# TARGET T0288 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-strand_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 22 (1 strand_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1801 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.148 0.100 0.146 0.128 0.040 0.014 0.218 0.011 0.007 0.002 0.005 0.012 0.006 0.006 0.003 0.022 0.020 0.029 0.041 0.008 0.015 0.018 2 M 0.065 0.215 0.153 0.099 0.017 0.015 0.140 0.002 0.005 0.003 0.004 0.006 0.003 0.008 0.007 0.011 0.012 0.024 0.060 0.008 0.016 0.125 3 V 0.002 0.441 0.043 0.289 0.007 0.005 0.005 0.001 0.006 0.004 0.003 0.009 0.007 0.003 0.001 0.028 0.026 0.019 0.068 0.008 0.018 0.006 4 P 0.005 0.062 0.062 0.675 0.013 0.012 0.009 0.001 0.005 0.004 0.004 0.003 0.009 0.004 0.018 0.008 0.019 0.003 0.007 0.002 0.005 0.071 5 G 0.016 0.063 0.030 0.047 0.008 0.004 0.071 0.004 0.034 0.036 0.028 0.074 0.026 0.018 0.011 0.076 0.258 0.010 0.025 0.049 0.103 0.011 6 K 0.016 0.052 0.008 0.027 0.001 0.004 0.016 0.002 0.033 0.012 0.027 0.017 0.051 0.023 0.135 0.105 0.152 0.002 0.038 0.018 0.021 0.241 7 V 0.001 0.033 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.063 0.063 0.051 0.023 0.031 0.017 0.112 0.195 0.011 0.013 0.157 0.173 0.032 8 T 0.003 0.024 0.004 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.049 0.042 0.081 0.038 0.058 0.040 0.056 0.100 0.203 0.011 0.022 0.034 0.080 0.129 9 L 0.002 0.036 0.005 0.011 0.001 0.002 0.002 0.001 0.036 0.067 0.034 0.032 0.039 0.026 0.064 0.112 0.043 0.066 0.005 0.125 0.146 0.146 10 Q 0.002 0.034 0.007 0.014 0.002 0.002 0.003 0.001 0.015 0.013 0.023 0.021 0.022 0.012 0.011 0.058 0.033 0.462 0.002 0.154 0.065 0.045 11 K 0.004 0.107 0.035 0.084 0.005 0.009 0.007 0.002 0.015 0.016 0.019 0.023 0.014 0.014 0.013 0.084 0.038 0.041 0.003 0.228 0.095 0.145 12 D 0.003 0.178 0.033 0.138 0.025 0.007 0.004 0.005 0.004 0.008 0.007 0.008 0.005 0.004 0.004 0.013 0.012 0.473 0.002 0.019 0.029 0.021 13 A 0.009 0.020 0.690 0.070 0.010 0.077 0.013 0.010 0.003 0.001 0.003 0.006 0.003 0.002 0.001 0.009 0.008 0.026 0.001 0.012 0.010 0.017 14 Q 0.052 0.027 0.062 0.019 0.007 0.008 0.754 0.013 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.014 0.002 0.005 0.008 0.013 15 N 0.201 0.129 0.063 0.076 0.049 0.031 0.147 0.013 0.006 0.002 0.003 0.005 0.003 0.006 0.001 0.035 0.026 0.012 0.131 0.012 0.040 0.012 16 L 0.025 0.196 0.096 0.168 0.008 0.014 0.039 0.009 0.012 0.005 0.007 0.005 0.010 0.006 0.011 0.051 0.048 0.005 0.106 0.009 0.025 0.146 17 I 0.008 0.120 0.054 0.066 0.003 0.004 0.024 0.003 0.020 0.015 0.013 0.017 0.017 0.016 0.007 0.112 0.169 0.007 0.154 0.031 0.095 0.047 18 G 0.031 0.027 0.011 0.016 0.012 0.003 0.022 0.003 0.024 0.012 0.018 0.015 0.020 0.019 0.018 0.110 0.140 0.004 0.256 0.029 0.068 0.143 19 I 0.001 0.034 0.004 0.009 0.001 0.002 0.002 0.001 0.019 0.033 0.035 0.021 0.021 0.026 0.024 0.109 0.159 0.032 0.131 0.127 0.110 0.100 20 S 0.002 0.011 0.004 0.007 0.002 0.001 0.002 0.002 0.026 0.026 0.032 0.067 0.047 0.030 0.015 0.093 0.092 0.039 0.011 0.268 0.111 0.111 21 I 0.002 0.021 0.007 0.005 0.001 0.002 0.002 0.001 0.021 