# TARGET T0288 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1801 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.577 0.135 0.043 0.085 0.050 0.035 0.028 0.016 0.015 0.009 0.006 2 M 0.347 0.121 0.037 0.100 0.083 0.075 0.080 0.055 0.049 0.034 0.020 3 V 0.228 0.242 0.061 0.165 0.099 0.072 0.058 0.031 0.023 0.013 0.009 4 P 0.157 0.163 0.061 0.166 0.141 0.108 0.091 0.052 0.034 0.018 0.010 5 G 0.159 0.093 0.039 0.138 0.126 0.112 0.153 0.088 0.058 0.025 0.010 6 K 0.037 0.107 0.089 0.453 0.218 0.069 0.020 0.004 0.002 0.001 0.001 7 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.011 0.053 0.115 0.258 0.308 0.245 8 T 0.006 0.081 0.079 0.552 0.216 0.049 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.040 0.108 0.252 0.316 0.270 10 Q 0.008 0.060 0.049 0.438 0.302 0.101 0.033 0.006 0.002 0.001 0.001 11 K 0.015 0.023 0.009 0.038 0.054 0.102 0.235 0.183 0.179 0.113 0.050 12 D 0.080 0.193 0.110 0.358 0.147 0.064 0.030 0.009 0.005 0.002 0.001 13 A 0.340 0.209 0.060 0.129 0.079 0.056 0.061 0.024 0.018 0.013 0.011 14 Q 0.563 0.183 0.041 0.120 0.050 0.022 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 15 N 0.206 0.235 0.064 0.243 0.132 0.064 0.035 0.011 0.006 0.003 0.002 16 L 0.009 0.037 0.029 0.150 0.190 0.194 0.187 0.091 0.062 0.035 0.017 17 I 0.002 0.004 0.004 0.024 0.051 0.085 0.191 0.209 0.216 0.136 0.078 18 G 0.004 0.013 0.015 0.081 0.121 0.152 0.224 0.146 0.112 0.076 0.056 19 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.046 0.109 0.227 0.314 0.287 20 S 0.004 0.008 0.009 0.053 0.071 0.080 0.188 0.191 0.177 0.119 0.099 21 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.026 0.074 0.192 0.312 0.386 22 G 0.004 0.019 0.020 0.127 0.152 0.149 0.197 0.124 0.110 0.063 0.035 23 G 0.035 0.042 0.021 0.083 0.084 0.110 0.187 0.147 0.137 0.096 0.059 24 G 0.133 0.123 0.061 0.185 0.125 0.096 0.101 0.061 0.050 0.036 0.028 25 A 0.162 0.145 0.049 0.163 0.117 0.092 0.102 0.055 0.049 0.036 0.031 26 Q 0.323 0.186 0.048 0.149 0.098 0.069 0.053 0.027 0.023 0.015 0.011 27 Y 0.075 0.081 0.040 0.138 0.129 0.120 0.136 0.083 0.085 0.060 0.054 28 C 0.055 0.089 0.053 0.169 0.160 0.139 0.137 0.075 0.062 0.039 0.022 29 P 0.075 0.072 0.038 0.174 0.180 0.138 0.140 0.075 0.060 0.032 0.015 30 C 0.004 0.012 0.009 0.065 0.103 0.126 0.204 0.145 0.146 0.108 0.078 31 L 0.001 0.001 0.002 0.011 0.022 0.042 0.128 0.191 0.242 0.233 0.127 32 Y 0.001 0.006 0.006 0.059 0.099 0.118 0.240 0.200 0.155 0.077 0.038 33 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.025 0.072 0.174 0.276 0.443 34 V 0.004 0.011 0.013 0.110 0.181 0.176 0.242 0.136 0.083 0.032 0.011 35 Q 0.051 0.142 0.066 0.295 0.204 0.114 0.078 0.030 0.015 0.005 0.001 36 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.011 0.041 0.091 0.216 0.292 0.337 37 F 0.013 0.052 0.027 0.178 0.234 0.197 0.180 0.064 0.035 0.013 0.006 38 D 0.365 0.249 0.066 0.166 0.071 0.037 0.026 0.011 0.005 0.002 0.001 39 N 0.572 0.127 0.048 0.119 0.068 0.037 0.018 0.006 0.003 0.002 0.001 40 T 0.097 0.168 0.031 0.102 0.082 0.088 0.127 0.092 0.096 0.068 0.049 41 P 0.166 0.163 0.046 0.150 0.129 0.112 0.105 0.055 0.042 0.022 0.011 42 A 0.084 0.039 0.015 0.030 0.031 0.043 0.094 0.106 0.187 0.175 0.197 43 A 0.083 0.101 0.071 0.237 0.189 0.127 0.088 0.042 0.031 0.018 0.012 44 L 0.094 0.097 0.073 0.174 0.149 0.124 0.106 0.059 0.052 0.039 0.032 45 D 0.129 0.112 0.063 0.126 0.118 0.116 0.127 0.081 0.063 0.038 0.029 46 G 0.399 0.123 0.060 0.113 0.080 0.069 0.075 0.033 0.025 0.015 0.009 47 T 