# TARGET T0288 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0288/T0288.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1801 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.100 0.063 0.173 0.258 0.021 0.100 0.028 0.029 0.030 0.017 0.037 0.030 0.057 0.004 0.013 0.040 2 M 0.063 0.129 0.247 0.443 0.005 0.012 0.003 0.007 0.019 0.005 0.010 0.011 0.012 0.001 0.003 0.030 3 V 0.050 0.008 0.091 0.206 0.328 0.162 0.101 0.002 0.003 0.008 0.006 0.008 0.007 0.015 0.001 0.004 4 P 0.011 0.183 0.095 0.244 0.002 0.034 0.001 0.380 0.002 0.001 0.016 0.003 0.005 0.001 0.023 0.002 5 G 0.004 0.054 0.016 0.692 0.001 0.008 0.001 0.002 0.164 0.031 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.015 6 K 0.255 0.005 0.145 0.590 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 V 0.002 0.002 0.316 0.676 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 T 0.001 0.001 0.007 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.001 0.003 0.002 0.967 0.011 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 Q 0.001 0.022 0.002 0.706 0.068 0.189 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 K 0.001 0.143 0.005 0.500 0.062 0.124 0.002 0.048 0.005 0.005 0.096 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 12 D 0.004 0.123 0.012 0.096 0.043 0.465 0.005 0.051 0.017 0.019 0.060 0.091 0.007 0.002 0.003 0.002 13 A 0.008 0.066 0.026 0.029 0.039 0.064 0.023 0.042 0.015 0.009 0.569 0.047 0.030 0.014 0.012 0.007 14 Q 0.021 0.217 0.073 0.059 0.009 0.021 0.020 0.054 0.036 0.006 0.053 0.204 0.026 0.016 0.147 0.036 15 N 0.086 0.044 0.218 0.067 0.006 0.036 0.013 0.012 0.063 0.020 0.014 0.025 0.060 0.004 0.054 0.277 16 L 0.240 0.042 0.260 0.038 0.044 0.061 0.131 0.004 0.013 0.007 0.021 0.009 0.023 0.042 0.002 0.064 17 I 0.056 0.254 0.279 0.175 0.001 0.017 0.004 0.135 0.004 0.001 0.011 0.012 0.009 0.001 0.037 0.005 18 G 0.007 0.025 0.213 0.594 0.001 0.009 0.001 0.001 0.085 0.009 0.003 0.002 0.006 0.001 0.001 0.043 19 I 0.127 0.005 0.190 0.668 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 20 S 0.002 0.003 0.136 0.751 0.050 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 I 0.001 0.006 0.003 0.182 0.706 0.085 0.003 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 G 0.001 0.096 0.002 0.185 0.448 0.021 0.007 0.195 0.010 0.006 0.015 0.005 0.001 0.006 0.002 0.001 23 G 0.006 0.051 0.009 0.140 0.009 0.049 0.002 0.413 0.147 0.093 0.011 0.015 0.005 0.001 0.040 0.008 24 G 0.083 0.040 0.047 0.058 0.016 0.098 0.011 0.016 0.156 0.281 0.106 0.025 0.018 0.002 0.002 0.040 25 A 0.268 0.059 0.050 0.062 0.018 0.072 0.010 0.031 0.007 0.005 0.192 0.192 0.020 0.004 0.007 0.003 26 Q 0.015 0.129 0.164 0.122 0.034 0.096 0.022 0.038 0.033 0.011 0.063 0.168 0.043 0.015 0.020 0.027 27 Y 0.036 0.144 0.174 0.328 0.014 0.022 0.019 0.018 0.031 0.009 0.020 0.041 0.052 0.004 0.034 0.052 28 C 0.076 0.036 0.219 0.121 0.035 0.174 0.134 0.007 0.017 0.024 0.014 0.024 0.051 0.018 0.008 0.041 29 P 0.094 0.241 0.201 0.232 0.001 0.028 0.008 0.054 0.008 0.004 0.051 0.016 0.022 0.001 0.024 0.016 30 C 0.042 0.065 0.150 0.555 0.001 0.016 0.001 0.001 0.090 0.005 0.004 0.018 0.007 0.001 0.001 0.044 31 L 0.058 0.016 0.334 0.586 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 32 Y 0.001 0.002 0.123 0.762 0.001 0.109 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 I 0.001 0.008 0.005 0.212 0.011 0.694 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 34 V 0.001 0.558 0.002 0.321 0.002 0.010 0.001 0.008 0.002 0.001 0.049 0.046 0.003 0.001 0.001 0.001 35 Q 0.003 0.018 0.035 0.775 0.012 0.026 0.004 0.005 0.016 0.001 0.014 0.029 0.047 0.002 0.002 0.009 36 V 0.009 0.021 0.652 0.182 0.020 0.021 0.017 0.003 0.001 0.001 0.004 0.004 0.051 0.001 0.003 0.011 37 F 0.002 0.007 0.012 0.050 0.605 0.065 0.150 0.004 0.001 0.003 0.007 0.004 0.011 0.077 0.001 0.003 38 D 0.002 0.033 0.005 0.026 0.006 0.045 0.001 0.683 0.003 0.002 0.039 0.003 0.010 0.001 0.138 0.002 39 N 0.004 0.123 0.011 0.049 0.001 0.003 0.001 0.006 0.424 0.195 0.015 0.019 0.007 0.001 0.002 0.140 40 T 0.499 0.003 0.013 0.010 0.001 0.318 0.003 0.001 0.002 0.004 0.007 0.095 0.042 0.001 0.001 0.001 41 P 0.002 0.011 0.044 0.004 0.001 0.041 0.001 0.002 0.001 0.001 0.814 0.013 0.063 0.001 0.001 0.001 42 A 0.001 0.029 0.003 0.032 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.847 0.067 0.001 0.001 0.001 43 A 0.002 0.003 0.022 0.019 0.009 0.028 0.013 0.002 0.002 0.001 0.006 0.017 0.849 0.007 0.005 0.016 44 L 0.001 0.001 0.010 0.001 0.023 0.001 0.143 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.020 0.782 0.003 0.005 45 D 0.001 0.004 0.008 0.002 0.001 0.001 0.002 0.048 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.923 