0.026 0.038 0.026 0.019 0.021 0.060 0.105 0.047 0.071 0.005 0.204 0.134 0.180 22 G 0.005 0.032 0.024 0.018 0.005 0.003 0.006 0.002 0.022 0.031 0.048 0.049 0.034 0.019 0.010 0.090 0.056 0.228 0.004 0.172 0.106 0.036 23 G 0.060 0.075 0.052 0.078 0.058 0.011 0.044 0.004 0.013 0.014 0.033 0.021 0.014 0.019 0.016 0.060 0.024 0.109 0.009 0.139 0.077 0.071 24 G 0.072 0.120 0.107 0.073 0.116 0.045 0.067 0.011 0.008 0.010 0.016 0.016 0.012 0.016 0.007 0.029 0.020 0.092 0.028 0.038 0.049 0.049 25 A 0.011 0.114 0.342 0.131 0.010 0.034 0.038 0.021 0.006 0.003 0.007 0.010 0.006 0.005 0.002 0.026 0.026 0.051 0.031 0.034 0.031 0.059 26 Q 0.072 0.103 0.213 0.092 0.016 0.012 0.199 0.018 0.003 0.002 0.003 0.006 0.003 0.003 0.002 0.018 0.015 0.076 0.017 0.018 0.023 0.088 27 Y 0.108 0.160 0.133 0.073 0.021 0.019 0.222 0.004 0.003 0.001 0.002 0.005 0.002 0.004 0.002 0.025 0.013 0.016 0.103 0.012 0.038 0.035 28 C 0.019 0.261 0.072 0.204 0.035 0.015 0.039 0.002 0.005 0.003 0.003 0.005 0.004 0.004 0.002 0.024 0.016 0.017 0.188 0.020 0.034 0.028 29 P 0.006 0.087 0.066 0.471 0.014 0.008 0.019 0.003 0.015 0.007 0.004 0.009 0.011 0.006 0.005 0.046 0.073 0.005 0.058 0.022 0.031 0.033 30 C 0.020 0.071 0.016 0.067 0.006 0.005 0.046 0.004 0.031 0.012 0.008 0.014 0.037 0.020 0.040 0.114 0.137 0.004 0.033 0.028 0.064 0.222 31 L 0.001 0.033 0.002 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.047 0.027 0.025 0.036 0.020 0.018 0.165 0.215 0.004 0.053 0.099 0.200 0.025 32 Y 0.001 0.008 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.059 0.050 0.049 0.058 0.056 0.023 0.145 0.151 0.002 0.012 0.123 0.117 0.102 33 I 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.133 0.082 0.037 0.056 0.032 0.046 0.149 0.126 0.006 0.003 0.075 0.182 0.025 34 V 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.079 0.072 0.049 0.111 0.069 0.050 0.135 0.053 0.026 0.002 0.102 0.116 0.061 35 Q 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.091 0.094 0.058 0.049 0.038 0.015 0.073 0.019 0.054 0.001 0.313 0.134 0.017 36 V 0.002 0.051 0.017 0.012 0.001 0.004 0.002 0.001 0.065 0.098 0.070 0.029 0.090 0.080 0.070 0.107 0.055 0.011 0.003 0.032 0.056 0.143 37 F 0.002 0.218 0.034 0.066 0.006 0.005 0.003 0.004 0.026 0.072 0.047 0.055 0.051 0.031 0.014 0.065 0.016 0.098 0.004 0.058 0.110 0.014 38 D 0.025 0.096 0.185 0.370 0.026 0.034 0.033 0.008 0.011 0.018 0.032 0.009 0.020 0.016 0.023 0.022 0.007 0.018 0.002 0.007 0.018 0.021 39 N 0.112 0.122 0.141 0.051 0.037 0.015 0.373 0.004 0.004 0.010 0.006 0.015 0.004 0.015 0.002 0.016 0.004 0.001 0.009 0.013 0.039 0.007 40 T 0.004 0.576 0.015 0.284 0.016 0.027 0.004 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.005 0.033 0.003 0.006 0.002 41 P 0.003 0.024 0.410 0.146 0.011 0.334 0.003 0.032 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.015 42 A 0.003 0.026 0.066 0.017 0.001 0.043 0.249 0.553 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.013 0.004 0.001 0.002 0.008 43 A 0.003 0.048 0.060 0.036 0.001 0.024 0.162 0.584 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.008 0.008 0.017 0.005 