# TARGET T0288 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1801 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.009 0.001 0.008 0.017 0.058 0.105 0.016 0.785 2 M 0.015 0.001 0.011 0.011 0.029 0.089 0.017 0.826 3 V 0.211 0.003 0.023 0.099 0.090 0.105 0.048 0.420 4 P 0.009 0.001 0.020 0.018 0.042 0.068 0.019 0.822 5 G 0.005 0.002 0.122 0.115 0.355 0.073 0.022 0.307 6 K 0.003 0.001 0.116 0.186 0.362 0.032 0.036 0.264 7 V 0.005 0.002 0.116 0.376 0.239 0.026 0.017 0.219 8 T 0.003 0.002 0.187 0.273 0.387 0.018 0.013 0.118 9 L 0.011 0.005 0.078 0.261 0.247 0.046 0.022 0.330 10 Q 0.022 0.006 0.145 0.304 0.218 0.040 0.060 0.206 11 K 0.053 0.006 0.027 0.067 0.080 0.085 0.057 0.625 12 D 0.678 0.008 0.009 0.020 0.014 0.029 0.042 0.199 13 A 0.153 0.007 0.006 0.015 0.026 0.093 0.024 0.675 14 Q 0.007 0.001 0.008 0.004 0.019 0.080 0.013 0.868 15 N 0.093 0.004 0.024 0.050 0.095 0.148 0.040 0.546 16 L 0.031 0.003 0.021 0.063 0.060 0.109 0.066 0.647 17 I 0.004 0.002 0.140 0.074 0.211 0.120 0.025 0.426 18 G 0.002 0.001 0.200 0.120 0.395 0.040 0.048 0.193 19 I 0.002 0.001 0.228 0.340 0.203 0.030 0.036 0.160 20 S 0.007 0.002 0.482 0.163 0.204 0.023 0.043 0.076 21 I 0.047 0.005 0.161 0.185 0.189 0.069 0.060 0.284 22 G 0.045 0.004 0.183 0.086 0.109 0.081 0.057 0.435 23 G 0.052 0.005 0.059 0.040 0.091 0.103 0.060 0.590 24 G 0.095 0.004 0.030 0.051 0.077 0.100 0.058 0.585 25 A 0.053 0.002 0.019 0.059 0.069 0.111 0.044 0.644 26 Q 0.011 0.001 0.019 0.027 0.055 0.120 0.034 0.733 27 Y 0.041 0.002 0.023 0.034 0.069 0.110 0.037 0.685 28 C 0.069 0.004 0.034 0.060 0.064 0.129 0.076 0.564 29 P 0.010 0.004 0.083 0.068 0.170 0.112 0.029 0.525 30 C 0.004 0.002 0.158 0.102 0.379 0.050 0.046 0.258 31 L 0.002 0.002 0.204 0.250 0.316 0.029 0.047 0.149 32 Y 0.005 0.002 0.293 0.285 0.294 0.017 0.033 0.071 33 I 0.008 0.004 0.212 0.235 0.281 0.034 0.038 0.188 34 V 0.015 0.004 0.243 0.182 0.248 0.051 0.051 0.206 35 Q 0.013 0.003 0.183 0.162 0.251 0.064 0.061 0.263 36 V 0.041 0.003 0.057 0.081 0.111 0.085 0.030 0.593 37 F 0.472 0.010 0.033 0.059 0.050 0.076 0.046 0.254 38 D 0.013 0.009 0.004 0.009 0.020 0.113 0.006 0.826 39 N 0.007 0.022 0.005 0.003 0.006 0.045 0.004 0.908 40 T 0.217 0.533 0.006 0.030 0.011 0.040 0.032 0.132 41 P 0.267 0.331 0.032 0.028 0.021 0.055 0.076 0.190 42 A 0.229 0.119 0.032 0.032 0.055 0.054 0.139 0.339 43 A 0.419 0.017 0.018 0.013 0.024 0.066 0.149 0.292 44 L 0.084 0.020 0.003 0.015 0.023 0.078 0.074 0.703 45 D 0.007 0.010 0.007 0.009 0.046 0.087 0.011 0.822 46 G 0.032 0.018 0.038 0.080 0.193 