0.001 46 G 0.004 0.002 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.133 0.020 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.816 47 T 0.971 0.002 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 48 V 0.005 0.008 0.864 0.083 0.004 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.002 49 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.950 0.010 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 50 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.978 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 51 G 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.756 0.209 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.018 52 D 0.950 0.005 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.005 0.001 0.002 0.001 53 E 0.020 0.049 0.708 0.024 0.001 0.071 0.001 0.002 0.003 0.002 0.009 0.034 0.040 0.001 0.001 0.033 54 I 0.023 0.014 0.119 0.132 0.042 0.299 0.026 0.003 0.002 0.001 0.180 0.034 0.100 0.021 0.002 0.004 55 T 0.002 0.375 0.131 0.203 0.006 0.011 0.008 0.028 0.002 0.001 0.018 0.068 0.125 0.001 0.018 0.005 56 G 0.008 0.014 0.039 0.301 0.038 0.035 0.026 0.005 0.048 0.017 0.008 0.017 0.258 0.027 0.003 0.156 57 V 0.019 0.004 0.086 0.019 0.224 0.014 0.450 0.004 0.001 0.001 0.008 0.002 0.025 0.135 0.005 0.003 58 N 0.001 0.050 0.029 0.050 0.002 0.022 0.004 0.612 0.003 0.004 0.008 0.006 0.014 0.001 0.190 0.006 59 G 0.009 0.020 0.009 0.056 0.001 0.003 0.001 0.001 0.623 0.051 0.004 0.004 0.005 0.001 0.001 0.210 60 R 0.799 0.013 0.069 0.086 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.006 0.001 0.001 0.002 61 S 0.005 0.025 0.387 0.063 0.013 0.454 0.005 0.003 0.001 0.003 0.007 0.013 0.017 0.001 0.001 0.003 62 I 0.002 0.021 0.005 0.038 0.574 0.045 0.061 0.002 0.001 0.001 0.178 0.007 0.005 0.060 0.001 0.001 63 K 0.001 0.088 0.010 0.034 0.002 0.005 0.002 0.573 0.004 0.001 0.007 0.075 0.004 0.001 0.191 0.001 64 G 0.003 0.007 0.017 0.015 0.001 0.012 0.002 0.002 0.359 0.165 0.006 0.004 0.023 0.001 0.003 0.381 65 K 0.831 0.018 0.070 0.023 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.016 0.013 0.013 0.001 0.001 0.005 66 T 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 0.018 0.001 0.001 0.001 67 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.006 0.028 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.977 0.018 0.001 0.001 0.001 69 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.989 0.001 0.001 0.001 70 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.991 0.001 0.001 0.001 71 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.991 0.001 0.001 0.001 72 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 73 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 74 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.004 0.002 0.001 75 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.002 0.004 0.006 76 E 0.005 0.003 0.009 0.005 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.304 0.267 0.013 0.371 77 V 0.009 0.002 0.067 0.002 0.014 0.009 0.410 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.229 0.133 0.104 0.013 78 K 0.010 0.137 0.094 0.015 0.001 0.009 0.014 0.119 0.006 0.004 0.018 0.004 0.121 0.010 0.263 0.175 79 G 0.207 0.046 0.030 0.142 0.001 0.006 0.004 0.002 0.236 0.025 0.008 0.016 0.027 0.003 0.006 0.241 80 E 0.395 0.014 0.484 0.084 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.008 81 V 0.007 0.005 0.403 0.577 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 T 0.001 0.002 0.035 0.942 0.011 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 I 0.001 0.007 0.006 0.948 0.018 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 H 0.001 0.030 0.006 0.703 0.134 0.100 0.002 0.005 0.005 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 85 Y 0.008 0.109 0.016 0.484 0.063 0.169 0.003 0.076 0.005 0.008 0.043 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 86 N 0.004 0.115 0.017 0.116 0.013 0.480 0.002 0.054 0.027 0.038 0.064 0.057 0.006 0.001 0.002 0.002 87 K 0.025 0.097 0.028 0.119 0.008 0.063 0.002 0.021 0.025 0.009 0.499 0.069 0.023 0.002 0.003 0.007 88 L 0.027 0.090 0.109 0.137 0.008 0.069 0.009 0.009 0.011 0.004 0.047 0.397 0.066 0.003 0.007 0.006 89 Q 0.017 0.064 0.192 0.192 0.010 0.074 0.019 0.015 0.007 0.004 0.053 0.057 0.250 0.007 0.013 0.026 90 Y 0.017 0.074 0.142 0.298 0.012 0.063 0.021 0.014 0.011 0.003 0.044 0.042 0.205 0.009 0.011 0.033 91 Y 0.024 0.056 0.204 0.337 0.010 0.048 0.014 0.012 0.008 0.004 0.024 0.033 0.184 0.004 0.012 0.025 92 K 0.025 0.030 0.121 0.219 0.106 0.134 0.059 0.008 0.007 0.008 0.038 0.027 0.151 0.034 0.004 0.029 93 V 0.023 0.111 0.101 0.212 0.055 0.075 0.035 0.081 0.005 0.003 0.081 0.035 0.104 0.027 0.039 0.014