0.005 0.005 0.024 44 L 0.009 0.120 0.249 0.111 0.001 0.008 0.099 0.304 0.003 0.001 0.002 0.005 0.002 0.003 0.002 0.008 0.014 0.023 0.003 0.011 0.008 0.015 45 D 0.046 0.084 0.153 0.154 0.005 0.010 0.469 0.012 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.006 0.006 0.007 0.005 0.016 0.005 46 G 0.492 0.011 0.016 0.010 0.238 0.003 0.164 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.004 0.001 0.031 0.002 0.009 0.003 47 T 0.007 0.080 0.028 0.098 0.002 0.009 0.011 0.008 0.003 0.002 0.006 0.004 0.004 0.005 0.009 0.006 0.006 0.006 0.660 0.007 0.007 0.031 48 V 0.007 0.253 0.067 0.142 0.003 0.010 0.010 0.008 0.015 0.010 0.012 0.057 0.033 0.028 0.005 0.027 0.040 0.014 0.025 0.020 0.038 0.176 49 A 0.006 0.332 0.070 0.191 0.005 0.009 0.010 0.005 0.018 0.007 0.008 0.008 0.011 0.011 0.021 0.031 0.012 0.024 0.126 0.007 0.024 0.064 50 A 0.005 0.156 0.093 0.437 0.008 0.023 0.012 0.005 0.016 0.014 0.013 0.019 0.031 0.013 0.011 0.026 0.015 0.028 0.019 0.009 0.029 0.020 51 G 0.039 0.055 0.077 0.124 0.104 0.023 0.129 0.018 0.017 0.008 0.015 0.079 0.030 0.021 0.008 0.026 0.021 0.008 0.005 0.116 0.043 0.034 52 D 0.008 0.129 0.080 0.133 0.003 0.032 0.054 0.028 0.041 0.021 0.020 0.017 0.035 0.017 0.013 0.103 0.114 0.003 0.017 0.039 0.056 0.037 53 E 0.007 0.045 0.053 0.030 0.004 0.008 0.040 0.029 0.025 0.016 0.013 0.016 0.029 0.022 0.012 0.096 0.405 0.003 0.007 0.028 0.063 0.050 54 I 0.005 0.041 0.022 0.009 0.001 0.006 0.027 0.021 0.028 0.018 0.030 0.029 0.029 0.018 0.022 0.166 0.170 0.043 0.020 0.081 0.124 0.090 55 T 0.003 0.020 0.017 0.008 0.001 0.006 0.012 0.014 0.014 0.028 0.037 0.030 0.032 0.042 0.015 0.099 0.056 0.222 0.018 0.057 0.095 0.173 56 G 0.003 0.018 0.007 0.003 0.002 0.002 0.008 0.012 0.018 0.023 0.025 0.059 0.015 0.030 0.007 0.078 0.067 0.092 0.013 0.230 0.169 0.118 57 V 0.003 0.133 0.028 0.035 0.001 0.004 0.002 0.007 0.020 0.048 0.022 0.009 0.020 0.011 0.072 0.037 0.029 0.405 0.004 0.014 0.041 0.056 58 N 0.047 0.039 0.162 0.129 0.019 0.015 0.065 0.006 0.022 0.033 0.048 0.050 0.054 0.019 0.015 0.052 0.041 0.074 0.002 0.047 0.044 0.015 59 G 0.558 0.010 0.005 0.003 0.162 0.006 0.194 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.002 0.005 0.003 0.005 0.004 0.009 0.006 0.004 0.008 0.005 60 R 0.007 0.107 0.038 0.065 0.004 0.016 0.011 0.005 0.003 0.006 0.009 0.008 0.007 0.006 0.003 0.011 0.015 0.017 0.626 0.007 0.010 0.018 61 S 0.008 0.301 0.059 0.227 0.006 0.010 0.011 0.017 0.003 0.003 0.006 0.013 0.014 0.005 0.005 0.011 0.014 0.039 0.021 0.007 0.014 0.205 62 I 0.025 0.121 0.428 0.074 0.007 0.051 0.027 0.023 0.003 0.002 0.010 0.008 0.005 0.005 0.011 0.011 0.025 0.016 0.075 0.005 0.010 0.058 63 K 0.033 0.117 0.186 0.169 0.007 0.010 0.285 0.032 0.002 0.001 0.003 0.012 0.004 0.003 0.003 0.009 0.003 0.007 0.090 0.005 0.010 0.009 64 G 0.356 0.062 0.032 0.043 0.087 0.044 0.281 0.016 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.003 0.005 0.004 0.001 0.003 0.027 0.011 0.005 0.010 65 K 0.019 0.219 0.198 0.193 0.007 0.107 0.040 0.029 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.005 0.001 0.008 0.002 