0.132 0.046 0.462 47 T 0.014 0.017 0.049 0.200 0.174 0.093 0.057 0.395 48 V 0.041 0.018 0.070 0.066 0.078 0.098 0.028 0.601 49 A 0.253 0.062 0.058 0.095 0.059 0.090 0.071 0.312 50 A 0.068 0.071 0.023 0.018 0.031 0.072 0.034 0.682 51 G 0.027 0.047 0.033 0.027 0.110 0.093 0.258 0.404 52 D 0.013 0.047 0.030 0.171 0.260 0.062 0.229 0.188 53 E 0.016 0.024 0.047 0.326 0.359 0.037 0.037 0.155 54 I 0.015 0.009 0.038 0.212 0.409 0.050 0.040 0.227 55 T 0.004 0.002 0.073 0.238 0.490 0.036 0.052 0.105 56 G 0.049 0.002 0.040 0.152 0.343 0.071 0.037 0.307 57 V 0.285 0.004 0.020 0.134 0.094 0.086 0.074 0.303 58 N 0.017 0.003 0.011 0.027 0.072 0.137 0.010 0.723 59 G 0.012 0.002 0.013 0.011 0.053 0.088 0.013 0.809 60 R 0.017 0.004 0.051 0.223 0.138 0.116 0.065 0.384 61 S 0.103 0.009 0.041 0.062 0.073 0.090 0.046 0.576 62 I 0.317 0.008 0.027 0.073 0.056 0.059 0.081 0.378 63 K 0.021 0.009 0.026 0.020 0.041 0.098 0.024 0.760 64 G 0.021 0.025 0.010 0.011 0.036 0.074 0.020 0.804 65 K 0.021 0.087 0.020 0.072 0.045 0.123 0.033 0.599 66 T 0.025 0.793 0.004 0.010 0.012 0.020 0.028 0.108 67 K 0.010 0.969 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.009 68 V 0.003 0.958 0.002 0.004 0.004 0.003 0.014 0.013 69 E 0.001 0.976 0.001 0.003 0.003 0.001 0.011 0.004 70 V 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 71 A 0.005 0.943 0.003 0.002 0.002 0.001 0.040 0.003 72 K 0.007 0.928 0.006 0.007 0.005 0.002 0.028 0.016 73 M 0.105 0.662 0.020 0.008 0.009 0.015 0.108 0.074 74 I 0.198 0.166 0.057 0.055 0.021 0.030 0.323 0.151 75 Q 0.071 0.020 0.013 0.014 0.016 0.045 0.072 0.748 76 E 0.103 0.003 0.007 0.002 0.002 0.053 0.035 0.795 77 V 0.189 0.003 0.010 0.009 0.006 0.100 0.033 0.650 78 K 0.017 0.001 0.005 0.001 0.004 0.074 0.009 0.889 79 G 0.007 0.001 0.033 0.012 0.040 0.125 0.023 0.759 80 E 0.004 0.001 0.143 0.124 0.190 0.075 0.049 0.416 81 V 0.005 0.001 0.159 0.221 0.179 0.041 0.027 0.367 82 T 0.002 0.001 0.197 0.253 0.284 0.027 0.017 0.220 83 I 0.003 0.001 0.150 0.163 0.151 0.051 0.015 0.467 84 H 0.050 0.008 0.131 0.179 0.123 0.076 0.048 0.383 85 Y 0.114 0.018 0.028 0.029 0.029 0.079 0.029 0.674 86 N 0.210 0.095 0.018 0.022 0.027 0.075 0.052 0.501 87 K 0.130 0.109 0.020 0.023 0.040 0.088 0.053 0.536 88 L 0.081 0.074 0.021 0.053 0.083 0.093 0.072 0.522 89 Q 0.073 0.045 0.019 0.085 0.126 0.074 0.073 0.505 90 Y 0.051 0.016 0.017 0.063 0.111 0.091 0.080 0.570 91 Y 0.038 0.012 0.019 0.087 0.125 0.099 0.060 0.560 92 K 0.033 0.009 0.015 0.050 0.097 0.092 0.042 0.662 93 V 0.037 0.012 0.016 0.053 0.083 0.103 0.042 0.653