# TARGET T0288 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1801 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.001 0.003 0.882 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.052 0.016 0.013 0.024 2 M 0.001 0.028 0.786 0.003 0.008 0.002 0.001 0.001 0.004 0.072 0.021 0.008 0.068 3 V 0.001 0.015 0.505 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.014 0.219 0.011 0.208 0.019 4 P 0.001 0.005 0.630 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 0.079 0.026 0.002 0.219 5 G 0.028 0.004 0.326 0.035 0.003 0.001 0.014 0.002 0.057 0.094 0.014 0.382 0.039 6 K 0.192 0.003 0.062 0.002 0.001 0.001 0.046 0.002 0.035 0.006 0.001 0.054 0.597 7 V 0.466 0.001 0.022 0.004 0.001 0.001 0.080 0.004 0.029 0.002 0.001 0.311 0.080 8 T 0.491 0.001 0.030 0.007 0.001 0.001 0.094 0.004 0.029 0.001 0.001 0.095 0.247 9 L 0.387 0.002 0.048 0.011 0.001 0.001 0.077 0.003 0.036 0.003 0.001 0.193 0.239 10 Q 0.323 0.004 0.119 0.019 0.001 0.001 0.039 0.002 0.044 0.016 0.004 0.208 0.221 11 K 0.137 0.027 0.191 0.006 0.002 0.001 0.017 0.001 0.033 0.060 0.013 0.122 0.392 12 D 0.008 0.012 0.596 0.006 0.009 0.001 0.001 0.001 0.009 0.114 0.060 0.071 0.111 13 A 0.002 0.005 0.123 0.006 0.038 0.002 0.001 0.001 0.001 0.159 0.629 0.012 0.023 14 Q 0.002 0.003 0.093 0.002 0.044 0.002 0.001 0.001 0.001 0.189 0.641 0.011 0.013 15 N 0.007 0.011 0.266 0.009 0.045 0.002 0.001 0.001 0.001 0.412 0.165 0.050 0.032 16 L 0.030 0.026 0.333 0.009 0.027 0.002 0.003 0.001 0.002 0.183 0.122 0.044 0.219 17 I 0.152 0.012 0.226 0.082 0.009 0.001 0.008 0.001 0.003 0.097 0.051 0.117 0.243 18 G 0.416 0.004 0.094 0.026 0.003 0.001 0.018 0.001 0.003 0.026 0.010 0.224 0.176 19 I 0.539 0.003 0.020 0.002 0.001 0.001 0.031 0.002 0.007 0.007 0.001 0.151 0.235 20 S 0.581 0.003 0.021 0.005 0.001 0.001 0.032 0.005 0.013 0.003 0.001 0.233 0.101 21 I 0.455 0.005 0.044 0.007 0.003 0.002 0.049 0.007 0.021 0.007 0.009 0.065 0.326 22 G 0.339 0.007 0.066 0.067 0.007 0.002 0.036 0.006 0.017 0.045 0.062 0.238 0.109 23 G 0.097 0.009 0.123 0.024 0.009 0.001 0.009 0.002 0.012 0.221 0.168 0.135 0.189 24 G 0.028 0.015 0.257 0.014 0.022 0.002 0.004 0.001 0.010 0.265 0.145 0.071 0.165 25 A 0.017 0.039 0.224 0.018 0.071 0.007 0.004 0.001 0.008 0.193 0.246 0.070 0.104 26 Q 0.010 0.020 0.214 0.013 0.070 0.009 0.003 0.001 0.005 0.242 0.309 0.038 0.066 27 Y 0.008 0.039 0.266 0.028 0.045 0.005 0.003 0.001 0.004 0.347 0.198 0.014 0.042 28 C 0.003 0.017 0.414 0.009 0.022 0.002 0.001 0.001 0.003 0.395 0.062 0.040 0.032 29 P 0.004 0.006 0.315 0.050 0.033 0.003 0.001 0.001 0.002 0.284 0.244 0.006 0.053 30 C 0.065 0.009 0.236 0.027 0.026 0.003 0.010 0.001 0.011 0.219 0.100 0.222 0.070 31 L 0.295 0.009 0.101 0.009 0.004 0.001 0.059 0.006 0.023 0.028 0.004 0.043 0.418 32 Y 0.454 0.006 0.022 0.002 0.001 0.001 0.089 0.014 0.021 0.002 0.001 0.338 0.049 33 I 0.266 0.003 0.064 0.020 0.007 0.006 0.092 0.012 0.036 0.004 0.003 0.039 0.448 34 V 0.119 0.001 0.041 0.614 0.004 0.001 0.039 0.007 0.034 0.014 0.004 0.083 0.040 35 Q 0.167 0.003 0.075 0.017 0.004 0.001 0.050 0.008 0.108 0.021 0.005 0.302 0.240 36 V 0.060 0.019 0.090 0.006 0.003 0.002 0.029 0.016 0.142 0.009 0.002 0.032 0.589 37 F 0.010 0.020 0.424 0.139 0.007 0.005 0.006 0.002 0.077 0.034 0.005 0.202 0.069 38 D 0.001 0.003 0.061 0.021 0.038 0.020 0.001 0.001 0.006 0.169 0.639 0.006 0.035 39 N 0.001 0.001 0.115 0.014 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 0.159 0.675 0.004 0.004 40 T 0.001 0.043 0.568 0.002 0.011 0.013 0.001 0.001 0.003 0.294 0.025 0.022 0.018 41 P 0.001 0.019 0.359 0.002 0.087 0.162 0.001 0.001 0.004 0.068 0.259 0.002 0.036 42 A 0.006 0.030 0.154 0.026 0.197 0.177 0.002 0.006 0.007 0.109 0.258 0.017 0.012 43 A 0.010 0.031 0.232 0.010 0.243 0.144 0.003 0.009 0.009 0.076 0.189 0.010 0.035 44 L 0.016 0.029 0.229 0.003 0.135 0.198 0.007 0.005 0.012 0.105 0.187 0.042 0.033 45 