.030 54 I 0.004 0.006 0.020 0.086 0.236 0.523 0.124 55 T 0.016 0.070 0.122 0.228 0.289 0.236 0.040 56 G 0.071 0.201 0.262 0.233 0.136 0.083 0.013 57 V 0.028 0.052 0.100 0.224 0.358 0.213 0.026 58 N 0.120 0.274 0.269 0.208 0.097 0.029 0.003 59 G 0.283 0.308 0.200 0.138 0.056 0.014 0.001 60 R 0.298 0.353 0.194 0.106 0.038 0.010 0.001 61 S 0.257 0.364 0.226 0.107 0.038 0.008 0.001 62 I 0.050 0.075 0.176 0.347 0.282 0.066 0.002 63 K 0.306 0.376 0.193 0.095 0.026 0.004 0.001 64 G 0.395 0.357 0.157 0.067 0.020 0.004 0.001 65 K 0.127 0.220 0.248 0.238 0.128 0.036 0.002 66 T 0.152 0.395 0.250 0.147 0.047 0.009 0.001 67 K 0.017 0.109 0.287 0.337 0.204 0.043 0.002 68 V 0.398 0.440 0.132 0.025 0.004 0.001 0.001 69 E 0.056 0.383 0.368 0.156 0.032 0.004 0.001 70 V 0.001 0.004 0.018 0.117 0.515 0.333 0.011 71 A 0.004 0.073 0.255 0.405 0.223 0.039 0.001 72 K 0.064 0.590 0.255 0.070 0.016 0.003 0.001 73 M 0.001 0.021 0.212 0.507 0.227 0.031 0.001 74 I 0.002 0.008 0.018 0.124 0.484 0.354 0.009 75 Q 0.077 0.428 0.343 0.127 0.023 0.003 0.001 76 E 0.459 0.436 0.087 0.015 0.002 0.001 0.001 77 V 0.080 0.236 0.337 0.279 0.063 0.004 0.001 78 K 0.356 0.388 0.170 0.070 0.015 0.001 0.001 79 G 0.637 0.296 0.054 0.012 0.001 0.001 0.001 80 E 0.219 0.545 0.184 0.045 0.006 0.001 0.001 81 V 0.008 0.049 0.153 0.368 0.353 0.068 0.002 82 T 0.006 0.105 0.321 0.365 0.169 0.032 0.001 83 I 0.001 0.003 0.012 0.076 0.332 0.519 0.058 84 H 0.002 0.048 0.264 0.405 0.238 0.042 0.001 85 Y 0.002 0.011 0.034 0.135 0.420 0.382 0.016 86 N 0.009 0.098 0.334 0.382 0.153 0.024 0.001 87 K 0.052 0.182 0.274 0.325 0.148 0.018 0.001 88 L 0.175 0.340 0.288 0.151 0.042 0.004 0.001 89 Q 0.661 0.248 0.070 0.018 0.003 0.001 0.001 90 Y 0.773 0.168 0.040 0.015 0.003 0.001 0.001 91 Y 0.515 0.275 0.138 0.060 0.010 0.001 0.001 92 K 0.838 0.128 0.027 0.006 0.001 0.001 0.001 93 V 0.646 0.194 0.081 0.056 0.020 0.003 0.001