0.091 0.141 0.053 0.201 0.164 0.124 0.114 0.047 0.034 0.019 0.011 48 V 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.019 0.041 0.125 0.203 0.596 49 A 0.098 0.248 0.102 0.240 0.140 0.082 0.051 0.016 0.010 0.005 0.005 50 A 0.068 0.125 0.081 0.235 0.165 0.129 0.115 0.045 0.023 0.010 0.004 51 G 0.554 0.174 0.059 0.110 0.053 0.023 0.011 0.004 0.004 0.003 0.004 52 D 0.002 0.013 0.013 0.067 0.100 0.144 0.253 0.171 0.126 0.071 0.039 53 E 0.012 0.057 0.051 0.238 0.255 0.174 0.133 0.043 0.022 0.010 0.005 54 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.024 0.056 0.142 0.245 0.519 55 T 0.006 0.012 0.018 0.083 0.123 0.159 0.241 0.141 0.114 0.066 0.037 56 G 0.008 0.022 0.020 0.070 0.069 0.075 0.151 0.143 0.180 0.140 0.120 57 V 0.002 0.004 0.004 0.014 0.021 0.034 0.083 0.118 0.209 0.267 0.245 58 N 0.017 0.052 0.045 0.173 0.170 0.153 0.172 0.094 0.068 0.035 0.022 59 G 0.190 0.169 0.062 0.172 0.121 0.087 0.086 0.044 0.031 0.021 0.016 60 R 0.069 0.104 0.072 0.220 0.196 0.143 0.114 0.042 0.023 0.011 0.005 61 S 0.202 0.232 0.084 0.215 0.124 0.063 0.042 0.015 0.011 0.006 0.005 62 I 0.007 0.005 0.003 0.010 0.016 0.028 0.070 0.090 0.198 0.223 0.351 63 K 0.149 0.212 0.097 0.225 0.139 0.083 0.061 0.017 0.011 0.004 0.003 64 G 0.469 0.162 0.041 0.124 0.070 0.051 0.044 0.019 0.011 0.006 0.004 65 K 0.035 0.048 0.022 0.108 0.145 0.153 0.214 0.128 0.077 0.044 0.027 66 T 0.048 0.658 0.062 0.111 0.046 0.027 0.019 0.010 0.009 0.005 0.005 67 K 0.014 0.016 0.014 0.097 0.247 0.275 0.198 0.077 0.039 0.016 0.006 68 V 0.674 0.153 0.051 0.052 0.030 0.017 0.014 0.004 0.003 0.001 0.001 69 E 0.001 0.022 0.050 0.480 0.265 0.117 0.049 0.011 0.003 0.001 0.001 70 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.028 0.085 0.224 0.308 0.348 71 A 0.001 0.001 0.025 0.071 0.169 0.317 0.267 0.084 0.043 0.017 0.004 72 K 0.003 0.020 0.675 0.207 0.058 0.022 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 73 M 0.001 0.001 0.003 0.008 0.029 0.110 0.377 0.216 0.142 0.079 0.036 74 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.036 0.085 0.234 0.326 0.309 75 Q 0.002 0.014 0.202 0.241 0.258 0.157 0.092 0.021 0.009 0.003 0.001 76 E 0.013 0.068 0.504 0.195 0.116 0.071 0.027 0.004 0.002 0.001 0.001 77 V 0.001 0.002 0.002 0.007 0.013 0.042 0.201 0.180 0.201 0.183 0.167 78 K 0.565 0.231 0.057 0.083 0.032 0.016 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 79 G 0.283 0.154 0.093 0.171 0.110 0.077 0.062 0.024 0.014 0.007 0.004 80 E 0.117 0.238 0.137 0.296 0.136 0.055 0.017 0.003 0.002 0.001 0.001 81 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.038 0.155 0.186 0.245 0.212 0.147 82 T 0.020 0.130 0.101 0.386 0.231 0.084 0.034 0.008 0.003 0.001 0.001 83 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.060 0.124 0.251 0.296 0.249 84 H 0.058 0.170 0.070 0.345 0.210 0.089 0.040 0.010 0.005 0.001 0.001 85 Y 0.037 0.032 0.012 0.050 0.065 0.102 0.207 0.172 0.166 0.107 0.050 86 N 0.260 0.365 0.081 0.166 0.068 0.031 0.017 0.006 0.004 0.002 0.001 87 K 0.271 0.211 0.075 0.199 0.116 0.063 0.040 0.014 0.007 0.003 0.001 88 L 0.340 0.130 0.039 0.094 0.074 0.067 0.085 0.060 0.058 0.034 0.019 89 Q 0.135 0.202 0.140 0.230 0.125 0.079 0.051 0.020 0.011 0.005 0.002 90 Y 0.128 0.098 0.098 0.165 0.123 0.114 0.123 0.063 0.048 0.027 0.011 91 Y 0.137 0.120 0.148 0.156 0.118 0.101 0.096 0.050 0.040 0.022 0.011 92 K 0.149 0.188 0.188 0.213 0.116 0.066 0.044 0.016 0.011 0.006 0.002 93 V 0.300 0.159 0.081 0.136 0.090 0.074 0.070 0.036 0.030 0.017 0.008