D 0.002 0.013 0.154 0.014 0.028 0.081 0.001 0.001 0.004 0.072 0.615 0.005 0.009 46 G 0.001 0.002 0.043 0.006 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.191 0.740 0.004 0.002 47 T 0.007 0.038 0.534 0.007 0.001 0.002 0.004 0.004 0.024 0.231 0.056 0.029 0.063 48 V 0.009 0.226 0.419 0.002 0.001 0.001 0.009 0.004 0.072 0.085 0.005 0.087 0.080 49 A 0.001 0.023 0.857 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.034 0.002 0.013 0.038 50 A 0.001 0.007 0.035 0.026 0.035 0.012 0.001 0.001 0.001 0.055 0.823 0.002 0.004 51 G 0.001 0.001 0.031 0.026 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.881 0.001 0.001 52 D 0.007 0.003 0.645 0.015 0.017 0.003 0.002 0.001 0.004 0.175 0.029 0.021 0.078 53 E 0.204 0.078 0.169 0.005 0.012 0.008 0.024 0.003 0.013 0.038 0.026 0.187 0.233 54 I 0.204 0.037 0.058 0.011 0.006 0.020 0.043 0.021 0.030 0.013 0.009 0.127 0.420 55 T 0.166 0.001 0.063 0.563 0.002 0.007 0.014 0.007 0.011 0.011 0.009 0.056 0.089 56 G 0.702 0.001 0.016 0.005 0.005 0.011 0.045 0.006 0.010 0.006 0.020 0.061 0.113 57 V 0.581 0.004 0.011 0.001 0.004 0.008 0.027 0.002 0.006 0.003 0.005 0.166 0.182 58 N 0.019 0.002 0.015 0.169 0.009 0.018 0.001 0.001 0.002 0.033 0.645 0.068 0.017 59 G 0.009 0.001 0.009 0.085 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.856 0.001 0.016 60 R 0.069 0.013 0.129 0.002 0.001 0.001 0.016 0.001 0.005 0.014 0.001 0.699 0.050 61 S 0.023 0.056 0.108 0.007 0.001 0.001 0.016 0.001 0.024 0.005 0.001 0.011 0.746 62 I 0.038 0.022 0.396 0.106 0.035 0.017 0.028 0.012 0.021 0.034 0.086 0.148 0.058 63 K 0.004 0.012 0.061 0.012 0.042 0.016 0.004 0.004 0.005 0.116 0.691 0.009 0.024 64 G 0.001 0.001 0.117 0.011 0.016 0.004 0.001 0.001 0.002 0.218 0.613 0.005 0.010 65 K 0.005 0.033 0.666 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.004 0.172 0.015 0.058 0.038 66 T 0.003 0.096 0.645 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.006 0.047 0.006 0.013 0.164 67 K 0.001 0.001 0.016 0.001 0.005 0.960 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 69 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 70 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 74 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 75 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.940 0.001 0.001 0.001 0.002 0.050 0.001 0.001 76 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.009 0.745 0.001 0.001 0.001 0.011 0.228 0.001 0.001 77 V 0.001 0.005 0.332 0.001 0.028 0.306 0.001 0.001 0.001 0.146 0.178 0.001 0.001 78 K 0.001 0.006 0.194 0.007 0.046 0.022 0.001 0.001 0.001 0.183 0.539 0.001 0.001 79 G 0.001 0.002 0.230 0.022 0.014 0.003 0.001 0.001 0.004 0.433 0.272 0.012 0.006 80 E 0.019 0.009 0.622 0.031 0.005 0.001 0.008 0.001 0.040 0.086 0.033 0.021 0.124 81 V 0.119 0.014 0.132 0.005 0.001 0.001 0.088 0.012 0.194 0.021 0.001 0.282 0.132 82 T 0.166 0.006 0.083 0.009 0.001 0.001 0.169 0.016 0.189 0.008 0.002 0.203 0.147 83 I 0.205 0.006 0.062 0.004 0.001 0.001 0.177 0.013 0.125 0.011 0.002 0.045 0.348 84 H 0.044 0.004 0.148 0.002 0.001 0.001 0.023 0.003 0.133 0.023 0.003 0.569 0.046 85 Y 0.011 0.007 0.482 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.055 0.053 0.007 0.011 0.363 86 N 0.011 0.013 0.612 0.036 0.013 0.007 0.003 0.001 0.020 0.084 0.047 0.080 0.073 87 K 0.018 0.010 0.279 0.022 0.106 0.050 0.005 0.001 0.012 0.144 0.189 0.052 0.113 88 L 0.032 0.015 0.222 0.017 0.137 0.067 0.013 0.002 0.018 0.119 0.098 0.082 0.177 89 Q 0.068 0.012 0.222 0.024 0.066 0.076 0.018 0.001 0.016 0.080 0.044 0.221 0.152 90 Y 0.061 0.016 0.280 0.018 0.031 0.074 0.016 0.001 0.023 0.080 0.039 0.073 0.287 91 Y 0.056 0.021 0.311 0.016 0.014 0.056 0.013 0.001 0.014 0.105 0.041 0.166 0.188 92 K 0.023 0.025 0.538 0.005 0.006 0.035 0.005 0.001 0.012 0.065 0.024 0.071 0.192 93 V 0.001 0.003 0.955 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.021