0.001 0.122 0.017 0.012 0.008 66 T 0.006 0.365 0.020 0.473 0.009 0.032 0.009 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 0.005 0.006 0.004 67 K 0.002 0.003 0.037 0.007 0.001 0.914 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.049 0.007 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 M 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.002 0.005 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 I 0.001 0.001 0.064 0.001 0.001 0.002 0.019 0.911 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.006 0.004 0.133 0.002 0.001 0.005 0.134 0.704 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 76 E 0.006 0.011 0.365 0.006 0.001 0.008 0.321 0.255 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.012 77 V 0.024 0.269 0.347 0.199 0.002 0.012 0.057 0.041 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.019 0.004 0.001 0.004 0.003 78 K 0.154 0.068 0.300 0.271 0.020 0.025 0.099 0.009 0.002 0.002 0.002 0.002 0.003 0.003 0.002 0.006 0.010 0.003 0.010 0.001 0.004 0.005 79 G 0.140 0.063 0.051 0.057 0.060 0.010 0.403 0.010 0.007 0.005 0.009 0.010 0.009 0.014 0.005 0.019 0.043 0.002 0.064 0.003 0.013 0.005 80 E 0.009 0.182 0.035 0.141 0.003 0.010 0.029 0.007 0.024 0.021 0.037 0.028 0.048 0.032 0.052 0.031 0.084 0.005 0.152 0.005 0.013 0.055 81 V 0.004 0.143 0.023 0.038 0.001 0.004 0.006 0.002 0.030 0.061 0.086 0.101 0.079 0.047 0.032 0.053 0.088 0.029 0.020 0.014 0.053 0.084 82 T 0.006 0.087 0.016 0.026 0.002 0.004 0.006 0.002 0.044 0.037 0.069 0.045 0.073 0.052 0.136 0.069 0.045 0.046 0.059 0.009 0.033 0.133 83 I 0.004 0.093 0.020 0.027 0.003 0.004 0.006 0.002 0.035 0.074 0.064 0.102 0.069 0.039 0.073 0.056 0.026 0.127 0.019 0.030 0.062 0.064 84 H 0.012 0.134 0.051 0.075 0.017 0.014 0.015 0.005 0.033 0.026 0.060 0.104 0.069 0.032 0.042 0.060 0.029 0.077 0.007 0.047 0.033 0.059 85 Y 0.023 0.144 0.137 0.200 0.023 0.044 0.033 0.008 0.017 0.022 0.029 0.034 0.028 0.021 0.019 0.043 0.026 0.028 0.007 0.033 0.038 0.046 86 N 0.054 0.148 0.107 0.169 0.077 0.054 0.079 0.027 0.008 0.008 0.011 0.018 0.011 0.011 0.006 0.027 0.028 0.029 0.012 0.034 0.052 0.028 87 K 0.030 0.125 0.185 0.127 0.013 0.137 0.080 0.050 0.006 0.004 0.007 0.008 0.007 0.007 0.004 0.027 0.030 0.007 0.024 0.035 0.032 0.053 88 L 0.018 0.179 0.123 0.121 0.006 0.041 0.100 0.119 0.006 0.003 0.005 0.008 0.006 0.008 0.003 0.034 0.044 0.012 0.035 0.032 0.041 0.055 89 Q 0.021 0.152 0.095 0.145 0.006 0.039 0.078 0.129 0.007 0.003 0.006 0.008 0.007 0.008 0.005 0.034 0.052 0.009 0.073 0.024 0.039 0.063 90 Y 0.017 0.160 0.109 0.101 0.004 0.029 0.078 0.100 0.010 0.005 0.008 0.011 0.009 0.011 0.009 0.039 0.050 0.015 0.056 0.034 0.051 0.096 91 Y 0.016 0.137 0.104 0.112 0.005 0.021 0.063 0.078 0.012 0.006 0.009 0.016 0.011 0.013 0.008 0.045 0.053 0.024 0.066 0.073 0.068 0.061 92 K 0.028 0.143 0.111 0.111 0.010 0.028 0.070 0.061 0.012 0.006 0.009 0.014 0.012 0.015 0.013 0.043 0.038 0.017 0.031 0.059 0.056 0.113 93 V 0.014 0.208 0.120 0.152 0.007 0.033 0.040 0.045 0.010 0.009 0.010 0.017 0.011 0.014 0.009 0.038 0.030 0.026 0.029 0.067 0.068 0.044