# TARGET T0288 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1801 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.003 0.027 0.935 2 M 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.003 0.037 0.918 3 V 0.015 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.001 0.089 0.805 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 5 G 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.578 0.003 0.046 0.341 6 K 0.079 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.291 0.005 0.106 0.514 7 V 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.866 0.001 0.014 0.108 8 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.882 0.001 0.021 0.084 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.023 0.030 0.761 0.001 0.022 0.148 10 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.066 0.181 0.335 0.040 0.314 0.001 0.015 0.047 11 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.013 0.012 0.011 0.006 0.002 0.445 0.003 0.074 0.421 12 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.247 0.152 0.020 0.015 0.003 0.002 0.001 0.171 0.004 0.065 0.265 13 A 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.008 0.080 0.792 14 Q 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.008 0.372 0.549 15 N 0.586 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.069 0.090 0.234 16 L 0.080 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.019 0.230 0.581 17 I 0.028 0.003 0.041 0.005 0.078 0.018 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.281 0.014 0.175 0.348 18 G 0.014 0.001 0.001 0.001 0.024 0.261 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.347 0.004 0.090 0.237 19 I 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 0.008 0.095 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.725 0.001 0.028 0.104 20 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.003 0.873 0.001 0.016 0.084 21 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.004 0.005 0.010 0.837 0.002 0.018 0.115 22 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.005 0.017 0.021 0.011 0.022 0.680 0.004 0.060 0.171 23 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.011 0.008 0.016 0.016 0.005 0.005 0.273 0.008 0.108 0.543 24 G 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.015 0.002 0.006 0.003 0.002 0.002 0.001 0.184 0.013 0.129 0.620 25 A 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.002 0.003 0.010 0.013 0.006 0.001 0.001 0.088 0.006 0.129 0.652 26 Q 0.104 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.005 0.077 0.728 27 Y 0.219 0.013 0.002 0.004 0.008 0.008 0.003 0.001 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.009 0.068 0.578 28 C 0.164 0.016 0.007 0.004 0.010 0.011 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.007 0.105 0.596 29 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 30 C 0.022 0.002 0.001 0.001 0.031 0.047 0.037 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.314 0.006 0.072 0.449 31 L 0.026 0.004 0.001 0.002 0.002 0.003 0.009 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.624 0.002 0.051 0.267 32 Y 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.840 0.001 0.024 0.106 33 I 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.753 0.002 0.031 0.195 34 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.934 0.001 0.012 0.045 35 Q 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.005 0.004 0.005 0.543 0.005 0.065 0.354 36 V 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.755 0.005 0.030 0.180 37 F 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.002 0.013 0.002 0.004 0.003 0.002 0.479 0.005 0.084 0.382 38 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.002 0.016 0.952 39 N 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.150 0.004 0.231 0.599 40 T 0.209 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.016 0.126 0.603 41 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 42 A 0.014 0.002 0.001 0.001 0.011 0.014 0.013 0.005 0.001 0.002 0.006 0.003 0.007 0.004 0.001 0.001 0.124 0.003 0.263 0.526 43 A 0.231 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.005 0.154 0.530 44 L 0.290 0.176 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.006 0.024 0.434 45 D 0.130 0.180 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.014 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.024 0.050 0.517 46 G 0.236 0.054 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.039 0.040 0.523 47 T 0.163 0.016 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.029 0.159 0.563 48 V 0.055 0.008 0.011 0.008 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.008 0.001 0.001 0.223 0.003 0.098 0.568 49 A 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.105 0.001 0.725 0.149 50 A 0.022 0.011 0.001 0.001 0.010 0.006 0.002 0.001 0.062 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.207 0.003 0.093 0.578 51 G 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.846 0.002 0.018 0.117 52 D 0.868 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.007 0.004 0.098 53 E 0.133 0.069 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.439 0.012 0.106 0.227 54 I 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.921 0.001 0.016 0.042 55 T 0.002 0.016 0.001 0.001 0.015 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.181 0.057 0.004 0.001 0.637 0.001 0.024 0.048 56 G 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.008 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.910 0.001 0.011 0.040 57 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.773 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.163 0.001 0.008 0.041 58 N 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.004 0.002 0.003 0.004 0.006 0.013 0.577 0.018 0.049 0.308 59 G 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.088 0.023 0.111 0.738 60 R 0.285 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.041 0.012 0.003 0.001 0.037 0.009 0.273 0.326 61 S 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.003 0.110 0.788 62 I 0.004 0.003 0.001 0.003 0.640 0.012 0.006 0.002 0.096 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.001 0.020 0.167 63 K 0.021 0.011 0.002 0.001 0.008 0.046 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.003 0.315 0.531 64 G 0.073 0.008 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.025 0.103 0.729 65 K 0.628 0.008 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.013 0.063 0.241 66 T 0.015 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.447 0.510 67 K 0.018 0.007 0.009 0.002 0.059 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.006 0.050 0.763 68 V 0.003 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.011 0.121 0.821 69 E 0.004 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.685 0.290 70 V 0.003 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.059 71 A 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 72 K 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 73 M 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.016 74 I 0.006 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.010 75 Q 0.018 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.022 76 E 0.092 0.782 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.001 0.056 77 V 0.205 0.578 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.131 0.001 0.077 78 K 0.216 0.236 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.050 0.016 0.458 79 G 0.008 0.011 0.255 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.008 0.129 0.541 80 E 0.213 0.002 0.011 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.010 0.114 0.528 81 V 0.024 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.645 0.002 0.055 0.264 82 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.005 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.788 0.001 0.031 0.127 83 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.004 0.003 0.648 0.001 0.037 0.285 84 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.004 0.003 0.829 0.002 0.037 0.110 85 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.244 0.003 0.071 0.668 86 N 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.420 0.005 0.103 0.451 87 K 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.004 0.071 0.841 88 L 0.086 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.124 0.008 0.158 0.604 89 Q 0.189 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.141 0.016 0.126 0.471 90 Y 0.074 0.135 0.005 0.002 0.012 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.117 0.010 0.043 0.588 91 Y 0.071 0.146 0.015 0.001 0.016 0.011 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.003 0.181 0.009 0.040 0.468 92 K 0.065 0.112 0.010 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.139 0.011 0.058 0.586 93 V 0.052 0.094 0.018 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.006 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.162 0.008 0.049 0.589